Foldseek快速蛋白质结构比对

1. 下载和安装 Foldseek

如果只是单个蛋白质结构的序列比对，我们只需要用Foldseek 的网站服务 https://search.foldseek.com/search 上传我们的蛋白质结构并选择想要进行比对的数据库即可，这里不做重点讲解。做生物信息学研究，我们难免需要批量对多个目标蛋白进行大规模结构比对，这需要我们下载安装本地版软件。Foldseek 有Linux 和 MacOS 二个版本的本地软件 （这边墙裂建议还在用 windows 的小伙伴搞个 Linux 或者 mac，这样做生物信息才更得心应手）。主要的安装途径如下：

# Linux AVX2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep avx2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux avx2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-avx2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux SSE2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep sse2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-sse2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-sse2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux ARM64 buildwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-arm64.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-arm64.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# MacOSwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-osx-universal.tar.gz; tar xvzf foldseek-osx-universal.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Conda installer (Linux and macOS)conda install -c conda-forge -c bioconda foldseek

下载完了软件之后，并不需要特别的安装，只需要把 ./foldseek/bin 添加到工作路径就可以直接调用 foldseek.