r语言ggplot2 第102页

R语言不同行数的列/不同长度向量/不同长度列表合并为dataframe

不同长度向量合并为data.frame>#构造列表>(a_list=list(+c(1,1,2,5,14,42),+month.abb,+c(1,1,2,5,14,42,22,88,0)))#[[1]]#[1]11251442##[[2]]#[1]"Jan""Feb""Mar""Apr""May""Jun""Jul""Aug""Sep""Oct""Nov""Dec"##[[3]]#[1]11251

shallow不秃头·2022-12-26 22:49

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析（ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你85篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析

桓峰基因·2022-12-26 17:05

手把手教你R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用

写在开头：本文介绍了CIBERSORT两种使用方法，大家可以自行选择，方法二简单些，方法一原始些本文顺便倡议大家使用Rproject来管理代码，感谢生信技能树jimmy老师让我知道了这么方便的玩意，再也不用拼命setwd()和getwd()了，不想看这部分可以直接下滑。CIBERSORTx是原版网站，建议大家去学习，并且学习他们发的经典文章鸣谢：生信技能树jimmy老师和Biomamba生信基地B

18kkk·2022-12-26 17:00

基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（一）

第一步：认识CIBERSOR首先我们认识到了单细胞当中每个细胞的特征表达不同。因此对于Bulk数据而言，多个细胞的表达，应该就是这些单个细胞表达的一种加合，我们就可以利用单个细胞的特征使用线性去卷积方法去计算Bulk数据中单细组分含量。如图，我们可以认为在Sample1样品中，Cell1组分含量为a，Cell2的组分含量为b。第二步：CIBERSORT算法整个算法代码如下，除了此处复制粘贴外，也可

Kevin丶大牛·2022-12-26 17:30

基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（二）

引言：本节重点（1）在我写（一）的时候，很多小伙伴相信直接使用遇到了很多问题，本节就主要遇到问题进行回答:①R包版本问题②Data数据格式问题③CIBERSORT官方代码问题并将附上全部代码（2）此外，本节将介绍分析后的数据常见的可视化方式一、问题解决1、R包版本问题相信很多人都会遇到这个问题。如“这个R包版本不适用于该版本R”、“连接错误”、“依赖包安装无效或版本不足”等等。这时候通常解决办法两

Kevin丶大牛·2022-12-26 17:30

ggplot2绘图：qPCR数据箱式图叠加散点图1

小白新手，加速记忆，先整理个帖子正题：install.packages('gg.gap')library(ggplot2)#首次用需要先安装install.packages('ggplot2')#如果报错也可以用这种方式安装

Sayond·2022-12-26 17:59

基于R语言机器学习方法与案例分析实践技术

在各种语言中，R语言以编程简单，方法先进脱颖而出。原文链接：基于R语言机器学习方法与案例分析技术应用基础知识1.机器学习的基本概念2.机

科研小白新人上路·2022-12-26 16:20

R语言课后习题

第一章绪论1、正确的数据思维观包括数学思维、统计思维、逻辑思维。2、技能是容易掌握的，但是思维却是很难培养的。3、数学思维有两个特征是方向性和客观性。4、常用统计计量包括中位数、求和、最大值、平均值。5、从思维科学角度看统计思维可归类为描述、概括、和分析。6、把大脑中所描述的对象中的某些指标抽离出来并形成一种认识称为概括。7、把事务分解分析称为下钻思维。8、显微镜原理属于下钻思维。9、当一堆数据摆

晁晁我呀最讨厌期末了·2022-12-26 15:44

RapidMiner数据挖掘入门

根据KDnuggets在2011年的一次投票显示，从使用率来看该软件比之R语言还要略胜一筹。因为其具备GUI特性，所以很适合于数据挖掘的初学者入门。

weixin_34117211·2022-12-26 12:01

第5章 R语言基础学习——金融资产收益率计算

5.1收益率定义5.1.1常用收益率5.1.2红利收益率数据中Adjusted一般就调整好了红利的收益率5.1.3超额收益率与市场基准比较5.2股票类资产收益率计算5.2.1单个股票收益率计算1.从txt读取数据2.三种方法、计算股票百分比日收益率3.算术平均收益4.几何平均收益5.2.2多个股票收益率计算merge()return()1.从“txt文件”读取数据补充：xts时序对象2.百分比连续

村里小公举·2022-12-26 12:30

第4章 R语言编程基础——数据整理与预处理

目录4.1经济/金融数据库4.1.1金融数据与数据库4.1.2国外金融数据库概况4.1.3国内金融数据库概况4.1.4数据的主要内容4.2数据格式4.3数据的导入4.3.1从控制台上输入数据4.3.2上市公司财务报表信息读取4.4[数据的预处理]4.1.1时序数据的预处理4.1.2截面数据的预处理[略]4.1经济/金融数据库4.1.1金融数据与数据库R包：RBloomberg和IBrokers有偿

村里小公举·2022-12-26 12:29

R语言：纯随机性检验

我们在拿到一个观察值序列之后，首先是判断它的平稳性。通过平稳性的检验，序列可以分为平稳序列和非平稳序列两大类。（通过平稳性检验判断序列的平稳性）对于非平稳序列，由于它不具有二阶平稳的性质，所以对它的统计分析要费一些周折，通常要通过进一步的检验、变换或处理，才能确定适当的拟合模型。对于平稳序列，情况就简单多了。我们有一套非常成熟的平稳序列建模方法。但是，并不是所有的平稳序列都值得建模。只有那些序列值

花農·2022-12-26 11:41

时间序列R语言操作2——白噪声和随机游走模型

drj御用programmer·2022-12-26 11:41

r语言确定最优滞后阶数_R时间序列分析（7）平稳性、白噪声和自相关

（本文首发于个人公众号“数据与平行世界”，欢迎关注！）从这一篇开始，我们讨论时间序列的建模和预测。之前，我们从数据探索的角度所讨论的时间序列，是按时间顺序排列的一个观测序列。从模型的角度，一个时间序列可以视为来自某个随机过程的一个样本，而随机过程是一个随机变量的序列。随机过程与时间序列的关系就像数理统计中所说的总体与样本的关系，在具体的观察之前，时间序列可以就可以看作一个随机过程（此时，就可以看作

weixin_39614060·2022-12-26 11:40

arima模型_时间序列分析(R)‖ARIMA模型预测实例

针对近年来，全国各地硕士研究生报名人数稳增不减的情况，利用R语言以及时间序列相关分析，结合近20

weixin_39564853·2022-12-26 11:10

R语言-噪声数据处理

R语言：噪声数据处理正文噪声是一个测量变量中的随机错误或偏差，包括错误值或偏离期望的孤立点值。

weixin_30701575·2022-12-26 11:39

R语言配对检验分析案例

什么是检验对？检验对的形式（x1，x2）出现在两种情况中：对同一实体执行两次测量。例如，一项评估新型胰岛素疗效的临床研究将为每位患者测量两次血糖水平：之前（X1）服药后（X2）。对不同的实体进行测量。但是，实体根据其特征进行匹配。例如，为了测试药物的功效，您可能希望根据体重，年龄或其他特征配对研究参与者，以控制这些混杂因素。在第一种情况下，配对是数据生成过程的自然结果。在第二种情况下，配对由研究设

拓端研究室TRL·2022-12-26 11:09

R语言：创建矩阵

R语言来创建矩阵，用到的函数包为：matrix()举例说明，创建一个5x4列的矩阵，如下：x<-matrix(1:20,nrow=5,ncol=4)运行结果如下：矩阵的行与列y[1,2]#代表就矩阵的行与列运行结果如下

小记专家·2022-12-26 11:07

R语言白噪声检验

白噪声检验从延迟13阶开始小于p值0.05，是不是证明是白噪声序列呀？那就是这个数据都作废了，毕设也没法做了吗？真诚求问各位大神

m0_56290120·2022-12-26 11:36

R语言突变点检测Mann-Kendall(MK)、滑动平均差等方法

Movemean滑动平均差法直接上代码，原理可以看这个文章。DOI:10.11821/dlxb201811003#滑动平均差法Q=i-1){k=n-i+1){ktimeserial[j]){r[i]Ua，则表明序列存在明显的趋势变化。总而言之，在构建秩序列后，进而计算累积序列值。当没有突变点时，秩的增长将是自然的并且符合某种分布（如正态分布），这时就可以进行假设性检验。（个人理解，若有不对欢迎指出

地学实践教程·2022-12-26 11:05

R语言使用MASS包的qda函数拟合二次判别分析多分类模型、使用caret包基于交叉验证的方式训练二次判别分析多分类模型

R语言使用MASS包的qda函数拟合二次判别分析多分类模型、使用caret包基于交叉验证的方式训练二次判别分析多分类模型目录

statistics.insight·2022-12-26 10:36

R语言 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换

1.安装GPL相应的R包（1）得到GPL对应R包的名称不同的GPL进行注释所需要用到的R包是不同的，我们首先要明白我们的GPL应该用什么R包方法一：通过Bioconductor官网进行检索方法二：通过检索platformMap.txtplatformMap.txt这个文件通过检索引擎直接搜索就可以在各个网站上下载。platformMap.txt是某位大神整理的，里面包含了各种GPL与其对应的R包，

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:08

R语言 | 导出数据框，会出现第一行左移一位的问题，解决办法如下

导出数据框，会出现第一行左移一位的问题，解决办法如下注释：“a”:是我们要进行调整的数据框以下两种办法的思路本质是一样的：把数据框a中的行名抽出来成为独立的一列，加到原始数据框a的最前面成为新的第一列（1）第一种解决方法adjustdata<-function(data){data<-cbind(rownames(data),data)}#自定义一个叫做adjustdata的函数，这两行代码直接照

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:38

R语言 | gset的数据结构

目录experimentDatagset[["GSE18864_series_matrix.txt.gz"]]=gset[[1]]experimentData这里的信息都是描述性的信息实验描述性信息，用experimentData函数提取。edata<-experimentData(gset[[1]])assayData是表达数据，我们可以提取出来。#两种方法提取表达矩阵exprSet<-expr

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:38

R语言 | xlsx包的安装（附链接：java环境变量的配置与详解）

全网最详细教程）_S-D-C-L-Yourn的博客-CSDN博客_java环境变量配置在完成了以上设置后，就可以在RStudio里安装xlsx及其相关的包了：Sys.getenv("JAVA_HOME")#在R语言中完成

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:37

R语言 | 编程中的常见错误

（1）路径名称错误我们在电脑上打开”属性“查看文件的路径，通常都会用“\”符号这个路径是不能直接复制粘贴在R语言代码中的。

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:07

R语言 ggplot报错Removed 1 rows containing missing values (`geom_point()`).

运行ggplot画火山图时，最后给我报了两行提醒，经过我查询资料终于找到了报错的原因。（1）首先是因为我的数据里存在空白，即存在数据都是0的情况，这样通过差异表达分析算出来的pvalue和adj-q都是NA，所以才会报错然后我用一行代码进行了数据清理但是运行后还是继续报错（2）然后我还发现，是因为我设置的x轴和y轴范围没有把所有数据囊括进去，这是我原始设置的值xlim(-8,8)+ylim(0,1

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:07

R语言做生信分析系列（一）—— R软件简单安装

目录1.极简安装2.测试1.极简安装作为初学者，考虑安装在win上的R。1.1.点击下载链接，进入下载页面，点击Download，即可下载.exe文件。如下图所示1.2.在d盘（这里我是c盘，为了避免后面c盘空间不够，最好放在d盘中）中创建R文件夹，将下载的.exe文件放置于R文件夹中，然后双击.exe文件，出现安装界面。如下图所示1.3.分别按照下述选项进行选择语言：默认简体中文，确认即可信息：

wangxinRS·2022-12-25 23:36

生信学习——生信人的20个R语言习题（上）（附详细答案解读）

题目目录1.安装一些R包。2.了解ExpressionSet对象，比如CLL包里面就有data(sCLLex)，找到它包含的元素，提取其表达矩阵(使用exprs函数)，查看其大小。3.了解str,head,help函数，作用于第二步提取到的表达矩阵。4.安装并了解hgu95av2.db包，看看ls("package:hgu95av2.db")后显示的那些变量。5.理解head(toTable(hg

Dzfly..·2022-12-25 23:05

生信学习——生信人的20个R语言习题（下）（附详细答案解读）

题目目录12.理解统计学指标mean,median,max,min,sd,var,mad并计算出每个基因在所有样本的这些统计学指标，最后按照mad值排序，取top50mad值的基因，得到列表。13.根据第12步骤得到top50mad值的基因列表来取表达矩阵的子集，并且热图可视化子表达矩阵。试试看其它5种热图的包的不同效果。14.取不同统计学指标mean,median,max,mean,sd,var

Dzfly..·2022-12-25 23:05

R语言使用caret包的bag函数拟合bagging多分类算法、使用predict函数和训练好的多分类模型进行预测推理、confusionMatrix函数输出多分类混淆矩阵

R语言使用caret包的bag函数拟合bagging多分类算法、使用predict函数和训练好的多分类模型进行预测推理、confusionMatrix函数输出多分类混淆矩阵（包含许多衍生指标、PPV、NPV

statistics.insight·2022-12-25 23:03

生信 | 细节提升——如何获得一个GSE的平台信息GLP？

方法二：用R语言命令gset[[1]]@annotation这里的gset是我们已经导入进R语言的GSE数据

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:33

《金融数据分析导论：基于R语言》习题答案（第一章）

《金融数据分析导论：基于R语言》是芝加哥大学的教授RueyS.Tsay所著，李洪成、尚秀芬、郝瑞丽翻译，机械工业出版社出版，是一本学习R语言和金融数据分析的很好的参考书籍。

小风清月·2022-12-25 22:39

jupyter notebook配置-解决Anaconda虚拟环境中iRkernel连接失败的问题

iRkernel连接失败：做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。

bamboo_shoot_kk·2022-12-25 17:40

qt 飞扬青云_R语言学习——实例标识符

patientID)用于区分数据中的不同个体，在R中实例标识符(caseidentifier)可以通过数据框操作函数中的rowname选项指定，如下代码：>patientdata>View(patientdata)R语言入门级实例

sesv·2022-12-25 10:02

【手把手陪你学R】用ggplot2包画箱线图

箱线图是什么？箱线图（boxplot），又称箱形图或盒式图，不仅可以展示不同类别数据的平均水平差异，还能展示数据间的极值、离散程度、异常值等信息箱子的中间线，是数据的中位数，反映了数据的平均水平箱子的上下限，分别是数据的上四分位数和下四分位数，箱子包含了50%的数据，其高度在一定程度上反映了数据的离散程度箱子的上方和下方又各有一条线，分别是数据的最大和最小值，而外溢的点则可理解成为异常值第一步安装

Yif18·2022-12-24 20:49

R语言1 创建数据集

创建数据集文章目录创建数据集数据集的概念数据结构向量矩阵数组数据框因子列表数据集的概念数据集通常是由数据构成的一个矩形数组，行表示观测，列表示变量。R中有许多用于存储数据的结构，包括标量、向量、数组、数据框和列表。数据结构向量向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组。标量是只含一个元素的向量,用于保存常量。注：单个向量中的数据必须拥有相同的类型或模式（数值型、字符型或逻辑型）。同一向量中

X__Poppy·2022-12-24 18:39

R语言2 图形初阶

图形初阶文章目录图形初阶图形参数符号和线条颜色文本属性图形尺寸与边界尺寸添加文本、自定义坐标轴和图例标题坐标轴参考线图例文本标注图形的组合图形参数par()eg:#数据：dose<-c(20,30,40,45,60)drugA<-c(16,20,27,40,60)drugB<-c(15,18,25,31,40)opar<-par(no.readonly=TRUE)par(lty=2,pch=17)

X__Poppy·2022-12-24 18:09

R语言建立ARIMA模型预测数据

目录确定研究目的以及确定因变量和自变量数据预处理判断有无缺失值创建时间序列平稳性检验季节性处理白噪声检验模型选取与模型评估最终模型与预测结论确定研究目的以及确定因变量和自变量研究目的：建立ARIMA模型，预测接下来的14天的数值。数据预处理判断有无缺失值发现存在七个缺失值，用对应序列平均值填充，观察缺失值位置，发现数据出现连续缺失，故取数据前后间隔一个点，取两点的平均值填充。创建时间序列以7天为一

辣梨的分析屋·2022-12-24 14:17

mcem r语言代码_R语言中EM算法估计高斯混合模型参数

EM算法leengsmile2016年9月24日EM算法本文档介绍如何在R语言中，通过EM算法，估计高斯混合模型的参数。

Shichun.Z·2022-12-24 14:45

R语言学习笔记——空间面板模型

SpatiallagandDurbinmodelcalucationforstaticanddynamicpaneldata#文件下载：https://datacatalog.worldbank.org/search/dataset/0038272#WorldCountryPolygons-VeryHighDefinitionlibrary(maptools)library(spdep)libra

灿若星辰1107·2022-12-24 14:13

R语言进行模型交叉验证比较

我们建立模型后，需要对模型变量调整比较，得出最优模型，交叉验证为目前评价模型质量的一个比较流行的方法。我们今天使用BOOT包的cv.glm函数来交叉验证，得出最优模型，并和其他指标进行比较。使用的是一个纽约房价的数据（公众号回复：纽约房价数据，可以得到该数据），嫌麻烦的可以在这里下载https://download.csdn.net/download/dege857/86891240，我们先把R包

天桥下的卖艺者·2022-12-24 14:41

R语言结构方程模型（SEM）在生态学领域中的实践应用

结构方程模型（SructuralEquationModel）是一种建立、估计和检验研究系统中多变量间因果关系的模型方法，它可以替代多元回归、因子分析、协方差分析等方法，利用图形化模型方式清晰展示研究系统中变量间的因果网络关系，是近年来地学、生态、进化、环境、医学、社会、经济领域中应用十分广泛的统计方法。然而，自Wright在1920年美国科学院院刊（PNAS）提出第一个通径/路径（PathAnal

WangYan2022·2022-12-24 14:10

R语言的置信区间以及中心极限定理

文章目录学习目标学习内容总体均值的区间估计置信水平--基于R的模拟中心极限定理内容小结学习目标我们所采用的学习内容来自B站的Lizongzhang老师的R语言的学习分享今天学习的主要内容是关于置信水平的理解总体均值的区间估计学习内容下面是学习的主要内容首先第一部分是对

无你想你·2022-12-24 11:01

使用R语言绘制散点图

文章目录学习目标学习内容内容小结学习目标我们所采用的学习内容来自B站的Lizongzhang老师的R语言的学习分享今天学习的主要内容是关于绘制散点图学习内容下面是学习的主要内容直接上代码,大家可以查看视频