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生物信息学
生物信息学
必知必会的Linux/Unix命令
我们之前分享过一篇文章:清华大学
生物信息学
课件资料分享,各位屯资料的小松鼠,有没有认真跟着学习呢?我翻了翻,立马就看到了干货。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
linux
运维
服务器
北大公开课-2
生物信息学
历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成,组合小程序完成各个任务一切皆文件避免人机交互,中间不需要输入任何内容能简写绝不写全称
番番番茄小姐
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2024-01-21 18:24
生物信息学
导论-北大-变异的功能预测3(Comparative Modeling)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling,指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放:同源建模HomologyModeling:SWISS-MODEL执行:先在数据库中搜索(i.e.BLAST)找到至少一个
陆沙
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2024-01-21 17:34
生物信息学
生物
生物信息
生物信息学
导论-北大-变异的功能预测2(SAPRED)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题:如何区分致病变异和中性变异?如何预测一个变异是否致病?方法:Conservation-based:SIFTRule-based:PolyPhenClassifier-based:PolyPhen2,SAPREDSAPRED:SingleAmino
陆沙
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2024-01-21 17:04
生物信息学
生物信息
生物
生物信息学
导论-北大-变异的功能预测1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation(胚系突变)来自父母的遗传,是生殖细胞携带的突变,可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation(新发突变)父母本身没有突变,一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见,一般不会带来功能性的问
陆沙
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2024-01-21 17:03
生物信息学
生物
生物信息
MCM备赛笔记——图论模型
图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、
生物信息学
、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图:顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系,如社交网络中的友谊关系。
我我我想出去玩
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2024-01-21 10:47
数学建模
笔记
图论
数学建模
三个月自我更新计划(第5周)
1)书籍阅读方面:《
生物信息学
》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节,共5个小节,20页;计划安排7天,每天2-3页或1个小节。
Diamondbacks
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2024-01-19 12:48
序列比对原理
在
生物信息学
研究中,序列比对是一个非常基础的问题,在很多研究中都会用到。
生信自修室
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2024-01-18 05:40
推荐一本
生物信息学
相关在线电子书
我是在找snakemake参考资料的时候找到的这本在线电子书,链接是https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/image.png查了下作者的信息,这个是作者的主页https://eriqande.netlify.app/image.png全书总共29个章节,但是其中某些章节还没有写完image.pngimage.png前面14个章节介绍了linu
小明的数据分析笔记本
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2024-01-16 20:10
会议 | 宏基因组和
生物信息学
进行病原检测的进展和未来
文献信息文章:Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志:Microbiome时
胡童远
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2024-01-16 07:41
生物信息学
之同源性、相似性、一致性和直旁系同源
作为
生物信息学
中序列分析方面的核心概念,话不多说直接上核心内容:同源性:具有共同进化祖先的两条序列称为同源序列。同源性没有程度之分,要么是同源,要么非同源,高度同源这种说法是错误的。
AIzealot无
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2024-01-16 02:33
生物信息学
序列
生物信息学
及其研究方向与应用
生物信息学
是生物er在AI以及cs时代的出路,所以AI以及生信一定是生物er的出路,21世纪的生物只有和最具生产力的行业结合,才能爆发出生命力,哦不,拿到高薪。
AIzealot无
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2024-01-16 02:32
生物信息学
计算生物学
生物
生物信息学
之序列比对
从事
生物信息学
方面的研究利用了有生产力的CS方面的技术来研究生物领域的内容。当研究基因和蛋白质时,常常涉及到专有名词——序列比对。何为序列比对呢?
AIzealot无
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2024-01-16 02:02
程序猿的基本素养
生物信息学
序列比对
同源序列
科研绘图(四)火山图
火山图是
生物信息学
中常用的一种图表,用来显示基因表达数据的变化。
BZD数模社
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2024-01-15 20:55
科研绘图
python
开发语言
数学建模
绘图
火山图
基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR
分子生物学的基础知识对正确运用
生物信息学
工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿
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2024-01-15 17:57
2022-09-28
癌症基础和转化研究中的大数据,影响诊断和治疗决策原创榴莲不酥图灵基因2022-09-2810:09发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:榴莲不酥IF=69.800推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:大数据分析、
生物信息学
和人工智能的结合使人们对癌症生物学的基本理解和转化取得了显著进展
图灵基因
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2024-01-15 04:20
.【机器学习】隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)
概率图模型可以用于机器学习,人工智能,自然语言处理,计算机视觉,
生物信息学
等领域。一、马尔科夫模型随机过程马尔科夫过程马尔科夫链状态转移矩阵通过训练样本学习得到,采
十年一梦实验室
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2024-01-14 06:52
机器学习
人工智能
用R语言随便编一个模拟fasta序列
在
生物信息学
中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
小贝学生信
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2024-01-12 22:31
《未来简史》
如果能在两年前就接触到分子生物学并由此领悟到生命的算法,我一定会选择考
生物信息学
(青岛大学
生物信息学
要我我没去)。就像图二《人人都是产品经理》暗示从化学转行到生物医药的我再转行到
生物信息学
一样。
1379号监听者
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2024-01-11 07:16
非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用
>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在
生物信息学
和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。
懒麻蛇
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2024-01-11 02:04
矩阵
机器学习
线性代数
人工智能
【MOOC-
生物信息学
-序列比较】
一、认识序列FASTA格式第一行:“>”+名称或其他注释第二行及以后:字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列,它们很可能有相似的空间结构和生物学功能,即相似的序列->相似的结构->相似的功能可用序列相似、结构功能已知的蛋白质推测当前仅知道序列的蛋白质2.一致度与相似度一致度(identity):如果两个序列(蛋白质或核酸)长度相同,那么它们的一致
HuangXinyue1017
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2024-01-11 01:16
生物信息学
从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈
R与Python,在
生物信息学
领域的博弈异常激烈。许多生信分析,两个阵营都发展出了自己的方法,比如单细胞数据分析,R有Seurat,Python就有Scanpy。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:22
数据分析
r语言
python
数据挖掘
开发语言
生物信息学
软件:两种风格
生物信息学
目前有两种极为不同的手段:一种是基于网络的工具,另一种是基于命令行的工具。基于网络的工具有时也被称为“点击工具”,使用这些工具并不需要具备编程知识,可以直接上手使用。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:52
生物信息学
中的可重复性研究
在
生物信息学
领域,这意味着如下内容。工作流应该有据可查。这可能包括在电脑中保留文本文档以便复制和粘贴复杂命令、网址或其他形式的数据。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:50
如何删除有90%以上一致性的序列
写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对
生物信息学
特别感兴趣,于是想自学
生物信息学
(新手莫怪)。了解到
生物信息学
要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、P
天明豆豆
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2024-01-09 18:40
2022-05-18
CanDisc|基于复发性癌基因共变异的精准联合疗法图灵基因图灵基因2022-05-1813:24收录于合集#前沿分子生物学技术德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家报告了一种新型
生物信息学
平台的开发,
图灵基因
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2024-01-07 05:56
生信人的自我修养:Linux 命令速查手册
如果你对
生物信息学
感兴趣,欢迎在公众号或知乎关注我。博客:
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-05 13:27
linux
java
shell
python
大数据
【
生物信息学
】层次聚类过程
文章目录一、理论二、实践过程1过程2一、理论 层次聚类是一种基于树状结构的聚类方法,它试图通过在不同层次上逐步合并或分裂数据集来构建聚类结构。这个树状结构通常被称为“树状图”(dendrogram),其中每个节点代表一个数据点或一组数据点,而连接节点的分支表示聚类的形成过程。 下面是层次聚类的一般原理:距离矩阵计算:首先,计算数据集中每对数据点之间的距离。这可以是欧氏距离、曼哈顿距离、相关性等
QomolangmaH
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2024-01-04 09:09
人工智能
「摸鱼快报008」看不懂机器学习西瓜书? 没关系, 南瓜书来帮你!
摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地收集优质
生物信息学
及相关领域资料带给大家的小栏目,力求废话不多,干货为王.下面内容引用自官方github首页,帮助你快速了解推出南瓜书的目的:“周志华老师的《
卖萌哥
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2024-01-04 07:51
生信数据类型
生信是指
生物信息学
,是研究生物大数据的采集、存储、分析和解释的学科领域。
m1chiru
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2024-01-03 23:39
数据库
ExpHunterSuite
ExpHunterSuite是一种用于基因表达数据分析的
生物信息学
工具套件。它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因,并对其进行注释和功能富集分析。
m1chiru
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2024-01-03 23:09
学习方法
聚类算法介绍
聚类算法在数据挖掘、图像分割、文本分类、
生物信息学
等领域都有广泛的应用。
亦旧sea
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2024-01-03 21:06
算法
聚类
支持向量机
生信人的20个R语言习题-高级
R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样,在
生物信息学
领域
DrKu
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2024-01-02 17:56
R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | (收藏篇)
收藏篇)R语言绘制截断图教程教程视频:R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|(收藏篇)-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記”公众号、知乎、平台,主要发表或收录
生物信息学
的教程
小杜的生信筆記
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2024-01-02 08:26
序列比对简介1
序列比对是
生物信息学
中非常重要的一部分,它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性,从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起,并逐个字符进行比较。
Bioinfotec
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2024-01-01 10:37
算法
2023最后一个工作日
2023年教程汇总|《小杜的生信笔记》「小杜的生信筆記」,主要发表或收录
生物信息学
的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
小杜的生信筆記
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2023-12-30 15:08
R语言精美图形绘制教程
r语言
开发语言
3D热图
热图
热图绘制教程
生物信息学
R语言
——
生物信息学
了解一下
别担心,来到重庆邮电大学
生物信息学
专业上述愿望统统帮您实现!
Yolanda_44ad
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2023-12-30 09:59
学学这篇免疫浸润文章和作者一样发5+分
Anovelimmune-relatedgenesprognosisbiomarkerformelanoma-associatedwithtumormicroenvironment.在文章中作者构建了基于8个IRGs的黑色素瘤预后分类器模型,而且进行了全面的
生物信息学
分析
科研菌
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2023-12-29 23:21
BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到
//bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式(BrowserExtensibleDataformat)是一种在
生物信息学
中广泛使用的文本文件格式
生信小博士
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2023-12-29 19:10
信息可视化
云鹏农学实习报告
寒假结束,2月25号,我来到了我实习老师赵彦宏老师的办公室,从此开始了我三个月的实习生活;我自己给自己定的目标有三个:1、在校实习三个月,必须完成毕业论文;2、学习到
生物信息学
专业知识,自己可以处理数据
8云8
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2023-12-27 05:14
机器学习中的强学习器:AdaBoost算法详解
错误率与权重更新3.AdaBoost的工作流程3.1初始化权重3.2训练弱学习器3.3更新样本权重3.4构建强学习器4.AdaBoost的优缺点4.1优点4.2缺点5.应用场景5.1图像识别5.2语音处理5.3
生物信息学
轩Scott
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2023-12-26 11:21
机器学习
学习
算法
R语言处理缺失值之naniar包
获取更多R语言和生信知识,请欢迎关注公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享:1.医学小知识、肛肠科小知识;2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等;3.
生物信息学
学习资料和自己的学习笔记
医学和生信笔记
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2023-12-26 06:14
数据分析
r语言
数据分析
数据挖掘
python
这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape(http://metascape.org/)是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的
生物信息学
分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
生信宝典
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2023-12-25 22:07
决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林
主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、
生物信息学
等。前面介绍了超多DCA的实现方法,基本上常见的方法都包括了,代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记
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2023-12-23 21:29
遗传图谱应用分析案例:菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】
遗传图谱遗传图谱(Geneticmap),是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术,对某物种家系样本进行测序,利用
生物信息学
方法,开发SNP分子标记,计算标记间的遗传连锁距离,绘制高密度遗传图谱。
百迈客生物
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2023-12-23 03:06
TCR-seq数据分析(一)
该方法诞生的目的就是用
生物信息学
手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子,即T细胞受体多样性的检测技术,用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记
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2023-12-21 13:08
生物信息学
R分析工具包ggkegg的详细使用方法
ggkegg介绍ggkegg是一个用于
生物信息学
研究的工具,可以用于分析和解释基因组学数据,并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维
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2023-12-20 14:22
生信分析-bioinfo
R
r语言
开发语言
ggkegg
2021-01-26基因ID+TMP
基因ID总参考-医学
生物信息学
数据库常用:基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字,是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记
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2023-12-20 00:15
《
生物信息学
生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
前言最近在阅读欧剑虹老师《
生物信息学
生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用,这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节:1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤
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2023-12-19 19:08
支持向量机(SVM):高效分类的强大工具
文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3
生物信息学
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2023-12-19 06:34
机器学习
支持向量机
分类
算法
机器学习
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