TCGA数据下载

一丶利用R语言GDCRNATools包进行下载

安装GDCRNATools包
首先在Rstudio里设置清华镜像。

BiocManager::install("GDCRNATools")
#有可能一次装不成功，需要安装许多依赖包
#我的例子
a <- c('rjson', 'DESeq2', 'clusterProfiler', 'DOSE', 'survminer', 'pathview', 'gplots', 'GenomicDataCommons')
install.package(a)
#检查还有什么包没有安装成功
b <- c('DESeq2', 'clusterProfiler', 'DOSE', 'pathview', 'GenomicDataCommons')
BiocManager::install(b)
#检查还有什么包没有安装成功
#剩下的包一个个安装，可以在bioconductor（http://www.bioconductor.org/）复制下载链接
url <- "https://bioconductor.org/packages/3.11/bioc/src/contrib/Archive/DOSE/DOSE_3.13.2.tar.gz"
install.packages(url, repos=NULL, type="source")
#最后再重新下载GDCRNATools
BiocManager::install("GDCRNATools")

然后再用GDCRNATools的gdc-client下载RNAseq，实例如下：

library(GDCRNATools)
project <- 'TCGA-LUSC'
rnadir <- paste(project, 'RNAseq', sep='/')
gdcRNADownload(project.id     = 'TCGA-LUSC', 
               data.type      = 'RNAseq', 
               write.manifest = FALSE,
               method         = 'gdc-client',
               directory      = rnadir)

注意这里报错

QQ图片20200616102151.png

ERROR: str returned non-string (type Error) ] ETA: --:--:-- 0.00 B/s
ERROR: An unexpected error has occurred during normal operation of the client. Please report the following exception to GDC support [email protected].
ERROR: 'NoneType' object has no attribute 'status_code'... ...
经过一番排查发现是gdc-client的问题

QQ图片20200616102118.png

可以看到这里在工作目录下安装的是1.3版本，而1.3版本的gdc-client在git-bash上下载TCGA数据也是同样的报错
解决办法Ⅰ

1. 这里我从官网下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
   
   QQ图片20200616102851.png
2. 解压后将1.5版本的gdc-client替换工作目录下1.3版本的gdc-client
3. 重新运行下载命令

library(GDCRNATools)
project <- 'TCGA-LUSC'
rnadir <- paste(project, 'RNAseq', sep='/')
gdcRNADownload(project.id     = 'TCGA-LUSC', 
               data.type      = 'RNAseq', 
               write.manifest = FALSE,
               method         = 'gdc-client',
               directory      = rnadir)

可以看到运行成功了!!!

QQ图片20200616103452.png

解决办法Ⅱ
需要升级R，这里我没试，不知道有没有用。
参照github：https://github.com/Jialab-UCR/GDCRNATools/issues/11

二丶可以直接用gdc-client在TCGA上下载

1. 首先需要下载或者自己弄一个manifest文件
   linux系统参考以下文章：
   https://www.jianshu.com/p/c3f045bcb9b9
2. manifest文件下载同上
   windows系统：
   在上文已经说了gdc-client-1.5的下载方法，下载成功并解压，然后打开git-bash
   cd命令切换到gdc-client.exe所在的目录
   用以下命令进行下载

gdc-client.exe download -m gdc_manifest.2020-06-15.txt

可以看到下载成功。

QQ图片20200616104715.png