cwl管线分装

管线分装分三步：
1、在test.py中或同文件目录下

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--query', type=str) #query是输入的参数
args = parser.parse_args()

程序主体

if __name__ == '__main__':
    path = args.query  #与上边的参数相对应
    res,err = query_runner(path)

2、新建两个文件与test.py同属同一文件夹下
test.cwl

class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.0
$namespaces:
  sbg: 'https://www.sevenbridges.com/'
id: test  #id名必须与label相同
baseCommand:
  - python3  #开启python
inputs:
  - id: query  # ID与prefix必须相同
    type: string? #传入的类型
    inputBinding:
      position: 1  #传入的位置
      prefix: '--query' #传入的参数

  - id: py_file  
    type: File?
    inputBinding:
      position: 0
    default:
      class: File
      path: "/Users/Downloads/test/test.py"  #test.py文件所在的路径
outputs: []
label: test

input.json

{
  "query":"输入的参数"
}

3、测试管线

pip install cwltool
cwltool  --no-container [test.cwl文件路径] [input.json文件路径]