r语言ggplot2

使用ggplot2绘制热图（1）

#使用ggplot2绘制热图library(ggplot2)#清空rm(list=ls())gc()#创建数据集data%as.data.frame()%>%mutate(group=c(rep("S1
weixin_49320263·2023-08-15 08:46

R语言生存分析（机器学习）（2）——Enet（弹性网络）

弹性网络（ElasticNet）:是一种用于回归分析的统计方法，它是岭回归（RidgeRegression）和lasso回归（LassoRegression）的结合，旨在克服它们各自的一些限制。弹性网络能够同时考虑L1正则化（lasso）和L2正则化（岭回归），从而在特定情况下对于高维数据集具有更好的性能。#清空rm(list=ls())gc()#导入包library(glmnet)help(pa
weixin_49320263·2023-08-15 08:15

R语言生存分析算法的简单组合

library(survival)library(randomForestSRC)#生成模拟数据set.seed(123)n<-200time<-rexp(n,rate=0.1)status<-rbinom(n,size=1,prob=0.7)var1<-rnorm(n)var2<-rnorm(n)var3<-rnorm(n)data1<-data.frame(time=time,status=s
weixin_49320263·2023-08-15 08:15

R语言实现GSEA分析（1）

使用R语言可以实现GSEA，具体方法R包包括：GSEABase、clusterProfiler、fgsea、gggsea。具体操作：
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

R语言实现随机生存森林（2）

library(survival)library(randomForestSRC)help(package="randomForestSRC")#构建普通的随机生存森林data(cancer,package="survival")lung$status%plot
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

R语言实现计算净重新分类指数（NRI）和综合判别改善指数（IDI）

两个模型比较，与第一个模型相比，NRI=（重新分对的-重新分错的）/总人数。IDI=（新模型患者平均预测概率-旧模型患者平均预测概率）-（新模型非患者平均预测概率-旧模型非患者平均预测概率）。NRI=0无改善，>0新模型优于旧模型。IDI正值且越大越好。1、非生存资料：广义线性模型library(PredictABEL)#数据集data1<-data.frame(a=rnorm(n=1000,me
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

R语言实现PSM（倾向性评分）（MatchIt包）

PSM减少研究中的偏差和混杂变量影响局限性条件独立假设理论上不存在遗漏变量共同支撑假设处理组和对照组的倾向得分有较大的共同取值范围，否则不适合做PSM评分三个关键结局指标目标人群协变量R包matchit初始评估匹配结果评估尝试不同方法对比不同的匹配情况（1）导入数据：数据集lalonde中treat为治疗因素，其余变量为协变量。#PSMlibrary("MatchIt")data("lalonde
weixin_49320263·2023-08-15 08:15

留一验证法(LOOCV）和留P验证法R语言实现

留一验证法（Leave-One-OutCross-Validation，LOOCV）。将原始数据集分成训练集和测试集两部分。对于一个包含n个样本的数据集，留一验证法将n-1个样本作为训练集。用训练集训练模型，然后使用该模型对测试集进行预测，计算预测误差，最终得到n个预测误差，将它们求平均作为模型的性能评估指标。可以使用不同的模型选择算法，如岭回归、lasso回归、逐步回归等，选择性能最优的模型。R
weixin_49320263·2023-08-15 08:14

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

#使用easyTCGA获取数据#清空rm(list=ls())gc()#安装bioconductor上面的R包options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if(!require("BiocManager"))install.packages("BiocManager")if(!require("TC
weixin_49320263·2023-08-15 08:10

R语言生存分析（机器学习）（1）——GBM（梯度提升机）

GBM是一种集成学习算法，它结合了多个弱学习器（通常是决策树）来构建一个强大的预测模型。GBM使用“Boosting”的技术来训练弱学习器，这种技术是一个迭代的过程，每一轮都会关注之前轮次中预测效果较差的样本，以便更专注地对它们进行建模。这有助于逐步减少整体预测误差。#1清空rm(list=ls())gc()#2导入包library("survival")library("gbm")help(pa
weixin_49320263·2023-08-15 08:40

TED英语演讲 | Joshua Foer：每个人都能掌握的记忆技巧 附视频&演讲稿

介Featsofmemoryanyonecando演讲者：JoshuaFoer语言：英语简介：2012|有人能在很短时间内背下上千个数字，或是记下一叠或更多牌的顺序。
TED博物馆·2023-08-15 07:33

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化
佳奥·2023-08-14 18:49

生信星球学习小组第29期第六天

swirl包——R语言入门绝佳指引在写这个之前，我想安利一波swirl包。在这个信息爆炸的时代，我们要做的不是收集资料，而是做选择。如果要用一个包来入门R，我会毫不犹豫的推荐swirl包。
科研狗Poppy·2023-08-14 11:08

R数据科学--使用ggplot2进行数据可视化1

library(tidyverse)基础作图ggplot(data=mpg)+geom_point(mapping=aes(x=displ,y=hwy))分别设好xy轴及数据集即可image.png加颜色ggplot(data=mpg)+geom_point(mapping=aes(x=displ,y=hwy,color=class))image.png大小ggplot(data=mpg)+geo
Seurat_·2023-08-14 08:25

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

目录引言bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph
茅逗逗·2023-08-14 06:32

(function (classes, fdef, mtable):unable to find an inherited method for function ‘X’ for signature

R语言报错报错原文问题描述举例说明解决方案报错原文Errorin(function(classes,fdef,mtable):unabletofindaninheritedmethodforfunction
茅逗逗·2023-08-14 06:32

R语言 列表中嵌套列名一致的多个数据框如何整合为一个数据框

在批量建模后容易得到list，list中的每个元素都是单个的tibble或者dataframe，如何将这些数据整合为一张表呢？载入R包library(broom)library(tidyverse)模拟数据models%group_by(city)%>%do(mod=lm(log2(sales)~factor(month),data=.,na.action=na.exclude))modelsmo
茅逗逗·2023-08-14 06:30

跟着Nature Biotechnology学作图:R语言pca分析并使用ggplot2可视化结果

论文Removingunwantedvariationfromlarge-scaleRNAsequencingdatawithPRPShttps://www.nature.com/articles/s41587-022-01440-w#data-availability数据链接https://zenodo.org/record/6459560#.Y2D2NHZBzidhttps://zenodo.
小明的数据分析笔记本·2023-08-14 05:05

【SCI复现】绘制CNV棒棒糖图

前面给大家简单介绍了如何从TCGA数据库下载CNV（拷贝数变异数据），以及如何使用R语言来合并CNV数据。今天我们来基于合并之后的CNV矩阵来重现一篇SCI文章中的棒棒糖图。
生信交流平台·2023-08-13 22:20

学cpp看的那点书

C++C++Primer语言基础学习C++TemplatesTheCompleteGuide(2ndEdition)学习模板，更好的阅读STL源码，毕竟C++标准库大部分是模板。
502203305·2023-08-13 18:22

ggplot2优雅的自定义轴文本颜色

今天来主要介绍如何在不引入外部几何对象的前提下在图形的原有的基础上自定义修改轴文本颜色，也许恰好您正好有此特殊需求，希望对各位观众老爷有所帮助；下面来看具体案例；加载R包library(tidyverse)数据清洗data1%head(6)%>%mutate_if(is.numeric,function(x)x+10)%>%log10()%>%as.data.frame()%>%rownames_
R语言数据分析指南·2023-08-13 17:10

正则表达式（stringr包）

前言R语言的stringr包是由大名鼎鼎的HadleyWickham开发，是对于stringi的进一步封装。
范垂钦_92be·2023-08-13 12:54

R语言泊松(Poisson)分布

Poisson分布，是一种统计与概率学里常见到的离散概率分布，由法国数学家西莫恩·德尼·泊松（Siméon-DenisPoisson）在1838年时发表。泊松分布的参数λ是单位时间(或单位面积)内随机事件的平均发生次数。泊松分布适合于描述单位时间内随机事件发生的次数。当二项分布的n很大而p很小时，泊松分布可作为二项分布的近似，其中λ为np。通常当n≧20,p≦0.05时，就可以用泊松公式近似得计算
qq_27390023·2023-08-13 11:13

R语言均值，标准差等

max()#最大值min()#最小值mean()#均值median()#中位数var()#方差sd()#标准差sum()#总和range()#max和minwhich.max()#最大值下标（返回位置）which.min()#最小值下标sort()#排序
装在瓶子里的阳光_2a70·2023-08-13 10:13

三种聚类方法：层次、K均值、密度

一、层次聚类1）距离和相似系数r语言中使用dist(x,method="euclidean",diag=FALSE,upper=FALSE,p=2)来计算距离。其中x是样本矩阵或者数据框。
姚的日志·2023-08-13 09:39

学习R语言之ShinyApp（1）

学习R语言之ShinyApp（1）顾YY2018年8月1日不知怎么的开始接触R语言了，大概是因为公司中有人在使用R语言进行一些分析。最先知道R是因为python。
returngu·2023-08-13 05:54

R 数据可视化 —— ggforce（注释和分面）

例如，我们想展示不同种类的鸢尾花在花瓣长度和宽度上的区别，使用ggplot2，我们常用的绘制方式是ppn_pages(p)[1]54.2内容缩放ggplot2的缩放包括：坐标系统的缩放和位置的缩放，而ggforce
名本无名·2023-08-13 02:44

基于R做宏基因组结果的PCoA分析

决定从中重新挑选部分样本进行再分析步骤表格结果预处理在属水平genus参考原本结果已有的PCA图，尽可能挑选距离较远且聚团的样本选取不同样本属水平的丰度数据，整理成逗号分隔的csv文件代码演示library(vegan)#计算bray距离library(ggplot2
twocanis·2023-08-12 15:06

R语言基础--向量

R-基础-向量运行代码快捷键：ctrl+entertab补全控制台清屏：ctrl+l赋值（globaloptions=>appearance=>zoom=>150%符号皆为英文符号？函数名，查看帮助文档设置工作目录setwd('E:\bioinfo_study\one')#设置工作目录Error:'\o'isanunrecognizedescapeincharacterstringstarting
山竹山竹px·2023-08-12 14:29

2022-02-02 R语言-一行拆分成多行

  将一个单元格中的多个元素拆分成多行，如图。一行拆分成多行#示例代码df%as_tibble()%>%separate_rows(transcript_ID,sep=",")
NAome·2023-08-12 07:48

R语言初学者书籍推荐

Home|Bookdown这个网站上有很多R语言的书籍，并且一直在更新，阅读起来没有难度。今天搜索材料的时候，检索到下面这本书：有输入，才会有输出。
饮食有度的元气少女·2023-08-12 07:40

R语言的物种气候生态位动态量化与分布特征模拟实践技术

利用R语言进行物种气候生态位动态量化与分布特征模拟，不仅可以量化描述物种对环境的需求和适应性，预测物种的潜在生态位和分布，还可以模拟物种分布的动态变化，捕捉生物种群生态位的时空异质性。
Mr.靳靳477302280·2023-08-12 07:09

【R语言进阶】不同数值大小的比较

逻辑数值比较ComparisonoflogicalsTRUE==FALSE比较数字-6*14!=17-101比较英文字符串ComparisonofcharacterstringsJIAXUE_JIYIN==BEST_JINYIN_COMPANY将逻辑数值与数字进行比较ComparealogicalwithanumericTRUE==1TRUE==0TRUE==3直接比较中文字符佳学基因佳学基因佳学
genedecoders·2023-08-12 06:24

好书有售｜奥加提： 一场讲座｜A Lecture by Valerio Olgiati

瓦勒里欧·奥加提：一场讲座Olgiati：ALecturebyValerioOlgiati出版：Birkhauser语言：英语页数：108尺寸：15.24x14.73cm格劳宾登(graubünden)
大鱼建筑·2023-08-11 23:17

R语言ggplot2 | R语言绘制物种组成面积图（三）

文章目录面积图简介准备数据集加载数据集数据处理数据可视化  利用R语言绘制物种组成图。本文以堆叠面积图的方式与大家分享。面积图简介面积图又叫区域图。
酷在前行·2023-08-11 22:26

GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）

保姆级教程）一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载本文章主要参考了：①R语言的安装
新客草草·2023-08-11 21:56

Coding and Paper Letter（八十七）

文章目录1Coding:2Paper：1Coding:1.针对R语言新手的shiny培训教程。shinybeginners2.R语言包tinter，用于获取颜色的色调和阴影。
胖胖雕·2023-08-11 14:31

Buzz语音转文字安装使用(含Whisper模型下载)

可以简单理解为QT的前端界面，python语言构建服务端，使用Whisper语言模型进行计算语音转文字的软件。痛点在于离线，缺点也很明显，模型较大，高质量
JerryLXu·2023-08-11 13:01

R语言，leafletCN包，read.geoShape函数，json地图读取为sp对象

O(∩_∩)O哈哈哈~#ThuOct2216:13:242020-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.3forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任#——拎了个梨.rs.restartR()require(leafletCN)#read.geoShape函数，json地图读取为sp对象rm(list=ls());gc()#用于将geojson形状文件
youmigo·2023-08-11 12:05

复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图

第一是热图是二项值热图，只有0，1两个值，我们知道，在R语言版本的SCENIC分析中，最后可以得到二项值热图，那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。
TS的美梦·2023-08-11 11:40

pyscenic分析：视频教程

我们也说过，我们号是放弃R语言版的SCENIC的分析了，因为它比较耗费计算资源和时间，所以我们的单细胞转录因子分析教程都是基于pyscenic的分析进行的。
TS的美梦·2023-08-11 11:09

R语言之探索性数据分析1

首先得把dplyr和ggplot2知识综合起来如果没有安装tidyverse这个包的话，会出现错误提示library(tidyverse)Errorinlibrary(tidyverse):不存在叫‘tidyverse
分享之家·2023-08-11 03:46

R语言中的函数24：Combinat：combn(), permn()

介绍combinat中的combn()和permn()函数可以得到所有的排列组合的情况combn()函数combn(x,m,fun=NULL,simplify=TRUE,…)x–组合的向量源m–要取的元素的数量fun–应用于每个组合的函数(可能为空)simplify–逻辑的，如果是FALSE，返回一个列表，否则返回向量或数组实例permn()permn(x,fun=NULL,…)x–组合的向量源f
zoujiahui_2018·2023-08-11 02:37

R语言中的函数25：paste,paste0

文章目录介绍paste0()实例paste()实例介绍paste0()和paste()函数都可以实现对字符串的连接，paste0是paste的简化版。paste0()paste(...,sep="",collapse=NULL,recycle0=FALSE)…oneormoreRobjects,tobeconvertedtocharactervectors.sepacharacterstringt
zoujiahui_2018·2023-08-11 02:07

感谢一页书_fe0f

非常感谢一页书_fe0f订阅我的挤进R语言，一直以来挤进R语言是我的一个想法。虽然一直学习着，会一些基本操作。但是由于各种原因总是草草了事，对于写的热情也降低了。
TYBNII·2023-08-11 00:29

R语言实现线性回归

R语言是一种流行的统计和数据分析语言，你可以使用它来编写复杂的程序。
LiuTselin·2023-08-10 20:29

ggplot2气泡图的又一个小例子

今天公众号的一位读者留言说要做气泡图。他的数据如下image.pngID是X，log2FC用作y，class是分类变量用来填充颜色范围是A到I。P值用来映射点的大小。还有一个要求是能否突出p值=0.05")ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,color=Class,shape=group))+geom_point(alpha=0.5)+scale_siz
小明的数据分析笔记本·2023-08-10 18:39

R语言APSIM模型高级应用及批量模拟

随着数字农业和智慧农业的发展，基于过程的农业生产系统模型在模拟作物对气候变化的响应与适应、农田管理优化、作物品种和株型筛选、农田固碳和温室气体排放等领域扮演着越来越重要的作用。APSIM(AgriculturalProductionSystemssIMulator)模型是世界知名的作物生长模拟模型之一。APSIM模型有Classic和NextGeneration两个系列模型，能模拟几十种农作物、牧
Mr.靳靳477302280·2023-08-10 11:40

R语言4_安装BayesSpace

环境Ubuntu22/20,R4.1你可能会报错说你的R语言版本没有这个库，但其实不然。这是一个在Bioconductor上的库。
樱木之·2023-08-10 08:03

R语言5_安装Giotto

环境Ubuntu22/20,R4.1.已开启科学上网。第一步，更新服务器环境，进入终端，键入如下命令，apt-getupdateaptinstalllibcurl4-openssl-devlibssl-devlibxml2-devlibcairo2-devlibgtk-3-devlibhdf5-devlibmagick9-devlibcairo2-devlibxt-devlibgsl-dev#li
樱木之·2023-08-10 08:03
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