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ggplot
可视化学习笔记(二)：
ggplot
2：折线图
既可以对应离散性变量，也可以对应连续型变量当x对应因子变量时，必须使用group=1映射确保数据点属于一个分组；否则可能会报错BOD1<-BODBOD1$Time<-factor(BOD1$Time)
ggplot
100gle
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2020-02-22 06:27
R语言绘制概率密度图
一般而言，在R语言中，可以使用
ggplot
2绘制常见的统计图形，本文的方式稍微有所不同，先介绍lattice如何绘制概率密度图，然后再介绍通过
ggplot
2如何绘制概率密度图。
leengsmile
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2020-02-21 22:17
ggplot
2（4） 用图层构建图像
4.1简介qplot()的局限性在于它只能使用一个数据集和一组图形属性映射，解决这个问题的办法就是使用图层。每个图层可以有自己的数据集和图形属性映射，附加的数据元素可通过图层添加到图形中。一个图层由五个部分组成：数据：必须是一个数据框；一组图形属性映射，用来设定数据集中的变量如何映射到该图层的图形属性；几何对象，用来指定在图层中用哪种几何对象来绘图；统计变换，返回一个包含新变量的数据框；位置调整，
叮叮当当sunny
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2020-02-21 21:00
ggplot
2（3） 语法突破
3.1简介图形图层语法基于Wilkinson的图形语法，并在其基础上添加了许多新功能，使得图形更有表现力，并能完美地嵌入到R的环境中。图形图层语法使得图形的重复更新变得简单——每次只更新一个特征。该语法的价值还在于它从更高的视角审视了图形的构成，它认为图形的每个组件都是可以修改的。因此，这就给了我们一个作图的基本结构框架，使得图形的绘制更为容易。对于特殊的问题，我们还可以利用它很方便地定义新图形。
叮叮当当sunny
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2020-02-21 18:00
PCA的分析
然后分析完后，可视化的操作一般是使用R中
ggplot
等包去实现。
lakeseafly
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2020-02-21 15:58
ggplot
2（2） 从qplot开始入门
2.1简介qplot的意思是快速作图（quickplot）。qplot是一种快捷方式，如果您已习惯于使用基础plot()，则可以使用它。它可以使用一致的调用模式快速创建许多不同类型的图。qplot(x,y,...,data,facets=NULL,margins=FALSE,geom="auto",xlim=c(NA,NA),ylim=c(NA,NA),log="",main=NULL,xlab=
叮叮当当sunny
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2020-02-21 12:00
【r<-数据分析】使用dplyr（1）：介绍与filter操作
准备这部分我们聚焦于如何使用dplyr包，除
ggplot
2的另一个tidyverse核心成员。我们将使用nyclights13数据包解释关键的概念并使用
ggplot
2帮助理解数据。#导入包l
王诗翔
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2020-02-21 12:22
【r<-包】图形沟通：
ggplot
2
准备工作library(tidyverse)#>─Attachingpackages──────────────────────────────────────────tidyverse1.2.1─#>✔
ggplot
23.0.0
王诗翔
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2020-02-21 07:11
ggplot
2（1） 简介
1.1简介
ggplot
2是一个用来绘制统计图形（数据图形）的R软件包，与其他大多数的图形软件包不同，
ggplot
2是由其背后的一套图形语法所支持的。
叮叮当当sunny
·
2020-02-20 13:00
无聊的人用
ggplot
2画篮球场
NBA数据分析中用来描述球员的投篮分布经常会用篮球场加散点图的形式，这样似的那么用R的
ggplot
2能不能做一个简易版的投篮分布图呢？答案当然是肯定的。首先就要解决如何画篮球场。
牧羊的男孩儿
·
2020-02-18 22:54
iPhone 步行数据分析
本文中我将展示如何利用pandas和
ggplot
来分析iPhone的步行数据，我主要利用Rodeo(Yhat's的IDE)来进行数据分析。
Datartisan数据工匠
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2020-02-18 16:51
ggplot
2回顾(8): 标度
其实在看这一章之前，我还不怎么能理解“标度”这个词到底指什么。现在有些想法了，比如将一个离散型变量向颜色这个图形属性做映射，变量有几种值就会选用几种颜色，问题是“用什么颜色？”这就是标度，它被用来完成图形属性映射之后的一些事情。再比如，将一个连续型变量映射给x轴，x轴上面哪些地方有无刻度，x轴的显示范围都需要“标度”来控制。这张图很有用，你能很清楚的知道图形属性和变量类型一定时，默认的标度是什么，
presentlife
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2020-02-18 12:08
ggplot
2|详解八大基本绘图要素
本文首发于微信公众号“生信补给站”，期待您的关注！！！"一张统计图形就是从数据到几何对象(geometricobject,缩写为geom,包括点、线、条形等)的图形属性(aestheticattributes,缩写为aes,包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外,图形中还可能包含数据的统计变换(statisticaltransformation,缩写为stats),最后绘制在某个特定的坐标系(c
生信补给站
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2020-02-18 07:04
Data Science with R in 4 Weeks - Week 1 - Day2
boxplot首先需要安装
ggplot
2这个packageinstall.packages("
ggplot
2")library("
ggplot
2"
慢思考快思考
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2020-02-17 20:34
ggplot
2 style plotting in Python
R是一门数据科学非常好的工具，但是由于一些原因还是需要学习一下其他工具，比如python，python很好，pecificallypandasandthewonderfulscikit-learn。散点图Rggplot(mtcars,aes(x=hp,y=mpg))+geom_point()pythonggplot(mtcars,aes(x='hp',y='mpg'))+\geom_point()
Liam_ml
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2020-02-17 14:17
#方法杂谈#生存曲线分析及绘制(二)
昨天做的生存曲线是黑白的，今天使用
ggplot
2做彩图：#载入ggfortity包后，使用
ggplot
2::autoplot可以做生存彩图：library(ggfortify)library(survival
生信杂谈
·
2020-02-17 01:41
ggplot
2学习笔记系列之主题（theme）设置
凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，
ggplot
2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。
taoyan
·
2020-02-16 13:10
【r<-方案】TCGA表达矩阵长宽格式变换
这里介绍实际处理TCGA表达矩阵数据（同样适用于其他相同格式的数据）时的一个问题，如何把类似矩阵的数据快速变换为支持
ggplot
2绘图的长格式。
王诗翔
·
2020-02-16 03:30
2018-08-22把gglot2默认图变漂亮
一直以为
ggplot
图给出的默认图很丑，后来才觉得这蕴含了大量的智慧，如果一开始就给出漂亮的图，大家就懒的改，将来就会千篇一律。一开始丑一点，后头可以千姿百态、姹紫嫣红。
iColors
·
2020-02-15 22:05
Day14-生信人的20个R语言习题第11-20题-2019-06-23
density，然后画所有样本的这些图参考：http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html理解
ggplot
2
天涯清水
·
2020-02-15 13:00
R语言常用的数据处理的包(1)
dplyr包dplyr包是HadleyWickham(
ggplot
2包的作者，被称为‘一个改变R的人’)的杰作，dplyr可用于处理R内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr专注接受dataframe
z赵云飞
·
2020-02-15 05:30
三种可视化方法，手把手教你用R绘制地图网络图！
下面这篇博客将使用R中的igraph、
ggplot
2或ggraph包来介绍三种在地图上可视化网络图的方法。在对地理位置以及位置的连接关系进行可视化时，还可以在图中展示一些属性。
大数据文摘
·
2020-02-15 03:38
Day9-生信人的20个R语言习题-2019-06-18-未完
语言习题请先看：生信人的linux考试安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：
ggplot
2
天涯清水
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2020-02-14 20:35
生信技能树R语言作业-高级
为达到更好的浏览效果及查看全部图片，可转至RPubs1安装一些R包数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：
ggplot
2rm
Y大宽
·
2020-02-14 19:54
ggplot
2绘制Pathway富集分析气泡图
>library(
ggplot
2)#载入
ggplot
2>pathway=read.table("KEGG.enrichment.txt",,header=T,sep="\t")#读取数据>pathway
Biodata_佰德生物
·
2020-02-14 07:36
[原]深入对比数据科学工具箱：Python3 和 R 之争[2020版]
R从诞生开始就继承了S语言的统计特性，经历了野蛮生长，2009年
ggplot
2和data.table的横空出世大幅提升数据可视分析的效率，极大冲击了数据科学早期市场，要知道当时数据科学还主要被商业软件Excel
HarryZhu
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2020-02-14 00:22
python
r
人工智能
从一个图的实战来升华 R 语言
ggplot
2 可视化技能
首先我是这是我日常逛twitter看到的，然后我又是一个搬运工，放最前面的链接来源：twitter链接：https://twitter.com/FournierJohanie/status/1161454327296339968代码链接：‘bulletgraph’ougraphiqueàpuce涉及的函数readr::read_csvdplyr::glimpse：适合用来查看函数的类信息，没接触过
二货潜
·
2020-02-13 20:29
ggplot
2高级:使用ggproto构建自己的图层(二)
Stat参数一个更加复杂的"stat"会做一些计算。我们可以通过实现一个简单版本的geom_smooth来了解。我们将会创建一个新的图层StatLm（继承自Stat）和一个的图层函数stat_lm():#基于ggproto创建StatLmStatLm<-ggproto("StatLm",Stat,required_aes=c("x","y"),compute_group=function(data
徐洲更hoptop
·
2020-02-13 08:07
2019-10-20 -- 生信人的20个R语言习题详解11-20题
density，然后画所有样本的这些图参考：http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html理解
ggplot
2
程良平
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2020-02-12 13:40
python 可视化笔记
一.pandas包里内置的绘图函数matplotlib.style.use('
ggplot
')#调用风格
ggplot
1.plot()：最基本的绘图函数例子1，Series数据：ts=pd.Series(
何老板
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2020-02-12 02:39
R语言与医学统计图形-【12】
ggplot
2几何对象之条图
ggplot
2绘图系统——几何对象之条图（包括误差条图）1.条图格式：geom_bar(mapping=,data=,stat='count',#统计变换默认计数position='stack',#默认堆栈
生物信息与育种
·
2020-02-11 19:20
R语言与医学统计图形-【20】
ggplot
2图例
ggplot
2绘图系统——图例：guide函数、标度函数、overrides.aes参数图例调整函数guide_legend也属于标度函数，但不能单独作为对象使用，即不能如p+guide_legend(
米源MY
·
2020-02-11 19:19
R语言与医学统计图形-【23】
ggplot
2坐标系转换函数
ggplot
2绘图系统——坐标系转换函数包括饼图、环状条图、玫瑰图、戒指图、坐标翻转。笛卡尔坐标系（最常见）。ArcGIS地理坐标系（地图）。Cartesian坐标系。polar极坐标系。
生物信息与育种
·
2020-02-11 19:00
主成分分析(PCA)基本原理及分析实例
之前我们介绍了使用
ggplot
2作PCA图的方法，本期讲下如何进行PCA分析。主成分分析（PCA）是一种数据降维技巧，它能将大量相关变量转化为一组很少的不相关变量，这些无关变量称为主成分。
生信杂谈
·
2020-02-11 00:36
《
ggplot
2：数据分析与图形艺术》笔记2：从qplot开始入门
1.什么是qplotqplot的意思是quickplot（快速作图），利用qplot我们可以非常方便地绘制各种图形。有时在其他作图系统中需要好几行代码才能搞定的事情，在qplot()中只需要一行代码就可以搞定。通过?qplot()命令查看qplot()的帮助文档：使用方法：qplot(x,y=NULL,...,data,facets=NULL,margins=FALSE,geom="auto",x
曹务强
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2020-02-10 13:36
ggplot
-折线图
ggplot
真的让人上头..............上数据吧折线图数据library(xlsx)library(rJava)library(
ggplot
2)#4月1日h4_1=read.xlsx("C:
多美丽很美丽
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2020-02-09 22:49
R package——dplyr（一）
首先我们先了解一下它的作者，著名的HadleyWickham，其作品包含强大的EDA工具包
ggplot
2，重命名工具包reshape2等……OS：一个“等”字，多少辛苦，多少汗水……通过数据从根本上了解世界真的是一件非常
iShareOne
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2020-02-09 07:50
使用ggupset画韦恩图
今天看见Y叔推荐了
ggplot
2风格的upsetplot——
你猜我菜不菜
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2020-02-09 00:54
日常记录：R语言的一些计算和应用
1.把数据框按某列排序2.对向量排序3.对向量排序并取出累加和在前90%的元素4.处理数据并绘制散点图（
ggplot
2，数据过滤）5.合并两个向量，去重，计数6.merge函数，按指定列合并数据框7.统计向量中元素的频次
bio_橡树
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2020-02-08 23:05
钻石与价格预测
本课的目标是创建钻石价格的预测模型ScatterplotReviewlibrary(
ggplot
2)
ggplot
(aes(x=carat,y=price),data=diamonds)+xlim(0,quantile
esskeetit
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2020-02-08 22:14
ggplot
2 图形的反转
ggplot
(data=MD,aes(x=genre))+geom_bar()+ggthemes::theme_clean()+theme(axis.text.x=element_
Liam_ml
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2020-02-08 16:39
ggplot
画标准误条形图加显著性标记（愚蠢）
一、准备工作，计算SEM，仅作为示例df<-ToothGrowth（R语言数据集）image.png计算数据的标准误(aggregate函数)mean<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),FUN=mean)#计算均值sd<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),FUN=sd)#计算标准差N<-aggre
白云梦_7
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2020-02-07 22:20
使用
ggplot
2和ggrepel包做火山图
HadleyWickham男神的
ggplot
2包以及tidyverse超级大包真是让人膜拜！
你猜我菜不菜
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2020-02-06 23:36
ggplot
2高级:使用ggproto构建自己的图层(一)
所有的
ggplot
2对象都建立自"ggproto"这套面向对象编程系统，因此想要创建出自己的一套图层，而不是简单的对已有图层进行累加，那么就需要学习"ggproto"。
徐洲更hoptop
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2020-02-06 17:47
GEO数据库 mRNA芯片分析全流程
分析流程主要包括基于limma包的差异分析、pheatmap包的热图和
ggplot
2的火山图（包括对基因的批量标记）。
多啦A梦詹
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2020-02-06 12:48
PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据
一、PCA应用#加载需要用到的R包library(psych)library(reshape2)library(
ggplot
2)library(factoextra)1.数据初始化#基因表达数据exprData
生信宝典
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2020-02-06 08:34
生信学习基础_R语言07_visualization data with R_R语言
ggplot
2实现数据可视化
原文地址：https://hbctraining.github.io/Intro-to-R/lessons/07_
ggplot
2.html大神的中文整理版：https://www.jianshu.com
酷睿_1991
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2020-02-06 08:30
ggplot
2绘图：多张图合并为一张
以下内容来自教程
ggplot
2-EasyWaytoMixMultipleGraphsontheSamePageR语言中多张图画到同一个页面上常用的函数为par()和layout()par()函数详解https
牧羊的男孩儿
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2020-02-05 05:30
R
ggplot
和ggsignif箱线图添加显著性差异标识
箱线图添加显著性差异标识具有显著性标注的箱线图有时候我们会看到如上图片，觉得挺好，但是如何实现呢？没有做的的时候，觉得挺难，但是真要做才发现没有那么困难？其实做这样的图，目前R比较常用的包有两个，分别为：ggsignif和ggpubr，两者的用法大体差不多，有一些细微从差别，但是结果几乎一样。这里我用的是ggsignif，下面将介绍ggsignif的用法。ggpubr示范结果ggsignif安装：
尧小飞
·
2020-02-05 04:29
R ->
ggplot
2包（1）
ggplot
2包说明文档学习笔记（1）
ggplot
2的绘图数据来源是一个dataframeggplot2通过一次次地添加图层来达到绘图的目的，每个图层之间通过+连接
ggplot
2并不会在乎画出来的图是否有实际意义
煮豆燃逗比
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2020-02-02 23:01
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