2018-10-10 软件安装笔记整理

1. 环境变量

1.1 环境变量与局部变量

环境变量作用范围广，是系统任务

1.2 配置环境变量

系统配置文件: /etc/profile
用户配置文件: ~/.bashrc

1.3 环境变量语句

export Path #添加到环境变量
source #这样既可使用
（在用户配置文件上修改）
echo $Path 可以查看此时环境变量配置

2.软件安装 ------- 包管理工具安装软件

2.1 下载并安装conda

老师建议可以先不加到环境变量配置文件中。手动启动

2.2 conda安装软件 配置channel

注意要把生物信息的通道bioconda 和 conda软件管理扩展环境conda-forge放在官方通道之前
conda config -add
conda config -show
vim ~/.condarc 查看conda通道的配置文件

2.3 启动conda并安装软件

source ~/miniconda3/bin/activate
(base) #说明我们已经处于conda3环境了
conda search bwa
conda install bwa -y
也可以在bioconda官方网站下搜索可用的包 bioconda.github.io
conda install samtools=1.8... -y
加下来手动将安装路径加到环境变量中
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/local/bin

2.4 虚拟环境的创建

在现有环境下 conda info --envs 我们能看到目前只是python3的环境，我们需要配置python2虚拟环境进行软件安装
conda create -n python2 python=2
conda activate python2
conda install macs2
which macs2 #可以查看路径 ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
source deactivate
ln -s ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 ~/local/bin
此时将此安装路径设置为软链接后，即使在Python3的环境下也可以运行
source ~/miniconda3/bin/activate

3 软件安装--C/C＋＋软件

3.1 C软件安装总述

二进制文件：下载 解压 安装
源代码： 下载 解压 编译 安装
首先为了便于对软件管理。在家目录下，建立src为源代码文件夹
opt里面sysoft biosoft 分别装系统软件和生物信息学软件

3.2 二进制软件安装

wget -c (软件安装的链接)
tar -zxvf
cd sratoolkit
mv ....... ~/opt/biosoft/sratoolkit/
添加环境变量

3.3 源代码安装

配置环境 ./config
编译 make
安装到目标文件夹 make install
cd src
wget
cd zlib
tar -zxvf zlib
cd zlib
./config --prefix=HOME/opt/sysoft/lib"

4 PYthon 软件安装

包管理工具conda为主。此处暂时略
python setup.py install xxx
PYTHONPATH

友情阅读推荐：

生信技能树公益视频合辑：学习顺序是linux，r，软件安装，geo，小技巧，ngs组学！

B站链接：https://m.bilibili.com/space/338686099

YouTube链接：https://m.youtube.com/channel/UC67sImqK7V8tSWHMG8azIVA/playlists

生信工程师入门最佳指南：https://mp.weixin.qq.com/s/vaX4ttaLIa19MefD86WfUA

学徒培养：https://mp.weixin.qq.com/s/3jw3_PgZXYd7FomxEMxFmw