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生物信息
miRNA
生物信息
数据分析流程初探(一)
snakemake-qiaseq-mirna流程在github的snakemake-qiaseq-mirna[1]流程中,MiRNA的分析步骤如下:Step1:ReadtrimmingandUMIdetectioncutadapt[2]umi_tools[3]Step2:ReadalignmentStep3:DeduplicationStep4:Readcounting第一步:cloneGithu
生信小木屋
·
2023-10-13 20:18
生物信息学
生物学
python
数据分析
富集分析天花板之ClusterProfiler4
说在前面在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔,想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下,他就是南方医科大学
生物信息
学系主任余光创教授。
生信宝库
·
2023-10-13 15:35
Java工程项目打包成一个安装包从而在电脑上部署
我们都知道
生物信息
其实包含方方面面非实验工作,只是应用在生物中,解决生物学问题。一句话总结:生信是个框,不做实验都往里面装。
沧浪之水v
·
2023-10-13 13:56
甲状腺健康也很重要
甲状腺是内分泌系统的一个重要器官,它和人体其它系统(如呼吸系统等)有着明显的区别,但和神经系统紧密联系,相互作用,相互配合,被称为两大
生物信息
系统,没有它们的密切配合,机体的内环境就不能维持相对稳定。
骐琳
·
2023-10-13 04:14
corrplot包画相关性图详解
主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、
生物信息
学等。
医学和生信笔记
·
2023-10-13 02:05
数据可视化
r语言
python
数据分析
相关性网络图
全流程分析代码|代码一WGCNA分析|全流程分析代码|代码二WGCNA分析|全流程代码分享|代码三4.精美图形绘制教程精美图形绘制教程5.转录组分析教程转录组上游分析教程[零基础]小杜的生信筆記,主要发表或收录
生物信息
小杜的生信筆記
·
2023-10-12 15:52
R语言精美图形绘制教程
信息可视化
r语言
人工智能
开发语言
学习
python笔记——python
生物信息
学数据管理-数据读写
#第二部分#文件neuron_data.txt16.38139.90441.4629.0340.93202.70142.30346.00300.00>>>data=[]>>>forlineinopen('neuron_data.txt'):#for循环逐行读取文件...length=float(line.strip())#去掉空格和换行符,转换为浮点数...data.append(length)#
懒猫古德
·
2023-10-11 22:09
生物信息
学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)
生物信息
学
生物信息
学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录
生物信息
学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺
·
2023-10-11 04:30
生物信息学
生物信息
测序技术
识别 lncRNA相关的生物标志物以提高LUAD预后的准确性(IF5+)
CCT6AandSPOCK1forLungAdenocarcinomaBasedonBioinformaticAnalysisoflncRNA-MediatedceRNANetworkandSampleValidation基于lncRNA介导的ceRNA网络的
生物信息
学分析和样本验证
生信学霸
·
2023-10-10 11:19
序列回帖与multi-mapped reads的处理
通常的解决方法是使用后缀树,在之前的文章中写过方法:后缀树练习实例:从目标串S中查找串T重复次数在
生物信息
中,根据有无已知的基因组信息可以将mapping分成两类。这里只谈m
YangRiriri
·
2023-10-09 04:05
生物信息
RDKit安装和使用
因为做
生物信息
工作需要这个包去计算化学结构的相似性,所以就安装了这个工具包。安装过程中有一点小坑,在这里写出来供大家参考。
一穷二白到年薪百万
·
2023-10-08 02:00
软件安装
python
anaconda
《Bioinformatics Programming Using Python》
《BioinformaticsProgrammingUsingPython》高清电子书微科享想生活本书通过许多例子和练习题,帮助读者简化使用Python的
生物信息
学编程。
高锰酸钾配甲醛_ab83
·
2023-10-07 19:42
使用metaCCA进行单/多个SNP与多表型的典型相关性分析
欢迎来到"bio
生物信息
"的世界新年的第一篇更文。祝大家新春快乐!身体健康!18号回家以后,经历了如下过程。
橙子牛奶糖
·
2023-10-07 12:35
一张思维导图帮你看懂
生物信息
数据来源及产生途径
最近系统的从头到尾学习了一下樊龙江老师出版的
生物信息
学这本书,学习
生物信息
有1年多了,从事医学数据分析6年多了,唯一的感觉就是基础很重要真的很重要,参加了很多的培训班,自己也看过很多的视频,也办过几期的线下培训
菜鸟青盐
·
2023-10-07 07:38
遇到了一次colorspace的测序数据
目前已经是我接触
生物信息
学的第四年了,这里的内容由于学业压力也很久没有更新,现在可以趁着寒假的空闲时间写一写最近遇到的东西。
果蝇饲养员的生信笔记
·
2023-10-06 02:57
计算机算法在
生物信息
学中的应用,
生物信息
学在系统发育分析中的应用(自己原创) - 生物科学 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...
本文综述了系统进化的各种研究方法以及
生物信息
学在其中的应用,并对
生物信息
学中所采用的研究生物进化关系的方法进行了比较,以及分析了
生物信息
学的发展趋势。关键词:系统发育分析;生物信
阿猴HOSEA
·
2023-10-04 12:22
计算机算法在生物信息学中的应用
CCF发布2020-2021中国计算机科学技术发展报告
本《发展报告》包含体系结构、计算机视觉、理论计算机科学、信息系统、网络与数据通信等方向的报告,从碳中和体系结构、视觉-语言交互技术、
生物信息
学组合优化、新一代知识图谱信息系统、Ske
人工智能学家
·
2023-10-03 14:23
大数据
编程语言
机器学习
人工智能
深度学习
【
生物信息
学】Notears Linear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.set_random_seed2.notears_lineara.输入参数b.内部函数_adjc.内部函数_lossd.内部函数_he.内部函数_funcf.函数主体部分3.主程序数据部分展示绘制图n.代码整合一、实验介绍本实验完成了NotearsLinear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计
QomolangmaH
·
2023-10-03 06:14
#
生物信息学
python
numpy
开发语言
【
生物信息
学】使用皮尔逊相关系数进行相关性分析
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.cal_pearson(计算皮尔逊相关系数)2.主程序a.实验1(较强的正相关关系):b.实验2(几乎没有线性相关关系):c.实验3(非常强的正相关关系):d.实验4(斯皮尔曼相关系数矩阵):3.代码整合一、实验介绍本实验主要实现了自定义皮尔逊相关系数进行相关性分析。相关性分析是一种常用的统计方法
QomolangmaH
·
2023-10-03 06:12
#
生物信息学
python
【
生物信息
学】计算图网络中节点的中心性指标:聚集系数、介数中心性、度中心性
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成邻接矩阵simulate_G:2.计算节点的聚集系数CC(G):3.计算节点的介数中心性BC(G)4.计算节点的度中心性DC(G)5.综合centrality(G)6.代码整合一、实验介绍本实验实现了计算图网络中节点的中心性指标,包括聚集系数、介数中心性、度中心性等二、实验环境本系列实验使用了
QomolangmaH
·
2023-10-02 16:12
生物信息学
人工智能
算法
【
生物信息
学】基因差异分析Deg(数据读取、数据处理、差异分析、结果可视化)
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具包1.定义一些阈值和参数2.读取数据normal_data.csv部分展示tumor_data.csv部分展示3.绘制箱型图4.删除表达量低于阈值的基因5.计算差异显著的基因6.初始化结果数据表格7.进行秩和检验和差异倍数计算8.可视化分析9.代码整合一、实验介绍本实验完成了基因差异分析,包括数据读取
QomolangmaH
·
2023-10-02 16:42
生物信息学
深度学习
人工智能
python
【
生物信息
学】使用HSIC LASSO方法进行特征选择
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.读取数据2.划分训练集和测试集3.进行HSICLASSO特征选择4.特征提取5.使用随机森林进行分类(使用所有特征)6.使用随机森林进行分类(使用HSIC选择的特征):7.代码整合一、实验介绍本实验实现了HSICLASSO(Hilbert-SchmidtindependencecriterionL
QomolangmaH
·
2023-10-02 16:42
生物信息学
深度学习
人工智能
python
特征选择
【
生物信息
学】使用谱聚类(Spectral Clustering)算法进行聚类分析
目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成测试数据2.绘制初始数据分布图3.循环尝试不同的参数组合并计算聚类效果4.输出最佳参数组合5.绘制最佳聚类结果图6.代码整合一、实验介绍本实验实现了使用谱聚类(SpectralClustering)算法进行聚类分析二、实验环境本系列实验使用了PyTorch深度学习框架,相关操作如下(基于深度学
QomolangmaH
·
2023-10-02 16:10
生物信息学
算法
聚类
数据挖掘
支持向量机SVM:从数学原理到实际应用
LagrangeMultipliers)KKT条件核技巧(KernelTrick)双重问题和主问题(DualandPrimalProblems)四、代码实现数据预处理模型定义优化器选择训练模型评估模型五、实战应用文本分类图像识别
生物信息
学金融预测客户细分六
TechLead KrisChang
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2023-10-01 13:54
人工智能
支持向量机
算法
机器学习
人工智能
神经网络
深度学习
用计算python两点之间的距离math_自学生信Python(第二天)|计算出两点之间的距离...
计算出两点之间的距离日常旁白:本人是一枚生物学的学生,由于对
生物信息
学特别感兴趣,于是想自学
生物信息
学(新手莫怪)。
weixin_39828859
·
2023-09-30 11:45
C#,生信软件实践(01)——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码
1
生物信息
学简介
生物信息
学(BioInformatics)是研究
生物信息
的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
Trufferover
·
2023-09-29 23:11
C#生信实践
BioInformatics
Recipes
生物信息学
生信
fasta
序列合并
12 STRING蛋白互作数据库
string-db.org/STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库,这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用,也包括蛋白质之间间接的功能相关性除了实验数据外,STRING还包括了利用其它
生物信息
学方法预测得到的结果
油炸椒盐菠萝
·
2023-09-29 17:28
宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集
2020年7月,由欧洲分子生物学实验室欧洲
生物信息
学研究所(EMBL-EBI)领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源:统一的人类胃肠道基因组
尐尐呅
·
2023-09-29 17:14
图表示学习经典方法——GCN&GAE
图表示学习在诸多应用领域都有广泛的应用,如社交网络分析、
生物信息
学、推荐系统等。
深度之眼
·
2023-09-29 16:11
深度学习干货
人工智能干货
粉丝的投稿
图表示学习
RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你88篇原创内容公众号今天就来剖析一下单基因到底怎么做
桓峰基因
·
2023-09-28 23:10
RNA数据分析
数据分析
SCI文章
人工智能
数据挖掘
机器学习
生物信息
学 | 富集分析
主要目标:理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么?一行一行的理解这个代码。#GetcelltypemeanofeachgenecellTypeMeanxff[1]1348154456Levels:134568>ff[1]148154456Levels:134568>new_fnew_f[1]148154456Levels:14568这个的意思就是说,当我们剔除fa
今天也是个妖精头子呀
·
2023-09-28 23:10
生物信息学基础分析
r语言
KEGG 通路富集分析图解
KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG(京都基因和基因组百科全书)数据库是日本京都大学
生物信息
学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的
生物信息
学数据库。
荞麦agan
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2023-09-28 23:05
生物信息学
生物信息学
数据库
数据分析
【
生物信息
学】基因富集分析
目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1.导入必要的库fromscipy.statsimporthypergeomimportnumpyasnpimportpandasasp
QomolangmaH
·
2023-09-28 23:02
生物信息学
python
开发语言
SCS【1】今天开启单细胞之旅,述说单细胞测序的前世今生
点击关注,桓峰基因桓峰基因
生物信息
分析,SCI文章撰写及
生物信息
基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启单细胞之旅,单细胞其实我也算接触较早的项目
90066456ace6
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2023-09-28 20:33
复现《nature communications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图
setwd("F:/
生物信息
学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste
KS科研分享与服务
·
2023-09-28 04:58
GEO生信数据挖掘(一)数据集下载和初步观察
本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据(联网下载)更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在
生物信息
学中常用的
人工智能学术前沿(真)
·
2023-09-27 22:54
生信分析
GEO数据挖掘
基因数据分析
【Bioinfomatics】
生物信息
学名词积累
Motivation臭写代码的最近在搞
生物信息
相关的东西,拿来发现好多单位、名词都不知道是什么。记录一下方便自己和大家学习。单位bp(Basepair):碱基对,用来表示DNA序列的长度。
小丫么小阿豪
·
2023-09-27 21:46
经验分享
通向 CNS 期刊的视觉之旅 |
生物信息
学作图系列教程(一)
拿到数据,不知道如何快速地分析?面对结果,不知道用什么图更好地展示心中的想法?面对CNS期刊优雅的图,心中满是羡慕却不知从何下手?搜索了很多教程,却在安装时就被繁杂的安装步骤以及满屏的版本冲突劝退?众所周知,精美的图能让你的高质量期刊论文更上一层楼。为此,我们整理了一系列精美的作图教程,并配套了每一个教程所对应的环境,让你不但能轻松分析数据,还能一键出图!GOplot:画出差异表达基因富集结果No
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2023-09-26 19:54
2022-10-20晨间日记
今天是什么日子起床:8:20就寝:23:30天气:晴心情:平和纪念日:无任务清单昨日完成的任务,最重要的三件事:听力、文献阅读、英语作业、
生物信息
学作业改进:习惯养成:周目标·完成进度学习·信息·阅读健康
Wendy_0122
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2023-09-26 11:46
高颜值
生物信息
在线绘图工具
http://mp.weixin.qq.com/s/pTHHqxuf0y1MCCCBaZjt9A十一之前,出了一期画图专辑:好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠),这些都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工
生信宝典
·
2023-09-26 04:09
又发现了一本对纯生信友好的期刊
该期刊主要对以下研究领域感兴趣,其中
生物信息
学排在第一位:Bioinfo
SCI狂人团队
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2023-09-26 02:19
在线平台如何做单细胞测序分析全套?有它so easy!
专业
生物信息
学家也懂大家的痛,这不,单细胞测序数据兴起的时代,大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具,方便你我他。来来来,先看看大概长啥样:image.
医科研
·
2023-09-25 23:24
生物信息
学2:VirtualBox & Bio-Linux
前言:上一篇文章讲到了利用Vmware虚拟机加载Bio-Linux,但有的小伙伴表示Vmware无法安装,也未见有效的错误提示,因此推荐第二款常用的老牌虚拟机软件——VirtualBox。1.VirtualBox下载与安装。该软件的安装比较简单,双击后根据提示一步步往下走即可。安装完毕后打开软件。2.导入及配置Bio-Linux(1)依次点击菜单栏的“管理”——“导入虚拟电脑”Figure1导入虚
了尘兰若
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2023-09-25 22:39
一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器
同样的,分析这些数据对物
生物信息
背景的研究人员而言存在诸多困难,这个时候我们就需要一款神器助攻了。先看看大概长啥样,简洁干净清爽的界面,名字就叫SPAR,不是那
医科研
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2023-09-22 17:27
基因组科学数据的安全管理与应用
基因组科学数据的安全管理与应用李茹姣1,张欣1,宋述慧1,王彦青1,邹东1,肖景发1,2,赵文明1,2,章张1,2,鲍一明1,21中国科学院北京基因组研究所(国家
生物信息
中心)国家基因组科学数据中心,北京
唐名威
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2023-09-22 16:39
数据库
大数据
人工智能
数据安全
shiro
pdf合并(python)
importosimportcopyfromPyPDF2importPdfMergertarget_path='D:\\study\\大四上\\
生物信息
\\ppt'pdf_lst=[fforfinos.listdir
u小鬼
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2023-09-22 10:11
utils
pdf
python
蛋白与小分子共价连接的dock方法
主要用到的工具是autodock4,如果对这一工具不是很熟悉的同学,可以先去看一下山东大学的
生物信息
学课程,它会介绍autodock4的图形化界面操作。本教程主要是在Linux系统下的实现方法。由于a
非儒
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2023-09-21 23:49
autodock
linux
python
用于化学和
生物信息
学的开源 Java 库:The Chemistry Development Kit (CDK)
化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和
生物信息
学的免费开源Java库。
六月雨滴
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2023-09-21 23:17
Oracle
java
开发语言
后端
【
生物信息
学】奇异值分解(SVD)
目录一、奇异值分解(SVD)二、Python实现1.调包np.linalg.svd()2.自定义三、SVD实现链路预测一、奇异值分解(SVD)SVD分解核心思想是通过降低矩阵的秩来提取出最重要的信息,实现数据的降维和去噪。ChatGPT:SVD(奇异值分解)是一种常用的矩阵分解方法,它可以将一个矩阵分解为三个矩阵的乘积:U、Σ和V^T。这里,U和V是正交矩阵,Σ是一个对角矩阵。SVD分解的详细过程
QomolangmaH
·
2023-09-21 20:56
Python
人工智能
信息时代下的生命科学
2018年7月21日,团队成员就
生物信息
话题与微分基因专家进行交流学习,并进入实验室亲身感受数据采集过程,深刻了解信息时代下的生命科学。
眀夏
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2023-09-21 13:35
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