#方法杂谈#生存曲线分析及绘制(二)

昨天做的生存曲线是黑白的，今天使用ggplot2做彩图：

# 载入ggfortity包后，使用ggplot2::autoplot可以做生存彩图：
library(ggfortify)
library(survival)
# 构建对象并拟合：
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
autoplot(fit)

# 设置虚线，不显示置信区间，censored点显示为*以及大小，设置分面2
autoplot(fit, surv.linetype = 'dashed', conf.int = FALSE,
         censor.shape = '*', censor.size = 5, facets = TRUE, ncol = 2)

# 单一生存曲线：设置线的颜色为橘黄色，censored点为红色。
autoplot(survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung), surv.colour = 'orange', censor.colour = 'red')

# sex为因子：
autoplot(survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung), fun = 'event')

# 使用coxph函数拟合Cox比例风险回归模型
d.coxph <- survfit(coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung))
autoplot(d.coxph, surv.linetype = 'dashed', surv.colour = 'blue',
         conf.int.fill = 'dodgerblue3', conf.int.alpha = 0.5, censor = FALSE)

# 用aareg做多个Surv实例：
autoplot(aareg(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data = lung))

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