单细胞基因组学

【AI大模型：前沿】43、Mamba架构深度解析：为什么它是Transformer最强挑战者？

但随着序列长度需求的增长（如128K长文本处理、基因组学超长序列分析），其自注意力机制的O(n2)O(n^2)O(n2)计算复杂度成为难以逾越的瓶颈。

无心水·2025-07-29 05:05

微小而精致的原生生物——草履虫

根据我们之前的学习，你多多少少也应该有一些了解，最开始也就是古菌域以及真核生物域，然后慢慢发展到原生生物，然后再到真核单细胞，再到真核多细胞，最终就到了开花植物骡子与被子，这是整个植物的发展历程，那么，

Le0nard0·2025-07-27 21:37

【文献简报】Cumulus 为大规模单细胞RNA测序提供云数据分析

单细胞数量越来越多，上云分析成了必不可少的道路，单细胞大数据分析是未来的趋势，大规模平行的单细胞和单核RNA测序为健康和疾病中的系统组织图谱开辟了道路，但是随着数据生成规模的不断增长，对用于规模化分析的计算途径是迫切需要的

六博说·2025-07-26 05:52

7+纯生信范文，针对肿瘤中某一类细胞，进行了WGCNA+分型+单细胞+建模分析，内容充实，值得模仿！

生信小课堂影响因子：7.3研究概述：透明细胞肾细胞癌（(Clearcellrenalcellcarcinoma,ccRCC)是一种常见的肾癌亚型，复发和预后不良的倾向性高，其肿瘤微环境复杂，显著影响肿瘤进展和免疫治疗反应。近年来研究发现肿瘤浸润性B淋巴细胞（TIL-Bs）可能在ccRCC中具有促肿瘤作用，这与已知的B细胞在多种恶性肿瘤中抗肿瘤反应有所不同，值得深究，可为ccRCC的TME提供新的见

生信小课堂·2025-07-25 07:50

2022-12-28

除此之外，这些微小的单细胞生物还会影响大气中二氧化碳的含量，继而影响地球的温度和海底矿物的形成。海洋病毒和单细胞生物之间的平衡导致了今天地球的气候环境

Eltonpeople·2025-07-24 15:59

植物的多样性

老师上课给我们看了一些苔藓的标本，让我们记了苔藓是单细胞，没有叶脉，也没有输导组织，也没有导管。有根，只不过它的根是假根，只能起支撑的作用。他是如何来繁衍呢？他是用孢子来翻译。

6a88b1f84f5b·2025-07-23 03:09

逆转录：遗传密码的逆向流动与现代生物学的划时代意义

该过程突破了传统中心法则对遗传物质传递方向的限定，成为基因工程技术体系中获取目的基因的核心策略：通过分离特定mRNA并逆转录生成互补DNA（cDNA），实现了从转录本到遗传蓝图的精准追溯，为功能基因组学研究和遗传操

优宁维生物·2025-07-22 13:34

Python 生物信息学秘籍第三版（四）

机器学习在该领域有着无数的应用，最古老且最为人熟知的应用之一就是使用主成分分析（PCA）通过基因组学研究种群结构。随着该领域的蓬勃发展，还有许多其他潜在的应

绝不原创的飞龙·2025-07-20 14:30

scanpy保存图片的常用方法汇总

在使用Scanpy（一个用于单细胞RNA测序数据分析的Python库）时，保存图片（如可视化结果）是常见的操作。

Bio Coder·2025-07-10 15:23

科学的第五范式：人工智能如何重塑发现之疆

从基于经验的第一范式（描述自然现象），到以理论推演为核心的第二范式（牛顿定律、麦克斯韦方程），再到以计算机模拟为标志的第三范式（气候模型、分子动力学），直至以大数据挖掘为驱动的第四范式（基因组学、高能物理

田园Coder·2025-07-05 16:58

空间转录组benchmark 相关读完scGPT spatial 和空间单细胞基因乳房细胞数据集文章之后

文章目录✅空间转录组测序方式总体划分成像型空间转录组（Imaging-basedST）原理：技术代表&特点：优点：局限：测序型空间转录组（Sequencing-basedST）原理：技术代表&特点：优点：局限：成像型vs测序型空间转录组对比表✅回到你问的SpatialHuman30M构建策略理解：总结你的问题：✅①**NeighborhoodEnrichmentAnalysis：空间邻近富集分析*

victory0431·2025-06-24 07:19

大模型在生物信息学中的应用前景

大模型在生物信息学中的应用前景关键词：大模型、生物信息学、基因组学、蛋白质组学、应用前景摘要：本文将深入探讨大模型在生物信息学中的应用前景。首先，我们将介绍大模型的基础知识，包括其定义、特点和优势。

AI天才研究院·2025-06-21 13:11

scanpy读取10x单细胞数据

做单细胞或空间组课题时经常会需要导入文献中的单细胞数据作为参考，市面上最常见的格式又以10xgenomics为主要代表，通常包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz（或者genes.tsv.gz

木与长清·2025-06-16 12:23

你会写 Emacs 命令吗？

譬如，你所写的每个Lisp表达式，CPU可对其求值，于是单个表达式即可为程序，就像地球上最早的生命体——单细胞生物以及后来的多细胞生物。

·2025-06-05 20:08

seurat v5更新及样本整合方法

目录seuratv5的去批次方式①pbmc单细胞数据②SeuratV5多种去批次进行合并分组数据进行去批次CCA降维harmony降维Analysis,visualization,andintegrationofVisiumHDspatialdatasetswithSeurat

感性逻辑·2025-05-31 03:55

全网最详细Seurat v5 流程复现(拿来即用)

文章目录前言一、SeuratV4和SeuratV5的比较二、标准化流程1.引入库2.设置默认工作路径3.批量读取单细胞数据4.批量计算每个样本的线粒体和红细胞的比例(质控---线粒体,红细胞,核糖体)5

莘薪·2025-05-31 03:24

机器学习在代谢组学、蛋白质组学、微生物组学、基因组学研究中的应用

如果您在从事生物医学方面的研究并且有发顶刊的想法下面这篇内容会给你思路和方法四大专题内容专题一：机器学习在蛋白质组学实践应用专题线上培训专题二：机器学习在代谢组学实践应用专题线上培训专题三：深度学习在基因组学实践应用专题线上培训专题四

MR_WCJ·2025-05-27 23:38

一种有趣的方式介绍“标签预测任务”

1.场景设定：细胞界的《创造营》想象你是一档名为《细胞101》的选秀节目导演，海选现场来了成千上万个细胞选手（单细胞数据）。

不秃的卤蛋·2025-05-24 20:55

Fura Red AM，Cell Permeant钙离子探针使用说明

一、试剂描述FuraRed是一种可见光激发的Fura-2类似物，与单波长激发、绿色荧光的钙离子探针（比如：Fluo-8）联合使用时，可通过显微光度术、成像来比率法测定单细胞内的Ca2+水平。

强化生物实验室·2025-05-16 18:34

常见生信分析

转：https://mp.weixin.qq.com/s/fe9aZsgb-2U_s9Nvm4ImkA内容概览文章主要分为以下几个部分：TCGA数据挖掘GEO数据库挖掘单细胞全流程数据分析空间转录组分析多组学整合分析影像组学分析医学临床数据库介绍孟德尔随机化分析

请你喝好果汁641·2025-05-16 01:29

讲解人工智能在现代科技中的应用和未来发展趋势

医疗诊断：人工智能技术可以帮助医生进行影像诊断和基因组学分析，提高疾病诊断的准确性和效率。人工智能助手：如智能音箱、智能助手等，可

qq_33421488·2025-05-12 13:41

AI服务器通常会运用在哪些场景当中？

AI服务器可以运用在医疗教育当中，用于医学图像分析和基因组学研究等场景中，能够帮助其加速医学研究的速度，并且可以提高医学诊断的准确性，对国家医学领域发

wanhengidc·2025-05-10 09:56

人工智能与生命科学的深度融合：破解生物医学难题，引领未来科技革命

从药物研发到疾病预测，从个性化医疗到基因组学，AI的深度融入不仅加速了生物医学的进步，还在多个领域打破了传统科学研究的局限，开创了新的医学前沿。

跨界科技汇·2025-05-08 16:57

【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数

这里要展示的单细胞marker基因平均表达量热图，按理来说有很多教程，可是有些小伙伴在热图注释、顺序调整、热图美化上面晕头转向，所以我们熬点夜解决这个问题。[图片上传中...(image-96eed

TS的美梦·2025-05-05 19:19

AIGC赋能智慧医疗：从影像诊断到个性化治疗的革命性突破

1.1医疗场景技术挑战医疗环节行业痛点AIGC解决方案影像诊断人工阅片效率低多模态病灶分割与分级系统病历管理结构化程度低语音转文本+智能编码药物研发周期长成本高分子生成与虚拟筛选个性化治疗方案标准化不足基因组学

VI8664956I26·2025-05-02 10:22

Visium HD 空间转录组分析探索之--细胞类型注释（RCTD解卷积）

前面一节经过基础分析后，我们得到了8umbin单细胞降维聚类结果，接下来就可以对上述降维聚类后的结果进行细胞类型注释了，细胞类型注释不管单细胞还是空间转录组都是非常重要的一步，如果对于细胞类型注释不准确

生信大杂烩·2025-04-25 05:38

探索人工智能在医疗诊断中的前沿应用：深度学习助力精准医疗

实时诊断与远程医疗的潜力5.个性化医疗的推动二、深度学习在医学影像识别中的应用1.肿瘤检测与分类2.眼科疾病筛查3.病变识别4.脑部疾病诊断5.骨折检测与评估6.多模态影像融合分析7.自动化报告生成三、深度学习在基因组学中的应用

Thanks_ks·2025-04-20 18:21

科研绘图系列：R语言单细胞数据常见的可视化图形

文章目录介绍加载R包数据下载导入数据数据预处理图1图2图3图4图5图6系统信息参考介绍单细胞数据常见的可视化图形因为本教程是单细胞数据，因此运行本画图脚本需要电脑的内存最少32Gb加载R包library

生信学习者1·2025-04-18 11:17

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装

单细胞Seurat标准分析流程R语言封装数据预处理与质控（线粒体基因比例计算、QC图表生成）标准化与高变基因筛选PCA/UMAP降维与聚类分析差异表达分析模块自动化输出PNG可视化图表（质控小提琴图、UMAP

生信与基因组学·2025-04-18 03:30

2025.04.08【工具探索】| SC3：交互式聚类分析的新纪元

1.2SC3的主要功能2.SC3的安装方法：轻松步入单细胞数据分析的大门2.1安装R语言环境2.2安装SC3包2.3安装依赖包3.SC3常用命令：掌握高效数据分析的钥匙3.1数据预处理3.2特征选择3.3

穆易青·2025-04-13 15:10

2025.04.10【工具分享】| DropletUtils：高效UMI质量控制与模拟工具解析

文章目录1.DropletUtils工具简介：单细胞测序数据分析的得力助手1.1单细胞测序技术的重要性1.2DropletUtils的特点1.3DropletUtils的应用场景2.DropletUtils

穆易青·2025-04-10 15:53

linux怎么切换不同版本的r,在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3

在linux中用同一个版本的R同时安装Seurat2和Seurat3Seurat作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。

weixin_39964899·2025-04-09 05:45

生信分析服务MR孟德尔随机化单细胞测序转录组数据分析网络药理学

将孟德尔随机化（MR）、单细胞测序、转录组数据分析和网络药理学结合，是当前生物信息学领域的前沿方法，尤其在疾病机制解析、靶点发现和药物研发中展现出巨大潜力。

matlabgoodboy·2025-04-06 14:30

lasso模型交替方向matlab_TCGA系列学习笔记（7）建模及模型评价

微信公众号：生信小知识关注可了解更多的教程及单细胞知识。

weixin_39782752·2025-04-05 17:10

r语言 html gif,哈佛教授公开R语言源码，教你用R制作gif动图

原标题：哈佛教授公开R语言源码，教你用R制作gif动图作者RafaelIrizarry是哈佛大学以及theDana-FarberCancerInstitute的应用统计教授，他专注于研究基因组学，并且教授数门数据科学课程

LinuxStory·2025-04-01 05:21

单细胞分析（六）——使用seurat进行去批次整合

数据整合概述对两个或多个单细胞数据集的联合分析带来了独特的挑战。特别是，在标准工作流程下，识别存在于多个数据集中的细胞群可能会有问题。

生信小鹏·2025-03-27 12:04

计算基因组学需要计算机知识吗,生物信息学——计算基因组学的一些参考书

有两个都可以在新浪爱问资料Bioinformatics.For.Dummies.2nd.Ed.2007.pdfAnIntroductiontoBioinformaticsAlgorithms.pdf另外看到Virginia大学的一些课程The2012ComputationalGenomicsCoursehasbeenrescheduledtoNovember28-December4,2012用mo

weixin_39610422·2025-03-18 22:43

edger多组差异性分析_R语言统计分析微生物组数据

我的已有笔记汇总如下：宏基因组学习笔记宏基因组学习笔记2宏基因组笔记(第二章)R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-1)R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-2)https://link.springer.com

weixin_39961636·2025-03-18 16:57

Python在生物信息学中的应用：基因组学与蛋白质组学

摘要：本文主要介绍了Python在生物信息学中的应用，特别是在基因组学和蛋白质组学领域。文章详细讲述了各个原理，并以代码实例展示了实际应用。

PyTechShare·2025-03-17 23:34

专栏问答：公共数据库发表能发表国际学术期刊吗？能够成为本硕博的毕业论文主要研究吗？以NHANES数据库为例

无论是基因组学、流行病学，还是药物研发，公共数据库都提供了海量的数据资源，为研究人员节省了大量的时间和成本。

DAT｜R科学与人工智能·2025-03-08 09:57

生物信息学工作流（Bioinformatics Workflow）：概念、历史、现状与展望？

随着高通量测序技术的普及和生物数据的爆炸式增长，生物信息学工作流在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域中扮演着至关重要的角色。它不仅提高了数据分析的效率，还为生命科学研究提供了新的视角和方法。

lisw05·2025-03-08 06:22

04单细胞分析2025-Ubuntu22.04安装jupyter notebook 和 scanpy环境

创建新的环境scanpy312condacreate-nscanpy312python=3.12查看有几个环境condainfo-econdaactivatescanpy312安装jupyternotebookcondainstall-canacondanotebookjupyternotebook--no-browser安装scanpy$condainstall-cconda-forgescan

lsxybe·2025-03-07 00:07

生物信息数据库开发之单细胞数据库scrna db（一）

单细胞数据库构建优质已整合的单细胞数据库背景知识需求分析数据库类型数据库构建过程优质已整合的单细胞数据库如果读者只想获得一个现成的内容丰富的单细胞数据库加入至自己的PC或linux服务器，可以跳过下面的详细理论教程数据库下载链接

北京生信课堂·2025-02-23 04:18

centos操作系统安装R包单细胞拟时序分析CytoTRACE2

探序基因肿瘤研究院整理作者操作系统为centosstream8，R版本为4.3.3devtools::install_github("digitalcytometry/cytotrace2",subdir="cytotrace2_r")中途出现错误：*installing*source*package‘RcppGSL’...**成功将‘RcppGSL’程序包解包并MD5和检查**usingstag

探序基因·2025-02-20 15:56

基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

探序基因·2025-02-20 15:26

单细胞轨迹分析-monocle包的使用

探序基因肿瘤研究院整理安装：monocle源码下载：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.htmlR版本，4.2.0BiocManager::install("monocle")不过在安装过程中还是报错了：Warning:无法在https://bioconductor.org/packages/3.15/bi