ExpHunterSuite

ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的生物信息学工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

DOI: 10.18129/B9.bioc.ExpHunterSuite

ExpHunterSuite的主要功能和组件包括：

1. Feature extraction（特征提取）：通过对样本的基因表达数据进行统计学分析，ExpHunterSuite可以从大量的基因表达数据中提取出差异表达的基因。

2. Annotation（注释）：ExpHunterSuite可以对差异表达基因进行功能注释，包括基因本体（Gene Ontology）注释、通路注释和蛋白质互作网络注释等。这些注释信息有助于理解差异表达基因的生物学功能和调控机制。

3. Enrichment analysis（富集分析）：ExpHunterSuite可以对差异表达基因进行功能富集分析，包括富集通路、富集基因本体等。这有助于发现与特定生物学过程或疾病相关的基因集合。

4. Visualization（可视化）：ExpHunterSuite提供了多种可视化工具，用于将结果以图表或图形的形式展示，帮助用户直观地理解分析结果。

ExpHunterSuite适用于各种基因表达数据分析的研究领域，包括基因表达谱、转录组、芯片数据、单细胞RNA测序等。它提供了一种高效、灵活、可靠的工具套件，使研究人员能够更好地理解基因表达数据并发现与特定生物学问题相关的信息。

ExpHunterSuite 使用已建立的 *R* 包并结合其结果，实现了用于分析转录数据的综合协议。它涵盖了RNA-seq数据的DEG检测、CEG检测和功能分析的所有关键步骤。它已被实现为包含可交互运行的函数的 R 包。此外，它还包含包装函数的脚本，可以直接从命令行运行。、

引文：Perkins J, Seoane Zonjic P, Moreno Jabato F, Córdoba Caballero J, Rojano Rivera E, Bautista Moreno R, Claros M, Gonzalez Gayte I, García Ranea J (2022). ExpHunterSuite: Package For The Comprehensive Analysis Of Transcriptomic Data. R package version 1.4.0.

安装
要安装此软件包，请启动 R（版本“4.2”）并输入：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ExpHunterSuite")

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动 R 并输入：

 

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