\plink.exe-ssh-lroot-pweve192.168.15.129root为登录账号。eve为密码.192.168.15.129为eve-ng的管理地址

1VCF格式文件为Plink文件image.png参考：https://cloud.tencent.com/developer/article/15561662plink转vcfplink1.9版本支持转化为

您尝试安装的plink2R包与您当前的R版本不兼容。错误消息表明，该包可能没有为您当前的R版本提供。

远程登录客户端软件putty内置plink支持命令行方式操作，可以用于windows脚本执行远程linux处理任务两种方式：plink-mcmd.txt-pwpassworduser@ip使用用户名user

使用的软件为：plinkEMMAXR平台为Linux00软件安装Plink作为一款老牌软件，它的

主要使用plink和structure：1、在snp-calling后得到vcf文件2、基因型填充：https://www.jianshu.com/p/dafd1e6e4a98使用beagle3、数据质量控制

一、查看某一个snp的基因型频率plink--bfilefile--snprs10402893--freq--outrs10402893--noweb如果要计算全部snp频率则去掉“--snprs10402893

Referenceshttp://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtmlhttps://www.cog-genomics.org/plink/1.9/软件的输入

1.检查重复的样本或变异信息：使用PLINK的命令来查找并移除重复的信息。

利用plink进行数据预处理（修剪SNP集）！！！

一般而言，通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。假设有a/a，A/a，A/A三种基因型，对应的等位基因分别为a和A。

file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点：#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATID1ID2chr1123rs1GA.PASS.GT0|01|0chr1124rs2CA.PASS.GT1|11|1chr1125rs3GT.PASS.GT0|00|0chr1126rs4GA.PASS.GT1|11|1现在我想把数字基因型变成字母基因型，比如对于rs

之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。

库存优化快速实施指导手册一、连接内网plink反向转发安装plink.exe，修改autossh.bat文件：注意要用ANSI编码保存:relink密码方式不推荐c:\plink.exe-C-N-R0.0.0.0

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。

HWE）对应的P值低于1e-10或杂合率（heterozygosityrates）偏差过大（±3SD）的位点：去除杂合率（heterozygosityrates）偏差过大（±3SD）的个体：假设，基于Plink

SSH/plink命令的基本资料：首先，认识下这三个非常强大的命令：ssh-C-f-N-g-Llisten_port:DST_Host:DST_portuser@Tunnel_Hostssh-C-f-N-g

修改正负链用到的参数为--flip假定trial.bim的内容如下：trial.bim1rs1425780630732746GA1rs1440220230732801GA1rs121316180732809CT1rs3692252930732909AG1rs3734910750732935CG1rs3690309350732989TC1rs49518600733013CT1rs3679172970

GWAS分析基本流程及分析思路数据预处理（DNAgenotyping、Qualitycontrol、Imputation）QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成2

Plink是PuTTYSSH客户端的命令行连接工具。一、使用Plink来配置端口转发规则允许从远程主机进行RDP访问。

//创建一个双向链表，typedefstructlink{chardata;structlink*pre;structlink*next;}node,*plink;plinklink_create();

includetypedefchardatatype;typedefstructlink{union{datatypedata;intlen;};structlink*pre;structlink*next;}linknode,*plink

includetypedefchardata_t;typedefstructlink{union{data_tdata;intlen;};structlink*pre;structlink*next;}linknode,*plink

cmd，可以使用git命令和远程仓库交互通过各种账户、秘钥等操作，都无法解决该问题具体信息如下：20180611111747346.png解决方式：点击工具–>选项打开如图所示弹窗，将默认的PuTTY/Plink

1、使用Tassel将plink格式(.ped.map)文件转成hmprun_pipeline.pl-Xms512m-Xmx10g-fork1-plink-peddata.indica1.ped-mapdata.indica1

EMMAX下载：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解压后即可直接用前期需plink准备输入文件运行命令：emmax-v-d10

我们采取的做法是删除样品杂合率平均值中偏离±3SD（sd就是标准差）的个体非自然群体中，比如自交系，杂交种F1，这些群体不需要过滤杂合度参数过滤合手动过滤：plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤之前的文件

本篇我们要对一下具有亲子关系的个体进行过滤，然后计算类似于IBS的结果血缘同源（IdentityByDescent，IBD），子代中共有的等位基因来源于同一祖先。状态同源（identicalbystate，IBS），两个个体拥有相同的等位基因（不一定来源以同一祖先）。不太了解的同学IBD/IBS这里讲亲子关系的移除其实不是必须要的，比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体，想要进行分析，不需要做这一

不太熟悉plink的朋友先去熟悉一下它的一些用法plink常用参数→本篇主要针对人类性别的信息的质控,主要是根据性染色体上SNP的比值,判断性别,然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息.对其他的物种参考意义不大

目前针对QTL分析有很多软件，比如Plink、Merlin、R/qtl、FastMap等等,今天给大家分享一下如何使用MatrixeQTL进行分析。首先我们先了解一下什么是eQTL以及eQTL的分类。

本篇笔记整理于邓飞大佬的GWAS学习教程,他在B站上发布了一系列教学课程,推荐大家去看看plink数据格式的转化plink的bfile格式，二进制不方便查看，我们将其转化为文本map和ped的格式。

指导选择放弃，直接用plink进行过滤SNP，获得过滤后的vcf，才能直观看到各个样品在各SNP的情况，发现某几个样品确实很多很多的SNP，突发奇想莫非是因为这几个样品导致impute工作量巨大。

近日，信也科技推出新一代实时数据开发一站式平台Plink（下称“Plink平台”）。该平台基于ApacheFlink项目自主研发，经过近年来的技术演进，现已具备高可用、高吞吐、灵活扩展等特点。

尽管gwas方法很好用也很实用，但是运用GWAS方法需要的数据也是很庞大的，如何对这个大数据进行处理和运算又成了难题，今天就简单讲一下解决GWAS运算难题的方法，就是运用plink软件。

vcftools--vcfmy.vcf--plink--outplinkplink--noweb--fileplink--geno0.1--maf0.05--hwe0.0001--make-bed--outoutforKin12345

包含的组件有：PuTTY,PuTTYgen,PSFTP,PuTTYtel,Plink,PSCP,Pageant,默认登录协议是SSH，默认的端口为22。

这里我们不谈PCA背后的数学原理，只谈哪些软件能够处理数据，我找到了以下三款Plink:https://www.cog-genomics.org/plink/GCTA:https://cnsgenomics.com

官方文档学习更详细，轻用力戳此处1.基本格式1.1ped,map(二者为一组)pep格式包括基因型信息，如下所示A01A010000GGTTA02A020000TGGT前六列固定第一列FamilyID第二列IndividualID第三列PaternalID第四列MaternalID第五列Sex(1=male;2=female;other=unknown)第六列Phenotype再往后，就是基因型数

这一节说的是associationanalysis也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果可以用来与我第一讲联合起来，形成一个闭环。跑跑标准流程。Associationanalysis可以有很多用处，比如：Thebasicassociationtestisforadiseasetraitandisbasedoncomparingallelefrequenciesbetweenc

前言将vcf转化为plink格式时，命令如下：plink--vcfsnp.vcf--recode--allow-extra-chr--outtest出现错误：Error:Multipleinstancesof

plink--b

数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依据来进行过滤。这里介绍的几个指标：1.individualswithhighmissinggenotyperates（具有高缺失基因型率的个体）2.missinggenotyperate（缺失基因型率统计）3.minorallelefrequency（一个snp上最小等位基因频率）4.

Jenkins等1、WebDMZ权限获取2、JenkinsDMZ权限获取3、DatabaseDMZ权限获取章节点IPC，WMI，SMB，PTH，PTK，PTT，SPN，WinRM，WinRS，RDP,Plink

1.五大格式Plink主要处理五大格式的文件：pedmapbedfambim说人话：看看你的手掌！！！5只手指，然后给自己打一个巴掌。

1安装PopLDdecay，优点：方便不需要转换格式（plink需要）##下载gitclonehttps://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git##安装cdPopLDdecaychmod755

谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息分析软件中神器之一。

排序从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools的vcf-sortvcf转换为ped和map文件将vcf文件转化为plink识别的格式也是借助vcftools工具:vcftools

资源约束委派环境搭建概述条件获取受害目标判断受害用户：增加机器获取sid设置修改属性验证修改是否成功连接目标获取票据导入票据到内存连接利用票据参考前言章节点IPC，WMI，SMB，PTH，PTK，PTT，SPN，WinRM，WinRS，RDP,Plink

plink文件类型Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bimPLINK接受VCF文件作为输入，但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped（和.map）的文件，以及带有结尾.bed

二、plink命令与文件格式：–bfile、--file和--tfi