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生物信息学
生物信息学
常见的数据下载,包括基因组,gtf,bed,注释
生物信息学
常见的数据下载,包括基因组,gtf,bed,注释cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu
程凉皮儿
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2023-06-10 23:48
生物信息学
基础知识(一)
基本类型及测序技术一、类型1、核苷酸序列数据DNA:ATCGRNA:AUCG2、蛋白序列20种氨基酸排列的顺序3、其他(1)分子标记数据(2)生物芯片数据(3)生物表型数据二、测序技术1、一代测序主要是sanger法2、二代测序illuminaMGI还有其他用的不多的方法3、三代测序pacbionanopore常用数据库一、基因序列数据库GeneBankEMBLDDBJRefSeqGDB二、蛋白数
jkl_bio
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2023-06-10 23:39
python
linux
r语言
[DEBUG] springboot: map数据在js和java中的传递和转换
更多技术文章请访问我的博客园账户:点击这里那边会更新有关
生物信息学
,javaWeb,统计学理论和一些杂七杂八的记录:)leetcode刷题记录争取日更(github):点击这里部分敏感信息已打码。
陆书生
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2023-06-10 18:03
Golang中的pprof分析环境搭建【Windows环境】
它在网络,
生物信息学
,软件工程,数据库和网页设计,机器学习以及其他技术领域的可视化界面中具有重要的应用。二
玉言心
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2023-06-09 22:51
golang
开发语言
后端
拷贝数变异CNV的
生物信息学
分析(一)
欢迎同行一起交流讨论微信forensic_JSQQ1956238898(一)CNV介绍由基因组发生重排而导致的,一般指长度1kb以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复变异。拷贝数变异模式图二.pnghttps://www.jianshu.com/p/d5a0fadde763https://www.jianshu.com/p/0b7a513
Dr家硕的科研之路
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2023-06-08 08:35
Ubuntu 组建 HPC 团队
“HPC是支撑几个主要行业和关键研究领域的基石,如AI/ML、能源、
生物信息学
、药理学、工程学和气象学。HPC团队致力于提供最佳的免费开源HPC堆栈,
csdn_linuxprobe
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2023-06-08 00:48
ubuntu
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运维
R语言可视化学习笔记之ggridges包
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(
生物信息学
方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了!!
生信宝典
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2023-04-21 21:34
生物信息学
有哪些SCI期刊推荐? - 易智编译EaseEditing
以下是几个
生物信息学
领域的SCI期刊推荐:Bioinformatics:该期刊是
生物信息学
领域最具影响力的SCI期刊之一,涵盖了
生物信息学
、计算生物学、系统生物学、生物医学工程等多个研究方向。
易智编译
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2023-04-21 19:57
期刊推荐
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科技
职场和发展
程序人生
哈佛大学教授刘小乐:我与
生物信息学
的不解之缘
受华中科技大学生命科学与技术学院教授薛宇邀请,今天,由哈佛大学教授刘小乐来分享她与
生物信息学
的故事。从北大到斯坦福,生物与计算机相遇和很多人一样,在少年时期我就有了自己的梦想。
Seurat_
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2023-04-21 09:41
终于要开始学python了
所谓“没有记录就没有生活”,这里汇总了我在学习python用到的好资源和学习笔记,贵在坚持,加油ヾ(◍°∇°◍)ノ゙学习python的7个理由书籍《python
生物信息学
数据管理》当当购书:http:/
rapunzel0103
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2023-04-20 03:17
前沿综述 | Nature子刊:空间转录组学的临床和转化价值
2022年4月1日Nature子刊《SignalTransductionandTargetedTherapy》发表综述文章,概述了ST实验和
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方法的发展,并评估了其临床和转化应用价值。
尐尐呅
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2023-04-19 22:24
对
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生物信息学
的诞生就是由此得来。个人认为要入门
生物信息学
不是一件容易的事情。生信是计算机、生物与数学结合的交叉学科。
正树_9838
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2023-04-19 22:35
6. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理(1)
图片来源:https://www.ntaskmanager.com/blog/how-to-become-a-project-manager工程目录结构不同的
生物信息学
家的工程组织风格可能不同,这里作者给出自己的结构
DataScience
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2023-04-19 19:42
TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA?TCGA中有哪些数据?
TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年,它旨在使用基因测序和
生物信息学
编目与癌症有关的基因突变。
Seurat_Satija
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2023-04-19 05:23
精通 NumPy 数值分析:1~5
原文:MasteringNumericalComputingWithNumPy协议:CCBY-NC-SA4.0译者:飞龙一、使用NumPy数组科学计算是一个多学科领域,其应用跨越数值分析,计算金融和
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等学科
布客飞龙
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2023-04-19 02:09
numpy
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如何做seqlogo图
微信公众号:
生物信息学
习最近我们需要做个seqlogo图,之前给大家介绍过一个在线版的做seqlogo的工具,但不太满足我们的要求,于是我们又找了几个工具,最后发现ggseqlog最好用library(
gtt儿_生物信息学习
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2023-04-18 07:29
julia生物信息之split
Julia的速度很快,但是在
生物信息学
中,经常要对文本进行处理,则split函数必不可少会用到,遗憾的是,对比python,julia中split比较慢,特别是需要多次调用split的函数的时候,不过这种情况将在
柳梦梅
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2023-04-17 16:10
关于msms、biopython_residuedepth.py学习
问题:使用biopython中Residuedepth的时候,出现报错:显示未安装msms1、介绍(1)MSMS是一种
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工具,全称为MolecularSurfaceandMolecularVolumefromMS
一条咸鱼在网游
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2023-04-17 12:17
随便写写
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单个基因的
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分析(1)-基因结构与功能分析
在“单个基因的
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分析”主题中,我们主要使用的是在线网站,几乎不涉及编程等操作,这样会使跟多的同学可以方便学习。一、针对一个特定的基因序列,首先我们要分析其基因结构。这里我们
blue_unique
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2023-04-17 04:57
莫纳什大学招收AI/CV/ML/计算
生物信息学
和生物医学方向全奖博士研究生
点击下方卡片,关注“CVer”公众号AI/CV重磅干货,第一时间送达Monash大学数据未来研究院招收模式识别,计算机视觉,计算
生物信息学
和生物医学方向全奖博士研究生Monash大学:MonashUniversity
Amusi(CVer)
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2023-04-16 14:20
大数据
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教授专栏53 | 唐少军: 揭示spike蛋白PTM 探索蛋白功能位点
唐博士本科毕业于中山大学生命科学学院,于美国佛罗里达大学获得计算机工程硕士及
生物信息学
博士学位。随后唐博士在哈佛医学院从事博士后研究,并在美国乔治城大学医学院任助理教授。
香港科大商学院内地办事处
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2023-04-16 12:33
为Jupyter Notebook安装R Kernel
我们都知道在
生物信息学
领域,R语言发挥着极其重要的价值,相信大家平时进行个性化数据分析或者利用R进行工具开发时,主要用到的还是⬇⬇⬇。也就是最经典的R语言集成开发环境,RStudio⬇⬇⬇。
林枫bioinfo
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2023-04-16 11:25
基于Jupyter的Python和R环境搭建
而作为
生物信息学
的研究者,我们主要通过基于网页的JupyterNotebook使用Python和R进行工作。
契卡
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2023-04-16 07:01
常用肿瘤相关数据库
肿瘤的
生物信息学
数据库对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平提供具有重要作用。
Bioinfarmer
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2023-04-16 05:45
Linux 从开始到还没放弃(未完 更新中
暴躁基于课程《
生物信息学
之玩转Linux》,由史上最大的
生物信息学
交流平台「生信技能树」联盟「丁香通」联合出品。
美式永不加糖
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2023-04-15 15:26
PDB药物综合数据库必备8大类非付费网址80个
PDB(ProteinDataBank,简称PDB)蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建,由结构
生物信息学
研究合作组织(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics
Yiyaoshujuku
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2023-04-15 05:36
药物综合数据库
PDB药物数据库
医药数据库
数据仓库
Circos入门教程
Circos的开发者是一位加拿大的
生物信息学
家MartinKrzywinski,值得一提的是,他还是一位专业的摄影师。
华大基因学院
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2023-04-15 02:13
7.24
生物信息学
之前在座谈会上也已经被诸多老师提及,而今天由来自微分基因数据中心的孙勇老师为我们关于生物信息分析做了简单介绍。
寒林_4c5c
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2023-04-14 13:08
2018-01-08
2.完成
生物信息学
实验报告。3.看一下毛概的大纲。4.晚上跑步。
王小沫的日记
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2023-04-13 18:30
第三-六章 R语言数据类型
顺便把Jimmy和生信技能树赠送给我的《
生物信息学
讲义2019珍藏版》相关的内容也学习了一篇,教材总结的很好,特别是对很多细节的提示。对新手来说是很
天涯清水
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2023-04-13 14:05
生信中常用的文件格式认识(一)-----fasta和fastQ
该格式已成为
生物信息学
领域的一项标准。(百度百科)fasta格式解读fasta格式形式如下图,由两部分组成。
生信小工厂
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2023-04-11 14:13
fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
fasta和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合
生物信息学
的linux和数据格式的练习题:下载bowtie2软件后拿到示例数据:mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
天涯清水
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2023-04-11 11:42
scRNA-Seq | pySCENIC
然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点,给传统统计学和
生物信息学
方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Single-cellr
iBioinformatics
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2023-04-11 09:26
学习小组Day3笔记--wbh
Bioconda是专门从事
生物信息学
软件的CONDA包管理器的渠道。类似于一个生物软件的appstore。GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台,因为只支持git作为唯一的版本库格式进
bhwang192
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2023-04-10 21:20
2023.4.5 GCNs
GCN已被广泛应用于社交网络分析,推荐系统和
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等领域。GCNs和CNN的区别?GCN和CNN之间的区别在于它们处
楠姐有点忙
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2023-04-10 21:23
研究生自学笔记
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图像处理
刷leetcode必备算法,动态规划详解
动态规划(英语:Dynamicprogramming,简称DP),是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和
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中使用的,通过把原问题分解为相对简单的子问题的方
老飞949
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2023-04-10 04:00
java
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spring
struts
# sigprofiler的安装与使用
sigprofiler的安装与使用SigProfiler提供了一套完整的
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工具来进行突变特征分析。
哈哈哈_很高兴
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2023-04-08 23:48
BGI-College生信入门系列——2、什么是数据?
生物信息学
中的数据传统的生物学家可能会认为,
生物信息学
是一种将数据转换成结果的软件。实则不然,
生物信息学
只是将一种格式的数据,转
华大基因学院
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2023-04-08 22:34
生物信息学
常见数据格式
生物信息学
上常见的数据格式主要有fasta,fastq,gff/gtf。1FASTAFASTA是一种基于文本用于表示核酸序列或蛋白质的氨基酸序列的格式。
小汪Waud
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2023-04-08 00:35
生物信息学
中常用的linux系统命令
在
生物信息学
中,linux系统伸手大家喜欢,整理了一下相关的操作命令(包括命令+选项+参数),以供参考。
2b17a8a8f301
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2023-04-07 08:11
SRA数据库简介及使用方法
来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档,并且是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,该数据库包括NCBI序列阅读档案(SRA),欧洲
生物信息学
研究所(EBI)以及日本(DDBJ
正经昵称征集中
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2023-04-06 10:13
SRA数据库简介
简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,包括NCBI序列阅读档案(SRA),欧洲
生物信息学
研究所(EBI)和DNA数据库。日本(DDBJ)。
Forest_Lee
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2023-04-06 07:32
Machine Learning for iOS
机器学习库深度学习图书馆深度学习:模型压缩计算机视觉自然语言处理语音识别(TTS)和生成(STT)文本识别(OCR)其他AI机器学习WebAPI开源ML应用程序游戏AI其他相关人员线性代数统计,随机数数学优化特征提取数据可视化
生物信息学
iOSDevLog
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2023-04-06 04:39
R语言系列1 | R和Rstdio的安装
如果说
生物信息学
只能学习一门编程语言的话,那么我会给你推荐R语言。
onlybugs
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2023-04-05 08:13
学生信的那些事儿之二 - (小白)怎么学生信
——《飞驰人生》什么是
生物信息学
生物信息学
(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
李白爱吃橙子
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2023-04-05 00:06
BWT算法在
生物信息学
中的应用(一)-算法的基本原理
BWT算法可以将原文本转换成相似文本,并且可以用其他技术进行压缩。具体分为如下几个步骤:编码:1.循环移位2.排序3.输出最后一列,作为变换后的序列。解码:利用第一列和最后一列的关系,来还原出原始序列。下面,以一段核酸序列作为例子,进行讲解,具体例子如下:1.假设原始序列如下图,我们在最后加入一个$表示结束位置。2.进行循环移位,结果如下3.进行排序,结果如下4.最终,红色的序列L列作为我们的输出
luanzheng_365
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2023-04-04 22:52
数据结构与算法
生物信息
如何自学
生物信息学
什么是
生物信息学
生物信息学
与以往的传统生物学不同,它本身是一个混合体,而且在今天看来它应当还要包含现在的NGS和基因组学。
hello~bye~
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2023-04-04 15:32
生物信息学
生物信息学
一大波生信友好期刊来袭,请注意查收!
近年来越来越多的科研人员开始对
生物信息学
感兴趣,
生物信息学
相关文章更是逐年上升。
概普生信
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2023-04-04 13:23
构建
生物信息学
环境-2 (anconda/minniconda)
关于anconda的介绍和安装我直接贴一个孟浩巍大神的知乎帖子就好了,写的很详细,我也是按照那个方法一步步试下去的。https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429平时在操作的时候会发现有些分析软件的版本没有更新到python3版本,这个时候我们就需要创建一个新的环境来安装软件,有时候整个操作全部都需要在python2.7的环境下运行。condacreate-npytho
奔跑的Forrest
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2023-04-04 11:27
为什么推荐学Python
现在是在读研究生,现在在做的研究室
生物信息学
这一个领域的。对于
生物信息学
在本科的学习中,自己并没有什么概念,因此在本科时自己也没有学习任何的编程。对于现在的
生物信息学
和编程自己就是一个真正的小白。
小杜的生信筆記
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2023-04-04 10:02
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