cellranger

cellranger参考数据库gtf过滤（过滤gene_biotype）

首先看下gff里面不同的genebiotype都是啥https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html#Biotypes***Biotype:**Ageneortranscriptclassification.***IGgene:**Immunoglobulingenethatundergoessomaticrecombination
myshu·2022-12-30 10:56

单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记

参考：单细胞实战(三)CellRanger使用初探接下来就是用cellranger软件进行分析，但是有一个前提，需要我们注意，系统性能要非常好，一般不太需要我们去做，很多文章都说这儿只需要了解一下，知道大概流程就行
leo12354·2022-12-07 04:57

Seurat包分析单细胞转录组数据代码

1.构建Seurat对象#install.packages('Seurat')rm(list=ls())#表达矩阵来自CellRanger分析结果data_dir500&          nFeature_RNA
qq_27390023·2022-11-28 20:16

【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

分析单细胞分析实录(1):认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录
R语言学堂·2022-11-25 14:13

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用CellRanger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。
TOP生物信息·2022-11-21 15:19

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

前面已经讲解了：单细胞分析实录(1):认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet
TOP生物信息·2022-11-21 07:53

单细胞-目录索引

本目录为单细胞相关分享索引，持续更新....1.上游数据处理01.单细胞测序上游-数据下载（适用于图形化界面）02.单细胞测序上游-从原始数据下载到cellranger定量2.单细胞下游分析01.单细胞入门
科研小徐·2022-09-18 22:57

单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读

单细胞分析流程之CellRanger相信做单细胞的小伙伴对CellRanger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下CellRanger的安装和使用方法。
云养江停·2022-09-11 22:52

Day3-单细胞数据fastq及cellranger

SRA-fastq-cellranger1.conda安装和管理#下载Miniconda3安装wget-chttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86
Sun506·2022-05-10 16:11

单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量

单细胞系列教程目录索引,持续更新...为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行分析#创建隔离环境condacreate-n10X#激活隔离环境condaactivate10X添加必要的conda镜像condaconfig--addchannelsconda-forgecondaconfig--addchannelsdefaultscondaconfig--addchannelsrco
科研小徐·2022-05-03 14:44

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

【在公粽号回复20210105就能看到示例数据了】前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用CellRanger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。
TOP生物信息·2022-02-27 23:55

单细胞实战(3)：STAR分析单细胞数据

前言在利用cellranger比对单细胞reads时，可以发现有STAR的进程夹杂在里面，那么STAR可以用来比对单细胞数据吗？
周小钊·2022-02-20 16:53

2020-08-06 在hyper-V安装ubuntu并运行CellRanger count流程

准备工作我的组装台式机主要配置英特尔（Intel）i9-9820X酷睿十核盒装CPU处理器（10核20线程）微星（MSI）X299GAMINGPROCARBON主板（IntelX299/LGA2066）金士顿(Kingston)DDR4240016GB台式机内存条骇客神条Fury雷电系列8条（128GB）西部数据(WD)黑盘4TBSATA6Gb/s7200转256M台式游戏硬盘(WD4005FZB
Yuchen_Li·2022-02-16 15:40

2022-01-28 如何一步一步找到cellranger的源代码（含不同颜色文件意思）

首先找到cellranger在哪里whichcellranger用cd到该文件夹的lib里ls可以看到python再次进入就可以看到了下面是linux约定不同类型文件默认的颜色白色：表示普通文件蓝色：表示目录绿色
那就不减肥了·2022-02-15 17:01

2021-12-30更新-Linux语言学习（Cell Ranger）

重拾linux语言的学习是因为要学习cellranger了，悄悄给自己立下flag要看懂cellranger的源代码。所以话不多说开始吧。
那就不减肥了·2022-02-14 14:45

单细胞分析seurat包学习笔记1

该Read10X函数从10X读取cellranger管道的输出，返回唯一分
麒麟991·2022-02-08 18:12

Seurat学习与使用（一）

上篇介绍了单细胞rna-seq分析的第一个步骤——数据质控和定量（10X单细胞测序之cellranger介绍）。接下来将介绍下第二个步骤——细胞质控、聚类及差异分析。
小胡子老爷·2022-02-07 14:39

单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵

CellRanger是一个“傻瓜”软件，你只需提供原始的fastq文件，它就会返回feature-barcode表达矩阵。
TOP生物信息·2022-02-06 16:46

单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder

起因：最近有个问题样本，跑完cellranger，样本的cellranger结果如下，细胞数目极高(3W+)。
whitebird·2021-12-22 13:44

单细胞分析流程之Cell Ranger结果解读

单细胞分析流程之CellRanger结果解读各位小伙伴大家好！
生信宝库·2021-11-20 10:01

CellRanger网页报告浅蓝色部分

下面的内容是从10Xcellranger官网里面看到的关于cellranger3.0以后的版本网页报告中的浅蓝色部分如何计算得到的讲解。
Zee_李海海·2021-08-06 15:52

cell ranger分析结果详细解读

cellranger输出结果目录结构如下所示├──analysis│ ├──clustering│ ├──diffexp│ ├──pca│ └──tsne├──cloupe.cloupe├──filtered_feature_bc_matrix.h5
生信修炼手册·2021-04-23 20:01

单细胞上游软件cellranger从头说

对于我们的10x数据上游分析，主要靠cellranger拆分bcl安装bcl2fastq这是它的官网：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software
小潤澤·2021-04-22 16:41

cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr

在学习cellrangeraggr这一步之前，还是需要再一次复习10xGenomics的测序原理。在cellrangeraggr部分，官网（https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/aggregate）是这么说的：Whendoinglargestudiesi
生信start_site·2021-03-23 00:46

单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分

在之前的文章里，我主要讲了如下两个内容：(1)认识CellHashing；(2):使用CellRanger得到表达矩阵。
TOP生物信息·2020-12-30 19:07

cellranger使用前数据准备

一般来说，我拿到的测序公司给我交付的数据是可以直接作为cellranger的input的。
jjjscuedu·2020-11-04 10:08

单细胞转录组基础分析(1)：分析环境搭建

上游分析软件CellRanger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。
caoqiansheng·2020-10-03 12:18

使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（三）：Example Analyses

此示例数据是用10X的cellRanger软件处理得到的，其中包括了几种不同的无监督聚类方法得到的细胞分群信息。本示例
Davey1220·2020-09-15 12:05

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）

image.pngGeneratingFASTQswithcellranger-atacmkfastqOverviewcellranger-atac软件提供了cellranger-atacmkfastq
Davey1220·2020-09-15 11:54

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）

image.pngCellRangerATAC简介cellranger-atac软件是用于处理10xGenomics平台ChromiumSingleCellATAC-seq测序数据的分析流程。
Davey1220·2020-09-13 21:57

10X cellranger 报错解决办法

越来越多的同学开始自己尝试做10X单细胞转录组数据分析了，除了Linux的基本命令之外，首先用到的软件是cellranger。失败是成功之母，对一个新手来讲很可能会遇到这样那样的问题。我们该怎么办呢？
周运来就是我·2020-08-28 21:05

（二）单细胞转录组数据分析之数据质控与归一化

这里注意一下，10X数据格式与用Cellranger生成的格式一致。具体步骤：（一）一些必要包的读取，当
Kevin_Hhui·2020-08-27 01:32

什么？你做的差异基因方法不合适？

单细胞系列教程收藏北大生信平台”单细胞分析、染色质分析”视频和PPT分享Science:小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标10X单细胞测序分析软件:Cellranger，从拆库到定量Hemberg-lab
生信宝典·2020-08-11 17:08

10X 靶向单细胞基因表达测序|| Panel文件与基本结果

靶向基因表达与Chromium单细胞3’基因表达和5’基因表达解决方案(包括特征条形码技术)完全兼容，并依赖于相同的底层CellRanger分析软件。
周运来就是我·2020-07-19 09:02

特殊物种cellranger基因组质量评估

---我们实验室是研究雪莲的，可以做10X单细胞转录组吗？···可以---我们实验室前几年做了雪莲的基因组，没有发表，师兄做的，不知道质量怎么样，可以做10X单细胞转录组吗？···可以---我们实验室做的雪莲三代转录组，有一个基因组，基于这个可以做10X单细胞转录组吗？···可以所以说，基因组是生命科学实验室基础建设的一部分，在不远的将来，单细胞也会是。要回答上述问题，首先要明白的一点就是：基因组
周运来就是我·2020-05-19 17:52

scATAC数据分析流程（上）

DataprocessingusingCellRangerATACsoftware用CellRanger软件做的事情：alignment,deduplicationandidentificationoftransposasecutsites
Shaoqian_Ma·2020-04-29 20:51

单细胞数据挖掘||DOSE：疾病本体论语义相似分析

在拿到单细胞数据之后，我们指的跑完了cellranger、scater、singleR、seurat、monocle这些培训班老师带你走完的流程之后，要进一步的挖掘或者辅助挖掘往往就要和具体的生物学过程结合到一起了
周运来就是我·2020-04-11 22:12

使用Rtsne包进行t-SNE降维分析

在cellranger等专门的分析单细胞数据的软件包中，都提供了t-SNE降维和可视化分析，但是由于不同软件对于数据数据格式的要求不同，某些情况下，无
生信修炼手册·2020-03-31 23:11

10xgenomics做scRNA-seq

PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH##fastq文件名字要改为SRR6230316_S1_L001_R1
njmujjc·2020-03-20 10:01

使用cell ranger拆分10X单细胞转录组原始数据

cellranger是10Xgenomics公司提供的，专门用于分析10X单细胞转录组数据的pipeline,包含了原始数据拆分，表达定量，聚类分析等多个功能，本文主要介绍如何使用该软件来拆分原始数据。
生信修炼手册·2020-03-17 19:48

使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果

10Xgenomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cellRanger软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-LoupeCellBrowser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便
生信修炼手册·2020-03-12 01:42

Seurat 3.0 实例教程

Read10X函数从10X读取cellranger流程的输出，返回UMI计数矩阵。矩阵中的值表示每个特征(即基因;在每个细胞(列)中检测到的。接下来，我们使用count矩阵创建一个Seurat对象。
巴拉巴拉11·2020-02-11 16:17

实验记录3：用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类

梗概将Cellranger中的基因表达矩阵filtered_gene_bc_matrices用于分析。
MC学公卫·2020-02-09 07:52

一文读懂单细胞测序分析流程

本教程已更新，更新时间：2019/12/27摘要一文介绍单细胞测序生物信息分析完整流程，这可能是最新也是最全的流程基础流程（cellranger）单细胞流程cellranger数据拆分cellrangermkfastq
小光amateur·2020-02-08 04:44

Monocle拟时间分析随笔

输入文件导入方法Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsvgenes.tsvmatrix.mtx
尧小飞·2020-02-01 19:41

单细胞分析1（一文读懂单细胞测序分析流程）

基础流程（cellranger）(细胞管理员)170336847_1_20190906045326454.jpgcellranger数据拆分cellrangermkfastq可用于将单细胞测序获得的BCL
成静_fcf9·2020-01-11 10:58

10X单细胞测序分析软件:Cell ranger

一般生物信息流程主要由软件（安装与参数）、数据库（结构和生物学意义）和数据分析（统计学和编程）组成，目前单细胞分析用到的软件主要是FastQC、Cellranger和R包Seurat、
周运来就是我·2020-01-06 21:15

kallisto | bustools: 单细胞数据分析不止cellranger！

PállMelsted,A.SinaBooeshaghi,FanGao,EduardoBeltrame,LambdaLu,KristjánEldjárnHjorleifsson,JaseGehringandLiorPachter,Modularandefficientpre-processingofsingle-cellRNA-seq,bioRxiv,2019对单细胞RNA-Seq数据的分析涉及一
周运来就是我·2019-12-19 12:55

单细胞转录组-2

2分析流程·对于10x数据来说上游分析一般选用10x公司自带的CellRanger,集成比对定量等很多功能，一步分析即可得到表
nnlrl·2019-10-11 17:02

CellRanger走起(五) 理解cellranger count的结果

这次是作为了解的内容Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的barcodedBAMfiles也可以放到IGV中查看比对质量count结果一般放在out目录下，主要有summary
刘小泽·2019-09-20 11:35
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