【r<-方案】TCGA表达矩阵长宽格式变换

长宽格式互相转换一文中介绍了如何对数据的两种规整形式——长格式和宽格式进行相互转换，主要的两大利器tidyr（tidyverse）与reshape2。

这里介绍实际处理TCGA表达矩阵数据（同样适用于其他相同格式的数据）时的一个问题，如何把类似矩阵的数据快速变换为支持ggplot2绘图的长格式。

看下面截图：

TCGA矩阵格式

一般而言矩阵数据第一列是样本的特征ID，比如图中的基因，其他所有列每一列是一个样本。

如果想要使用ggplot2或者转变为长格式进行其他处理，即得到类似下图的数据

长格式

仅需要一步即可搞定：

library(tidyverse)

data_long = data %>% 
    gather(Tumor_Sample_Barcode, mvalue, starts_with("TCGA")) %>% spread(GeneSymbol, mvalue) 

思想是先将样本聚合，再将基因展开