2022-11-22

题目：Determination of in vivo RNA structure in low-abundance transcripts

摘要：

RNA二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色，但是，目前，大部分体内的RNA二级结构依然是未知的。在这里，我们使用DMS/SHAPE-LMPCR方法查询体内低丰度的RNA二级结构，这种方法的敏感性达到埃摩尔级别，灵敏性是传统方法的十万倍。我们检测了拟南芥中低丰度的U12snRNA转录本，并且提供了体内的数据来支持衍生出的系统发育结构，有趣的是，相对于哺乳动物中的U12snRNA，植物中U12snRNA结构中的SLIIb是多变的，并且，DMS/SHAPE-LMPCR鉴定SLIIb是不具有结构的，我们揭示了蛋白质对25srRNA，5.8srRNA和U12snRNA结构的影响，解释了在体内绘制RNA二级结构的重要性，我们普遍适用的方法为鉴定和探索在活细胞中普遍存在的大量低丰度RNA的结构和功能的关系打开了一扇门。