cellranger

CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概览

刘小泽写于19.5.7主要看流程，这一篇不涉及真实数据展示总的来说，CellRanger主要的流程有：拆分数据mkfastq、细胞定量count、定量组合aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如
刘小泽·2019-09-20 11:09

CellRanger走起(三) 使用初探

刘小泽写于19.5.6首先对上次改好名称的fastq数据进行质控#以P2586-4为例mkdir-p$wkd/qccd$wkd/qcfind$wkd/raw/P2586-4-name'*R1*.gz'>P2586-4-id-1.txtfind$wkd/raw/P2586-4-name'*R2*.gz'>P2586-4-id-2.txtcatP2586-4-id-1.txtP2586-4-id-2.
刘小泽·2019-09-20 11:30

CellRanger走起(二) 使用前注意事项

单细胞实战(二)CellRanger使用前注意事项刘小泽写于19.5.4-5.5上次拿到了sra原始数据，接下来就要使用10X官方的软件cellranger进行操作了，但使用前需要注意几个地方将SRA转为
刘小泽·2019-09-20 11:42

CellRanger走起(一)数据下载

刘小泽写于19.5.3数据来自2018年9月的NC文章AcquiredcancerresistancetocombinationimmunotherapyfromtranscriptionallossofclassIHLA文章解读在：https://www.jianshu.com/p/b818e38f7e9c实验设计共有两名患者：患者2586-4：Theprimarypatient(2586-4)
刘小泽·2019-09-20 10:47

2019-06-07

实验记录51、重登账号上传cellranger-3.0.2，基因组注释文件，原始数据于/home/yuyb/yuyb/zhaoliping。
苹果皮好多皮·2019-06-08 17:28

10x genomics RNAseq数据分析实战

10x数据类型：10x数据类型每个样本测出3个fastq，通过I1,R1,R2来区别，下载安装cellranger，下载所需要的reference，（一）跑cellrangercount/home/XXX
11的雾·2019-04-22 10:06

单细胞软件安装和测试

刘小泽写于18.9.29上一次是理论知识和准备工作，这次开始软件安装和测试软件安装和检测cellranger这个软件内容十分丰富，整合了大量的第三方工具，因此解压需要一段时间，解压完成后导入环境变量，按照官方要求
刘小泽·2018-09-29 22:25
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