ggplot2

《qqplot2: 数据分析与图形艺术》第5章学习笔记

title:"ggplot2学习笔记3"author:"Liang"date:"2019年6月3日"output:html_documentknitr::opts_chunk$set(echo=TRUE
冬之心·2021-04-20 00:02

R for data science ggplot2篇（1）

ggplot2是由HadleyWickham创建的一个十分强大的可视化R包。
每天都想睡觉的阿源·2021-04-19 22:48

R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节

作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr
医科研·2021-04-19 21:40

DAVID数据制作KEGG的气泡图和柱状图

DAVID数据制作KEGG的气泡图和柱状图rm(list=ls())library(ggplot2)library(Cairo)setwd("C:\\Users\\wyccccc\\Desktop\\DAVIDKEGG
司南北·2021-04-19 21:18

R-ggplot2-说说绘图中颜色的这点事-应该是比较全的总结篇

0.问题导入之前绘图的时候，我经常会去RGB颜色对照表上手动去摘选颜色码，然后手动粘到ggplot-scale_fill/color_manual(values=c('我选的色带'))。但是呢，大家都知道的，男生嘛，对于颜色这方面，是吧......大家都懂的（手动汗颜，表示要向李佳琦好好学习）。一般绘图常态就是画图15秒，调色一小时，简直是开了无数窗口，最后还是强迫症爆炸般地觉得下一个色带一定是最
TroyShen·2021-04-19 21:46

Statquest学习笔记|在R中进行PCA（主成分分析）

学习利用prcomp()进行PCA（主成分分析）利用basegraghics和ggplot2来绘制PCA图确定每个成分的描述的差异找到影响最大的变量建立模拟数据集首先建立一个模拟数据集来进行后续分析这个数据包干
亚里亚的塔·2021-04-19 20:11

可能会用到的R语言包（持续更新）

，借助devEMF包可以实现简单用法library(devEMF)emf("bar.emf")plot(1,1)dev.off()或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行library(ggplot2
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 19:59

跟着Nature Genetics学画图~ggplot2画堆积柱形图

image.png最近在看论文Phaseddiploidgenomeassembliesandpan-genomesprovideinsightsintothegenetichistoryofappledomestication（高水平论文看起来还真是吃力！）看懂一点记一点吧。今天的笔记记录的是论文中Figure2图d中的堆积柱形图的画法，（本来今天的推文也计划将右侧的散点图拼接到堆积柱形图的右侧
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 18:57

ggplot2 作图

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|绘制序列分析图编者按：数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分
wanghaihua888·2021-04-19 18:47

R可视化：同一面板展示不同刻度线条

ggplot2在scale_y_continuous函数提供了右侧y轴坐标sec.axis显示选项，但如果不同量纲的数据需要展示在同一面板上则需要对其进行转换。
华仔少年·2021-04-19 18:17

三元图 - ggtern

ggtern，用于创建三元图的ggplot2的扩展包，详细参数和用法见官方说明文档。
吴十三和小可爱的札记·2021-04-19 15:54

ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢

本文首发于微信公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/A5nqo6qnlt_5kF3_GIrjIA学习了ggplot2|详解八大基本绘图要素后，就可以根据自己的需要绘制图形
生信补给站·2021-04-19 15:46

R语言-如何给直方图加标签

21.2","mean:22.51","max:50"),fill=c("lightblue","wheat"))补充：R语言作图——histogram(直方图)最近小仙同学很是烦恼，本以为自己已经掌握了ggplot2
·2021-04-19 15:00

ggplot2一页多图排版的简便方法

更好的阅读体验>>要想在同一页面上排列多个ggplot2图形，基本的R函数par()和layout()是无效的。
Chipcui·2021-04-19 13:25

plydata包 - Python中的dplyr Pipe(管道)数据处理方式

HassanKibirige开发的plydata包借鉴了Rdplyr包的语法以及实现了管道函数%>%，并且与该作者另一个包plotnine(类ggplot2语法绘图工具包)，本文在于对plydata包语法的入门以及与
屹然1ran·2021-04-19 13:35

RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释

请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流三者区别三者区别差异分析流程:1初始数据2标准化(normalization)：DESeq、TMM等为什么要标准化？消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响怎样标准化？找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化3根据模型检验求pvalue：泊松分布(poissondis
没有猫但是有猫饼·2021-04-19 12:07

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

R包学习 - ggplot2(速查)

数据（Data）和映射（Mapping）几何图形标尺（Scale）统计变换（Statistics）坐标系统（Coordinante）图层（Layer）分面（Facet）主题（theme）输入输出1.数据（Data）和映射（Mapping）ggplot():创建一个坐标系，可以在上面添加图层颜色类型映射：包括color（颜色或边框颜色）、fill（填充颜色）和alpha（透明度）形状类型映射：包括l
此号停更·2021-04-19 12:28

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

ggplot2 - x轴顺序问题

ggplot2作图时，x轴有一个很好用的默认排序过程，但实际应用过程中往往需要自己决定排序方式。
吴十三和小可爱的札记·2021-04-19 10:16

路径分析图

****所需程序包ggplot2、plspm、vegan、ggrepel3.****路径分析步骤3.1安装和加载程序包，及数据读取install.packages("ggplot2")install
wanghaihua888·2021-04-19 09:00

跟着Nature microbiology学画图~R语言ggplot2画直方图

今天要模仿的图片来自于论文Coregutmicrobialcommunitiesaremaintainedbybeneficialinteractionsandstrainvariabilityinfish。期刊是Naturemicrobiologyimage.png重复的图片是Figure2中的直方图image.png首先是模拟数据直方图的数据相对比较简单，只需要准备一列x和一列y即可image
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 06:14

R语言ggplot2画四方形的热图展示相关系数的简单小例子

如果想使用ggplot2这个包画热图的话需要借助geom_tile()这个函数。今天的内容就以相关系数的数据为例介绍一下ggplot2画热图的一个简单小例子。
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 05:44

盘一盘画相关性热图的几种方式

R可视化相关性矩阵的几种方案R中相关性矩阵的可视化解决方法在已经有很多了，我们在这里总结一些常用的都有哪些：ggplot2包corrplot包热图包(pheatmap，heatmap包等)ggally包中的
凯凯何_Boy·2021-04-19 04:00

R语言画图-条形图，堆叠条形图（ggplot2）

R画条形图方法---barplot函数及ggplot2包1.barplot函数>a=matrix(1:18,2)>a[,1][,2][,3][,4][,5][,6][,7][,8][,9][1,]1357911131517
Merlin_cd6c·2021-04-19 03:21

用R来拼图和排版，告别AI和PS(二)：调节宽度和高度

#加载ggplot2和patchworklibrary(ggplot2)library(patchwork
生信交流平台·2021-04-19 03:41

R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子

但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 03:36

ggplot2回顾(6): ColorBrewer配色方案

配色方案很多，目前只会这一种，但也够用了。library(RColorBrewer)library(scales)1.展示调色板display.brewer.all(type="all")display.brewer.all(type="seq")display.brewer.all(type="div")display.brewer.all(type="qual")2.展示Set1色条的前三个色
TOP生物信息·2021-04-19 02:00

2019-08-26用ggplot2画“美图”

Aggplot2TutorialforBeautifulPlottinginR原文见https://cedricscherer.netlify.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r
iColors·2021-04-19 02:23

ggplot2 003 绘图参数 — 标题及图例

ggplot2GraphicalParametersMaintitle,axislabelsandlegendtitleLegendpositionandappearanceChangecolorsautomaticallyandmanuallyPointshapes
caoqiansheng·2021-04-19 02:44

R拼图包：patchwork和cowplot，magick

ggplot2的首席专家ThomasLinPedersen发布了patchwork这个包，专业拼图简单好用。
wo_monic·2021-04-19 02:34

个人向ggplot2箱线图总结

主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。1、看图箱线图概述图1箱线图概述图2如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上四分位数点Q3（数据从小到大排列后处在75％位置上的数据）、中位数、下四分位数Q1（数据从小到大排列后处在25％位置上的数据）、下边缘和异常值。由此，箱线图很形象地分为中心、延伸以及分布状态的全部范围。
dowaves·2021-04-19 01:08

R语言ggplot2画图一套好看的配色+调整字体

昨天看到的一份资料，介绍的是ggplot2画柱形图并且使用指定的字体，我感觉最终成图的配色还挺好看的，记录在这里。
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 01:18

R - 图片组合排版

library(patchwork)library(ggplot2)theme<-theme(plot.title=element_text(hjust=0.5,color="red")
吴十三和小可爱的札记·2021-04-19 00:20

R绘图_ggplot2速绘相关性矩阵热图

火狐截图_2020-02-11T08-36-22.554Z.pngggplot2:Quickcorrelationmatrixheatmap-Rsoftwareanddatavisualizationggplot2
谢俊飞·2021-04-18 22:07

ggplot2 热图绘制

1.包导入library(ggplot2)library(reshape2)2.数据导入mtcarsThedatawasextractedfromthe1974MotorTrendUSmagazine,
_eason_·2021-04-18 22:11

单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制

这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录【ggplot2绘图具体策略第一篇】：测序结果概览：基因表达量
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 20:46

R可视化：PCA图的可视化修改

library(dplyr)library(ggplot2)library(tibble)library(patchwork)dat%mutate(PID=rep(paste("P",c(1
华仔少年·2021-04-18 19:20

ggplot2 007 点图，散点图，带状图

1.Dotplots1.1语法geom_dotplot(mapping=NULL,data=NULL,position="identity",...,binwidth=NULL,binaxis="x",method="dotdensity",binpositions="bygroup",stackdir="up",stackratio=1,dotsize=1,stackgroups=FALSE,o
caoqiansheng·2021-04-18 19:19

【R】提取 PCA 结果并利用 ggplot2 进行可视化

最近，师妹在利用R对PCA结果进行可视化时遇到了一些问题，她说不太明白ggplot2怎么用在PCA结果上，那就安排吧。
研究僧小蓝哥·2021-04-18 18:49

跟着Nature Communications 学画图~ggplot2散点图分组添加拟合曲线

学习R语言ggplot2包画散点图，然后分组添加拟合曲线。
小明的数据分析笔记本·2021-04-18 15:30

学R记3：数据可视化-ggplot2

—JohnTukey1.从ggplot开始Rhasseveralsystemsformakinggraphs,butggplot2isoneofthemostelegantandmostversatile.ggplot2implemen
凡有言说·2021-04-18 14:33

用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值

1png2.png3.png4.png2.按照读取csv文件方法读取dat<-read.table("excel1.csv",sep=",",header=TRUE)此名为excel1文件被R语言读取二.利用ggplot2
mayoneday·2021-04-18 14:28

R学习笔记 1、ggplot2

ggplot2图层元素1.数据（data）：将要可视化的数据2.映射（aes）：数据中的变量值一般是X\Y3.几何对象（geom）：如bar条形图，point散点图4.统计变换（stats）：对数据进行计算
王尚一·2021-04-18 13:47

R | ggplot2拼图 —— patchwork

在Y叔公号（biobabble）看到cowplot乃旧爱，patchwork是新欢一文后，觉得甚是有趣，便动手复现了一下。据patchwork的作者ThomasPedersen所介绍，他开发的初衷就是让ggplots的组合可以ridiculouslysimple！Thegoalofpatchworkistomakeitridiculouslysimpletocombineseparateggplo
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-18 12:40

R可视化：'patchwork:合并多个R图的包'

'patchwork:合并多个R图的包'patchwork是基于gglot2的拼图包，它使得基于ggplot2的图形更容易拼接在同一个图层。更多知识分享请到https://zouhua.top/。
华仔少年·2021-04-18 11:30

用ggtree画进化树

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\tree")library("ggtree")library("ggplot2")tree<-read.tree("species.tree
周运来就是我·2021-04-18 10:08

R语言：合并散点图、箱图、密度图

参考：aplot包：让你画出更复杂的图依赖包library(ggplot2)library(aplot)一、输入数据sample=paste("sample",seq(1,10,1),sep=".")x
小白菜学生信·2021-04-18 10:23

R绘图_ggpubr: Publication Ready Plots

火狐截图_2020-02-11T08-36-22.554Z.pngArticles-ggpubr:PublicationReadyPlotsggplot2-EasyWaytoMixMultipleGraphsonTheSamePage
谢俊飞·2021-04-18 07:00

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57
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