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医工交叉实验工坊
数据库
在生物信息学研究中,高效利用数据库是提升研究效率的关键。本文整理了4类常用的生信数据库,涵盖公共数据、转录调控、植物研究及医学研究领域,包含各数据库的核心功能、网址及实用操作技巧,适合新手快速上手。一、常用公共生信数据库1.GSA数据库GSA数据库被誉为我国自己的“NCBI”,主要用于存储组学原始数据,功能类似NCBI的SRA数据库。主要优势:基于国内服务器,数据上传和下载的网速更快,沟通便捷,必
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Allen_Lyb
pythonpython人工智能开发语言健康医疗
框架应用拓扑图用例MONAISimpleITKBiopythonscanpyPyTorchscikit-learnLLaVA-MedTransformersFHIRFastAPIFlowerPySyft医学图像处理生物信息学模型训练多模态分析数据交换隐私保护部署应用医学图像处理
- matlab中-psi_建议收藏 | 生物信息学中的可变剪切,这些内容你了解吗?
温暖如故
matlab中-psi
聊点学术声明:非常感谢Carina投稿至公众号,全文由Carina撰写,主要对生信的可变剪切相关内容作了一定的梳理。检索TCGA中可变剪切的相关文献,虽然总数量并不多,但是其在2019年猛增为49,在2020年的上半年发文数量也超过了2019年的一半。这说明可变剪切研究在生物信息学中的热度有上升的趋势。1.基础知识1.1可变剪切的定义与生物学意义①定义:可变剪切(AlternativeSplici
- Foldseek快速蛋白质结构比对
1.下载和安装Foldseek如果只是单个蛋白质结构的序列比对,我们只需要用Foldseek的网站服务https://search.foldseek.com/search上传我们的蛋白质结构并选择想要进行比对的数据库即可,这里不做重点讲解。做生物信息学研究,我们难免需要批量对多个目标蛋白进行大规模结构比对,这需要我们下载安装本地版软件。Foldseek有Linux和MacOS二个版本的本地软件(这
- 21、子图同构问题的深度解析
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子图同构图论算法
子图同构问题的深度解析1.子图同构问题概述子图同构问题是图论中的一个核心问题,广泛应用于社交网络分析、生物信息学、模式识别等领域。该问题的定义是:给定两个图,一个是较大的主图(HostGraph),另一个是较小的模式图(PatternGraph),判断主图中是否存在一个子图与模式图同构。简单来说,就是要找到主图中与模式图结构完全一致的子图。子图同构问题的难度在于它是一个NP完全问题,意味着在最坏情
- Python 生物信息学秘籍第三版(四)
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原文:annas-archive.org/md5/9694cf42f7d741c69225ff1cf52b0efe译者:飞龙协议:CCBY-NC-SA4.0第十一章:生物信息学中的机器学习机器学习在许多不同的领域中都有应用,计算生物学也不例外。机器学习在该领域有着无数的应用,最古老且最为人熟知的应用之一就是使用主成分分析(PCA)通过基因组学研究种群结构。随着该领域的蓬勃发展,还有许多其他潜在的应
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在生物信息学分析中,处理VCF(VariantCallFormat)文件的Python包有很多,以下是一些常用且好用的Python包,适合不同的分析需求:PyVCF(推荐)简介:PyVCF是一个专门为解析和操作VCF文件设计的Python库,支持读取、过滤和修改VCF文件。优点:简单易用,API直观。支持VCF4.0及以上版本。可以轻松访问变体的信息(如染色体、位置、参考碱基、变异碱基等)。安装:
- Conda安装与使用
目录一、软件安装及conda管理1.conda下载2.miniconda安装二、环境配置1.配置镜像:2.创建环境、移除环境:3.查看小环境4.进入、退出小环境5.查找并安装软件三、一步到位其他:参考资料:一、软件安装及conda管理conda可以来管理大量的生物信息学软件,或者想要复现一些文章中的实验结果需要不同环境的切换。1.conda下载(1)anacondaanaconda|镜像站使用帮助
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一、富集分析的基础认知在生物信息学研究领域,基因功能解析及通路阐释是众多分析流程中的关键环节,富集分析(EnrichmentAnalysis)是将基因或蛋白列表按照功能进行分类的统计方法,目的是找出在特定基因集中显著富集的功能类别或通路。通过这种方法,研究人员可以理解一组基因(如差异表达基因)在哪些生物学过程、分子功能或通路中代表。1.富集分析分类基因本体论富集分析(GeneOntologyEnr
- Rstudio:强大的R语言集成开发环境(IDE)
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Rstudio应该是R语言使用的标配,尽管Rstudio的母公司Posit推出了新一代的集成开发环境Positron,但其还处于开发阶段。作为用户不妨让其成熟后再使用,现阶段还是Rstudio更稳定。如果你在生物信息学或统计学领域工作,R语言几乎是必备的工具之一。而RStudio,作为R语言最流行的集成开发环境(IDE),为数据分析、可视化和编程提供了非常友好的平台。今天我们来介绍一下RStudi
- python做生物信息学分析_Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因
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目前来说,做生物信息学的人越来越多,但是我觉得目前而言做生信的主要有三类人:老本行是做实验的,做生信可能是为了辅助研究或者是为了发paper(有非常多的临床生选择趟生信这波水)主要是做生信的,主要涵盖高通量测序数据分析,组学数据分析等等,专门从事生物学数据分析的这群人,其大部分也是本科生物狗作为强大的生力军,以调包写R,python为主。那么这群人就要熟悉看各种包的tutorial以及如何进行常规
- 用Python实现生信分析——功能预测详解
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功能预测是生物信息学中的一项重要任务,通过分析基因或蛋白质序列的特征,推测它们的生物学功能。功能预测通常涉及多种方法,包括序列比对、基序识别、机器学习模型等。这些方法可以帮助科学家推断未知基因的功能,从而加速生物学研究的进展。1.功能预测的主要方法(1)同源性比对:通过将未知基因或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对,识别出同源序列,并推测它们的功能。常用工具包括BLAST、HMMER等。(2)
- 用Python实现生信分析——序列搜索和比对工具详解
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1.什么是序列搜索和比对工具?序列搜索和比对工具在生物信息学中用于在大型序列数据库中搜索与查询序列相似的序列,并进行比对分析。这些工具可以帮助研究人员识别与目标序列相关的已知序列,从而推测其功能、结构和进化关系。常见的序列搜索和比对工具包括:BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool):最常用的序列搜索工具,能够快速找到与查询序列相似的序列。FASTA:另一个常用的序列
- 大模型在生物信息学中的应用前景
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大模型在生物信息学中的应用前景关键词:大模型、生物信息学、基因组学、蛋白质组学、应用前景摘要:本文将深入探讨大模型在生物信息学中的应用前景。首先,我们将介绍大模型的基础知识,包括其定义、特点和优势。接着,我们将分析大模型在生物信息学中的问题背景和具体应用场景。然后,我们将详细讲解大模型在生物信息学中的数据处理与分析方法,以及其在基因组学和蛋白质组学中的应用案例。最后,我们将讨论大模型在生物信息学中
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白熊188
深度学习深度学习人工智能
条件随机场(CRF)深度解析:原理、应用与前沿一、算法背景知识1.1序列标注的挑战1.2概率图模型演进二、算法理论与结构2.1基本定义2.2特征函数设计状态特征(节点特征)转移特征(边特征)2.3线性链CRF结构2.4训练与解码2.5前向-后向算法三、模型评估3.1评估指标3.2评估方法对比3.3性能基准(CoNLL-2003NER)四、应用案例4.1自然语言处理4.2生物信息学4.3计算机视觉五
- 最新期刊影响因子,基本包含全部期刊
Bioinfo科研生信筆記
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原文链接:2024年期刊最新影响因子(IF)2024年期刊最新影响因子(IF)BioinfoR生信筆記,注于分享生物信息学相关知识和R语言绘图教程。
- 向量检索中的 ANN(Approximate Nearest Neighbor)技术
XiaoQiong.Zhang
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向量检索中的ANN(ApproximateNearestNeighbor)技术是一种在高维空间中高效查找与查询向量q最相似的Top-K个向量的方法,其核心在于牺牲一定的精度(召回率)以换取比精确最近邻搜索(ExactNN)高数个数量级的查询速度。它广泛应用于图像/视频检索、自然语言处理(如语义搜索、问答)、推荐系统、生物信息学等场景。⸻一、基本问题定义目标:给定一个查询向量q,在一个庞大的向量集合
- cd-hit安装与使用-cd-hit v4.8.1(bioinfomatics tools-005)
让学习成为一种生活方式
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01背景介绍CD-HIT(ClusterDatabaseatHighIdentitywithTolerance)是一种广泛使用的生物信息学工具,主要用于快速聚类生物序列数据,如蛋白质或核酸序列,以减少数据冗余和简化数据分析。其基本原理涉及比较序列之间的相似性,将高度相似的序列分组到同一个聚类中,从而减少数据集的复杂性。1.1算法原理CD-HIT的算法原理主要包括以下几个方面:序列比较和相似性评分:
- 基于 Java 的大数据分布式计算在基因编辑数据分析与精准医疗中的应用进展
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随着基因测序成本断崖式下降(单人类全基因组低于100)和CRISPR基因编辑技术成熟,全球日均产生超20PB基因数据。传统单机生物信息学工具难以应对海量多组学数据的整合、分析与临床转化。本文将系统阐述**Java技术栈如何构建新一代基因大数据计算中枢**:基于Hadoop+Spark的分布式架构实现千倍加速的基因组比对;通过Flink流式计算引擎支撑CRISPR脱靶效应实时预测;利用ApacheA
- PostgreSQL 在生物信息学中的应用
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PostgreSQL生物信息学postgresql数据库生物信息学
PostgreSQL(简称PG)是一种强大的开源关系型数据库管理系统,因其高可靠性、扩展性和支持复杂查询的特性,在生物信息学领域得到广泛应用。以下是其核心应用场景及优势分析:一、生物数据存储与管理生物信息学涉及海量异构数据,PG的结构化存储能力和可扩展性使其成为理想选择。1.多类型数据存储基因组数据:存储DNA/RNA序列、基因注释(如GTF/GFF文件)、变异数据(VCF格式)等。例:将基因组序
- 一款适合程序员的流程图/思维导图利器
qq_21478261
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首发地址:程序员必备流程图/思维导图利器本文介绍graphviz在Python中的接口。graphviz是在复杂网络、生物信息学、软件工程、数据库和网页设计、机器学习等领域使用广泛的图(Graph)可视化利器。graphviz支持Linux、Windows、Mac、Solaris等多个系统,拥有多种编程语言的API(perl、python、ruby、C#等)。graphviz功能先看看graphv
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前言本篇文章全面深入地探讨了支持向量机(SVM)的各个方面,从基本概念、数学背景到Python和PyTorch的代码实现。文章还涵盖了SVM在文本分类、图像识别、生物信息学、金融预测等多个实际应用场景中的用法。一、引言背景支持向量机(SVM,SupportVectorMachines)是一种广泛应用于分类、回归、甚至是异常检测的监督学习算法。自从Vapnik和Chervonenkis在1995年首
- 7天掌握!MySQL vs 图数据库:混合架构下的复杂关系分析全揭秘
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关注墨瑾轩,带你探索编程的奥秘!超萌技术攻略,轻松晋级编程高手技术宝库已备好,就等你来挖掘订阅墨瑾轩,智趣学习不孤单即刻启航,编程之旅更有趣在当今的数据密集型世界中,处理和理解复杂的关系网络变得越来越重要。从社交网络到推荐系统,从生物信息学到金融风险评估,这些领域都需要一种能够高效处理高度互联数据的技术。传统的关系型数据库如MySQL,在处理这类问题时遇到了瓶颈。而图数据库则以其独特的结构优势脱颖
- 汉明距离(Hamming Distance)
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1.定义汉明距离是指两个等长字符串在相同位置上不同字符的个数。它常用于衡量两个字符串的相似度,广泛应用于编码理论、信息论、密码学、生物信息学等领域。2.数学表达给定两个等长的字符串x和y,汉明距离d(x,y)定义为:其中:n是字符串的长度,xi和yi分别是x和y的第i个字符,Ⅱ(⋅)是指示函数(当条件成立时返回1,否则返回0)。3.示例二进制字符串:x="10110",y="11110"比较每一位
- Newcpgreport:CpG岛甲基化差异分析
简说基因-专业生信合作伙伴
在人类基因组中,约60%的基因启动子区域都蕴藏着特殊的DNA序列——CpG岛。CpG岛(富含CpG二核苷酸的区域)被称为基因调控的“开关”,它们常位于基因启动子区域,与DNA甲基化、基因沉默等表观遗传现象密切相关。要精准定位这些区域,生物信息学家们开发了多种工具,其中newcpgreport凭借其独特的算法设计和可靠的检测性能,成为该领域的明星工具。功能特点核心功能与原理1.滑动窗口检测法newc
- 生物医学工程导论:学习笔记(四)
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生物信息学(Bioinformatics)狭义概念:应用信息科学的理论、方法和技术,来管理、分析和利用生物分子数据。广义概念:应用信息科学的方法和技术,研究生物体系和生物过程中信息的存储、信息的内涵和信息的传递,研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息。(生命科学中的信息科学)目的:处理、归纳、总结海量的生物实验数据,并找到其中的规律。成果:基因测序等。研究内容基因组
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- 2025.04.18【数据修复】DCA:高效缺失值插补工具解析
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- 2025.04.17【Stacked area】| 生信数据可视化:堆叠区域图深度解析
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信息可视化
文章目录生信数据可视化:堆叠区域图深度解析堆叠面积图简介为什么使用堆叠面积图如何使用R语言创建堆叠面积图安装和加载ggplot2包创建堆叠面积图的基本步骤示例代码解读堆叠面积图堆叠面积图的局限性实际应用案例示例:基因表达量随时间变化结论生信数据可视化:堆叠区域图深度解析在生物信息学领域,数据可视化是理解复杂数据集的关键。其中,堆叠面积图(StackedAreaChart)是一种展示多个群体随时间变
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主要模型概述ProtBERT:专注于蛋白质序列嵌入,支持多种下游任务如序列分类和功能预测。ProtGPT2:利用生成式模型生成高质量的蛋白质序列,适用于新蛋白质设计。AlphaFold:革命性地预测蛋白质三维结构,推动了结构生物学的发展。TAPE:提供统一的框架进行蛋白质序列表示学习,支持多种生物信息学任务。BioBERT:针对生物医学文本挖掘设计的模型,提升了生物信息处理能力。DNA-BERT:
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for (int i = param.length - 1; i > 0; i--) {
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- mongoDB 复杂查询表达式
开窍的石头
mongodb
1:count
Pg: db.user.find().count();
统计多少条数据
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- Jboss Java heap space异常解决方法, jboss OutOfMemoryError : PermGen space
0624chenhong
jvmjboss
转自
http://blog.csdn.net/zou274/article/details/5552630
解决办法:
window->preferences->java->installed jres->edit jre
把default vm arguments 的参数设为-Xms64m -Xmx512m
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- 文件上传 下载 解析 相对路径
不懂事的小屁孩
文件上传
有点坑吧,弄这么一个简单的东西弄了一天多,身边还有大神指导着,网上各种百度着。
下面总结一下遇到的问题:
文件上传,在页面上传的时候,不要想着去操作绝对路径,浏览器会对客户端的信息进行保护,避免用户信息收到攻击。
在上传图片,或者文件时,使用form表单来操作。
前台通过form表单传输一个流到后台,而不是ajax传递参数到后台,代码如下:
<form action=&
- 怎么实现qq空间批量点赞
换个号韩国红果果
qq
纯粹为了好玩!!
逻辑很简单
1 打开浏览器console;输入以下代码。
先上添加赞的代码
var tools={};
//添加所有赞
function init(){
document.body.scrollTop=10000;
setTimeout(function(){document.body.scrollTop=0;},2000);//加
- 判断是否为中文
灵静志远
中文
方法一:
public class Zhidao {
public static void main(String args[]) {
String s = "sdf灭礌 kjl d{';\fdsjlk是";
int n=0;
for(int i=0; i<s.length(); i++) {
n = (int)s.charAt(i);
if((
- 一个电话面试后总结
a-john
面试
今天,接了一个电话面试,对于还是初学者的我来说,紧张了半天。
面试的问题分了层次,对于一类问题,由简到难。自己觉得回答不好的地方作了一下总结:
在谈到集合类的时候,举几个常用的集合类,想都没想,直接说了list,map。
然后对list和map分别举几个类型:
list方面:ArrayList,LinkedList。在谈到他们的区别时,愣住了
- MSSQL中Escape转义的使用
aijuans
MSSQL
IF OBJECT_ID('tempdb..#ABC') is not null
drop table tempdb..#ABC
create table #ABC
(
PATHNAME NVARCHAR(50)
)
insert into #ABC
SELECT N'/ABCDEFGHI'
UNION ALL SELECT N'/ABCDGAFGASASSDFA'
UNION ALL
- 一个简单的存储过程
asialee
mysql存储过程构造数据批量插入
今天要批量的生成一批测试数据,其中中间有部分数据是变化的,本来想写个程序来生成的,后来想到存储过程就可以搞定,所以随手写了一个,记录在此:
DELIMITER $$
DROP PROCEDURE IF EXISTS inse
- annot convert from HomeFragment_1 to Fragment
百合不是茶
android导包错误
创建了几个类继承Fragment, 需要将创建的类存储在ArrayList<Fragment>中; 出现不能将new 出来的对象放到队列中,原因很简单;
创建类时引入包是:import android.app.Fragment;
创建队列和对象时使用的包是:import android.support.v4.ap
- Weblogic10两种修改端口的方法
bijian1013
weblogic端口号配置管理config.xml
一.进入控制台进行修改 1.进入控制台: http://127.0.0.1:7001/console 2.展开左边树菜单 域结构->环境->服务器-->点击AdminServer(管理) &
- mysql 操作指令
征客丶
mysql
一、连接mysql
进入 mysql 的安装目录;
$ bin/mysql -p [host IP 如果是登录本地的mysql 可以不写 -p 直接 -u] -u [userName] -p
输入密码,回车,接连;
二、权限操作[如果你很了解mysql数据库后,你可以直接去修改系统表,然后用 mysql> flush privileges; 指令让权限生效]
1、赋权
mys
- 【Hive一】Hive入门
bit1129
hive
Hive安装与配置
Hive的运行需要依赖于Hadoop,因此需要首先安装Hadoop2.5.2,并且Hive的启动前需要首先启动Hadoop。
Hive安装和配置的步骤
1. 从如下地址下载Hive0.14.0
http://mirror.bit.edu.cn/apache/hive/
2.解压hive,在系统变
- ajax 三种提交请求的方法
BlueSkator
Ajaxjqery
1、ajax 提交请求
$.ajax({
type:"post",
url : "${ctx}/front/Hotel/getAllHotelByAjax.do",
dataType : "json",
success : function(result) {
try {
for(v
- mongodb开发环境下的搭建入门
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运维
linux下安装mongodb
1)官网下载mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4.gz
2)linux 解压
gzip -d mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4.gz;
mv mongodb-linux-x86_64-rhel62-3.0.4 mongodb-linux-x86_64-rhel62-
- 编程之美-最短摘要的生成
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import java.util.HashMap;
import java.util.Map;
import java.util.Map.Entry;
public class ShortestAbstract {
/**
* 编程之美 最短摘要的生成
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- json数据解析及typeof
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// json格式
var people='{"authors": [{"firstName": "AAA","lastName": "BBB"},'
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LIST 命令
使用RMAN LIST 命令显示有关资料档案库中记录的备份集、代理副本和映像副本的
信息。使用此命令可列出:
• RMAN 资料档案库中状态不是AVAILABLE 的备份和副本
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• 备份集和副本,其中包含指定数据文件列表或指定表空间的备份
• 包含指定名称或范围的所有归档日志备份的备份集和副本
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- 二叉树:红黑树
dieslrae
二叉树
红黑树是一种自平衡的二叉树,它的查找,插入,删除操作时间复杂度皆为O(logN),不会出现普通二叉搜索树在最差情况时时间复杂度会变为O(N)的问题.
红黑树必须遵循红黑规则,规则如下
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1、打印100以内的所有奇数。
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for (i=1; i<=100; i++)
{
if (i%2 != 0)
printf("%d ", i);
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return 0;
}
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- 自定义按钮, 图片在上, 文字在下, 居中显示
dcj3sjt126com
自定义
#import <UIKit/UIKit.h>
@interface MyButton : UIButton
-(void)setFrame:(CGRect)frame ImageName:(NSString*)imageName Target:(id)target Action:(SEL)action Title:(NSString*)title Font:(CGFloa
- MySQL查询语句练习题,测试足够用了
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1.创建student和score表
CREATE TABLE student (
id INT(10) NOT NULL UNIQUE PRIMARY KEY ,
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- 转:MyBatis Generator 详解
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- 让程序员少走弯路的14个忠告
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工作计划学习
无论是谁,在刚进入某个领域之时,有再大的雄心壮志也敌不过眼前的迷茫:不知道应该怎么做,不知道应该做什么。下面是一名软件开发人员所学到的经验,希望能对大家有所帮助
1.不要害怕在工作中学习。
只要有电脑,就可以通过电子阅读器阅读报纸和大多数书籍。如果你只是做好自己的本职工作以及分配的任务,那是学不到很多东西的。如果你盲目地要求更多的工作,也是不可能提升自己的。放
- nginx和NetScaler区别
流浪鱼
nginx
NetScaler是一个完整的包含操作系统和应用交付功能的产品,Nginx并不包含操作系统,在处理连接方面,需要依赖于操作系统,所以在并发连接数方面和防DoS攻击方面,Nginx不具备优势。
2.易用性方面差别也比较大。Nginx对管理员的水平要求比较高,参数比较多,不确定性给运营带来隐患。在NetScaler常见的配置如健康检查,HA等,在Nginx上的配置的实现相对复杂。
3.策略灵活度方
- 第11章 动画效果(下)
onestopweb
动画
index.html
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/
- FAQ - SAP BW BO roadmap
blueoxygen
BOBW
http://www.sdn.sap.com/irj/boc/business-objects-for-sap-faq
Besides, I care that how to integrate tightly.
By the way, for BW consultants, please just focus on Query Designer which i
- 关于java堆内存溢出的几种情况
tomcat_oracle
javajvmjdkthread
【情况一】:
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space:这种是java堆内存不够,一个原因是真不够,另一个原因是程序中有死循环; 如果是java堆内存不够的话,可以通过调整JVM下面的配置来解决: <jvm-arg>-Xms3062m</jvm-arg> <jvm-arg>-Xmx
- Manifest.permission_group权限组
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Permission
结构
继承关系
public static final class Manifest.permission_group extends Object
java.lang.Object
android. Manifest.permission_group 常量
ACCOUNTS 直接通过统计管理器访问管理的统计
COST_MONEY可以用来让用户花钱但不需要通过与他们直接牵涉的权限
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