Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。欲了解更多信息，请阅读我们的论文：OmicVerse: A single pipeline for exploring the entire transcriptome universe

omicverse最初的名字是Pyomic，但我们希望涵盖整个转录组学的领域，因此将其改名为OmicVerse，旨在解决RNA-seq中的所有任务。目前omicverse已加入scverse生态。您可以在scverse的官网上找到我们。

安装前准备

OmicVerse可以通过conda或pypi进行安装，不过您需要先安装pytorch

为避免潜在的依赖冲突，建议在conda环境中安装。并使用pip install -U omicverse进行更新。

平台

在不同的平台上，最合适的安装方法有所不同。

• Windows：我们建议安装wsl子系统，并在wsl子系统中安装conda以配置omicverse环境。
• Linux：我们可以选择安装anaconda或miniconda，然后使用conda来配置omicverse环境。
• Mac Os：我们建议使用miniforge或mambaforge进行配置。

pip前提条件

• 如果使用conda/mamba，则只需运行conda install -c anaconda pip并跳过此部分。
• 安装Python，我们推荐使用pyenv版本管理系统，以及pyenv-virtualenv。

Apple Silicon前提条件

在装有Apple Silicon的Mac上安装omicverse只能使用本机版本的Python。可以通过使用Apple Silicon版本的mambaforge（可以通过本机版本的homebrew通过brew install --cask mambaforge进行安装）来安装本机版本的Python。

Conda

1. 安装conda。我们通常使用mambaforge发行版。使用python>=3.8，conda考虑使用mamba代替conda。

2. 创建一个新的conda环境：

   conda create -n omicverse python=3.8
   

3. 激活您的环境：

   conda activate omicverse
   

4. 首先安装PyTorch：

   conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia
   

5. 安装omicverse：

   conda install omicverse -c conda-forge
   

Pip

可以使用以下命令之一通过pip安装omicverse包：

1. 首先安装PyTorch：有关安装的更多信息可以在PyTorch找到。

   # ROCM 5.2（仅限Linux）
   pip3 install torch torchvision torchaudio --extra-index-url
   pip install torch==1.13.1+rocm5.2 torchvision==0.14.1+rocm5.2 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/rocm5.2
   # CUDA 11.6
   pip install torch==1.13.1+cu116 torchvision==0.14.1+cu116 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu116
   # CUDA 11.7
   pip install torch==1.13.1+cu117 torchvision==0.14.1+cu117 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu117
   # 仅限CPU
   pip install torch==1.13.1+cpu torchvision==0.14.1+cpu torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu
   

2. 在安装pytorch之后，我们可以通过pip开始安装omicverse

   pip install -U omicverse
   pip install -U numba
   

3. 如果您想使用测试版，请有两种方法供您安装

   • 测试版 - 克隆此repo并运行：pip install .
   • 使用pip install git+https://github.com/Starlitnightly/omicverse.git

开发者版本

用于开发者测试的版本 - 克隆此repo并运行：

pip install -e ".[dev,docs]"