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Linux
生物信息
数据下载两三事
最近在忙于搭建一个小的服务器用作
生物信息
分析。其中些许问题做一个简单的笔记。1数据库放在了Dropbox。外国人真的很喜欢用Dropbox的样子。
yilunanxia
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2024-01-30 00:42
生物信息
工作到底在做什么?
最近很多人在问我,做
生物信息
分析,具体是在做哪方面的工作呢?难不难?每天的工作内容是什么?容易上手吗?先来告诉大家
生物信息
分析到底难不难。
gtt儿_生物信息学习
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2024-01-27 23:45
序列比对之blast在线和本地使用
序列比对(SequenceAlignment)比较两个或两个以上序列的相似性blast(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一种序列相似性比对工具,是
生物信息
分析最常用的一款软件
Nemo_53e9
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2024-01-26 19:10
安装WGCNA的各种方法
相关网络在
生物信息
学应用中得到越来越多的应用。例如,加权基因共表达网络分析是一种用于描述芯片基因间表达相关模式系统生物学方法。加权相关网络分析(WGCNA)可用于寻找高度相关基因的聚类(模块)。
JeremyL
·
2024-01-26 11:16
2021-02-10
第三个问题埋藏在统计学甚至认识论的基石中,逐步会变得性命攸关并可能拆解掉
生物信息
这个行业,那就是如何解决相关性和因果率的巨大冲突,所有
生物信息
从业者都在联系收集到的数据和想解决的生物学问题时,都借用了大量的相关性来证明自己的数据是有用的
我们一起舔过铁栏杆
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2024-01-26 10:58
WDL: 快速编写属于你的分析流程
前言 一般
生物信息
分析流程都包含很多的分析步骤,这些步骤之间的联系也有很多情况。
生信云笔记
·
2024-01-25 21:09
xshell用无线网远程连接linux失败_Linux基础入门 | 服务器集群使用指南
但是,在我们进行
生物信息
学分析时,往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的集群操作方法。
weixin_39781363
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2024-01-25 18:58
业余爱好-
生物信息
学/生物化学/物理/统计学/政治/数学/概率论/AI/AGI/区块链
生物信息
学高等数学—元素和极限-实数的定义高等数学—元素和极限-实数的元素个数高等数学—元素和极限-自然数个数少于实数个数高等数学—元素和极限-无穷大之比较高等数学—元素和极限-级数的收敛高等数学—元素和极限
amingMM
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2024-01-24 16:52
概率论
方便的 Bash 终端技巧大集合
几年前我从事
生物信息
学方面的研究工作。对那些简单的bash命令感到惊讶,他们比我的枯燥脚本快很多。通过学习命令行的快捷方式和脚本帮助我节省了很多时间。
summerbluet
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2024-01-24 14:21
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
3'aTWAS是一个
生物信息
学技术,全称为3'adapter-basedtranscriptome-wideassociationstudy。
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
使用python处理
生物信息
数据(二)
Python学习的第二天。1.处理数据列处理ImageJ测量神经树突长度获得的数据。data=[]#读取neuron_data.txt文件,strip()函数去除文件中每行起始位置的空格和末尾的换行符。forlineinopen('neuron_data.txt'):length=float(line.strip())data.append(length)#data数据的长度n_items=len
你猜我菜不菜
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2024-01-23 08:26
在Python环境中运行R语言的配环境实用教程
前情提要在做一些
生物信息
与医学统计的工作,本来偷懒希望只靠python完成的,结果还是需要用R语言,倒腾了一会儿,调成功了,就记录一下这个过程。
Metaphysicist.
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2024-01-23 07:58
python
开发语言
r语言
生物信息
学导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合
生物信息
分析方法
d5c9c866171f
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2024-01-22 22:29
推荐植物
生物信息
学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
找论文的时候偶然发现的这本参考书,个人感觉内容还挺丰富的,在这里推荐给大家书名是《PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022年出的是最新的一版,全书总共28章第一章UsingGenBankandSRA介绍了genbank和sra数据库的一些内容第二章ScriptingAnalysesofGenomesinEnsemblP
小明的数据分析笔记本
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2024-01-22 17:11
生物信息
学必知必会的Linux/Unix命令
我们之前分享过一篇文章:清华大学
生物信息
学课件资料分享,各位屯资料的小松鼠,有没有认真跟着学习呢?我翻了翻,立马就看到了干货。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
linux
运维
服务器
零代码进行转录组数据分析实战(一):质量控制
生信:
生物信息
分析阶段。数据质控、比对、定量,以及差异表达基因分析等。从本文开始,着眼于生信阶段,开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
生物信息
基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。本文以Fasta/Fastq文件的读写为例,介绍Pysam的用法,详细教程请查看官网。Installpipinstallpysam或者condainstallpysamFastafiles对于Fasta文件,可以实现随机
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
北大公开课-2
生物信息
学历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成,组合小程序完成各个任务一切皆文件避免人机交互,中间不需要输入任何内容能简写绝不写全称
番番番茄小姐
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2024-01-21 18:24
生物信息
学导论-北大-变异的功能预测3(Comparative Modeling)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling,指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放:同源建模HomologyModeling:SWISS-MODEL执行:先在数据库中搜索(i.e.BLAST)找到至少一个
陆沙
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2024-01-21 17:34
生物信息学
生物
生物信息
生物信息
学导论-北大-变异的功能预测2(SAPRED)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题:如何区分致病变异和中性变异?如何预测一个变异是否致病?方法:Conservation-based:SIFTRule-based:PolyPhenClassifier-based:PolyPhen2,SAPREDSAPRED:SingleAmino
陆沙
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2024-01-21 17:04
生物信息学
生物信息
生物
生物信息
学导论-北大-变异的功能预测1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation(胚系突变)来自父母的遗传,是生殖细胞携带的突变,可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation(新发突变)父母本身没有突变,一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见,一般不会带来功能性的问
陆沙
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2024-01-21 17:03
生物信息学
生物
生物信息
生信小工具之:并行解压神器pigz
做
生物信息
的同学会相信你们都会遇到这样的情况:你会遇到成白或者上千的sequencingdata,然后你需要解压它/或者将你一系列的结果进行压缩,然后你使用你熟悉的gunzip或者gzip,将你所需要解压或者压缩的文件一个一个压缩
lakeseafly
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2024-01-21 11:24
MCM备赛笔记——图论模型
图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、
生物信息
学、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图:顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系,如社交网络中的友谊关系。
我我我想出去玩
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2024-01-21 10:47
数学建模
笔记
图论
数学建模
GenTree:基因进化和功能分析
欢迎来到"bio
生物信息
"的世界GenTree是一个集合多种数据的在线数据库。总共涉及的基因有63152个,蛋白质编码基因有20300个。评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。
橙子牛奶糖
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2024-01-19 16:36
三个月自我更新计划(第5周)
1)书籍阅读方面:《
生物信息
学》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节,共5个小节,20页;计划安排7天,每天2-3页或1个小节。
Diamondbacks
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2024-01-19 12:48
序列比对原理
在
生物信息
学研究中,序列比对是一个非常基础的问题,在很多研究中都会用到。
生信自修室
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2024-01-18 05:40
生物信息
百Jia软件(21):hisat2
欢迎订阅WX众号:基因学苑,更多精彩内容等你发掘!基因学苑Q群:32798724编者按现在的软件更新实在太快了,光是转录组用来比对的软件就有很多,bowtie,tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。又得重新学习,好在万变不离其宗,短序列比对如何变化,都离不开基本的规律,因此,学习原理还是很重要的。一、功能分类:转录组短序列比对二、软件官网:ht
基因学苑
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2024-01-17 21:53
学习小组Day1笔记--Xiaofan1991
直到在微信上看到了很多
生物信息
的文章,被其吸引,为其着迷,有
xiaofan1991
·
2024-01-17 10:22
推荐一本
生物信息
学相关在线电子书
我是在找snakemake参考资料的时候找到的这本在线电子书,链接是https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/image.png查了下作者的信息,这个是作者的主页https://eriqande.netlify.app/image.png全书总共29个章节,但是其中某些章节还没有写完image.pngimage.png前面14个章节介绍了linu
小明的数据分析笔记本
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2024-01-16 20:10
研究生生活二三感悟 - 合格的老师?合格的学生?
或者是
生物信息
相关,或者无关或者是软件推广,或者就是TBtools或者干脆就
生信石头
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2024-01-16 16:59
会议 | 宏基因组和
生物信息
学进行病原检测的进展和未来
文献信息文章:Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志:Microbiome时
胡童远
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2024-01-16 07:41
生物信息
学之同源性、相似性、一致性和直旁系同源
作为
生物信息
学中序列分析方面的核心概念,话不多说直接上核心内容:同源性:具有共同进化祖先的两条序列称为同源序列。同源性没有程度之分,要么是同源,要么非同源,高度同源这种说法是错误的。
AIzealot无
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2024-01-16 02:33
生物信息学
序列
生物信息
学及其研究方向与应用
生物信息
学是生物er在AI以及cs时代的出路,所以AI以及生信一定是生物er的出路,21世纪的生物只有和最具生产力的行业结合,才能爆发出生命力,哦不,拿到高薪。
AIzealot无
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2024-01-16 02:32
生物信息学
计算生物学
生物
生物信息
学之序列比对
从事
生物信息
学方面的研究利用了有生产力的CS方面的技术来研究生物领域的内容。当研究基因和蛋白质时,常常涉及到专有名词——序列比对。何为序列比对呢?
AIzealot无
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2024-01-16 02:02
程序猿的基本素养
生物信息学
序列比对
同源序列
科研绘图(四)火山图
火山图是
生物信息
学中常用的一种图表,用来显示基因表达数据的变化。
BZD数模社
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2024-01-15 20:55
科研绘图
python
开发语言
数学建模
绘图
火山图
基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR
分子生物学的基础知识对正确运用
生物信息
学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿
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2024-01-15 17:57
FigDraw 2. SCI 文章绘图必备 R 语言基础
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你70篇原创内容-->公众号关注公众号,桓峰基因,每天更新不停歇
90066456ace6
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2024-01-15 07:04
生物信息
模型
COX回归COX回归模型,又叫做“比例风险回归模型”。该模型以生存结局和生存时间为因变量,分析某些因素对生存期的影响,能分析带有截尾生存时间的资料,并且不需要估计生存资料袋分布类型。可以检查特定因素在特定时间点是如何影响特定事件(例如死亡,感染)的发生率。这个速度通常被称为危险率(HR,hazardratio)。HR>1:危险致病因素;HR1);哪些因素是导致危险率减少的主要因素(HR<1),根据
小潤澤
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2024-01-15 04:52
2022-09-28
癌症基础和转化研究中的大数据,影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:榴莲不酥IF=69.800推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:大数据分析、
生物信息
学和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展
图灵基因
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2024-01-15 04:20
.【机器学习】隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)
概率图模型可以用于机器学习,人工智能,自然语言处理,计算机视觉,
生物信息
学等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到,采
十年一梦实验室
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2024-01-14 06:52
机器学习
人工智能
用R语言随便编一个模拟fasta序列
在
生物信息
学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
小贝学生信
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2024-01-12 22:31
这个工具让你5分钟搞定GSEA分析!还不来看看?
初步的
生物信息
分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数,P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷,不需要安装的在线分析工具。
科研小行星
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2024-01-11 15:56
科研数据库
GSEA
GSEA分析
使用R获取DNA的反向互补序列
我这里只是想结合R语言来解决我们
生物信息
里面的一些小问题,帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'如果大家只是想解决这
生信交流平台
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2024-01-11 10:40
《未来简史》
如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法,我一定会选择考
生物信息
学(青岛大学
生物信息
学要我我没去)。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到
生物信息
学一样。
1379号监听者
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2024-01-11 07:16
非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用
>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在
生物信息
学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。
懒麻蛇
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2024-01-11 02:04
矩阵
机器学习
线性代数
人工智能
【MOOC-
生物信息
学-序列比较】
一、认识序列FASTA格式第一行:“>”+名称或其他注释第二行及以后:字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列,它们很可能有相似的空间结构和生物学功能,即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度(identity):如果两个序列(蛋白质或核酸)长度相同,那么它们的一致
HuangXinyue1017
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2024-01-11 01:16
生物信息学
从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈
R与Python,在
生物信息
学领域的博弈异常激烈。许多生信分析,两个阵营都发展出了自己的方法,比如单细胞数据分析,R有Seurat,Python就有Scanpy。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:22
数据分析
r语言
python
数据挖掘
开发语言
生物信息
学软件:两种风格
生物信息
学目前有两种极为不同的手段:一种是基于网络的工具,另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”,使用这些工具并不需要具备编程知识,可以直接上手使用。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:52
生物信息
学中的可重复性研究
在
生物信息
学领域,这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:50
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