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samtools reads 过滤

Filter Alignments for unmapped pairs

  1. An unmapped read whose mate is mapped.
samtools view -u  -f 4 -F264 alignments.bam  > tmps1.bam
  1. A mapped read who’s mate is unmapped.
samtools view -u -f 8 -F 260 alignments.bam  > tmps2.bam
  1. Both reads of the pair are unmapped.
samtools view -u -f 12 -F 256 alignments.bam > tmps3.bam

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