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生物信息
生物信息
百Jia软件(八):blat
点评blat也是学习
生物信息
需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的,虽然都是局部比对工具,但是blat实现了“多对一”的比对,也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。
基因学苑
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2024-01-10 10:46
如何删除有90%以上一致性的序列
写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对
生物信息
学特别感兴趣,于是想自学
生物信息
学(新手莫怪)。了解到
生物信息
学要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、P
天明豆豆
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2024-01-09 18:40
Python在医疗治疗手段方面】
Python在医疗治疗手段方面有很多应用,以下是一些常见的例子:数据分析和预测:Python可以用于处理和分析大量的医疗数据,如患者病历、医药数据、
生物信息
等。
python无人驾驶 医学芯片
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2024-01-07 09:52
python
开发语言
2022-05-18
CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型
生物信息
学平台的开发,
图灵基因
·
2024-01-07 05:56
利用 bioconda 管理
生物信息
软件
1了解conda,anaconda,miniconda,bioconda套娃1.1condaconda是一个软件模块管理工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理,可以用来管理Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C++,FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多,有点类似于pip工具。conda的用途:快速安装、运行和升级包及
一只小蛮要
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2024-01-07 03:53
生信人的自我修养:Linux 命令速查手册
如果你对
生物信息
学感兴趣,欢迎在公众号或知乎关注我。博客:
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-05 13:27
linux
java
shell
python
大数据
《智能材料与结构系统笔记》
复合材料|||智能材料材料科学的发展特点:超纯化、量子化、复合化、智能化、可设计化材料科学的发展实质上就是材料的复合化和智能化过程材料的智能化,包括材料功能的复合化和材料的仿生化材料的智能化体现在:√
生物信息
化
酌逝
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2024-01-05 03:26
【
生物信息
学】层次聚类过程
文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论 层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法,它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”(dendrogram),其中每个节点代表一个数据点或一组数据点,而连接节点的分支表示聚类的形成过程。 下面是层次聚类的一般原理:距离矩阵计算:首先,计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等
QomolangmaH
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2024-01-04 09:09
人工智能
「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!
摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质
生物信息
学及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《
卖萌哥
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2024-01-04 07:51
生信数据类型
生信是指
生物信息
学,是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。
m1chiru
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2024-01-03 23:39
数据库
ExpHunterSuite
ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的
生物信息
学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因,并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru
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2024-01-03 23:09
学习方法
聚类算法介绍
聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、
生物信息
学等领域都有广泛的应用。
亦旧sea
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2024-01-03 21:06
算法
聚类
支持向量机
个人电子银行的新机会?!
生物信息
木小6
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2024-01-03 05:45
生信人的20个R语言习题-高级
R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样,在
生物信息
学领域
DrKu
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2024-01-02 17:56
R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | (收藏篇)
收藏篇)R语言绘制截断图教程教程视频:R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|(收藏篇)-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台,主要发表或收录
生物信息
学的教程
小杜的生信筆記
·
2024-01-02 08:26
bioconda中国镜像(北外备用,清华已恢复,中科大暂时没恢复)
bioconda是conda上一个分发
生物信息
软件的频道,现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像,下载安装
生物信息
软件速度十分缓慢,经常中断,
生物信息
人迫切需要一个国内镜像。
zd200572
·
2024-01-01 19:24
生物信息
biconda
tuna
mirror
anaconda
序列比对简介1
序列比对是
生物信息
学中非常重要的一部分,它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性,从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起,并逐个字符进行比较。
Bioinfotec
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2024-01-01 10:37
算法
2021-美国驻北京领事馆J1面签保姆教程
大家好,我是5.7日北京使馆上午面签,J1,
生物信息
专业,非CSC资助,具体过程如下:1)多久去合适,排队情况。截止目前,北京使馆基本没有排队,只要提前半小时到就可以,如实在不放心,可提前1小时。
Richard_b0a1
·
2023-12-31 13:12
TBtools | 快速(以分钟计)且准确地获取家族进化分支成员
写在前面
生物信息
数据下游分析,是一个非常复杂,且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因,但凡贴近生物学问题,需要更多生物学视角,甚至是研究人员的直觉。
生信石头
·
2023-12-31 12:04
2023最后一个工作日
2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」,主要发表或收录
生物信息
学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
小杜的生信筆記
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2023-12-30 15:08
R语言精美图形绘制教程
r语言
开发语言
3D热图
热图
热图绘制教程
生物信息学
R语言
——
生物信息
学了解一下
别担心,来到重庆邮电大学
生物信息
学专业上述愿望统统帮您实现!
Yolanda_44ad
·
2023-12-30 09:59
学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分
Anovelimmune-relatedgenesprognosisbiomarkerformelanoma-associatedwithtumormicroenvironment.在文章中作者构建了基于8个IRGs的黑色素瘤预后分类器模型,而且进行了全面的
生物信息
学分析
科研菌
·
2023-12-29 23:21
BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到
//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式(BrowserExtensibleDataformat)是一种在
生物信息
学中广泛使用的文本文件格式
生信小博士
·
2023-12-29 19:10
信息可视化
NVIDIA 英伟达发布H100 GPU,水冷服务器适配在路上
导语1.GPU的价值不止体现在深度学习,在高性能计算、人工智能、
生物信息
、分子模拟、计算化学、材料力学、系统仿真、流体力学、机械设计、生物制药、航空动力、地质勘探、气候模拟等领域,算法越来越复杂,需要处理的海量数据越来越巨大
蓝海大脑GPU
·
2023-12-28 15:20
云鹏农学实习报告
寒假结束,2月25号,我来到了我实习老师赵彦宏老师的办公室,从此开始了我三个月的实习生活;我自己给自己定的目标有三个:1、在校实习三个月,必须完成毕业论文;2、学习到
生物信息
学专业知识,自己可以处理数据
8云8
·
2023-12-27 05:14
Python&aconda系列:conda踩坑总结(deeptools 篇)
base环境第三步,灵活设置优先级第四步,确定要装的软件和哪个版本的python适配,创建环境第五步,激活环境并进入,调取帮助文档查看软件是否安装成功二.conda安装软件与环境管理利用bioconda安装
生物信息
软件安装指定版本的软件使用
坦笑&&life
·
2023-12-26 23:20
#
python
python
conda
开发语言
机器学习中的强学习器:AdaBoost算法详解
错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3
生物信息
学
轩Scott
·
2023-12-26 11:21
机器学习
学习
算法
生物信息
神奇网站系列(十二):机器学习数据集
天天都被媒体的大数据,机器学习,人工智能忽悠,但是常言道“巧妇难为无米之炊”,要实现这些,数据才是重点;有时候想测试一些算法,手头没有现成的测试数据也比较麻烦。不过,加州大学欧文分校提供了一个机器学习的数据集,可以从中下载大量数据,用于机器学习研究。十二:加州大学欧文分校机器学习数据集http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php1、登录网站,可以看到“Welcom
基因学苑
·
2023-12-26 09:34
R语言处理缺失值之naniar包
获取更多R语言和生信知识,请欢迎关注公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享:1.医学小知识、肛肠科小知识;2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等;3.
生物信息
学学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记
·
2023-12-26 06:14
数据分析
r语言
数据分析
数据挖掘
python
解读!测序中的常用名词(转载)
转自欧易生物微信号:利用
生物信息
分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位,尤其是在高通量测序越来越便宜的今天,但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非
生物信息
专业的人抓狂。
M78_a
·
2023-12-26 02:36
这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape(http://metascape.org/)是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的
生物信息
学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
生信宝典
·
2023-12-25 22:07
决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林
主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、
生物信息
学等。前面介绍了超多DCA的实现方法,基本上常见的方法都包括了,代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记
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2023-12-23 21:29
遗传图谱应用分析案例:菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】
遗传图谱遗传图谱(Geneticmap),是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术,对某物种家系样本进行测序,利用
生物信息
学方法,开发SNP分子标记,计算标记间的遗传连锁距离,绘制高密度遗传图谱。
百迈客生物
·
2023-12-23 03:06
生物信息
神奇网站系列(十六):Notebook Gallery
前面我们已经介绍过过不少Gallery,包括R绘图与Python绘图,见下面链接。现在python越来越火了,而JupyterNotebook工具可以极大方便python的学习,可以将代码与执行结果合二为一,非常方便文章的书写。NotebookGallery网站收集大量利用JupyterNotebook书写的文档,方便python学习。十六:NotebookGalleryhttp://nb.bia
基因学苑
·
2023-12-22 23:13
TCR-seq数据分析(一)
该方法诞生的目的就是用
生物信息
学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子,即T细胞受体多样性的检测技术,用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记
·
2023-12-21 13:08
近日二三感悟 -
生物信息
?
第一则-关于
生物信息
入门?image.png第二则-关于
生物信息
就业?image.png文本信息如下分享于20180910这两天可能对外说的话有点多啦。
生信石头
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2023-12-20 15:53
生物信息
学R分析工具包ggkegg的详细使用方法
ggkegg介绍ggkegg是一个用于
生物信息
学研究的工具,可以用于分析和解释基因组学数据,并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维
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2023-12-20 14:22
生信分析-bioinfo
R
r语言
开发语言
ggkegg
2021-01-26基因ID+TMP
基因ID总参考-医学
生物信息
学数据库常用:基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字,是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记
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2023-12-20 00:15
《
生物信息
学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
前言最近在阅读欧剑虹老师《
生物信息
学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用,这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节:1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤
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2023-12-19 19:08
【
生物信息
】一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型
Markov-HMM一阶马尔科夫链和隐马尔科夫模型程序功能:在网上收集50条细胞色素C的核心功能区域碱基序列作为正训练集,然后再收集50条碱基序列作为负训练集。收集一些数据作为测试集,通过一阶马尔科夫和隐马模型对测试集中的序列进行识别。一阶马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段,判别它是否为胞色素C的核心功能区域。(整体判别问题)隐马尔科夫模型:给定一段DNA序列片段,识别细胞色素C的核心功能区域部
上弦同学
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2023-12-19 18:06
FASTA和FASTQ 介绍
参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析:第2节FASTA和FASTQ作者:碱基矿工前言在
生物信息
分析过程中,各种组学(基因、转录、蛋白等)各种数据库,不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001
·
2023-12-19 12:29
支持向量机(SVM):高效分类的强大工具
文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3
生物信息
学
_用户昵称_
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2023-12-19 06:34
机器学习
支持向量机
分类
算法
机器学习
生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装
转录组的组装能够提供丰富的组学信息,是
生物信息
学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤,比对,排序,组装,最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属
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2023-12-18 03:56
在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图(Volcano Plot)
在
生物信息
分析中,火山图常用于转录组、基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。im
维凡生物
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2023-12-17 22:49
基因-疾病数据库/工具大集合
1909~2015年基因发现时间轴,展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究(包括基因组学、
生物信息
学、系统生物学和系统医学)的核心。
尐尐呅
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2023-12-17 15:26
《
生物信息
学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6
这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中,#每一
小潤澤
·
2023-12-16 19:44
【
生物信息
学】scRNA-seq数据分析(一):质控~细胞筛选~高表达基因筛选
文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍 质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境 可使用如下指令:condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt 其中,requirements.
QomolangmaH
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2023-12-16 14:11
数据分析
数据挖掘
匪夷所思
沙发上也没有除庞局之外的衣物纤维或毛发等
生物信息
残留。房间是密闭的,窗户在里面锁死,窗台上没有脚印,门把手上只有空调安装工人的指纹,可见凶手出门前擦拭过门把手。
寒武纪2022
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2023-12-16 10:00
生物信息
学分析领域领先的特制语言环境NGLess(Next Generation Less)介绍、安装配置和详细使用方法
介绍NGLess(NextGenerationLess)是一种用于
生物信息
学分析的领先的领域特定语言(DSL)。
小果运维
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2023-12-15 20:36
生信分析-bioinfo
科学数据分析
NGLess
生信分析
宏基因组学
conda
脚本
分析流程
生信小白Linux入门——安装Linux子系统
因为很多
生物信息
分析软件都是基于Linux,并且系统开源免费,不需要图形界面,有效的节约资源,可以方便高效的处理大批量数据。这是windows做不到的。
张小张__
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2023-12-15 10:21
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