使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（日常记录）

一、前期准备

Linux系统安装Freesurfer、MATLAB插件spm12、fieldtrip，Windows下载mricron、Slicer3D（需要插件SlicerFreeSurfer）软件

文件准备

1. ct 和mri t1 文件，格式为dicom，需要转换为 nii 格式（可在spm中转换）
2. edf 文件，包含脑电的所有数据
3. 电极位置图，手术计划

二、Ubantu下进行脑区分割

准备工作

1、安装好matlab和freesurfer

2、在目标位置创建文件夹

3、开放权限

4、将需要计算的nii文件放入文件夹

使用matlab进行计算

需要提前下载好fieldtrip并解压，设置路径（包括全部子文件夹）
1、打开mri_cut.m文件，修改位置subject00x（代码可参考fieldtrip官网）
2、运行程序
3、acpc定位，键盘输入a定位AC，输入p定位PC，输入q完成定位

生成文件

最终生成freesurfer文件夹和两个另外的nii文件

将这些文件拷贝下来就可以到Windows系统里进行配准和定点了

三、配准（Windows操作）

在matlab中打开spm，选择fMRI后界面如下

配准选择（Est & Res）

导入两个数据(nii)，ref选择MRI（MR-acpc），source选择CT
![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/49f5e5bfcff1499a8bcac63b312eae98.png

完成后点击运行

完成后会在文件夹里生成一个rs的nii文件

在mricron软件中打开rs文件看是否配准，这样就是完成啦

如果在配准过程出现如下情况，就是距离原点太远

需要手动选择original，一个一个看

这个图像的原点在头颅内部

这个不在内部，需要手动调整

三、电极定点（Windows操作）

软件：3D slicer，matlab

模型生成

使用slicer4.11的软件，记得要添加SlicerFreeSurfer插件

1. 文件导入slicer中
   （1）分割的freesurfer文件夹下的 aparc+aseg.mgz
   （2）生成的MR_acpc文件
   （3）配准的rs 文件
   
   导入后生成可视化图
   
   调整透明度和需要显示的区域，这里显示的是左脑皮层部分
   
   

电极定位

三视图放大，按照电极位置进行定位，需要手动定两个点，一个最里面的一个最外面的
调整一下rs文件的阈值，电极点可以显示出黑色圆圈，方便定点

最里面的电极点需要三个视图都在中心，最外面的电极点可以定在颅骨上，按照电极名称修改电极点名称。


全部电极标记完成后，保存整个文件夹为slicer0后关闭软件。

计算电极位置（自动定点）

打开matlab，运行cclt_coordinate_v2.m程序（需要设置路径，jsonlab-master）
按照手术计划表写电极名称和电极点数量

生成了.mrk.json文件

打开修改里面的括号和crtl+F 替换数字（1→1.0）
替换slicer文件夹里相应的json文件

再打开3Dslicer即完成了电极定点