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转录组测序
如何处理NGS数据中的污染?
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在
测序
中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想
测序
拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些人类的DNA,又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的
lakeseafly
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2024-03-18 15:46
隐马尔可夫模型(HMM) |前向算法 |一个简单的例子说清计算过程 |一般步骤总结
如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是:给定模型及观
测序
列计算其出现的概率。
漂亮_大男孩
·
2024-03-16 03:03
算法
隐马尔可夫模型
10X单细胞
转录组
个性化分析-拟时序分析
在发育过程中,细胞会对刺激做出反应,在整个生命过程中,从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同,产生蛋白质和代谢物的动态重复序列,从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时,会经历转录重组的过程,其中一些基因被沉默,而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征,因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况
Seurat_Satija
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2024-03-09 16:31
高通量
测序
的数据处理与分析(二)-宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
lantary
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2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在高通量
测序
王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子
测序
的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
·
2024-02-26 16:53
生信工具 |
测序
数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高通量
测序
仪产出的
测序
数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
·
2024-02-23 02:36
程序员
转录组
结果和qRT-PCR结果又不一致?!
按照
转录组
筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致?
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
二代
测序
原理(Illumina)
虽然三代
测序
现在已经商用,但是目前的主流还是二代
测序
,尤其是Illumina公司的
测序
方式更是大行其道。那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代
测序
是怎么得到的生物数据。
白墨石
·
2024-02-20 13:10
【动植物研究动态】20220501文献解读
揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重
测序
数据
生物信息与育种
·
2024-02-20 09:53
【文献分享】拟南芥叶片空间
转录组
空间
转录组
(SpatialTranscriptomics)是测量完整组织切片的总mRNA,将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合,并绘制所有基因表达发生的位置,获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。
jjjscuedu
·
2024-02-20 09:21
一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法
上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题,引出了单细胞
测序
技术的面临的几大未解决的技术难题,其中最主要的一个问题就是由于
测序
深度不足产生的"dropout"现象。
生信宝库
·
2024-02-20 00:23
机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算
HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观
测序
列的大小
三月七꧁ ꧂
·
2024-02-19 23:23
机器学习
机器学习
算法
python
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞
转录组
测序
分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
·
2024-02-19 18:22
生信学习小组Day7笔记--苏剑请
今日收获大致了解了第一到三代的
测序
历史、原理和特点深入了解了二代
测序
的过程,虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图(以下知识点均为生信星球公众号提供):生信Day7笔记1.png生信Day7笔记
苏剑清
·
2024-02-19 17:29
【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学
在这里,我们使用空间
转录组
技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量,以及ALS患者的死后组织,以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学,区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间
六博说
·
2024-02-19 16:35
科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路
中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多,如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹
测序
和m6A-seq分析,找到靶分子YTHDF1和Traf6,由后续
007木子
·
2024-02-19 16:40
LSTM参数详解
LSTM(长短期记忆网络)是一种特殊类型的循环神经网络(RNN),主要用于处理和预
测序
列数据的重要模型。
实名吃香菜
·
2024-02-19 14:38
深度学习
lstm
人工智能
rnn
肠道微生物研究的“法宝”
随着分子
测序
工具和技术的迅速发展,肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。
茗创科技
·
2024-02-19 13:33
数据分析
单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析
本文是参考学习单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
·
2024-02-19 12:25
scIMC:scRNA-seq插补方法基准
在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件,它扭曲了基因表达,显著影响了单细胞
转录组
的下游分析。
tzc_fly
·
2024-02-19 12:03
单细胞多组学分析
人工智能
宝藏R包:TCGA的
转录组
数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包,写包简化了芯片数据下游分析之后,我正想着写
转录组
下游分析的简化版,就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!
小洁忘了怎么分身
·
2024-02-15 09:09
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量
测序
,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
·
2024-02-15 04:49
利用三代转录本升级基因组注释(gff3)
因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代
转录组
的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利,通过三代转录本比对到基因组,
郝永超M1racle
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2024-02-15 01:54
机器学习---概率图模型(概率计算问题)
1.直接计算法给定模型和观
测序
列,计算观
测序
列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂
·
2024-02-14 17:06
机器学习
机器学习
人工智能
2022-12-01
Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化(2)原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术,碱基特异性原位
测序
(BaSISS
图灵基因
·
2024-02-14 08:35
单细胞
测序
最好的教程(一):质量控制
目前,国内对于单细胞
测序
分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(二):归一化
由于单细胞
测序
技术的限制,我们在样本中获得RNA的时候,经过了分子捕获,逆转录还有
测序
。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(三):特征基因选择
前言提到,在过去两天的教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞
测序
数据的质控以及归一化的一些思想。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
单细胞测序最好的教程
数据库
python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-
转录组
测序
(差异分析篇)...
原标题:一个生信素人的上道经验分享-
转录组
测序
(差异分析篇)
转录组
测序
技术(RNA-seq)作为目前二代
测序
领域最普遍的技术手段,自从
转录组
测序
问世以来,已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873
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2024-02-14 06:17
python基因差异分析包
PySCENIC(一):python版单细胞
转录组
转录因子分析
关于单细胞
转录组
转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的,参考:跟着Cell学单细胞
转录组
分析(十二):
转录组
因子分析,但是R语言分析起来速度非常慢,如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周,这显然不现实
TS的美梦
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2024-02-14 06:47
python
r语言
开发语言
单细胞
转录因子
Python
转录组
学分析框架:Omicverse的安装教程
Python
转录组
学分析框架:Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学(包括Bulk和单细胞分析)的基础框架。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:46
python
开发语言
Python 资源大全(七)
官网bcbio-nextgen:这个工具箱为全自动高通量
测序
分析提供符
忘了呼吸的那只猫
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2024-02-14 05:46
单细胞数据分析之PCA再认识与ScaleData函数
我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交,样本呈高斯分布;2、主成分分析假设源信号间彼此非相关;那么这里我们需要讨论一下,我们的单细胞或者空间
转录组
数据是呈现高斯分布的么
单细胞空间交响乐
·
2024-02-14 04:18
10X空间
转录组
分析回顾之Giotto
这一篇我们回顾一下10X空间
转录组
的分析软件----Giotto,文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata
单细胞空间交响乐
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2024-02-14 04:30
10X单细胞(10X空间
转录组
)通讯分析之汇总(scSeqComm)
开工第一天,开年红包到手,不知道大家工作的怎么样呢??这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析,参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm,开年了,新的开始,我们来汇总一下细胞通讯2种主要的信号机制anintercellularsignal
单细胞空间交响乐
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2024-02-14 02:25
介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet
作者:童蒙编辑:amethyst引言随着技术的进步,
测序
成本的降低,单细胞
转录组
的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁
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2024-02-14 01:55
06高通量
测序
-RPKM,FPKM,and TPM
,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:
测序
仪深度
不到7不改名
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2024-02-13 20:56
转录组
文章 | 2022《Journal of Hazardous Materials》细胞壁多糖在水稻钒解毒中的作用及其
转录组
机制
一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用,这有助于植物体内重金属的解毒。然而,目前有关于钒(V)与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有,尤其是有关于对水稻(OryzasativaL.)的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象,探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响,揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明,水稻根系抑制了V的向上迁移,V在根系细胞壁中的积累量达
生信师姐
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2024-02-13 19:17
【算法详解】STitch3D:空间
转录组
数据和单细胞RNA
测序
数据共同建模的空转数据对齐和整合算法,实现更高分辨率的3D结构重建
目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文:Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构,生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255
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2024-02-13 18:32
算法详解
算法
论文阅读
论文笔记
机器学习
人工智能
R、python读取空间
转录组
的8种方式
“空间
转录组
测序
主要包括5个步骤,我们着重下游分析部分:空转数据分析和可视化。
生信小博士
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2024-02-13 18:01
python
服务器
linux
菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题?
比较基因组学在微生物领域的应用基因组
测序
在细菌基因组中的应用基因组
测序
在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容:1.研究环境样本中微生物的构成与丰度;2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度;3.研究不同环境样本间细菌群落
f70420f979c3
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2024-02-13 18:02
pacbio三代扩增子
测序
序列比对
新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来,ATGG开头的提取出来,如图一。关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法,比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律,该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一
小鹿不吃香菜
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2024-02-13 18:58
单细胞
测序
生信分析1-Seurat
单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程,跟着教程过一遍可以get大致过程(https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html)在我看来最难的部分其实是第一步的数据准备阶段,如果GEO数据库可以下载到标准的10X数据(包含三个文件(barcodes.tsv/genes.tsv/matrix.mtx)),那直接用S
18b79e7933ad
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2024-02-13 08:46
2021-10-10
CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱:海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组
测序
图灵基因
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2024-02-12 20:33
2021-03-22
03、
测序
数据批量比对到参考基因组建立索引:cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a
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2024-02-12 15:46
2022-07-28
CancerDiscov|8万个单细胞
测序
揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=38.272
图灵基因
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2024-02-12 13:17
10X空间
转录组
的文献思路简单分析
这一篇我们简单回顾10X空间
转录组
的分析思路和过程,上一篇说到,ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑,所以难度上,比单细胞需要更高,对人的
单细胞空间交响乐
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2024-02-12 12:59
应用Cellpose进行细胞核分割
在这个教程中,我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose(包含在squidpy.im.segment)进行空间
转录组
数据图像的细胞核分割。
JUpter_
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2024-02-12 10:39
我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎
贺建奎,原南方科技大学副教授,毕业于美国斯坦福大学,拥有多学科交叉的背景,并在基因
测序
仪研究,CRISPR基因编辑,生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农
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2024-02-12 06:31
2022-01-27
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是
测序
得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子
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2024-02-12 01:29
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