ggplot2 第6页

R语言绘制卡方分布图

我们将使用ggplot2包来绘制图表，并使用stats包来生成卡方分布的数据。#安装和加载必要的包install.pac

领域征途探险·2023-11-23 07:21

R语言编程-Tidyverse 书籍 - 第三章 - ggplot2 包

R最强项就是可视化，而ggplot2是其中最为著名的包3.1ggplot2基本语法ggplot2基于图层化语法：图形是一层一层的图层叠加而成。

Hello育种·2023-11-23 07:57

用PLS和OPLS分析代谢组数据

简介例1.不同品种代谢产物OPLS-DAloadingplot1安装2内置数据介绍代谢物对个体性别的定性响应-PLS执行PLS-DA结果参数解释模型评估常用可视化参数解释ggplot2可视化-loadingplot

吴十三和小可爱的札记·2023-11-22 23:49

箱线图合并散点图拼图

hx2024·2023-11-21 23:22

跟着Nature Communication学作图：R语言ggplot2话点线图展示基因表达量的范围

论文MicrobiomesintheChallengerDeepslopeandbottom-axissedimentshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29144-4#code-availability对应代码链接https://github.com/ucassee/Challenger-Deep-Microbes论文里提供了大部分图的数据和代

小明的数据分析笔记本·2023-11-21 18:39

R语言cox森林图绘制

绘制成表格较为不便，因此可以用森林图进行美化展示R语言中森林图的实现代码较为简单：library(forestplot)library(survival)library(survminer)library(ggplot2

不会生信哟·2023-11-21 13:16

R使用ggplot2绘制等高线图/等距离图

建议稍微有ggplot2基础，不然我推荐用excel其实也能搞定。

纷纷不可诉·2023-11-21 11:03

R语言绘图——数据可视化ggplot2 介绍和主要的参数

R有几种用于制作图形的系统，但ggplot2是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同，ggplot2具有基于图形语法的底层语法，它允许您通过组合独立组件来组合图形。

我是一只科研狗·2023-11-21 08:37

R语言ggplot2气泡图叠加图片的简单小例子

image.png之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦

小明的数据分析笔记本·2023-11-19 07:01

ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

得名原因也许是因为结果图像火山吧一载入R函数包及数据集library(ggplot2)data1,ifelse(data$logFC>1,'UP','DOWN'),'NOT'))2）添加阈值线使用geom_hline

生信补给站·2023-11-19 03:10

【学习笔记】R语言生成GIF动态图

上代码：library(ggplot2)library(gganimate)library(gifski)library(av)theme_set(theme_bw())#臂架1&2角度动态图p<-ggplot

Rickyzhangchanghong·2023-11-13 10:23

生信人的20个R语言习题

1.安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样

生信小白白·2023-11-12 22:59

R绘制优美的地图

Introduction在R语言中，有多个软件包可以用来绘制地图，其中最流行的是ggplot2、sp、maptools和leaflet。

Asa12138·2023-11-12 01:14

使用R语言保存图片为png或pdf文件

ggsave函数是ggplot2包提供的一个非常方便的函数，它可以保存由ggplot2绘制的图形对象。首先，我们需要安装并加载ggplot2包。

CodeByte·2023-11-11 14:24

R语言实操记录——导出高清图片（矢量图）

语言R语言实操记录——导出高清图片（矢量图）文章目录R语言一、起因（废话，可跳过）二、如何在R中导出高清图片（矢量图）2.1、保存为EPS图片格式后转AI编辑2.2、保存为PDF格式（推荐）2.3、用ggplot2

福旺旺·2023-11-06 23:30

ggplot2 图例

p=ggplot(index,aes(x=Site,y=chao1))+geom_boxplot(alpha=1,outlier.size=0,size=0.7,width=0.5,fill="transparent")+theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=0.99,vjust=0.99))+geom_jitter(position=posi

赵会成·2023-11-06 13:36

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图展示甲基化水平

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一

小明的数据分析笔记本·2023-11-06 07:42

ggplot2——坐标系篇

初始图样：library(ggplot2)dt=data.frame(A=1:10,B=c(2,15,6,18,9,7,13,15,10,3),C=c('A','C','A','B','C','D','

Liam_ml·2023-11-06 00:05

ggplot2的坐标轴标度转换

在ggplot2包内有关于标度常用的内置转换。

Nelson_hehe·2023-11-05 22:41

跟着Science学作图：R语言ggplot2散点/连线/95%置信椭圆展示主成分分析结果

论文https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk0989image.png最近朋友圈好多人都在转这个论文，我也找来看了看，论文研究的内容看的还是一知半解。论文用到的数据代码都是公开的，我们可以学习一下其中的代码代码链接https://github.com/James-S-Santangelo/glue_pc今天的图文重复论文中的Figure2aim

小明的数据分析笔记本·2023-11-05 18:29

跟着Nature学作图:R语言ggplot2堆积柱形图完整示例

论文Aglobalreptileassessmenthighlightssharedconservationneedsoftetrapodshttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7#Sec33数据代码链接https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment-今天的推文学习一下推文中的Fi

小明的数据分析笔记本·2023-11-04 13:29

ggplot 修改坐标轴名称

添加xlab、ylab添加labs在标度处（如scale_x_continus）修改来源：https://zhuanlan.zhihu.com/p/92473504library（ggplot2）library

基督徒Isaac·2023-11-04 10:46

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色自定义更改显示的颜色 seurat得到的单细胞数据

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library

生信小博士·2023-11-03 01:15

利用 ggplot2 绘制 Seurat 对象中的 tSNE 或 UMAP 图

Seurat软件自带的绘图函数DimPlot虽然也提供了一些参数来供我们调整图形，但有时仍然有些你希望的功能不太容易实现，比如将细胞聚类分成三组，每一组是一种颜色，利用DimPlot就不容易实现（步骤比较繁琐：需要给细胞的meta.data增加额外的分组标识列，然后用group.by参数来为不同的分组上色）。一种更灵活的方法是把tSNE或者UMAP降维的信息从seurat对象中提取出来，并利用gg

klcola·2023-11-03 01:40

ggplot2绘图-1：柱形图

data<-read.table("R7111114.TRB.clones.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")pdf("top10cdr3aa.pdf")p=ggplot(data[1:10,],aes(x=c(1:10),y=data[1:10,2]*100))+geom_bar(stat="identity")+labs(x="clone",y="Frequ

bio_橡树·2023-11-02 08:17

R可视化——ggplot2包扩展包ggprism介绍

今天给大家介绍一个ggplot2包的扩展包——ggprism包，结合该包可绘制GraphPadprism风格样式图形，具体效果我们看图说话！

科研那点事儿·2023-11-02 07:03

跟着Nature学数据分析：R语言vegan包做主坐标分析（PCoA）并使用ggplot2可视化结果

论文是EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic论文没

小明的数据分析笔记本·2023-11-01 23:47

ggplot2绘制多层注释散点图

欢迎关注R语言数据分析指南本节复现一张图原图如下所示；此图的绘制倒也不难,可以看作为基础散点图+折线图，难点也许在于上方方块的绘制，但是如果熟悉ggplot2中的几何对象倒也很容易找到思路；下面小编就来仔细写一下绘图过程

R语言数据分析指南·2023-11-01 19:22

答读者问~R语言ggplot2添加拟合曲线并给指定点添加注释

image.png昨天收到了公众号一位读者的邮件，今天的推文回答一下开头提到的问题。还是使用昨天推文的示例数据：3个品种小麦种子的7个不同的指标，这7个指标分别是A面积B周长C紧凑度LK长度WK宽度A_coef偏度系数LKG腹沟长度使用周长和面积构建拟合方程首先是读入数据seed<-read.csv("kaggle/Seed_Data.csv",header=T)names(seed)<-c("A

小明的数据分析笔记本·2023-11-01 13:03

【R画图学习2.2】火山图-ggplot篇

library(ggplot2)library(dplyr)library(ggrepel)data=0.5&data$pvalue%通道符来实现。

jjjscuedu·2023-11-01 07:15

scale函数（一）

近期给自己一点时间学习ggplot2,除了思想，具体的操作也得熟悉，本次就从scale函数学。

鱼啸九天·2023-10-30 19:31

R语言绘图-5-条形图（修改坐标轴以及图例等）

0.说明：1.绘制条形图；2.添加文本并调整位置；3.调整x轴刻度的字体、角度及颜色；4.在导出pdf时，如果没有字体，该怎么解决问题；1.结果：2.代码：library(ggplot2)library

@ZyuanZhang·2023-10-30 19:44

pathway富集图2 pathway_bubble_color.r

library(ggplot2)pathway=read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t"

小灰灰want_to_fly·2023-10-30 06:55

R 数据可视化 —— ggpol

前言ggpol是ggplot2的一个扩展包，添加了一些图形。主要可以绘制parliamentdiagrams（议会图），也可以方便的绘制金字塔图，以及箱线图和散点图的混合等。

名本无名·2023-10-30 05:19

ggplot

library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,aes(x=wt,y=mpg))+#设定数据来源和x、y变量geom_point()+#创建散点图labs(title="AutomobileData

七白七白七七白·2023-10-30 00:14

R语言绘制柱状图，饼图，直方图，箱型图，散点图以及使用ggplot2

@[toc]自己构造两份简单的文件test1.csvcareer,age,height,weightdoctor,32,170,110director,24,164,99teacher,43,156,110actor,22,177,93cook,44,166,140test2.csvcareer,gender,age,height,weightdoctor,f,32,170,110doctor,f

Cache_wood·2023-10-29 20:19

ggplot2绘制KEGG富集散点图

散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG富集程度通过richfactor,qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中richfactor指差异表达的基因中位于该pathway条目的基因数目与所有有注释基因中位于该pathway条目的基因总数的比值。Richfactor越大，表示富集的程度越大。qvalue是做过多重假设检验校正之后的pvalue,qvalue的取值范

Seurat_Satija·2023-10-29 18:57

ggplot2图例设置

ggplot2对图例的设置主要为guides()功能下的guide_colorbar()和guide_legend()两个函数：guide_colorbar()函数内部函数参数：参数详解：默认参数作图：

护旗小能手·2023-10-28 21:36

记录Centos安装R语言环境，使用Rmd生成html

yuminstallepel-releaseyuminstallR安装后验证：输入R，如图代表成功安装rmarkdown基础环境包install.packages(“rmarkdown”)install.packages(“ggplot2

柏伦 Belen·2023-10-28 20:19

Coding-and-Paper-Letter（十八）

Coding:1.利用ggplot2做轨迹方向可视化，从仓库名称看，应该是某次组会的报告。

G小调的Qing歌·2023-10-28 13:52

跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/散点图完整示例

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure4dFigur

小明的数据分析笔记本·2023-10-27 16:10

跟着Environmental Research学作图：R语言ggplot2堆积柱形图叠加折线图（1）

论文是Globalburdenoflungcancerattributabletoambientfineparticulatematterpollutionin204countriesandterritories,1990–2019image.png一位公众号读者留言问到下图的实现方法image.png这个图涉及到3个知识点一个是堆积柱形图一个是两条折线图之间填充颜色还有一个是双坐标轴的实现办法这

小明的数据分析笔记本·2023-10-26 18:32

8、科研作图之直方图详解——ggplot2

数据准备假设有200个男性和200个女性的身高数据（这里使用随机函数生成）。#数据准备set.seed(96)df=data.frame(sex=factor(rep(c("F","M"),each=200)),height=c(rnorm(200,170),rnorm(200,165)))head(df)基础语法p=ggplot(df,aes(x=height))p+geom_histogram

做不了杜甫·2023-10-26 07:43

7、科研作图之箱型图详解——ggplot2

二、基本语法1、单组数据library(ggplot2)p=ggplot(ToothGrowt

做不了杜甫·2023-10-26 07:12

R Language Learn Notes

One#installpackageinstall.packages("ggplot2")#loadlibrarylibrary(ggplot2)#update.packages()#vectorv=c

weixin_34211761·2023-10-26 05:00

Plotting PCA

/ggfortify/vignettes/plot_pca.html>install.packages("ggfortify")>library（“ggfortify"){ggfortify}let{ggplot2

董建梅·2023-10-25 20:43

数据可视化需要学习哪些知识

可视化工具：掌握至少一种常用的可视化工具，如Excel、Python的Matplotlib、Seaborn库、R语言的ggplot2库、Tableau等

优游的鱼·2023-10-25 09:55

【R语言】箱线图统计检验线段长度

rm(list=ls())data("iris")library(ggplot2)library(ggsignif)library(ggsci)comp_list=list(c('setosa','versicolor

研究僧小蓝哥·2023-10-24 17:57

R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子

stat_compare_means()首先是做箱线图和小提琴图的代码读入数据df<-read.csv("boxplot_example_1.csv",header=T)head(df)作图library(ggplot2

小明的数据分析笔记本·2023-10-24 09:53

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2散点组合误差线展示响应比（Response ratio）

论文Meta-analysisoftheimpactsofglobalchangefactorsonsoilmicrobialdiversityandfunctionalityhttps://www.nature.com/articles/s41467-020-16881-7#Sec15论文里提供了数据和代码，很好的学习素材这篇论文是公众号的一位读者留言，说这篇论文提供了数据和代码，但是代码比较长

凉亭下·2023-10-24 07:19

推荐频道

ggplot2