kallisto | bustools: 单细胞数据分析不止cellranger！

Páll Melsted, A. Sina Booeshaghi, Fan Gao, Eduardo Beltrame, Lambda Lu, Kristján Eldjárn Hjorleifsson, Jase Gehring and Lior Pachter, Modular and efficient pre-processing of single-cell RNA-seq, bioRxiv, 2019

对单细胞RNA-Seq数据的分析涉及一系列预处理步骤，包括:

• (1)将reads与其原始细胞相关联，
• (2)根据唯一分子标识符(UMIs)折叠reads，
• 以及(3)从reads生成特征细胞矩阵。

我们最近为单细胞RNA-seq数据引入了 BUS file format，以促进数据预处理模块工作流的开发。它包括条形码和来自scRNA-seq 的UMI序列的二进制表示，以及通过比对参考转录组的伪比对获得的等价类集(因此缩写为条形码、UMI、Set)。我们在kallisto中实现了一个名为bus的命令，它允许从任何单细胞RNA-seq技术中高效地生成bus格式。操作BUS文件的工具是作为bustools包的一部分提供的。

kallistobus提供教程和工作流程，学习如何使用kallisto和bustools程序一起执行单细胞RNA-seq预处理，我们建议从入门页面开始。有关常见问题的答案，请参阅kallisto和applications,详细描述了kallisto | bustools的工作流程。

https://bustools.github.io/BUS_notebooks_R/velocity.html