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10X单细胞
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组个性化分析-拟时序分析
当细胞在不同状态间转变时,会经历
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重组的过程,其中一些基因被沉默,而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征,因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。
Seurat_Satija
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2024-03-09 16:31
一张图读懂人工智能
二、大型语言模型的训练过程和应用场景,包括文本到文本、图像到文本、语音
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等多个方面。同时也提到了不同模
UPUPUPEveryday
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2024-03-05 09:01
人工智能
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组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
按照
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组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致?
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
【文献分享】拟南芥叶片空间
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组
空间
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组(SpatialTranscriptomics)是测量完整组织切片的总mRNA,将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合,并绘制所有基因表达发生的位置,获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。
jjjscuedu
·
2024-02-20 09:21
扩展语音识别系统:增强功能与多语言支持
这可以使得我们的系统不仅仅是一个
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工具,还能够进行语音交互。情感分析--通过结合情感分析模型,我们可以识
GT开发算法工程师
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2024-02-19 22:24
语音识别
人工智能
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞
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组测序分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
·
2024-02-19 18:22
【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学
在这里,我们使用空间
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组技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量,以及ALS患者的死后组织,以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学,区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间
六博说
·
2024-02-19 16:35
单细胞
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组基础分析六:伪时间分析
本文是参考学习单细胞
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组基础分析六:伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
·
2024-02-19 12:25
scIMC:scRNA-seq插补方法基准
在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件,它扭曲了基因表达,显著影响了单细胞
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组的下游分析。
tzc_fly
·
2024-02-19 12:03
单细胞多组学分析
人工智能
宝藏R包:TCGA的
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组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包,写包简化了芯片数据下游分析之后,我正想着写
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组下游分析的简化版,就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!
小洁忘了怎么分身
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2024-02-15 09:09
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调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、
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因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
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2024-02-15 04:49
利用三代
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本升级基因组注释(gff3)
因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代
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组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利,通过三代
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本比对到基因组,
郝永超M1racle
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2024-02-15 01:54
单细胞测序最好的教程(二):归一化
由于单细胞测序技术的限制,我们在样本中获得RNA的时候,经过了分子捕获,逆
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还有测序。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-
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组测序(差异分析篇)...
原标题:一个生信素人的上道经验分享-
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组测序(差异分析篇)
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组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段,自从
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组测序问世以来,已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873
·
2024-02-14 06:17
python基因差异分析包
PySCENIC(一):python版单细胞
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组
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因子分析
关于单细胞
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组
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因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的,参考:跟着Cell学单细胞
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组分析(十二):
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组因子分析,但是R语言分析起来速度非常慢,如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周,这显然不现实
TS的美梦
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2024-02-14 06:47
python
r语言
开发语言
单细胞
转录因子
Python
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组学分析框架:Omicverse的安装教程
Python
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组学分析框架:Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学(包括Bulk和单细胞分析)的基础框架。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:46
python
开发语言
单细胞数据分析之PCA再认识与ScaleData函数
我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交,样本呈高斯分布;2、主成分分析假设源信号间彼此非相关;那么这里我们需要讨论一下,我们的单细胞或者空间
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组数据是呈现高斯分布的么
单细胞空间交响乐
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2024-02-14 04:18
10X空间
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组分析回顾之Giotto
这一篇我们回顾一下10X空间
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组的分析软件----Giotto,文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata
单细胞空间交响乐
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2024-02-14 04:30
10X单细胞(10X空间
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组)通讯分析之汇总(scSeqComm)
开工第一天,开年红包到手,不知道大家工作的怎么样呢??这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析,参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm,开年了,新的开始,我们来汇总一下细胞通讯2种主要的信号机制anintercellularsignal
单细胞空间交响乐
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2024-02-14 02:25
介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet
作者:童蒙编辑:amethyst引言随着技术的进步,测序成本的降低,单细胞
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组的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁
·
2024-02-14 01:55
内源性逆
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病毒一(基础知识)
内源性逆
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病毒概念:逆
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病毒属于逆
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病毒科(Retroviridae),是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节RNA病毒。
吕强强学生信
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2024-02-13 21:24
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组文章 | 2022《Journal of Hazardous Materials》细胞壁多糖在水稻钒解毒中的作用及其
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组机制
一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用,这有助于植物体内重金属的解毒。然而,目前有关于钒(V)与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有,尤其是有关于对水稻(OryzasativaL.)的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象,探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响,揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明,水稻根系抑制了V的向上迁移,V在根系细胞壁中的积累量达
生信师姐
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2024-02-13 19:17
【算法详解】STitch3D:空间
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组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法,实现更高分辨率的3D结构重建
目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文:Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构,生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255
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2024-02-13 18:32
算法详解
算法
论文阅读
论文笔记
机器学习
人工智能
R、python读取空间
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组的8种方式
“空间
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组测序主要包括5个步骤,我们着重下游分析部分:空转数据分析和可视化。
生信小博士
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2024-02-13 18:01
python
服务器
linux
NAC
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因子家族分析文章解读
这是一篇今年4月25日发表在BMCPlantBiology(的NAC
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因子家族分析文章,文章内容很简单,一起来看一下具体内容:说起基因家族分析,不外乎以下分析内容:1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域,
组学大讲堂
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2024-02-12 19:33
2022-07-28
2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=38.272推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者分析了来自57个PDAC、22个正常样本的80000个T细胞,并使用单细胞
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组学和
图灵基因
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2024-02-12 13:17
10X空间
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组的文献思路简单分析
这一篇我们简单回顾10X空间
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组的分析思路和过程,上一篇说到,ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑,所以难度上,比单细胞需要更高,对人的
单细胞空间交响乐
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2024-02-12 12:59
应用Cellpose进行细胞核分割
在这个教程中,我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose(包含在squidpy.im.segment)进行空间
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组数据图像的细胞核分割。
JUpter_
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2024-02-12 10:39
2022-11-19
在此
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因是子静坐法,供大家参考共学。《因是子静坐养生法》中,运用通俗的语言和科学方法对静坐养生法进行了较系统的阐释,对养生文化的普及起了很大的推动作用。
净心斋
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2024-02-12 03:27
UCSC Cell Browser:可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具
自2010年以来,单细胞
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组文章数量呈指数级增长。这种增长导致了对交互式工具的需求,这些工具让科研人员在与合作者更深入地进行计算分析之前,能够在高水平上探索和理解这些复杂的数据集。
尐尐呅
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2024-02-11 17:03
单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应
今天继续搬砖主要学习了一下内容:单细胞
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组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞
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组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
天涯清水
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2024-02-11 14:47
链特异性测序及在IGV中的可视结果
通过链特异性测序,我们可以清楚的知道得到的reads跟
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本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。
LeoinUSA
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2024-02-11 09:26
lncRNA
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组分析泌乳母猪热应激机制
长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在
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和
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后调控中发挥重要作用。但是,lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。
felix108
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2024-02-11 06:37
芯周刊·第15期 | 代谢组+
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组+单细胞
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组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应
01代谢组+
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组+单细胞
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组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答,参与免疫检查点阻断治疗,但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚,胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润
生物芯时空
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2024-02-10 15:23
单细胞
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组测序---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析,我在GEO数据库中下载了10个样本(GSE182135),完整的的代码如下,做一个记录,还在摸索阶段,如果有不对的地方也请大佬们指正。后续想再写一下每个步骤的知识点,也有助于自己的学习梳理。1.首先将十个样本的测序数据下载到本地。过滤后合并#GEO:GSE182135,10个样本合并library("scde")library("DEsingle")libra
生信小白花
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2024-02-10 03:19
scanpy官方教程2022||05-空间
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组数据分析
scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本,这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间
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组数据分析
信你个鬼
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2024-02-10 02:55
TCGA新版数据库表达矩阵提取
现在使用TCGAbiolinks下载
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组数据后,直接是一个SummarizedExperiment对象,这个对象非常重要且好用。
医学和生信笔记
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2024-02-10 00:22
三代
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组系列:使用Cogent重建基因组编码区
尽管目前已测序的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去测序,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的
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组还是能够凑合用的。
xuzhougeng
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2024-02-09 23:06
三维基因组|分子生物学简介 (1)
分子生物学也是对复制、
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、翻译和细胞功能过程的分子基础的研究,这是理解该领域的一个很好的起点。为了更好地理解三维基因组的内容并为广大读者服务,我们首先回顾一下一些重要的概念。
冷冻工厂
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2024-02-09 09:10
程序人生
Week9 — 遗传DNA甲基化在早期胚胎发育中对染色质开放性的调控机制研究
InheritedDNAmethylationprimestheestablishmentofaccessiblechromatinduringgenomeactivationdoi:10.1101/gr.228833.1172018年5月发表于GenomeRes.概括提出问题:动物受精后表观修饰会从配子全部或部分遗传给后代,这个过程需要正确的
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调控
六六_ryx
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2024-02-09 05:46
单细胞
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组|Seurat 4.0 使用指南
正好前段时间刚做过单细胞
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组分析,今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记
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2024-02-09 01:56
单细胞
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组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化
1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d
青青青山
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2024-02-08 23:32
最新1区9+非肿瘤纯生信,逻辑清晰易懂,机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊,抓紧上车!
3两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析4基于分型的非肿瘤生信分析5单细胞结合普通
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组生信分析目前非肿瘤生信发文的门槛较低,欢迎有需要的朋友!
生信小课堂
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2024-02-08 22:54
「
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组」从环境配置之conda
image.png什么是condaconda:开源包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。系统:适用Linux,OSX和Windows。For:为Python程序创建的,但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量
旮旯蜗牛_c299
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2024-02-08 21:35
mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”?没那么容易被“转”
这两天,一段聊天记录在网上热传,聊天记录中,名为“姜凯NY”者称,mRNA新冠疫苗可以通过逆
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,将病毒的基因插入人体染色体,接种者将因此变成转基因人。一时间,引发很多人的担忧。
BBCearth
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2024-02-08 14:56
中国电子学会2020年06月真题C语言软件编程等级考试一级(含解析答案)
中国电子学会考评中心历届真题(含解析答案)C语言软件编程等级考试一级2020年06月编程题五道总分:100分一、鸡尾酒疗法(20分)鸡尾酒疗法,指“高效抗逆
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病毒治疗”。
CC编创
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2024-02-08 12:33
中国电子学会历届真题C语言
算法
c语言
数据结构
c++
CRNN介绍:用于识别图中文本的深度学习模型
用于识别图中文本的深度学习模型CRNN介绍:用于识别图中文本的深度学习模型CRNN的结构组成部分工作原理CRNN结构分析卷积层(ConvolutionalLayers)递归层(RecurrentLayers)
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层
kadog
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2024-02-08 07:50
By
GPT
深度学习
人工智能
rnn
笔记
Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响
借助16S扩增子、宏基因组、
转录
组等生物学技术,我们一起来探究在太空环境下,微生物所发生的变化。航天飞行期间,小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7
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2024-02-08 05:16
R统计绘图 - 柱状图
39个
转录
组分析工具,120种组合评估(
转录
组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的
生信宝典
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2024-02-08 01:35
DNA replication stress --DNA 复制压力
有许多原因会导致复制压力,其中有:1.核糖核苷酸的错误掺入2.不寻常的DNA结构3.复制和
转录
同时进行的问题4.基本复制因子不足5.染色质处于压缩状态(Chromatininaccessibility)
寒山梦绮
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2024-02-07 18:58
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