MIMIC-IV数据提取教程

一、获取MIMIC-IV数据库

MIMIC-IV数据库需要申请权限，具体怎么申请我之前的博客发的有:MIMIC数据库申请流程

以最新的MIMIC-IV 2.2版本为例，首先打开页面拖动到最底端：https://physionet.org/content/mimiciv/2.2/

 

直接下载解压下来，这是我们已经获取到了MIMIC数据，接下来就是安装数据库

二、安装PostgreSQL数据库

首先进入PostgreSQL数据库下载的官网：https://www.postgresql.org/download/

我的操作系统是windows，所以选取中间这个

点击这里

我选择的是这个14.9版本的，下载下来

双击下载好的程序

下一步

这里四项全部勾选上

这一步是存放数据的目录，建议不要放在C盘

设置数据库管理员密码，一定要牢记

使用数据库默认的端口号

这一步是设置数据库地区的，默认就行，点击确定安装完成

在搜索中打开SQL shell命令行，输入设置的数据库密码，底下显示postgres=#则数据库已经安装完成

下面就是数据提取

三、数据提取

官方提供了数据提取的代码，网址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

下载解压

这两个文件是我们需要用到的文件

然后打开安装好的PostgreSQL数据库，输入管理员密码

第一步：创建mimiciv数据库

drop database if exists mimiciv;
create database mimiciv owner postgres;

分别输入这两行命令，创建数据库

第二步： 调用脚本创建表

# 进入mimiciv数据库
\c mimiciv
# 调用create.sql脚本创建表，这里是你们存放官方提取数据代码文件夹的位置
\i E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

第三步：加载数据

# 设置mimiciv数据存放路径
\set mimic_data_dir 'E:/MIMIC/mimic-iv-2.2'
# windows下需要设置编码方式为UTF8，否则会报错
\encoding 'UTF8'
# 加载数据，路径修改为load_7z.sql存放的路径
\i E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

注：如果此步骤提示无法打开.7z格式文件，需要下载7zip解压软件并配置系统的环境变量，这里不做过多解释。 

加载数据完成 

数据可视化

我们需要用到Navicat数据可视化工具，破解版的软件教程网上有很多，这里就不再叙述了

建立和PostgreSQL数据库的连接

数据提取完成！

四、导入官方物化视图

视图是数据库的一个概念，它与数据库表的区别就是，视图的数据是要实时查出来的，视图的数据并没有存储在硬盘中。它的优点就是不需要占用硬盘空间（mimic-iv的所有视图会占用将近40G空间），缺点就是每次使用视图都需要先连表把数据查出来（这个过程非常花时间）

# 首先进入数据库
\c mimiciv

将当前目录切换至官方生成视图的代码目录

\cd 'E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/concepts_postgres'

生成函数

\i postgres-functions.sql

生成视图

\i postgres-make-concepts.sql

时间可能会比较长

如有错误，欢迎指教！