ggplot

ggplot2绘制相关性热图(heatmap)

生信分析中经常要做基因与代谢物之间的相关性热图，R中号称绘制相关性热图的包有许多，但ggplot2始终是无敌的存在，运行以下代轻松搞定相关性热图。
益民厂老厂长·2021-06-22 11:26

用par设置ggplot2参数？这个可以有！

有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin，但不能应用于ggplot2，这个可能很多新手都会很困扰，可能需要一段时间的探索之后，才能发现原来是用theme来设定。
Y叔_HKU·2021-06-22 01:29

R语言ggplot2画小提琴图（violin plot）展示学术论文作者数量

非常有意思的数据可视化案例，原文提出的问题是学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势；于是利用R语言里的rplos包抓取了Plos系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量进行可视化展示原文链接是https://benjaminlmoore.wordpress.com/2014/04/06/author-inflation-in-academic-literature/完整的代码链接
小明的数据分析笔记本·2021-06-21 03:31

R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图简单小例子

今天公众号后台有人留言作图，示例图如下image.png我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色
小明的数据分析笔记本·2021-06-21 00:25

ggplot2-坐标系（5）

cartesian|笛卡尔坐标系||equal|同尺度笛卡尔坐标系||flip|翻转的笛卡尔坐标系||trans|变换的的笛卡尔坐标系||polar|极坐标||map|地图投影|#准备数据library(ggplot2
Zhigang_Han·2021-06-21 00:09

2021-04-24 R数据科学练习题（第一章）

第一章使用ggplot2进行数据可视化练习（1）运行ggplot(data=mpg)，你会看到什么？library(ggplot2)ggplot(data=mpg)##是一个空白的画板!
学习生信的小兔子·2021-06-20 08:26

R语言学习笔记--ggplot2一步到位绘制误差线及p-value（或显著性标记）

采用ggplot2绘制误差线需要对数据转换求得mean和sd（或se等），可以通过Rmisc包summarySE函数、dplyr包group_by与summarise两个函数等实现，添加p-value（
逍遥尐生·2021-06-19 21:27

R语言ggplot2：单元格为方块的热图简单小例子

昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下image.png我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色
小明的数据分析笔记本·2021-06-19 16:22

ggstatsplot绘图|统计+可视化，学术科研神器

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。
生信补给站·2021-06-19 08:36

3-R包安装方法及注意事项

直接输入包名字即可，注意双引号不可省略>install.packages("ggplot2")第二种方式找到R包的下载地址，再安装。这种方式的好处是不需要选择镜像，可以选择R包的任意版本安装。
wonphen·2021-06-19 06:02

R语言ggplot2分组的小提琴图加箱线图简单小例子

首先是构造数据set.seed(1234)x<-rnorm(80,5,1)df<-data.frame(groups=c(rep("group1",20),rep("group2",20),rep("group3",20),rep("group4",20)),value=x,type=c(rep("A",10),rep("B",10),rep("A",10),rep("B",10),rep("A"
小明的数据分析笔记本·2021-06-19 03:08

学会Python数据可视化必须尝试这7个库

目录一、Seaborn二、Plotly三、Geoplotlib四、Gleam五、ggplot六、Bokeh七、Missingo一、SeabornSeaborn建于matplotlib库的之上。
·2021-06-16 10:00

用ggplot2做富集分析气泡图

数据准备富集分析软件由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起来有点困难，最要命的是基因组数据库并没有上传NCBI，无法用OrgDb，当然也可以自己做background然后做富集，折腾了好久还是有各种问题...打算等以后有空了再好好折腾吧，毕竟脚尖还没踏进R的大门。最后选择用CJ大神的TBtools做富集分析，这次以go富集分析为例，需要自己准备的有基因ID对应GOID
ShawnMagic·2021-06-14 20:44

R语言ggplot2绘制经验累积分布(empirical cumulative distribution)曲线的简单小例子

非常有意思的数据可视化案例，原文提出的问题是学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势；于是利用R语言里的rplos包抓取了Plos系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量进行可视化展示原文链接是https://benjaminlmoore.wordpress.com/2014/04/06/author-inflation-in-academic-literature/完整的代码链接
小明的数据分析笔记本·2021-06-14 15:03

ggplot2：如何优雅地绘制箱线图

ggplot2是一个非常常见的绘图R包，在文献中，我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的分布。这里我们就用一个基因表达水平的例子来展示用R包绘图神器ggplot2绘制的过程吧！
MC学公卫·2021-06-14 09:26

R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

R、RStudio和ggplot2简介4.1R和RStudio简介citation("ggplo2")取包引用信息，RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。
zd200572·2021-06-13 13:56

2020-02-25 增强绘图效果的gghighlight包

用ggplot2绘图的时候，数据太多，图形很乱，有时候想增强显示一部分图形。比如着重显示一部分点、线...，操作起来比较繁琐。所以就有了gghighlight包，困的时候给大家递一个枕头，哈哈！
iColors·2021-06-13 12:04

一键完成单因素方差分析及可视化的R脚本

library(optparse)library(tidyverse)library(agricolae)library(reshape2)library(ggplot2)library(ggpubr)
邱俊辉·2021-06-13 04:37

单细胞转录组 数据分析||Seurat新版教程:New data visualization methods in v3.0

主要是进一步加强与ggplot2语法的兼容性，支持交互操作。seuratvisualization我们将使用之前在2700PBMC教程中计算的Seurat对象演示Seurat中的可视化技术。
周运来就是我·2021-06-12 18:58

R小姐：折线图、条形图、直方图、箱图、函数曲线

1折线图library(ggplot2)library(gcookbook)head(pressure)#绘制第一条曲线plot(pressure$temperature,pressure$pressure
环境健康学·2021-06-12 07:30

R语言绘图（ggplot2、ggpubr）从入门到精通03--箱式图和函数图像

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2021-06-11 18:36

R语言绘图（ggplot2、ggpubr）从入门到精通02--柱状图和直方图

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2021-06-11 18:16

R语言绘图（ggplot2、ggpubr）从入门到精通01--课程介绍

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2021-06-11 18:43

R可视化学习(7) -- 气泡图

气泡图R包准备#R包准备library(ggplot2)library(dplyr)#library(gapminder)数据预处理我们用到gapminder包中的gapminder数据集，该数据集储存了关于各国预期寿命
凯凯何_Boy·2021-06-11 04:44

R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间（CI）展示学术论文作者数量的变化趋势

非常有意思的数据可视化案例，原文提出的问题是学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势；于是利用R语言里的rplos包抓取了Plos系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量进行可视化展示原文链接是https://benjaminlmoore.wordpress.com/2014/04/06/author-inflation-in-academic-literature/完整的代码链接
小明的数据分析笔记本·2021-06-10 16:54

R语言ggplot2科研数据可视化 ~ 推文合集

这个是微信公众号合集的推文链接https://mp.weixin.qq.com/s/8wiO9QpW-1o4qE_C_AIfCg1、R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配2、R语言画三维散点图展示
小明的数据分析笔记本·2021-06-10 11:37

ggplot2 - 折线图

geom_line:按变量在x轴上的顺序连接geom_path:按变量在数据中出现的顺序连接library(ggplot2)#geom_lineandgeom_path-----------------
吴十三和小可爱的札记·2021-06-10 06:22

【数据分析与挖掘】R语言直方图的绘制hist和ggplot2

>testhist(test,main="作者的弃坑指数",xlab="可能性",ylab="指数")ggplot2ggplot2是个三方包，需要自行安装，比ggplot2拥有更强大的功能，可以绘制各种图形这里简单介绍一
孟南知·2021-06-10 04:16

使用ggplot可视化相关系数

我们使用diamonds这个数据集来做示范剔除离散变量，只留下连续值diamonds210.2361.5553263.953.982.4320.2159.8613263.893.842.3130.2356.9653274.054.072.3140.29062.4583344.24.232.6350.3163.3583354.344.352.7560.2462.8573363.943.962.487
natsuki_priver·2021-06-10 00:30

ggplot2 008 箱线图及小提琴图

1.箱线图Boxplots1.1语法geom_boxplot(mapping=NULL,data=NULL,stat="boxplot",position="dodge2",...,outlier.colour=NULL,outlier.color=NULL,outlier.fill=NULL,outlier.shape=19,outlier.size=1.5,outlier.stroke=0.5
caoqiansheng·2021-06-09 07:49

R语言 ggplot2 多图排列 Part(1)

仔细想想，好不容易用ggplot2画出了至少看上去高上大的图，到头来还是要靠PPT排版，是不是心里会有些不甘心呢。如果和我一样选择是的小伙伴，那请继续往下看文章，肯定可以给你带来不一样的体验。
Jason数据分析生信教室·2021-06-09 05:38

R每周一画|Working with Text

教程来源：https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/#text时间总是不够用
ScorpioGirll·2021-06-08 11:38

R小姐：温酒小酌数据分布，且看直方图

1入门library(tidyverse)library(gcookbook)library(plyr)#入门#数据集birthwt，直方图只传入一列数据ggplot(birthwt,aes(age))
环境健康学·2021-06-08 02:20

ggplot2绘制一个高端的venn图

venn图在论文中的作用与地位也许不如其它图形那么重要，因此本文主要不是教大家如何画一个高端的venn图，而是通过整个画图过程中的代码来介绍一些重要的画图函数而已，希望各位观众老爷能够喜欢library(ggvenn)library(tidyverse)library(ggtext)创建数据P%ggvenn(show_percentage=T,show_elements=F,label_sep="
益民厂老厂长·2021-06-07 15:15

从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据

rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2
ZZZZZZ_XX·2021-06-07 15:35

万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor
生信宝典·2021-06-07 14:02

ggplot2的逻辑

而ggplot2则更反应数据的本质。
柳叶刀刀·2021-06-07 04:47

学习小组Day4笔记--李斯亭

R语言ggplot2之前下载过Rstudio，这次直接开始学准备工作安装并打开包install.packages("tidyverse")library(tidyverse)用到了一个mpg数据框，不了解时可以
李斯亭·2021-06-07 03:32

R语言动态可视化：制作历史全球平均温度的累积动态折线图动画gif视频图

以下是制作图表静态版本的代码：#loaddatawarming<-read_csv("warming.csv")#drawchartwarming_plot<-ggplot(warming,aes(x=
tecdat拓端·2021-06-06 23:45

探索性数据分析-对分布进行可视化表示

对分布进行可视化表示1想要检查分类变量的分布，可以使用条形图，条形的高度表示每个x值中观测的数量（分类变量通常保存为因子或字符向量）ggplot(data=diamonds)+geom_bar(mapping
Ginger_58a6·2021-06-06 20:41

circos使用笔记

circos的绘图方式与ggplot或ps相似，都有一些图层叠加的概念于其中，即图形中的每一部分都是通过其中的一个配置文件来设置的，最后将这些单个展示的配置文件加入主配置文件，叠加生成最后的输出图。
井底蛙蛙呱呱呱·2021-06-06 17:52

ggplot2 009 组合图形

R语言基础画图使用函数par()以及layout()将多个图形组合在同一幅图中，但是这两个函数不适用于ggplot2和ggpubr,ggplot2和ggpubr作图如果希望把多张图放到同一个页面上，基本解决方案是使用
caoqiansheng·2021-06-06 00:49

ggplot2画分组的堆积柱形图简单小例子

image.png之前有读者在公众号留言问开头的图应该如何画？我第一眼看到这个图简单的理解为了堆积柱形图，加折线图。所以基本的想法就是构造两份数据来画这个图，第一份用来画堆积柱形图，第二份用来画折线图。但是准备画图的时候才意识到这个堆积柱形图是一个分组的堆积柱形图，我之前画的都是单独的，没有画过分组的。一时还想不起来该如何画这个分组的堆积柱形图了。今天找资料的时候找到一个链接BeginnersGu
小明的数据分析笔记本·2021-06-05 17:46

R可视化：ggplot2的基本原理和使用方法

ggplot2的基本原理和使用方法ggplot2是R语言第三方可视化扩展包，在某种程度上它基本代替了R可视化。
华仔少年·2021-06-04 17:23

ggplot2堆积柱形图笔记

#creatadataset(生成数据)specie<-c(rep("sorgho",3),rep("poacee",3),rep("banana",3),rep("triticum",3))condition<-rep(c("normal","stress","Nitrogen"),4)value<-abs(round(rnorm(12,0,15),2))df<-data.frame(speci
小明的数据分析笔记本·2021-06-04 12:00

左右柱形图的画法

接下来我们介绍一下几种做如下图的方法：Rplot.png第一种我们第一种画法来源是书上给的例子，这本书叫《R语言数据可视化之美》，这本有很多画图的例子，感兴趣的朋友们可以买一本多学习学习，话不多说，我们来看代码:library(ggplot2
七夜听雪·2021-06-04 10:31

ggplot2好看的柱形图配色+调整字体

https://rstats-tips.net/2019/08/31/custom-fonts-in-ggplot2-and-latex/
小明的数据分析笔记本·2021-06-04 09:08

R语言绘图（ggplot2、ggpurb）从入门到精通06--柱状图美化之宽度调节

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2021-05-31 00:49

第四章R、RStudio和ggplot2简介

4.2dplyr包简介dplyr包提供了一组函数，用于有效地操作R中的数据集。dplyr包是下一代“plyr”，只关注数据帧。因此，它对于转换和汇总具有行和列的表格数据非常有用，例如对于微生物组数据集。dplyr包包含一组函数(“verbs”)，它们执行最常见的数据操作任务，如选择特定列、筛选行、重新排序行、添加新列和汇总数据。重要的单个dplyr函数包括：select()andrename()可
ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:29

R ggplot2绘制box plot参考资料整理

基本绘图https://www.jianshu.com/p/9ae6e06d4947https://www.cnblogs.com/ljhdo/p/4921588.html进阶https://chf2012.github.io/2017/03/27/%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%BA%94%E7%94%A8_%E7%A8%8B%E5%BA%8F%E7%BC%96%E7%A8%8B/R
超级可爱的懂事长鸭·2021-05-23 16:52
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