ggplot2

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画流程图

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.
小明的数据分析笔记本·2024-01-07 01:51

借助 Chat GPT 绘制高亮柱状图

在询问ChatGPT和Bing搜索后，发现几种解决的办法：直接使用{ggplot2}包中的scale_fill_manual()函数来手动指定柱状图中某根柱子的颜色。
庄闪闪·2024-01-07 00:34

ggplot2绘制经典散点图

了解如何重现著名的gapminder散点图在本教程中，您将学习如何再现由HansRosling开发的世界上最著名的数据可视化之一喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南在此先行拜谢了！！！汉斯·罗斯林（HansRosling）是国际卫生学教授，也是人类进步的发言人。在过去的几十年中，全球世界贫困已大大减少。过去几十年来地球上的生活得到了改善。散点图描绘了2007年人均收入与预期寿命之间的关
R语言数据分析指南·2024-01-05 23:46

跟着PNAS学作图：R语言ggplot2绘制面积图

论文中公布了部分作图代码，作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。论文本地
小明的数据分析笔记本·2024-01-05 16:10

代码+视频，手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析

代码+视频，手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析library(ggrcs)library(rms)library(ggplot2)library(scales)library(
天桥下的卖艺者·2024-01-03 10:38

生信人的20个R语言习题-高级

安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
DrKu·2024-01-02 17:56

R语言手动安装包-以ggplot2为例

呈现这样的页面TheComprehensiveRArchiveNetwork(r-project.org)https://cran.r-project.org/原网址改为（因为这里是ggplot2，所以网址末尾这样结尾
晨打水水水·2024-01-02 12:59

ggplot2回顾(12): 一页多图

library(tidyverse)library(grid)p1%ggplot(aes(x=mpg,y=wt,color=factor(cyl)))+geom_point()p2%ggplot(aes(x=cut,fill=color))+geom_bar(position=position_dodge())p3%ggplot(aes(x=color,y=price))+geom_boxplot
TOP生物信息·2024-01-02 11:57

R语言之数据可视化（第三章Note）

第三章R的绘图系统目录：3-1三大绘图系统简介3-2基本绘图系统之基础知识3-3基本绘图系统之实践3-4基本绘图系统之全局变量3-5Lattice绘图系统之基础知识3-6Lattice绘图系统之实践3-7ggplot2
Ethan_pika·2024-01-01 17:54

可视化系列1 | ggplot2导引

在学习ggplot2之前，你可能是一个绘图小白，那么恭喜你，学习ggplot2将给你打开新世界的大门，让你用一种新的思想去接受数据可视化这个技术，并且对于你未来使用任何可视化工具都得心应手，甚至可以随意
onlybugs·2024-01-01 11:13

pie plot | ggplot2 画饼状图，排序并标注文字

难点，如何保证饼图的顺序？难点2，如何保证饼图顺序和文字顺序一致？解决方法：设置分类变量为因子。1.数据table()|>as.data.frame()获取统计变量，按Freq排序，对Var1和anno转为因子。>datFreqVar1annointron1061812intronintron\n(1061812)intergenic963824intergenicintergenic\n(963
biomooc·2024-01-01 00:36

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

R_handbook_作图专题

ggplot基本作图1条形图library(ggplot2)ggplot(biopics)+geom_histogram(aes(x=year_release),binwidth=1,fill="gray
越吃越胖·2023-12-31 16:29

R: Data visualization: ggplot

Introductionithasfourlayers:1)data2)aesthetics3)geometries4)themeaes()aes=aesthetics--color,size,shapelibrary(ggplot2
610今天长脑子了吗·2023-12-31 15:47

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file
生信与遗传解读·2023-12-31 08:53

彻底解决可视化：中文字体显示「豆腐块」问题！

问题复现#导入必要的包library(ggplot2)#设置主题样式theme_set(theme_minimal(base_size=15))#创建一个简单的折线图ggplot(data=data.frame
qq_21478261·2023-12-31 05:32

ggplot2极简入门

一、基本思想和语法框架基本思想：图形分层是关键，图形叠加靠+来实现基本语法框架如下：ggplot()+#基础图层，不出现图形geom_xxx()|stat_xxx()+#几何图层或统计变化，出现图形facet_xxx()+#分面系统，将某个变量进行分面交换coord_xxx()+#坐标变化，默认为笛卡尔坐标系guides()+#图例调整theme()+#主题设定labs()+#图表标题和坐标轴标题
范垂钦_92be·2023-12-30 15:43

R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图image.png本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧!首先是方块四周的灰色边框这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色，然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果下面是一个简单小例子示例数据image.png代码library(readxl)df5
小明的数据分析笔记本·2023-12-30 02:26

用ggplot2中geom_bar做并行摆放条形图

setwd("C:/Users/chengdehe/Desktop/paper/自动核磁")library(tidyr)library(ggplot2)数据格式########TW=500data<-read.table
chengdehe·2023-12-30 00:01

R语言学习笔记-R包的安装

1.首先在RGui：2.在RStudio的console下：如安装ggplot2包，则：install.packages("ggplot2")生信方面：首先安装：install.packages("BiocManager
生信研究猿·2023-12-29 10:12

【R画图学习21.3】ggplot回归模型

前面在13.1做过一些ggplot的简单拟合曲线和置信区间，今天我们就对ggplot2绘制回归曲线的方法作个汇总学习。
jjjscuedu·2023-12-29 04:01

R 数据可视化 —— ggplot 柱状图/条形图

前言ggplot2中有两种绘制条形图的函数：geom_bar()和geom_col()geom_bar()使条形的高度与每个组中的观察值的数目成正比，或者如果设置了weight参数，则为分组内指定的所有权重变量值之和如果你想直接使用条形图的高度来表示数据中的值
名本无名·2023-12-29 00:41

2019-04-19 R读取csv文件 绘制散点和密度图代码

原csv文件部分截图：字段名R语言绘图首先需要加载包install.package(ggplot2)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(reshape2)#
今年二圆可以到一百吗·2023-12-28 18:27

ggplot2绘制柱形图（2）

ggpolt2有两个函数可以绘制柱形图，一个是昨天介绍的geom_bar（stat_count），另一个是geom_colgeom_bar是对每一组中的样本个数进行计数后画图，柱子的高度代表组内样本的个数。然而在设定stat="identity"这个参数后，该函数就不会对样本进行计数，此时，柱子的高度就是你数据内相应的数值。本文要介绍的是geom_col,该函数是对每个组内不同类型的事件计数后，计
钿璎纍纍佩珊珊·2023-12-28 12:41

R语言|ggtreeExtra包绘制进化树

R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。
维凡生物·2023-12-28 10:47

【R语言科研绘图】--- 柱状图

R语言科研绘图——柱状图柱状图R语言科研绘图——柱状图前言一、柱状图二、使用工具1.所使用的包2.数据特征3.绘图3.1两组均值之间的比较3.2多组均值之间的比较后记前言使用R语言绘制能够发表的图片，ggplot2
生信小鹏·2023-12-28 09:12

FigDraw 6. SCI 文章绘图之箱线图 (Boxplot)

前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2来作图，这期SCI绘图介绍一下箱线图！
90066456ace6·2023-12-28 05:32

【R>>ggplot2】sec.axis第2坐标轴

ggplot2画图展示时，可用sec.axis直接添加标签。
高大石头·2023-12-28 02:40

瓷片图绘制教程，R语言ggplot2绘图笔记

今天分享一个在R语言中利用ggplot2包绘制瓷片图的方法，支持不同分组不同类型等数据合并展示，轻松完成可视化。
生信分析笔记·2023-12-28 00:58

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化
小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图

1.效果图2.预处理及绘图#输入数据>head(dat)Speciescidvariablevalue1setosa1Sepal.Length5.12setosa2Sepal.Length4.93setosa3Sepal.Length4.74setosa4Sepal.Length4.65setosa5Sepal.Length5.06setosa6Sepal.Length5.4#预处理及绘图row.
biomooc·2023-12-26 08:21

R语言绘图练习01 -- 各种类型的饼图

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2023-12-25 13:49

奇奇怪怪的知识又增加了--R语言创建文章流程图

，可以制作流程图的软件很多，今天咱们使用R语言来制作流程图需要用到hgutils包，这是一个很有意思的R包，废话不多说，下面立即开始，先导入R包和数据，library(hgutils)library(ggplot2
天桥下的卖艺者·2023-12-25 05:22

2019-04-19

R1.ggplot22.在R中函数是怎么使用的，如何发现新的函数3.stringsAsFactors=FALSE4.reshape25.melt()turnswidedataintolongdatacast
laughing_4963·2023-12-25 01:04

ggplot2画图的颜色自定义技巧

在ggplot2画图思维中最重要的一点是图层概念（即几何对象）。后面添加的图层就在上面，那么诸如大小和颜色之类的就会有重叠或者是覆盖前面的可能。
newbeeduan·2023-12-24 19:38

R语言ggplot2可视化：分组堆叠条形图，展示不同分组的多个处理数据特征，动态交互式条形图

在实验数据可视化过程中，经常需要对多个样本在多个处理条件下多种指标进行比较，使用下面这种分组堆叠条形图能从多个角度同时展示数据特征。备注：图中横轴以“0”为界左右分为两部分，可以用来表示处理A和处理B，纵轴表示样品，每行条形图中不同颜色分别代表不同类型的指标。今天分享的内容是在R语言中绘制该图的方法，包括数据的整理准备过程，以及绘图所用的代码，所有数据均随机生成，无实际意义。使用R语言中plotl
生信分析笔记·2023-12-24 06:54

upset 绘制

UpSet###最基本的upsetR包,使用方便,但是扩展不方便devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")##complex-upset###UpSet的升级款支持ggplot2devtools
Aech·2023-12-24 03:21

R语言中使用ggplot2绘制散点图箱线图，附加显著性检验

散点图可以直观反映数据的分布，箱线图可以展示均值等关键统计量，二者结合能够清晰呈现数据蕴含的信息。本篇笔记主要内容：介绍R语言中绘制箱线图和散点图的方法，以及二者结合展示教程，添加差异比较显著性分析，绘制如上结果图。加载R包与数据library(ggpubr) library(patchwork) library(ggsci)library(tidyverse)# 使用R语言自带的iris数据集，
生信分析笔记·2023-12-23 07:07

跟着Science学作图：R语言ggplot2画箭头展示变量对主成分的贡献

论文https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk0989image.png最近朋友圈好多人都在转这个论文，我也找来看了看，论文研究的内容看的还是一知半解。论文用到的数据代码都是公开的，我们可以学习一下其中的代码代码链接https://github.com/James-S-Santangelo/glue_pc今天的图文重复论文中的Figure2Bim
小明的数据分析笔记本·2023-12-23 04:02

7.ggplot2——网络图

由于这些复杂性，ggplot2不直接支持网络图。可以通过使用ggraph进行网络可视化。
denghb001·2023-12-23 00:12

RNA-seq下游分析之PCA画图

rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=c("name","condition"))library(ggplot2
ECHO1216·2023-12-22 20:28

跟着JoVE学作图：R语言ggplot2做簇状柱形图并添加显著性标记的完整示例

昨天的推文发出后，好多人留言问如何添加显著性标记，今天的推文介绍下如何在簇状柱形图的基础上添加显著性标记添加显著性标记用到的是ggsignif包中的geom_signif()函数在昨天推文的基础上，如果是利用带重复的原始数据作图，然后利用geom_signif()函数作图的时候我遇到了报错，暂时还不知道如何解决。等找到原因了再来介绍。查找资料的过程中找到了一篇论文image.pnghttps://
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 16:07

R语言的ggplot2+ggforce包绘制散点图并添加分组边界

之前的推文介绍过ggplot2绘图添加椭圆分组边界和圆形分组边界，借助的函数分别是stat_ellipse()ggforce包里的geom_circle()函数今天查找桑基图的资料的时候发现了一份介绍ggforce
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 00:52

【R绘图】当图例映射color/shape等多个属性时，如何修改图例标题？

一般而言，我们修改ggplot2图例标题，常用以下三种方法：+guides(fill=guide_legend(title="NewLegendTitle"))+labs(fill="NewLegendTitle
生物信息与育种·2023-12-21 16:53

R 语言 | 堆积图绘制教程|收藏

绘图##date:2022.0121##author:小杜的生信筆記#堆积图rm(list=ls())library("ggplot2")导入数据decoration-color:initial;">setwd
小杜的生信筆記·2023-12-21 05:16

跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图

论文https://www.pnas.org/content/118/20/e2010588118Deathratesatspecificlifestagesmoldthesexgapinlifeexpectancyimage.png论文本地存储e2010588118.full.pdf很有意思的一篇论文，研究的内容是为什么女生比男生活的时间长（Whydowomenlivelongerthanmen
小明的数据分析笔记本·2023-12-21 03:40

R语言ggplot2绘制中国区域地图并添加河流信息的小栗子

今天的推文来自于公众号读者的投稿，作者RGzxs，编辑排版由小明完成。下面是正文前几天看了几篇闫大佬绘制的中国沿海地区的地图（公众号：R语言数据分析指南），然后试着自己画了一下。大佬的代码里面只有中国主要河流的信息，没有区域河流信息。这几天我在网上找了找资料，将河流信息添加到地图上。山东地图及青岛地图下载因为要画的区域是黄海和胶州湾的地图，所以需要下载一个山东省地图和青岛地图。下载地址：http:
小明的数据分析笔记本·2023-12-21 02:43

R语言|绘制组间差异柱状图

柱状图也是差异可视化图形的一种，今天小编来分享一下组间差异柱状图在R语言中的绘制方法，主要用的是ggplot2包，这个包功能的确很强大。
维凡生物·2023-12-21 01:45

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg是从KEGG获取信息并使用ggplot2和ggraph进行解析、分析和可视化的工具包，结合其他使用KEGG进行生物功能研究的软件包。该工具旨在利用图形语法来可视化KEGG的复杂组件。
小果运维·2023-12-20 14:22
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