单细胞

微小而精致的原生生物——草履虫

根据我们之前的学习，你多多少少也应该有一些了解，最开始也就是古菌域以及真核生物域，然后慢慢发展到原生生物，然后再到真核单细胞，再到真核多细胞，最终就到了开花植物骡子与被子，这是整个植物的发展历程，那么，

Le0nard0·2025-07-27 21:37

【文献简报】Cumulus 为大规模单细胞RNA测序提供云数据分析

单细胞数量越来越多，上云分析成了必不可少的道路，单细胞大数据分析是未来的趋势，大规模平行的单细胞和单核RNA测序为健康和疾病中的系统组织图谱开辟了道路，但是随着数据生成规模的不断增长，对用于规模化分析的计算途径是迫切需要的

六博说·2025-07-26 05:52

7+纯生信范文，针对肿瘤中某一类细胞，进行了WGCNA+分型+单细胞+建模分析，内容充实，值得模仿！

生信小课堂影响因子：7.3研究概述：透明细胞肾细胞癌（(Clearcellrenalcellcarcinoma,ccRCC)是一种常见的肾癌亚型，复发和预后不良的倾向性高，其肿瘤微环境复杂，显著影响肿瘤进展和免疫治疗反应。近年来研究发现肿瘤浸润性B淋巴细胞（TIL-Bs）可能在ccRCC中具有促肿瘤作用，这与已知的B细胞在多种恶性肿瘤中抗肿瘤反应有所不同，值得深究，可为ccRCC的TME提供新的见

生信小课堂·2025-07-25 07:50

2022-12-28

除此之外，这些微小的单细胞生物还会影响大气中二氧化碳的含量，继而影响地球的温度和海底矿物的形成。海洋病毒和单细胞生物之间的平衡导致了今天地球的气候环境

Eltonpeople·2025-07-24 15:59

植物的多样性

老师上课给我们看了一些苔藓的标本，让我们记了苔藓是单细胞，没有叶脉，也没有输导组织，也没有导管。有根，只不过它的根是假根，只能起支撑的作用。他是如何来繁衍呢？他是用孢子来翻译。

6a88b1f84f5b·2025-07-23 03:09

scanpy保存图片的常用方法汇总

在使用Scanpy（一个用于单细胞RNA测序数据分析的Python库）时，保存图片（如可视化结果）是常见的操作。

Bio Coder·2025-07-10 15:23

空间转录组benchmark 相关读完scGPT spatial 和空间单细胞基因乳房细胞数据集文章之后

文章目录✅空间转录组测序方式总体划分成像型空间转录组（Imaging-basedST）原理：技术代表&特点：优点：局限：测序型空间转录组（Sequencing-basedST）原理：技术代表&特点：优点：局限：成像型vs测序型空间转录组对比表✅回到你问的SpatialHuman30M构建策略理解：总结你的问题：✅①**NeighborhoodEnrichmentAnalysis：空间邻近富集分析*

victory0431·2025-06-24 07:19

scanpy读取10x单细胞数据

做单细胞或空间组课题时经常会需要导入文献中的单细胞数据作为参考，市面上最常见的格式又以10xgenomics为主要代表，通常包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz（或者genes.tsv.gz

木与长清·2025-06-16 12:23

你会写 Emacs 命令吗？

譬如，你所写的每个Lisp表达式，CPU可对其求值，于是单个表达式即可为程序，就像地球上最早的生命体——单细胞生物以及后来的多细胞生物。

·2025-06-05 20:08

seurat v5更新及样本整合方法

目录seuratv5的去批次方式①pbmc单细胞数据②SeuratV5多种去批次进行合并分组数据进行去批次CCA降维harmony降维Analysis,visualization,andintegrationofVisiumHDspatialdatasetswithSeurat

感性逻辑·2025-05-31 03:55

全网最详细Seurat v5 流程复现(拿来即用)

文章目录前言一、SeuratV4和SeuratV5的比较二、标准化流程1.引入库2.设置默认工作路径3.批量读取单细胞数据4.批量计算每个样本的线粒体和红细胞的比例(质控---线粒体,红细胞,核糖体)5

莘薪·2025-05-31 03:24

一种有趣的方式介绍“标签预测任务”

1.场景设定：细胞界的《创造营》想象你是一档名为《细胞101》的选秀节目导演，海选现场来了成千上万个细胞选手（单细胞数据）。

不秃的卤蛋·2025-05-24 20:55

Fura Red AM，Cell Permeant钙离子探针使用说明

一、试剂描述FuraRed是一种可见光激发的Fura-2类似物，与单波长激发、绿色荧光的钙离子探针（比如：Fluo-8）联合使用时，可通过显微光度术、成像来比率法测定单细胞内的Ca2+水平。

强化生物实验室·2025-05-16 18:34

常见生信分析

转：https://mp.weixin.qq.com/s/fe9aZsgb-2U_s9Nvm4ImkA内容概览文章主要分为以下几个部分：TCGA数据挖掘GEO数据库挖掘单细胞全流程数据分析空间转录组分析多组学整合分析影像组学分析医学临床数据库介绍孟德尔随机化分析

请你喝好果汁641·2025-05-16 01:29

【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数

这里要展示的单细胞marker基因平均表达量热图，按理来说有很多教程，可是有些小伙伴在热图注释、顺序调整、热图美化上面晕头转向，所以我们熬点夜解决这个问题。[图片上传中...(image-96eed

TS的美梦·2025-05-05 19:19

Visium HD 空间转录组分析探索之--细胞类型注释（RCTD解卷积）

前面一节经过基础分析后，我们得到了8umbin单细胞降维聚类结果，接下来就可以对上述降维聚类后的结果进行细胞类型注释了，细胞类型注释不管单细胞还是空间转录组都是非常重要的一步，如果对于细胞类型注释不准确

生信大杂烩·2025-04-25 05:38

科研绘图系列：R语言单细胞数据常见的可视化图形

文章目录介绍加载R包数据下载导入数据数据预处理图1图2图3图4图5图6系统信息参考介绍单细胞数据常见的可视化图形因为本教程是单细胞数据，因此运行本画图脚本需要电脑的内存最少32Gb加载R包library

生信学习者1·2025-04-18 11:17

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装数据预处理与质控（线粒体基因比例计算、QC图表生成）标准化与高变基因筛选PCA/UMAP降维与聚类分析差异表达分析模块自动化输出PNG可视化图表（质控小提琴图、UMAP

生信与基因组学·2025-04-18 03:30

2025.04.08【工具探索】| SC3：交互式聚类分析的新纪元

1.2SC3的主要功能2.SC3的安装方法：轻松步入单细胞数据分析的大门2.1安装R语言环境2.2安装SC3包2.3安装依赖包3.SC3常用命令：掌握高效数据分析的钥匙3.1数据预处理3.2特征选择3.3

穆易青·2025-04-13 15:10

2025.04.10【工具分享】| DropletUtils：高效UMI质量控制与模拟工具解析

文章目录1.DropletUtils工具简介：单细胞测序数据分析的得力助手1.1单细胞测序技术的重要性1.2DropletUtils的特点1.3DropletUtils的应用场景2.DropletUtils

穆易青·2025-04-10 15:53

linux怎么切换不同版本的r,在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3

在linux中用同一个版本的R同时安装Seurat2和Seurat3Seurat作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。

weixin_39964899·2025-04-09 05:45

生信分析服务MR孟德尔随机化单细胞测序转录组数据分析网络药理学

将孟德尔随机化（MR）、单细胞测序、转录组数据分析和网络药理学结合，是当前生物信息学领域的前沿方法，尤其在疾病机制解析、靶点发现和药物研发中展现出巨大潜力。

matlabgoodboy·2025-04-06 14:30

lasso模型交替方向matlab_TCGA系列学习笔记（7）建模及模型评价

微信公众号：生信小知识关注可了解更多的教程及单细胞知识。

weixin_39782752·2025-04-05 17:10

单细胞分析（六）——使用seurat进行去批次整合

数据整合概述对两个或多个单细胞数据集的联合分析带来了独特的挑战。特别是，在标准工作流程下，识别存在于多个数据集中的细胞群可能会有问题。

生信小鹏·2025-03-27 12:04

04单细胞分析2025-Ubuntu22.04安装jupyter notebook 和 scanpy环境

创建新的环境scanpy312condacreate-nscanpy312python=3.12查看有几个环境condainfo-econdaactivatescanpy312安装jupyternotebookcondainstall-canacondanotebookjupyternotebook--no-browser安装scanpy$condainstall-cconda-forgescan

lsxybe·2025-03-07 00:07

生物信息数据库开发之单细胞数据库scrna db（一）

单细胞数据库构建优质已整合的单细胞数据库背景知识需求分析数据库类型数据库构建过程优质已整合的单细胞数据库如果读者只想获得一个现成的内容丰富的单细胞数据库加入至自己的PC或linux服务器，可以跳过下面的详细理论教程数据库下载链接

北京生信课堂·2025-02-23 04:18

centos操作系统安装R包单细胞拟时序分析CytoTRACE2

探序基因肿瘤研究院整理作者操作系统为centosstream8，R版本为4.3.3devtools::install_github("digitalcytometry/cytotrace2",subdir="cytotrace2_r")中途出现错误：*installing*source*package‘RcppGSL’...**成功将‘RcppGSL’程序包解包并MD5和检查**usingstag

探序基因·2025-02-20 15:56

基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

探序基因·2025-02-20 15:26

单细胞轨迹分析-monocle包的使用

探序基因肿瘤研究院整理安装：monocle源码下载：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.htmlR版本，4.2.0BiocManager::install("monocle")不过在安装过程中还是报错了：Warning:无法在https://bioconductor.org/packages/3.15/bi

探序基因·2025-02-20 15:26

单细胞分析（11）——scRNA-seq数据整合

单细胞RNA-seq数据整合：SeuratIntegrationandHarmony1.研究背景在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，批次效应（batcheffect）是不可忽视的问题。

生信小鹏·2025-02-16 01:15

R中单细胞RNA-seq分析教程 (6)

引言本系列开启R中单细胞RNA-seq数据分析教程，持续更新，欢迎关注，转发！简介现在，很少有人只进行一次单细胞RNA测序实验并仅产生一份数据。

·2025-02-13 20:18

单细胞数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题

项目场景：使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。

bamboo_shoot_kk·2025-02-11 00:20

单细胞数据h5ad格式转换成seurat

探序基因肿瘤研究院整理比如宫颈癌单细胞文章：Multiomicanalysisofcervicalsquamouscellcarcinomaidentifiescellularecosystemswithbiologicalandclinicalrelevance

探序基因·2025-02-06 04:20

aggr代码 cellranger_单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览

实战演练这个栏目就是带大家从头到尾完整复现单细胞文献分析流程。好了，干货多，屁话少，我们来看实战流程。希望大家能有所收获！

龙宫里的乙民·2025-02-02 07:55

深度学习基因组学+机器学习单细胞分析，当下最火热研究方向！

深度学习已经被广泛应用于基因组学研究中，利用已知的训练集对数据的类型和应答结果进行预测，深度学习，可以进行预测和降维分析。深度学习模型的能力更强且更灵活，在适当的训练数据下，深度学习可以在较少人工参与的情况下自动学习特征和规律。调控基因组学，变异检测，致病性评分成功应用。深度学习可以提高基因组数据的可解释性，并将基因组数据转化为可操作的临床信息。深度学习通过强大的深度神经网络模型从高维大数据中自动

qwmb919·2025-02-02 07:25

单细胞分析基础-第一节数据质控、降维聚类

scRNA_pipeline\1.Seurat生物技能树可进官网查询添加链接描述分析流程准备：R包安装options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")if(!require("BiocManager"))install.packages("BiocManager",update=F,ask=F)options(BioC_mirror="htt

遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-02-02 06:51

【单细胞-第三节多样本数据分析】

文件在单细胞\5_GC_py\1_single_cell\1.GSE183904.RmdGSE183904数据原文1.获取临床信息筛选样本可以参考临床信息rm(list=ls())library(tinyarray

遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-02-01 04:30

【单细胞第二节：单细胞示例数据分析-GSE218208】

GSE2182081.创建Seurat对象#untar(“GSE218208_RAW.tar”)rm(list=ls())a=data.table::fread("GSM6736629_10x-PBMC-1_ds0.1974_CountMatrix.tsv.gz",data.table=F)a[1:4,1:4]library(tidyverse)a$`alias:gene`=str_split(a

遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-01-31 09:20

单细胞-第五节多样本数据分析,打分R包AUCell

文件在单细胞\5_GC_py\1_single_cell\3.AUCell.Rmd1.基因rm(list=ls())load("g.Rdata")2.AUCellhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov

遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-01-31 09:20

bulk-seq数据和单细胞数据的联合分析

作者，EvilGenius随着现在研究的不断深入，越来越多的情况需要我们对多种数据的联合分析，其中在单细胞没有出来之前，普通转录组（bulk-seq）的测序结果是非常多的，也解决了我们很多的生物学问题，

追风少年ii·2025-01-31 09:50

（一）单细胞数据分析——单细胞数据预处理

由于毕业设计是单细胞数据的处理，所以把整个过程所用到的方法进行一个整理，这是第一个部分，对得到的单细胞数据进行质控、降维、聚类等预处理。

Kevin丶大牛·2025-01-31 08:13

利用MetaNeighbor验证重复性和跨物种分群

library(ggplot2)library(MetaNeighbor)library(SingleCellExperiment)library(dplyr)导入数据这里以海豚和两个公开人的PFC脑区单细胞转录组数

木与长清·2025-01-27 14:41

Cell Insight | 单细胞测序技术又一新发现，可用于HIV-1和Mtb共感染个体诊断

国家感染性疾病临床医学研究中心/深圳市第三人民医院张国良团队携手深圳华大生命科学研究院吴靓团队，共同研究得出单细胞测序

尐尐呅·2024-09-16 10:28

用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

本文启发于上周开的单细胞转录组课程，本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲，深入浅出，各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻，最新流程，最新代码，绝对值得学习。

生信宝典·2024-09-15 14:27

9.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：利用多种方法来评估聚类选择的PC基于重要的PC执行单细胞聚类单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经整合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群中存在的不同细胞类型。

denghb001·2024-09-15 02:52

seurat自学笔记1.0 单细胞数据导入

Python读取.h5ad文件importanndataimportpandasaspdadata=anndata.read("/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/adata.h5ad")#adata.X.todense()#将稀疏矩阵转成普通矩阵#X=pd.DataFrame(adata.X.todense())#cell_name=adata.obs.ind

Sanye2022·2024-09-14 01:36

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

时空组专辑数据库文献详解 | 拟南芥叶片单细胞空间转录组图谱

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cellSpaTialEnhancedREsolutionOmics-sequencing

尐尐呅·2024-09-12 12:04

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

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