BSD 第三章 补习 Unix Shell

stream: 标准输入，标准输出，标准错误
pipe: 命令的串联使用
process：使用 stream + pipe 写好的 program 在成功完成或报错前都是进程

nohup法：使用nohup为例说明 流（Stream）和 重定向（Redirection）

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# 末尾加 & 能让程序在后台运行的同时，我们也能获得交互shell的能力，注意要指定路径 
$ program1 input.txt > results.txt &  # 语法
$ nohup ./detelOut.sh &  # 举例

# linux中有三种标准流（stream），分别是Standard Input，Standard Out，Standard Error，对应的数字是0，1，2
$ nohup command > myout.file 2>&1 &     # 将所有输出的信息写入myout.file
$ nohup ./Cox.sh > STDOUT.txt 2> stderr.txt &   # 后台运行Cox.sh，将标准输出到STDOUT.txt文件中，将标准错误输出到stderr.txt文件中
$ nohup ./Cox.sh >> STDOUT.txt 2>> stderr.txt &     #  >> 不覆盖文件中原有内容，会将新内容加在末尾； > 操作符会覆盖已有内容，谨慎使用
$ nohup ./Cox.sh >> /dev/null/STDOUT.txt 2>> /dev/null/stderr.txt &      # /dev/null/ 可以存放这类日志的黑洞！！！（新知识呢！！）

前台运行 与 后台运行

# 将后台运行的进程改为前台运行
$ jobs  # 查看有哪些后台运行的进程
$ fg %1   # 将目标进程改为前台进程，fg + job ID num

# 将前台运行的进程改为后台运行
$ # enter Control + Z    #暂停进程 （Control + C 是 kill 进程）
$ bg %1  # 将目标进程改为后台进程，bg + job ID num

监督重定向的标准错误输出文件（在运行比较久的程序时很需要）

# 参数-n可以设置查看文件的最末尾的行数

$ tail -n 

# 参数-nf (follow)，可以实时输出末尾n行，供参看

$ ail -f 

tee : 保存 program1 的输出到中间文件和重定向到 program2 的标准输入

$ program1 input.txt | tee intermediate-file.txt | program2 > results.txt

Exit status

# 语法
$ program1 input.txt > results.txt      # 进程
$ echo $?       # 查看上面进程的 exit status

# 举例
$ true
$ echo $?
0       # exit status 为0时，表示进程成功运行
$ false
$ echo $?
1       # exit status 不为0时，表示进程中出现错误或 occurred

# 使用 逻辑运算符 && 和 ||: a subsequent command in a chain is run conditionally on the last command's exit status.
$ program1 input.txt > intermediate-results.txt && program2 intermediate-results.txt > input.txt        # 只有当 program1 的exit status 为0时（运行成功），program2 才会运行
$ program1 input.txt > intermediate-results.txt || program2 intermediate-results.txt > input.txt        # 只有当 program1 的exit status 不为0时（运行出错），program2 才会运行

# 举例
$ true && echo " last command was a success"
last command was a success
$ false && echo " last command was a success"
$ false || echo " last command was not  a success"
last command was not  a success
$ true || echo " last command was not  a success"

命令的替换 $, alias

$ grep -c '^>' input.fasta
416
$ echo "There are $(grep -c '^>' input.fasta) entries in my FASTA file"
There are 416 entries in my FASTA file

$ mkdir results-$(data +%F) 
$ ls
results-2019-06-22

# 在 ```~/.bashrc```(Linux) 或 ```~/.profile``` (OS X) 添加快捷命令
alias mkpr = "mkdir -p {data/seqs,scripts,analysis}"
alias today = "data +%F"