r语言ggplot2

R语言—从github上安装包失败解决办法（更换镜像，创建自己的token）

一、使用gibhub安装包：install_github("mdbrown/DecisionCurve",force=TRUE)失败1.注意先install.packages("devtools")加载library("devtools")才能用github安装。2.安装包出现错误，无法打开https链接Errorinutils::download.file(url,path,method=met
zhliy071·2023-01-08 11:37

R语言利用ggplot画图时调整坐标轴字体大小

R的具体代码如下所示：library(ggplot2)acs=read.csv("newJScs.csv",header=T)pdf(file="fig13
阿智智·2023-01-08 10:08

R语言学习记录：sample()函数

sample()函数sample(X,size,replace=T/F)：从数据X中随机抽取size个样本，当replace=T时为放回取样，为F时为不放回抽样。默认无放回抽样，即replace=F，也就是说某个元素一旦被选择，该总体中就不会再有该元素。如果是有放回抽样，则需要参数repalce=T。X可以是数值，可以是字符。>sample(1:10,10,F)[1]67911024385>sam
fancykoi·2023-01-08 08:50

R语言基本数据管理语法

目录一、数据格式1.创建新向量（一维数组）2.创建矩阵（二维数组）3.数组（三维数组）4.数据框（数据库）5.列表二、数据存储与读取2.1存储文件2.1.1csv文件2.2读取文件2.2.1csv文件三、画图一、数据格式1.创建新向量（一维数组）a1print(a1[3,])[1]1112131415>print(a1[,2])[1]271217>print(a1[3,c(2,3)])[1]121
轩Scott·2023-01-08 07:05

R语言 Matrix的使用

注意：本篇文章是源自以下博客，为了方便查看特意做成一篇博客参考博客：R语言初级教程(13):矩阵（上篇）R语言初级教程(15):矩阵（下篇）注：如有侵权，请告之，删之。
Re:fused·2023-01-08 00:12

python 分析两组数据的差异_R语言limma包差异基因分析（两组或两组以上）

使用limma包进行差异基因分析时，做最多的是两分类的，例如control组和disease组，但也会碰到按照序列进行的分组。这时，如果逐一使用两两比较求差异基因则略显复杂。其实开发limma包的大神们已经替我们考虑到。我自己當下limma包的PDF，仔细研读并将代码运行后分享给有需要的同道，相互学习。library(limma)##加载包load("GSE37761exp_groupfile-0
weixin_39928993·2023-01-07 13:50

r语言删除csv中na行_R 利用 limma 包作简单的差异基因分析

下载、整理GEO预处理Matrix文件首先从GEO站点下载GEOmatrixfile数据压缩包，并将其解压到R的当前工作目录。获取表达值矩阵文件打开类似GSEXXXX_series_matrix.txt，然后将文件中每行首位中含有!的行全部删除，只留下从ID_REF开始的数据行，然后将其另存为GSEXXXX_matirx.txt文件。后续通过Excel将其保存为.csv格式文件。读入获取的表达值矩
遗传密码·2023-01-07 13:50

R语言 image.binarization: 包_R语言limma包差异基因分析（两组或两组以上）

使用limma包进行差异基因分析时，做最多的是两分类的，例如control组和disease组，但也会碰到按照序列进行的分组。这时，如果逐一使用两两比较求差异基因则略显复杂。其实开发limma包的大神们已经替我们考虑到。我自己當下limma包的PDF，仔细研读并将代码运行后分享给有需要的同道，相互学习。library(limma)##加载包load("GSE37761exp_groupfile-0
weixin_39658726·2023-01-07 13:49

geo差异表达分析_GEO实操|limma分析差异基因

欢迎关注医科研公众号，这里是白介素2的读书笔记：)跟我一起聊临床与科研的故事,生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO,SEER数据挖掘。
YLinQB·2023-01-07 13:18

R语言避开循环处理数据框离群值的方法

#处理极端值#定义向量极端值处理函数dljdz=function(x){DOWNB=quantile(x,0.25)-1.5*(quantile(x,0.75)-quantile(x,0.25))UPB=quantile(x,0.75)+1.5*(quantile(x,0.75)-quantile(x,0.25))x[which(xUPB)]=quantile(x,0.5)return(x)}将向
Python_YBYB·2023-01-07 13:43

R语言limma包差异表达分析

目录一、数据准备1.数据加载2.做分组信息数据3.表达数据样本ID顺序与样本信息数据匹配二、数据预处理(1)缺失值处理(2)离群值处理(3)数据归一化三、数据探索(1)查看数据是否经过了log2转换(2)查看管家基因的表达量(3)画箱线图查看数据分布(4)PCA图、层次聚类图四、差异表达分析(1)数据准备(2)差异分析及可视化(3)提取差异表达基因一、数据准备1.数据加载#数据表达数据加载exp1
Python_YBYB·2023-01-07 13:09

向量自回归与结构向量误差修正模型

（一）R语言vars包来进行VAR、SVAR和SVECM的建模VAR模型VAR（y,p=1,type=c("const","trend","both","none"),season=NULL，exogen
littlely_ll·2023-01-07 11:24

matlab ols hac,R语言中实现广义相加模型GAM和普通最小二乘(OLS)回归

a+geom_smooth(col="red",method="lm")+这就是“直线方程式”。根据此等式，我们可以从直线在y轴上开始的位置(“截距”或α)开始描述，并且每个单位的x都增加了多少y(“斜率”)，我们将它称为x的系数，或称为β)。还有一点自然的波动，如果没有的话，所有的点都将是完美的。我们将此称为“残差”(ϵ)。数学上是：或者，如果我们用实际数字代替，则会得到以下结果：这篇文章通过考
weixin_39675513·2023-01-07 09:34

ggspatial | ggplot2的地图制作拓展包（1）：如何添加指北针和比例尺

在前面的推文里，小编介绍了R语言的基础绘图系统和tmap工具包绘制地图的方法。ggplot2工具包作为现在最受欢迎的绘图包，其本身绘制地图的功能并不算强大。
R语言学堂·2023-01-07 08:38

近7年上海天气数据抓取和分析（含代码）--分析部分

前言在近7年上海天气数据抓取和分析（含代码）—爬虫部分一文中我们介绍了如何使用R语言对天气网进行爬虫，抓取上海近7年的天气数据，相信大家按部就班的操作文章代码时，应该觉得用R语言爬虫很简单了吧。
Sim1480·2023-01-07 08:55

R语言做线性回归

1.回归的多面性回归类型用途简单线性个量化的解释变量来预测一个量化的响应变量（一个因变量、一个自变量）多项式一个量化的解释变量预测一个量化的响应变量，模型的关系是n阶多项式（一个预测变量，但同时包含变量的幂）多元线性用两个或多个量化的解释变量预测一个量化的响应变量（不止一个预测变量）多变量用一个或多个解释变量预测多个响应变量Logistic用一个或多个解释变量预测一个类别型变量泊松用一个或多个解释
Blackrosetian·2023-01-07 08:50

平稳序列的拟合和预测之序列的预测

目录1.线性预测函数2.预测方差最小原则3.线性最小方差预测的性质AR(p)序列的预测例题R语言预测举例MA(q)序列的预测例题ARMA(p,q)序列预测例题小结序列只有为非白噪声时才可以进行预测哦！！
洋洋菜鸟·2023-01-07 04:35

R语言有极值（EVT）依赖结构的马尔可夫链(MC)对洪水极值分析|附代码数据

阅读全文：http://tecdat.cn/?p=17375最近我们被客户要求撰写关于极值分析的研究报告，包括一些图形和统计输出。为了帮助客户使用POT模型，本指南包含有关使用此模型的实用示例。本文快速介绍了极值理论（EVT）、一些基本示例，最后则通过案例对河流的极值进行了具体的统计分析EVT的介绍单变量情况假设存在归一化常数an>0和bn使得：根据极值类型定理（Fisher和Tippett，19
·2023-01-06 23:54

R语言APRIORI关联规则、K-MEANS均值聚类分析中药专利复方治疗用药规律网络可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30605最近我们被客户要求撰写关于中药专利复方治疗用药规律的研究报告，包括一些图形和统计输出。应用关联规则、聚类方法等数据挖掘技术分析治疗的中药专利复方组方配伍规律方法检索治疗中药专利复方，排除外用中药及中西药物合用的复方。最近我们被要求撰写关于用药规律的研究报告，包括一些图形和统计输出。对入选的中药专利复方进行术语规范化等处理，抽取信息、建立表
·2023-01-06 23:24

R语言：Plot3D包绘制3D等高线图像

文章目录一.数据集及函数二.参数说明2.1数据类型2.2旋转角度2.3背景方框2.4修改颜色2.5设置图例2.6数值范围2.7深度2.9其他参数三.将三维图形与二维图像融合一.数据集及函数volcano:沃特卡诺莫恩加沃(伊登山)是奥克兰火山区内约50座火山之一。该数据集在10米乘10米的网格上提供了相应的地形信息。data("volcano")contour3D(x=NULL,y=NULL,z=
这也是计划的一部分·2023-01-06 22:57

一文看懂用R语言读取Excel、PDF和JSON文件（附代码）

导读：本文将讨论Excel、PDF等文件的读取，以及相应函数的参数设置。作者：刘健邬书豪来源：大数据（ID：hzdashuju）下图总结了主要程序包，希望读者在日常练习和工作中遇到不同格式的文件时，能够瞬间反应出读取该格式所需的包及对应的函数。（限于篇幅，本文未包含图中“平面文档格式”这部分的内容，如果你有兴趣，可以继续关注后续文章。）▲不同格式的数据文件读取所用的R包01readxl：Excel
hzbooks·2023-01-06 20:03

基于R语言、MaxEnt模型融合技术的物种分布模拟、参数优化方法、结果分析制图与论文写作

融合R语言的MaxEnt模型的优势？
思考的小猴子·2023-01-06 17:18

R语言--数据挖掘5---探索性聚类分析

数据分为两个部分，一个是R语言自带的鸢尾花的数据；以及航空公司客户信息的数据air_data.csv介绍原理。主要介绍两种聚类分析的方法，k-means聚类和层次聚类法。案例分析。
小果一粒沙·2023-01-06 11:47

R语言使用epiDisplay包的lroc函数可视化logistic回归模型的ROC曲线并输出诊断表、可视化多条ROC曲线、使用legend函数为可视化图像添加图例、使用col参数指定图例中线条的颜色

R语言使用epiDisplay包的lroc函数可视化logistic回归模型的ROC曲线并输出诊断表（diagnostictable）、可视化多条ROC曲线、使用legend函数为可视化图像添加图例信息
statistics.insight·2023-01-06 09:28

R语言—简介、安装、包（package）的安装与加载

R入门R语言介绍相较于其他的所有软件，R的优势之一在于，它是专为数据分析而设计的，它是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。
大作家佚名·2023-01-05 23:40

R语言学习001

howtoremovepackagesremove.packages("mypackage")2.checktheversionofRR.version或者getRversion()3.checktheversionofpackagepackageVersion("ggplot2
weixin_44231554·2023-01-05 23:39

R语言安装第三方包

一点点学哈比如要安装Hmisc这个包，那么安装的代码就是：install.packages("Hmisc")
呆萌的代Ma·2023-01-05 23:37

R语言安装及包的使用

R语言安装及包的使用1、进入R语言官网https://cran.r-project.org/2、选择相应的系统的R语言下载，我的电脑为windows系统。
小杰亽丶独占你旳英俊·2023-01-05 23:35

R语言缺失值判断与处理mice包-3

引用用R语言填充缺失值mice目录引用1.缺失值填充方法2.mice包介绍3.具体操作3.1观察缺失值3.2多重填补法3.3填补结果3.4分析结果优化3.5模型评估3.6最终结果1.缺失值填充方法删除平均值
小Li先生·2023-01-05 23:03

R语言包安装方法，及优质包推荐

R语言，之所以能成为统计学的“当红炸子鸡”，因为它内置了海量统计函数，使用者可以利用其对数据进行快速的交互分析，在数据分析界是当之无愧的“瑞士军刀”。
科研小行星·2023-01-05 23:03

R语言处理缺失数据的5个常用包

R语言处理缺失数据的5个常用包1.常用缺失数据处理包2.MICE包2.1基本介绍2.2实例展示3.Amelia包3.1基本介绍3.2实例展示4.missForest包4.1基本介绍4.2实例展示5.Hmisc
shlay·2023-01-05 23:01

R语言用逻辑回归、决策树和随机森林对信贷数据集进行分类预测|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=17950最近我们被客户要求撰写关于信贷数据的研究报告，包括一些图形和统计输出。在本文中，我们使用了逻辑回归、决策树和随机森林模型来对信用数据集进行分类预测并比较了它们的性能数据集是credit=read.csv("gecredit.csv", header = TRUE, sep = ",")看起来所有变量都是数字变量，但实际上，大多数都是因子变
·2023-01-05 18:31

R语言多元（多变量）GARCH ：GO-GARCH、BEKK、DCC-GARCH和CCC-GARCH模型和可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30647最近我们被客户要求撰写关于GARCH的研究报告，包括一些图形和统计输出。从Engle在1982发表自回归条件异方差(ARCH)模型的论文以来，金融时间序列数据的波动性就倍受关注。同时，近几年又出现了研究股票市场的波动传递性多市场的多维广义自回归条件异方差模型及其在不同条件下的扩展与变形，它们不仅包含了单变量的波动特性，而且很好的描述了不同
·2023-01-05 18:53

R语言用逻辑回归、决策树和随机森林对信贷数据集进行分类预测|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=17950最近我们被客户要求撰写关于信贷数据的研究报告，包括一些图形和统计输出。在本文中，我们使用了逻辑回归、决策树和随机森林模型来对信用数据集进行分类预测并比较了它们的性能数据集是credit=read.csv("gecredit.csv", header = TRUE, sep = ",")看起来所有变量都是数字变量，但实际上，大多数都是因子变
·2023-01-05 18:53

R语言用贝叶斯层次模型进行空间数据分析|附代码数据

阅读全文：http://tecdat.cn/?p=10932最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯层次模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。在本文中，我将重点介绍使用集成嵌套拉普拉斯近似方法的贝叶斯推理。可以估计贝叶斯层次模型的后边缘分布。鉴于模型类型非常广泛，我们将重点关注用于分析晶格数据的空间模型数据集：纽约州北部的白血病为了说明如何与空间模型拟合，将使用纽约白血病数据集。该数据集记录了普查区纽约
·2023-01-05 18:22

R语言随机波动模型SV：马尔可夫蒙特卡罗法MCMC、正则化广义矩估计和准最大似然估计上证指数收益时间序列

全文链接：http://tecdat.cn/?p=31162最近我们被客户要求撰写关于SV模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文做SV模型，选取马尔可夫蒙特卡罗法(MCMC)、正则化广义矩估计法和准最大似然估计法估计。模拟SV模型的估计方法：sim<-svsim(1000,mu=-9,phi=0.97,sigma=0.15)print(sim)summary(sim)plot(sim)绘制上
·2023-01-05 16:20

R语言如何绘制双向柱形图(12)

1.什么是双向柱形图？双向柱状图（又名正负条形图），使用正向和反向的柱子显示类别之间的数值比较。其中分类轴表示需要对比的分类维度，连续轴代表相应的数值。其实就是由两个不同数据系列的柱形图组成的。在组学数据分析中，双向柱形图，可以很直观的看到，上下调蛋白，注释到该通路下的数量。当然双向柱形图的作用不止如此，下面让我们一起来看看双向柱形图该怎么画吧。2.绘图前的数据准备demo数据可以在https:/
心有灵犀啦·2023-01-05 16:22

Neo4j中使用Cypher语言批量创建中文语句遇到的问题

1、前提  我是采用py2neo工具包，在pycharm中拼接Cypher查询语言，使用graph.run(cypher)往Neo4jBrowser中批量创建节点。其中，字符串cypher是我处理好的拼接语句。（和我在java拼接mysql语句一样，属于是老本行、手艺活了）2、如何确定自己写入的是哪一个数据库  这个问题99%的博文都没有提到，如果你没有写好的话，导入的就是你项目下DBMS的默认的
TerryBlog·2023-01-05 13:42

100个统计学 & R语言学习资源网站

简介原文：统计学&R学习资源作者：CoffeeCat转载于：Coffee学生物统计的地方注：有些链接需要科学上网/较硬的英文阅读能力才能愉快地体验知识/技术带来的快感。1.个人主页、博客、社区、论坛北大李东风中科大张伟平谢益辉(人称谢大大)：统计之都论坛创始人(与之有关的统计之都)统计学资源链接大全：知名统计系、统计学会、统计组织、统计软件、统计期刊的官网（该老师的主页）斯坦福大学统计系：Trev
庄闪闪·2023-01-05 13:44

r语言结构方程模型可视化_混合线性模型——R语言

线性混合模型简介混合线性模型(mixedlinearmodel)是一种方差分量模型。在方差分量模型中，把既含有固定效应，又含有随机效应的模型，称为混合线性模型【信息来源：百度】一般线性模型中仅包含固定效应和噪声两项影响因素，也就是不会考虑随机因素对模型的影响。数据集：R的MASS包中oast数据集数据解释：通过三个品种四个水平的施肥处理，对燕麦进行了小区试验。实验分为6个区块，每个区块分为4个子区
weixin_39636176·2023-01-05 10:05

R语言机器学习 MLR包（以及一个简单的案例实现）

最近在尝试用Rstudio写EnsembleLearning的代码，尝试了mlr（2019年后更新的部分在mlr3中，mlr不再更新）和caret两个包，做点笔记。mlr的功能更集中于机器学习接口（也可以训练自定义的ML模型），而且相比caret，mlr的使用看起来更接近Python的sklearn,对Pythoners比较友好。文章目录0MLR包基础1TaskTask()/make():Cons
Raque_S·2023-01-05 02:23

R语言机器学习系列-随机森林多分类代码解读

多分类问题指的是因变量或者被预测变量是分类变量，且其取值水平有多个水平的情形，比如预测病人糖尿病分期的情形。整个代码大致可以分为包、数据、模型、预测评估4个部分，接下来逐一解读。1、包部分，也就是加载各类包，包括随机森林包randomForest，数据相关包tidyverse、skimr、DataExplorer，模型评估包caret、pROC。2、数据部分，主要是读取数据，处理缺失值，转换变量类
Mrrunsen·2023-01-05 02:21

R语言机器学习mlr3：模型解释

获取更多R语言和生信知识，请欢迎关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记·2023-01-05 02:20

R语言机器学习mlr3：模型评价和比较

获取更多R语言和生信知识，请关注公众号：医学和生信笔记。公众号后台回复R语言，即可获得海量学习资料！
医学和生信笔记·2023-01-05 02:20

R语言机器学习mlr3：嵌套重抽样

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医学和生信笔记·2023-01-05 02:20

R语言机器学习mlr3：简介

获取更多R语言和生信知识，请关注公众号：医学和生信笔记。公众号后台回复R语言，即可获得海量学习资料！目录`mlr3`简介目标群体为什么重写？
医学和生信笔记·2023-01-05 02:49

R语言机器学习mlr3：特征选择和hyperband调参

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医学和生信笔记·2023-01-05 02:49

R语言机器学习mlr3：技术细节

获取更多R语言和生信知识，请欢迎关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记·2023-01-05 02:49

R语言mlr3机器学习实现类平衡-balance

R语言mlr3机器学习实现类平衡-balance1.PipeOpClassBalancing描述R语言代码实现2.PipeOpSmote描述R语言代码实现问题实现mlr3pipelines提供了许多数据预处理的模块
lm_midsummer·2023-01-05 02:18

R语言用关联规则和聚类模型挖掘处方数据探索药物配伍中的规律|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=997最近我们被客户要求撰写关于药物配伍的研究报告，包括一些图形和统计输出。方剂药效与剂量的关系中药不传之秘在于剂量中药配伍规律。拓端数据使用数据挖掘技术对海量的在线医院药物复方历史数据进行智能分析，并从中找出药物配伍的规律业务挑战中医传承过程中，关于生理、病因病机以及疾病的表现和发展规律，都容易记载在书上，也容易理解和传承。然而随着医药科技的不断
·2023-01-04 23:51
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