用python处理dicom数据

一般情况下,3D Slicer是一个不错的选择,尤其是如果需要对dicom数据进行进一步处理的话。


不过在拿到一堆数据以后,发现了一个3D Slicer的bug,因为医院给的数据是所有类型dicom数据都放在一起,直接导入slicer的话,就会出现问题,窗格显示为马赛克。也就是这个原因,让我跟3D Slicer 的开发者之一 Steve Pieper有了交流,非常感谢他的建议。 


然后发现了Pydicom  https://pypi.python.org/pypi/pydicom/  和 dicomsort https://github.com/pieper/dicomsort 


pydicom 可以用来提取各种dicom里的信息,如PatientName等等,也可以把dicom文件里的信息匿名化,具体可以看 Github里的example文件(https://github.com/darcymason/pydicom/tree/master/source/dicom/examples)。


dicomsort 可以提取一堆dicom数据里的各种分类,如TOF, 2_t1_mprage_sag_p2-176等等,具体使用方法,同样看Github即可,简单实用的话,直接在命令行里输入:

dicomsort.py sourceDir targetDir

设置输入文件夹和输出文件夹,然后就可以了。

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