r语言ggplot2

R语言 | 差异表达基因分析（DEGs）| 原始数据处理&火山图绘制

差异表达基因分析即筛选处理组与对照组相比，呈现差异表达的基因，Up,Nosig,Down.今天使用的R包为：DESeq2[1]这个包基于RNASeqdata-countdata（也就是说这里要求输入的数据矩阵必须为count，而不是已经标准化后的TPM，FRAM），基于负二项广义线性模型估算样本间基因差异表达概率。获取示例数据这里我没有合适的数据进行演示，于是搜索到pasilla包中有一个示例数据
今日之森·2023-07-15 06:00

R语言解决安装rgl包问题：ERROR: compilation failed for package ‘rgl‘

执行install.packages("rgl")报错ERROR:compilationfailedforpackage'rgl'后，在R输入install.packages("rgl",repos='https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/')即可。
wang_jiezeng·2023-07-15 06:52

R语言解决出现Error in install.packages(highcharter) : 找不到对象‘highcharter‘的问题

Highcharter是使用javascript的模块。因此，最好先装java并设置好java的环境变量。此外，还要安装让JavaScript运行在服务端的开发平台node.js。即便如此，1）用install.packages('highcharter')出现找不到highchartter的错误提示2）用liabrary(devtools)；Install_github（'highchart'）
wang_jiezeng·2023-07-15 06:52

我看好的编程语言

本来是要替代javascript没有成功，直到flutter框架的出现，可以快速在iOS和Android上构建高质量的原生用户界面Kotlingoogle官方安卓开发语言，由JetBrains公司开发R语言科学计算与人工智能语言
sorry510·2023-07-15 05:09

利用R语言中pheatmap绘制热图

1.设置工作目录和安装和加载所需的R包需要安装vegan包，利用命令install.packages("vegan")如图显示，表明安装成功并加载2.导入数据利用read.table()函数来导入原始数据header=T表示将第一行设置为列名，row.names=1表示将第1列设置为行名下图，数据读取成功然后将读取的数据存储到一个新的变量data中，方便后期处理data1.5,"*",""),nr
生信学习小达人·2023-07-15 04:11

怎么自定义修改facet里面图形的背景颜色

read.table(file.choose(),header=FALSE)##temp2.txtnames(input)=c("my.x","my.y","dim1","dim2","loc")library("ggplot2
热衷组培的二货潜·2023-07-15 02:53

APSIM作物生长模拟模型：农田管理、土壤碳氮平衡、土壤水平衡、作物产量、物候发育光合生产、作物产量等

查看原文>>>基于R语言APSIM模型高级应用及批量模拟实践技术目录专题一、APSIM模型应用与R语言数据清洗专题二、APSIM气象文件准备与R语言融合应用专题三、APSIM模型的物候发育和光合生产模块专题四
吹翻书页的风·2023-07-15 02:02

Linux_R语言通过RDameng连接DM8

主要就是R语言依赖的包热别多，anaconda可以一键安装。anacond
飞奔的屎壳郎·2023-07-15 02:55

R中高效安装包，以ComplexHeatmap包为例

在使用R语言进行
Bio大恐龙·2023-07-15 02:24

R语言数据统计分析与ggplot2高级绘图教程

详情点击链接：R语言数据统计分析与ggplot2高级绘图教程一：R语言与数据管理1.1R语言1.2R包安装1.3R数据读取与重构1.4dp1yr包与数据编辑二：R试验设计与数据分析2.1试验设计2.2RCB
夏日恋雨·2023-07-15 02:54

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物。解决思路如何判断差异SNP？通过循环判断两个样品的基因型信息实现，相同时为same，不同时为diff
生信分析笔记·2023-07-15 02:21

R语言 sprintf() 函数

C函数sprintf的包装器，该函数返回一个字符向量，其中包含文本和变量值的格式化组合。就是返回包括输入值的一组格式化字符串。直接看例子：>aa[1]"iris"#"%s"用来代替字符串>sprintf("thisdatanameis%s",a)[1]"thisdatanameisiris"#"%d"用来代替数字asprintf("nurmber%d",123)[1]"nurmber123"#%n
Aech·2023-07-15 02:49

R语言 ifelse

在R语言中最简单的判断语句就是ifelse，用法很简单：ifelse(test,yes,no)举个例子：>#查看已有数据集>head(mycolon)namemeanlowerupper1APM0.321900.040710.60312Apoptosis0.07943
Aech·2023-07-15 02:18

44-R语言机器学习：分类回归树

《精通机器学习：基于R第二版》学习笔记1、商业案例在前面的内容中，我们通过努力建立了一些模型，现在看看我们能否提高这些模型的预测能力。对于回归问题，还是使用前列腺癌数据集，以LASSO回归0.444的均方误差作为基准，看看能否改善。对于分类问题，使用乳腺癌数据集和皮玛印第安人糖尿病数据集。在乳腺癌数据集中，我们逻辑斯蒂回归取得了98%的预测正确率。在糖尿病数据集中，SVM模型的正确率是76%，我们
wonphen·2023-07-15 00:02

R语言运行linux代码

很简单，写出你的代码，然后用system调用即可，有点像linux的echo。我的一个例子：myfasta=list.files(pattern="*.fa")for(iinmyfasta){prefix<-strsplit(i,split=".fa")[[1]][1]command<-paste0("cd",sof_dir,"&&python./bin/CPC2.py-i",data_dir,i
落寞的橙子·2023-07-14 23:14

FigDraw 8. SCI 文章绘图之饼图 (Pieplot)

点击关注，桓峰基因目前整理出来的教程目录如下：FigDraw1.SCI文章的灵魂之简约优雅的图表配色FigDraw2.SCI文章绘图必备R语言基础FigDraw3.SCI文章绘图必备R数据转换FigDraw4
桓峰基因·2023-07-14 15:19

R语言FD包中的maxent函数怎么用

R语言是一种流行的统计分析和数据可视化工具，提供了许多强大的包来支持各种分析任务。其中，FD包（FunctionalDataAnalysis）是一个用于函数型数据分析的包。
网创学长·2023-07-14 13:47

R语言寻找数据集缺失值位置

R语言寻找data.frame缺失值位置前言代码及解释后续的一些观察与处理前言R语言中并没有现成函数给出缺失值所在的位置，函数is.na()返回一个与原数据同型的逻辑“矩阵”（不一定是矩阵类型），现在我们自行编写一个函数用来寻找缺失值的具体位置
_唯欣主义·2023-07-14 13:12

R语言及Rstudio入门小建议（一）

R语言及Rstudio入门小建议（一）前言相关背景及学习资料基本操作数据导入包（package）外部数据的导入数据类型和数据转换R功能介绍Rstudio强大的查询功能Rmarkdown其余功能后记前言这学期选修了回归分析
_唯欣主义·2023-07-14 13:42

R-Meta分析与【文献计量分析、贝叶斯、机器学习等】多技术融合实践与拓展进阶

>>>查看原文<<<目录专题一：Meta分析的选题与文献计量分析CiteSpace应用专题二：Meta分析与R语言数据清洗及相关应用Meta分析的常用方法与R语言应用专题三：R语言Meta分析与精美作图
吹翻书页的风·2023-07-14 09:38

【R语言】机器学习-手撕逻辑回归

【R语言】机器学习-手撕逻辑回归算法原理逻辑回归是一种常用的分类算法，它在机器学习领域有着广泛的应用。在介绍具体的实现细节之前，我们先来了解一下逻辑回归的算法原理。
RedJACK~·2023-07-14 09:01

基于R语言的物种气候生态位动态量化与分布特征模拟

利用R语言进行物种气候生态位动态量化与分布特征模拟，不仅可以量化描述物种对环境的需求和适应性，预测物种的潜在生态位和分布，还可以模拟物种分布的动态变化，捕捉生物种群生态位的时空异质性。
weixin_贾·2023-07-14 06:09

物种气候生态位动态量化与分布特征模拟的实际案例分析

利用R语言进行物种气候生态位动态量化与分布特征模拟，不仅可以量化描述物种对环境的需求和适应性，预测物种的潜在生态位和分布，还可以模拟物种分布的动态变化，捕捉生物种群生态位的时空异质性。
Mr.靳靳477302280·2023-07-14 06:06

纯纯纯种学习R语言第一天

学习R语言第一天（“纯种”’笔记）一、变量和常量单纯的a在R语言中是个变量，它可以赋值成任何东西a=1#将1赋值给a，以后的a就是1了a=2#将2赋值给a，以后的a就是2了'a'a加引号，a变成一个字符
血液里住风·2023-07-14 05:04

ggplot2 3.4.0

ggplot2升级到3.4.0版本Warningmessages:1:Thesizeargumentofelement_line()isdeprecatedasofggplot23.4.0.ℹPleaseusethelinewidthargumentinstead.Thiswarningisdisplayedonceevery8hours.Calllifecycle
R语言爱好者·2023-07-14 00:55

R语言-差异显著性分析

R语言进行单因素方差分析或者非参数检验，也是非常方便的，简单快捷，仅仅几行代码，即可快速进行组间两两比较。
R语言爱好者·2023-07-14 00:55

R语言方差分析

R中的方差分析介绍用于比较独立组的不同类型的方差分析，包括：单因素方差分析：独立样本t检验的扩展，用于在存在两个以上组的情况下比较均值。这是方差分析检验的最简单情况，其中数据仅根据一个分组变量（也称为因子变量）组织成多个组。其他同义词是：1方式方差分析、单因素方差分析和主体间方差分析。双向方差分析用于同时评估两个不同分组变量对连续结果变量的影响。其他同义词是：双因子设计、因子方差分析或双向主体间方
R语言爱好者·2023-07-14 00:55

readr包中read_csv()函数和write_csv()函数

一、R语言学习readr包1.read_*系列函数这些函数可将平面文件读入，并转换为数据框，以下函数有同样的语法read_csv()读取逗号分隔文件read_csv2()读取分号分隔文件read_tsv
R语言爱好者·2023-07-14 00:25

# R语言画,使用pheatmap画heatmap时报错

R语言画,使用pheatmap画heatmap时报错我用R语言画heatmap时，突然报错，错误详情如下：然后，我就开始各种搜索查找原因，问题描述`提示：这里描述项目中遇到的问题：Errorinseq.default
R语言爱好者·2023-07-14 00:24

三月复盘|真正的佛系是因上努力，果上随缘

云南旅行相关书籍；3.听书《和哲学家谈快乐》、《跑步圣经》技能1.学会自己用软件去设计封面2.学会并爱上了markdown写作3.自学ｃｃｓ，优化排版时间，形成了自己稳定的公众号推文ｓｏｐ4.开始学习R语言
由希记·2023-07-13 19:58

学习小组Day4笔记-R语言基础-April

学习链接认识Rstudio四个part：代码窗口，控制台，环境，结果显示快捷键：Ctrl+ALT+Ktestplot(runif(50))基本操作设定工作目录getwd()查看工作目录setwd("C:/Users/Melody/Desktop/bioinf")设定工作目录list.files()list.files()dir()显示文件列表ls()列出变量名str(a)打出变量a的具体信息ls.
aprilllm·2023-07-13 19:35

canvas_squares绘制正方形,西关窗户，R语言aRtsy包生成艺术

canvas_squares绘制正方形,西关窗户，R语言aRtsy包生成艺术!
·2023-06-24 09:29

《学习小组Day5笔记--sy》

R语言基础赋值与取值1.赋值（）单一赋值a<-3多值赋值b<-c(2,4,5)范围赋值c<-(1:10)数列赋值d<-seq(1,10,by=0.5)#1到10，每隔0.5取值重复赋值e<-rep(1:
shu_yi·2023-06-24 09:37

R语言脚本：关于 TissueEnrich包 得到的组织特异性基因富集结果的进一步处理

1.说明(来自官方文档)：TheTissueEnrichpackageisusedtocalculateenrichmentoftissue-specificgenesinasetofinputgenes.Tissue-specificgenesweredefinedbyprocessingRNA-SeqdatafromtheHumanProteinAtlas(HPA)(Uhlénetal.201
@ZyuanZhang·2023-06-24 08:07

R_DATACAMP8 Exploratory Data Analysis in R: Case Study

countries%filter(country%in%countries)筛选出对应的城市，这么看更明了关于ggplot2中，facet_wrap（）分类后各个图的y一致的问题，如果想要各个图的y不一致
一条很闲的咸鱼·2023-06-24 07:05

FigDraw 21. SCI文章中绘图之三维散点图 (plot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出基于R语言绘图教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：FigDraw1.SCI文章的灵魂之简约优雅的图表配色FigDraw2.SCI文章绘图必备R语言基础
·2023-06-24 07:25

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree可视化展示进化树时指定根节点

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure1bimage.png数据集可以直接在论文里下载，但是原文存储的数据集是在excel里，我将其复制到一个文本文件里截图
小明的数据分析笔记本·2023-06-24 05:38

使用Tabplot可视化大型数据集

image.pngrequire(ggplot2)#devtools::install_github("mtennekes/tabplot")library(tabplot)data(diamonds)
热衷组培的二货潜·2023-06-24 04:40

R语言绘制森林图

看了一下网上，大概有三种方法第一种：最麻烦，先用Excel画左边，然后用ps加右边，非常麻烦；第二种：用现成的生信工具，貌似最方便，但是数据录入的格式和我手上的格式不一样，输出格式也是无法自定义，而且文章还没发表，担心数据传到网上会有泄露的风险；第三种：用编程实现，应该比较靠谱，有R，有python，按理我应该用后者，但是现成的例子大多数是R的，虽然没造过，但应该不麻烦3.1：用survminer
oldmao_2000·2023-06-23 14:32

R语言批量裁剪矢量要素

要使用R语言按照行政区进行批量裁剪矢量要素，你可以借助`sf`（SimpleFeatures）包来完成。
地狱道·2023-06-23 12:48

R语言中 scale函数用法

scale()函数1.用法scale(x,center=TRUE,scale=TRUE)#x是样本数据(r语言中定义为数字矩阵)#center中心化(这里指的是减去样本数据x的平均值)#scale标准化
最怕被温柔以待·2023-06-23 07:40

2020-03-30 复习ggplot2

学习资料：https://mp.weixin.qq.com/s/r6pfSU-88e86cUjxp3yFnQ网红教授Y书原创公众号教程ggplot2专题一、理解数据和映射下面以内置数据集钻石的数据为例，
程凉皮儿·2023-06-23 03:30

R语言从入门到精通Day2之【R语言软件下载与安装】

R语言下载与安装上一篇，从R语言背景介绍、什么是R、如何学习R三个方面对R语言进行介绍。本节，我们还不用写代码，先了解R语言是如何下载和更新的，另外对Rstudio进行了简要的介绍。
小火柴123·2023-06-23 02:47

R语言 地理加权随机森林（GWRFC ）

R语言地理加权随机森林（GWRFC）GWRFC简介随机森林GWRFC代码实现GWRFC简介随机森林可以产生高准确度的分类器，被广泛用于解决模式识别问题。
小火柴123·2023-06-23 02:17

R语言从入门到精通Day1之【R语言介绍】

R语言开篇–R语言介绍开篇不再介绍R语言是如何下载和R语言的代码，如果您想真正的了解R，学习R，利用R做一些实际性的应用，不妨花点时间先了解一下当前数据科学的进展、了解R语言的历史和发展进程，R语言在数据科学的贡献
小火柴123·2023-06-23 02:17

利用R语言通过百度地图API进行批量地理编码

利用R语言通过百度地图API进行批量地理编码当您有大量的地点名称需要在地图上来呈现时，首先要在在线地图上找到该地址的坐标，通常是指经纬度，如果能够用代码来实现，便少了许多费时费力的体力活儿，以下将详细介绍地理编码的详细实现路径
小火柴123·2023-06-23 02:15

使用R语言绘制分级色彩地图

可以使用`ggplot2`包和相关的地图库（如`maps`、`mapdata`等）来实现。
地狱道·2023-06-22 17:26

R语言通过DEM数据划分子流域

在R语言中，你可以使用`RSAGA`包和`raster`包来通过DEM数据划分子流域。
地狱道·2023-06-22 17:26

R语言绘制研究区概况图

要绘制研究区的概况图、土地利用图和DEM（数字高程模型）土壤类型图，你可以使用R语言中的`raster`包和`sp`包来完成。
地狱道·2023-06-22 17:26

ZKP应用：石头剪刀布游戏

引言开源代码见：https://github.com/spalladino/zkp-tests对比了分别使用：Iden3团队的circom语言（易于学习ZKP）ZCash团队的Halo2框架Aztec团队的Noir语言
mutourend·2023-06-22 16:53
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