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ggplot
生物统计-数据可视化
可视化工具:R包,
ggplot
,
ggplot
2,两种可视化变量:类别型、定量型。饼图、柱状图。
新欣enjoy
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2020-03-17 23:47
ggplot
2(11) 总结回顾&案例练习
从2020年2月20到2月27日,3月13日到2020年3月16日,学习了
ggplot
2:数据分析与图形艺术(哈德利·威克姆著统计之都译),历时12天。
叮叮当当sunny
·
2020-03-16 13:00
均值与误差条形图的绘制(
ggplot
2)丨数析学院
指南用
ggplot
2作图时,我们的数据必须存储为数据框形式,并且为“长”型(相对于宽型),如果你需要对数据进行重塑,详情请见这里。示例数据我们将ToothGrowth数据集作为本节中的示例数据。
Datartisan数据工匠
·
2020-03-16 03:19
《
ggplot
2:数据分析与图形艺术》笔记1:图形语法
经过近两个月的学习,已经熟悉了Linux的常规操作,学了一点R语言基础和
ggplot
2的基本使用方法。由于自己时间有限,就一直跟着《基因课》的网络课程学习。可是时间长了,慢慢发现了问题。
曹务强
·
2020-03-15 16:34
【r<-高级|分享】用R画热图的几个参考
介绍了pheatmap包、heatmap函数、
ggplot
2包、gplot包、lattice包。可惜排版不怎么行,不知道是页面解析问题还是啥的,文章显示不全,很多设置的参数看不到。
王诗翔
·
2020-03-15 02:05
在R中调整图像颜色 (
ggplot
2)丨数析学院
问题:在R中,如何使用
ggplot
2来调整数据图像中的颜色?指南:
ggplot
2中默认的颜色配置都具有相等的亮度,这有时会使得色块间难以区分,对于色盲朋友们来说,这是十分不友好的。
Datartisan数据工匠
·
2020-03-15 01:23
R 探索性数据分析
diamonds%>%+mutate(id=row_number())%>%+select(x,y,z,id)%>%+gather(key="variable",value="value",-id)%>%+
ggplot
liyin_d64b
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2020-03-14 20:18
R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot
image基于
ggplot
2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot,ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法,同时也能计算相关性p-value
cppcwang
·
2020-03-14 11:40
ggplot
2(10) 减少重复性工作
10.1简介灵活性和鲁棒性的敌人是:重复!10.2迭代last_plot()用于获取最后一次绘制或修改的图形。10.3绘图模板gradient_rb<-scale_colour_gradient(low="red",high="blue")qplot(cty,hwy,data=mpg,colour=displ)+gradient_rbqplot(bodywt,brainwt,data=msleep
叮叮当当sunny
·
2020-03-13 22:00
ggplot
2(9) 数据操作
9.1plyr包简介ddply{plyr}:Splitdataframe,applyfunction,andreturnresultsinadataframe.ddply(.data,.variables,.fun=NULL,...,.progress="none",.inform=FALSE,.drop=TRUE,.parallel=FALSE,.paropts=NULL).data:用来作图的
叮叮当当sunny
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2020-03-13 21:00
ggplot
2(8) 精雕细琢
library(
ggplot
2movies)##主题改变的效果。#(左)默认的灰色主题:灰色背景,白色网格线。#(右)黑白主题:白色背景,灰色网格线。q
叮叮当当sunny
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2020-03-13 20:00
ggplot
2(7) 定位
7.1简介位置调整:调整每个图层中出现重叠的对象的位置,对条形图和其他有组距的图形非常有用;位置标度:控制数据到图形中位置的映射,常用的是对数变换;分面:先将数据集划分为多个子集,然后将每个子集依次绘制到页面的不同面板中;坐标系:通过控制两个独立的位置标度来生成一个2维的坐标系。7.2分面facet_grid(网络型):面板的行与列通过变量来定义(使用x~y定义);facet_wrap(封装型):
叮叮当当sunny
·
2020-03-13 12:00
R语言可视化学习笔记之ggrepel包
首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形:library(
ggplot
2)#使用数据集mtcars演示
ggplot
(mtcars)+geom_point(aes(wt,mpg),color
taoyan
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2020-03-13 12:22
Matplotlib 中文用户指南 6 自定义 matplotlib
例如,有一个名为『
ggplot
』的预定义样式,它模拟
ggplot
(R的一种流行的绘图软件包)的美学。为了使用此样式,只需添加:>
布客飞龙
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2020-03-12 21:50
ggplot
之多变量绘图
1.普通plot准备数据。x<-seq(0,2*pi,0.05)y<-sin(x)z<-cos(x)data<-data.frame(x,y,z)plot:plot(x,y)lines(x,z)可用其他参数设置线型,坐标轴标签等,但是图例绘制不方便。2.手动DataSet1<-data.frame(x,value=y,lab=rep("y",length(x)))DataSet2<-data.fr
叮叮当当sunny
·
2020-03-12 19:00
ggplot
2练习
图源于电力电子课本65页——电容滤波的单相不可控整流电路。f<-function(w,d){l<-w/sqrt(w^2+1)*exp(-atan(w)/w)*exp(-d/w)r<-sin(d)return(l-r)}w<-seq(0.01,60,0.01)d<-rep(0,length(w))s<-rep(0,length(w))for(iin1:length(w)){root<-uniroot
叮叮当当sunny
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2020-03-12 13:00
R语言20练习题
www.bio-info-trainee.com/3409.html1安装R包数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:
ggplot
2source
刘小泽
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2020-03-12 01:41
R绘图:
ggplot
2绘制火山图
绘制火山图的方法有许多,Excel和第三方软件等,本文主要运用
ggplot
2和ggrepel两个R包演示[1][2]。
谢俊飞
·
2020-03-11 15:42
ggmap:使用
ggplot
2进行空间可视化绘图(下篇)
作者:戴维·卡尔&哈德利·威克姆翻译:李博原文地址:ggmap:SpatialVisualizationwithggplot2PS:由于原文较长,故翻译分为三次进行。==================================09.ggmap的实用函数ggmap有几个实用函数,可以帮助探索空间数据分析。001.geocode函数从地址转换到经度/纬度坐标的方式,实际上是对空间数据进行可视化
白马少年说
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2020-03-11 08:02
可视化学习笔记(六):
ggplot
2:主题设置
1、设置图形标题设置标题可以通过以下方式:使用ggtitle()函数或lab(title='')函数及参数,二者是等价的但是ggtitle会使图形上方出现空白区域使用文本注解,设定x的位置为x值域的中间,y的位置为Inf,使标题置于绘图区域顶部p+annotate("text",x=mean(range(heightweight$ageYear)),y=Inf,label="AgeandHeigh
100gle
·
2020-03-11 03:56
40-R语言机器学习的起点:线性回归
《精通机器学习:基于R第二版》学习笔记setwd("C:/Users/Admin/Documents/R")library(pacman)p_load(dplyr,
ggplot
2)1、单变量线性回归#怀俄明州蛇河流域的水量数据
wonphen
·
2020-03-06 10:11
热图绘制
本篇使用R的
ggplot
2包实现从原始数据读入到热图输出的过程,并在教程结束后提供一份封装好
檸檬糖
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2020-03-06 01:18
简单将
ggplot
多个图排列在一起
这里我们使用grid对
ggplot
的画图对象进行布局#Multipleplotfunction##ggplotobjectscanbepassedin...,ortoplotlist(asalistofggplot
ywliao
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2020-03-05 11:00
R语言操作(UDA)-- Part4: 探索多个变量
4.1ThirdQualitativeVariable第三个定性变量
ggplot
(aes(x=gender,y=age),data=subset(pf,!
快乐自由拉菲犬
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2020-03-05 06:02
R绘图的生物学家(7): Multifaceted figures
代码1.数据导入及整理这一部分依旧是之前的内容,不做过多的解释library(
ggplot
2)#resetthemetheme_set(theme_gray())#Loadingthedatafilename
lxmic
·
2020-03-04 09:49
图书馆QQ咨询群聊天数据分析
全篇分为三个步骤:数据准备和整理基础分析和高级分析结论#首先,是数据准备和整理library(stringr)library(plyr)library(lubridate)library(
ggplot
2
文质彬彬彬
·
2020-03-04 02:50
ggmap:使用
ggplot
2进行空间可视化绘图(中篇)
作者:戴维·卡尔&哈德利·威克姆翻译:李博原文地址:ggmap:SpatialVisualizationwithggplot2PS:由于原文较长,故翻译分为三次进行。==================================06.ggmap函数只要get_map抓取了有意思的地图,ggmap就可以绘制了。get_map抓取的结果是一个特殊类别的栅格(raster)对象(一个十六进制字符串
白马少年说
·
2020-03-03 14:30
R|绘图-学习笔记(二)
ggplot
2绘图系统语法绘图把数据映射到集合客体
萧子柔
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2020-03-03 02:24
R语言20练习题【完整版】
再次基础上进行加工、重构,加入了自己的理解1安装R包数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:
ggplot
2
刘小泽
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2020-03-01 17:56
R语言
ggplot
2画图生成pdf文件中英文字体完美解决方案(一)
强大的统计函数包,分析统计后期的数据处理和可视化都非常完美,大数据时代更是派上了用场,一些政府机构和公司在出年终报告的时候也都开始逐渐用上了数据可视化的利器
ggplot
2.笔者在今年环保部水环境管理司司长的一场关于南四湖治理和全国水环境管理的报告上感觉到将
JaysonChao
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2020-03-01 07:06
Barplot 作图代码
image.pngggplot2barplot分面图代码如下:library(
ggplot
2)Data<-read.table("data.txt",header=TRUE)Data<-as.data.frame
正踪大米饭儿
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2020-03-01 00:00
ggplot
2 GCA SCA Recidual variances
setwd("D:/Sync/Dlm_wk/8801growth_para/data")library(
ggplot
2)df.comp<-read.csv("var_h2_compare.csv")str
董八七
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2020-02-29 17:13
ggplot
2绘制带有标准差图
ggplot
2-为折线图和条形图添加误差线以ToothGrowth数据为例,进行处理tg<-ToothGrowthhead(tg)library(
ggplot
2),library(Rmisc)数据预处理
cppcwang
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2020-02-29 07:29
[R]
ggplot
2 legend,axis
坐标轴参考http://blog.csdn.net/bone_ace/article/details/47427453#标签修改命令scale_x_continue(breaks=c(1:20),labels=c(1:20),limits=c(1,20)##limits设置区间大小,breaks设置刻度位置,labels设置刻度图例参考https://github.com/tidyverse/gg
_CelesteHuang_
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2020-02-29 03:22
R语言,ROC曲线,deLong test
绘制ROC曲线利用R语言绘制ROC曲线是非常容易的事情,提前导入好pROC包和
ggplot
2包,只需要三行代码:1、读取数据data<-read.csv('test.csv',header=FALSE)
历冰雪_10
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2020-02-28 17:36
Matplotlib绘制漫威英雄战力图,带你飞起来!
目录前言期望功能代码实现一、导入matplotlib依赖包二、支持显示中文三、使用
ggplot
主题四、根据能力项等分圆五、生成n个子图六、获取支持的颜色六、绘制所有子图更多示例火影健身前言我们平常玩游戏或者看电影的时候
雪山飞猪
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2020-02-28 11:00
ggplot
2(6) 标度、坐标轴和图例
6.1简介标度控制着数据到图形属性的映射。标度将我们的数据转化为视觉上可以感知的东西:例如大小、颜色、位置和形状。标度也为我们提供了读图时所使用的工具:坐标轴和图例。执行标度的过程分为三步:变换、训练和映射。标度可以粗略地分为四类:位置标度、颜色标度、手动离散型标度以及同一型标度。6.2标度的工作原理标度的定义域即数据空间,值域即图形属性空间。当输入变量是离散型时,标度的定义域是某些值组成的集合,
叮叮当当sunny
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2020-02-27 12:00
R语言中的坐标轴处理(
ggplot
2)丨数析学院
问题在R中,如何更改图表坐标轴的次序或方向?指南注意:在下文的例子中,任何有关于图表y轴的处理方法都可以类似的运用到图表的x轴上。首先构建一个用于演示处理的经典箱线图,图中的数据源自内置的数据集PlantGrowth。交换X轴与Y轴接下来,我们要演示如何实现x轴与y轴的互换(将x轴作为纵轴,y轴作为横轴):未完待续:课程内容较多,请复制链接通过电脑学习,获得最佳学习效果。http://dataca
Datartisan数据工匠
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2020-02-27 01:41
R数据分析实战--泰坦尼克号
library(
ggplot
2)library(VIM)library(plyr)library(dplyr)library(stringr)载入数据TrainData<-read.csv('..
晨语凡心
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2020-02-26 19:39
可视化学习笔记(一):
ggplot
2:条形图
require(
ggplot
))(install.packages("
ggplot
2"))#if(!
100gle
·
2020-02-26 18:54
数据可视化工具推荐
适合分析-适合展示:灵活度:静态or可交互:易学度*灵活度根据分析目的选择合适的工具(黑色字为目的)(注:图表中的
ggplot
2和ggvis都是指R中的程序包,matplotlib、Seaborn和Bokeh
ux2017
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2020-02-26 04:46
R数据科学笔记——data transformation1
不懂`
ggplot
(data=mpg)+geom_point(mapping=aes(x=displ,y=hwy),data=filter(mpg,cyl==8))``
ggplot
(data=diamonds
The_Catcher
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2020-02-25 22:42
ggplot
2(5) 工具箱
5.1简介
ggplot
2的图层化架构鼓励我们以一种结构化的方式来设计和构建图形。本章旨在概述可用的几何对象和统计变换,在文中逐个详述。每一节都解决一个特定的作图问题。
叮叮当当sunny
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2020-02-25 10:00
(八)高级绘图——初窥
ggplot
2
ggplot
2包的目的是提供一个全面的、基于语法的、连贯一致的图形生成系统,允许用户创建新颖的、有创新性的数据可视化图形。1、简介
ggplot
2语法下面将从一个例子来看看
ggplot
2的基本语法。
井底蛙蛙呱呱呱
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2020-02-25 09:48
ggplot
2-ggpie
data=read.table("6_fo_go.txt.Level2.count.txt",header=F,sep="\t",fileEncoding="UTF-16")#读取文件读取不出来考虑下文件编码问题library("magrittr")library("ggpubr")#data[,2]=data[,2]*100/sum(data[,2])#求百分比数字df<-data.frame(
汪汪2017
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2020-02-25 03:22
ggplot
绘图的艺术-3:映射:将数据变量对应到图形属性
1.映射在上一节练习
ggplot
绘图的艺术-2:
ggplot
2的绘图思想中,我们已经涉及到了映射的概念。所谓映射,就是数据集中的数据关联到相应的图形属性过程中一种对应关系。
曹务强
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2020-02-24 22:33
GLM - Chapter 5
它是基于
ggplot
2包开发的,它同时还提供了一系列geom方法和一些已经打包好的绘图函数。接下来我们将举几个例来说明这个包。
Datartisan数据工匠
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2020-02-23 07:18
可视化学习笔记(三):
ggplot
2:散点图
1、简单散点图使用geom_point()函数即可绘制,并且在映射中可以使用以下映射参数:shape:指定形状colour:填充(需要注意的是,fill对point可能不起作用)size:修改大小2、样式修改2.1颜色修改颜色的手动修改使用以下函数:scale_colour_manual()scale_colour_brewer()2.2形状修改使用scale_shape_manual()函数可以
100gle
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2020-02-22 20:08
在Python/IPython Notebook中使用R
比如:
ggplot
:年初在研究怎么在Python里面用R的一个主要原因就是想用
ggplot
,个人使用习惯的问题,和matplotlib比起来更喜欢用
ggplot
。
小胡儿
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2020-02-22 15:45
exam
三library(stringr)#1getFreq%gather(key="group",value="value",letter:average)
ggplot
(df,aes(x=word,y=value
nummy
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2020-02-22 07:17
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