ChIP随记

ChIP-seq文献

1.【2018NB】phantompeakqualtools

1.MACS

-g   表示实际可比对的基因组大小。比如说人类是2.7e9，也就是2.7G，而实际人类基因组大概是3.2G左右。这是因为有些地方无法拼接，会用N代替，这部分区域大概是80%左右。拟南芥根据NCBI显示是119,667,750，那么实际能比对大概也就是1.0e8. NBT有一篇文章"PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls"的表1就进行了统计。

2.ChIPseeker使用

中文版

ChIPseeker使用教程

ring1B <- readPeakFile("F:/Chip-seq_exercise/ring1B_peaks.narrowPeak")

peaks <- list(cbx7=cbx7,ring1B=ring1B,suz12=suz12)

promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000)

tagMatrixList <- lapply(peaks, getTagMatrix, windows=promoter)

plotAvgProf(tagMatrixList, xlim=c(-3000, 3000))

plotAvgProf(tagMatrixList, xlim=c(-3000, 3000), conf=0.95,resample=500, facet="row")

tagHeatmap(tagMatrixList, xlim=c(-3000, 3000), color=NULL)

3.流程代码