推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

我看了下是2022年出的 是最新的一版，全书总共28章

• 第一章 Using GenBank and SRA

介绍了genbank和sra数据库的一些内容

• 第二章 Scripting Analyses of Genomes in Ensembl Plants

主要介绍了Ensembl Plants这个植物基因组数据库的一些内容

• 第三章CyVerse for Reproducible Research: RNA-Seq Analysis

这个CyVerse我试用了一下，我的理解就是类似于一个云平台，安装好了各种生信工具，我们可以直接上传数据进行分析。需要用教育邮箱注册，注册好以后有100G的空间可以使用。这一章是提供了一个转录组数据处理的一个例子。我试了第一步，从ncbi下载sra格式的数据。全程就是点点点，还挺方便的。

• 第四章Doing Genetic and Genomic Biology Using the Legume Information System and Associated Resources

这一章可能是介绍和豆科植物相关的一些资源工具的，这一章我还没有看

• 第五章Gramene: A Resource for Comparative Analysis of Plants Genomes and Pathways

主要介绍了Gramene这个在线平台。这个平台我还是第一次听说，有时间仔细看看有什么功能

• 第六章CerealsDB: A Whistle-Stop Tour of an Open Access SNP Resource

谷物类作物的一个基因组数据库吧

• 第七章The Barley and Wheat Pan-Genomes

大麦小麦的一些泛基因组的研究情况

• 第八章Basics of Bash

linux操作系统的一些基础命令

• 第九章Pipeline Automation via Snakemake

snakemake 是用来搭建生信数据分析流程的，基于python

• 第十章 SciApps: An Automated Platform for Processing and Distribution of Plant Genomics Data

SciApps 我的理解是云平台，内置了很多分析软件，有时间好好研究一下这个，好像需要借助第三章CyVerse这个工具的存储空间

• 第十一章 Trimming and Validation of Illumina Short Reads Using Trimmomatic, Trinity Assembly, and Assessment of RNA-Seq Data

转录组数据分析

• 第十二章 De Novo Assembly of Linked Reads Using Supernova 2.0

基因组组装相关，还没有仔细看

• 第十三章 Applications of Optical Mapping for Plant Genome Assembly and Structural Variation Detection

光学图谱基因组组装和结构变异检测

• 第十四章 Making a Pangenome Using the Iterative Mapping Approach

泛基因组相关

• 第十五章 Construction of Practical Haplotype Graph (PHG) with the Whole-Genome Sequence Data

单倍型基因组组装

• 第十六章 Visualization Tools for Genomic Conservation

基因组共线性分析可视化的工具

• 第十七章 Annotation of Protein-Coding Genes in Plant Genomes

植物基因组蛋白编码基因注释

• 第十八章 Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes

基因组中的重复序列

• 第十九章 Gene Co-expression Network Analysis

基因共表达网络，这一章写的不是很细致

• 第二十章 Skim-Based Genotyping by Sequencing Using a Double Haploid Population to Call SNPs, Infer Gene Conversions, and Improve Genome Assemblies

这个标题我还没看出来是啥意思

• 第二十一章 Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa

介绍Gigwa这个工具。应该仔细看看

• 第二十二章 Machine Learning for Image Analysis: Leaf Disease Segmentation

机器学习相关，利用图片数据检测病虫害 现在做这方面好像很火爆

• 第二十三章 Analysis of Bisulfite Sequencing Data Using Bismark and DMRcaller to Identify Differentially Methylated Regions

甲基化数据分析相关

• 第二十四章 Long Intergenic Noncoding RNA (lincRNA) Discovery from Non-Strand-Specific RNA-Seq Data

长链非编码RNA

• 第二十五章 Linkage Disequilibrium Statistics and Block Visualization

连锁不平衡分析和数据可视化

• 第二十六章 Analysis of Small RNA Sequencing Data in Plants

植物小RNA数据分析

• 第二十七章 Plant Reactome and PubChem: The Plant Pathway and (Bio)Chemical Entity Knowledgebases

这个之前还没有接触过

• 第二十八章 AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics

这个也没有看懂是什么意思 有时间仔细看看

这本书的pdf版本在网上直接检索书名应该可以找到。

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