ggplot

ggplot做热图添加*号

有人问我，ggplot做热图上面如何标记显著性，且不说之前公众号发过相关性分析的热图做法，也讲过好多次标注标签。其实很简单，只是穿了个马甲就不认识了。
KS科研分享与服务·2023-02-03 02:20

哥俩好-ggplot2优雅的绘制配对条形图

欢迎关注R语言数据分析指南本节来介绍如何使用ggplot2包绘制配对条形图，下面通过一个小案例进行展示安装并加载R包package.list=c("tidyverse","ggtext","ggnewscale
R语言数据分析指南·2023-02-03 01:11

[R语言可视化-精美图形绘制系列]--散点图+箱线图组合图

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--散点图+箱线图组合代码部分：导入相关包和数据library(ggExtra)library(ggplot2)####导入数据cdatacdata[1:5,1
小杜的生信筆記·2023-02-02 21:03

ggplot2 + ggsignif画散点图叠加箱线图带t-test

library(ggplot2)library(ggsignif)p<-ggplot(cell,aes(x=Type,y=Ratio,colour=Type))+geom_boxplot(pch=16,
瓶瓶瓶平平·2023-02-02 05:29

折腾一个柱状图

写在前面还是想要放弃ggpubr做图了，主要问题是这东西和ggplot2体系的不兼容。因为ggpubr中好多变量其实是写死的，当你想要调整某个细节的时候就变得非常蛋疼了。
邵扬_Barnett·2023-02-02 04:17

ggplot学习笔记（一）

ggplot2的作图一般步骤为：准备数据，一般为数据框，且一般为长表，即每个观测时间占一行，每个观测变量占一列。
财富经略·2023-02-01 18:22

散点图(包括添加边际图和地毯线)

1.散点图library(ggplot2)library(tidyverse)library(cowplot)#准备数据set.seed(1000)small_diamondscor.test(small_diamonds
余绕·2023-02-01 13:24

ggplot2 legend

ggplot_buildggplot_build()takestheplotobject,andperformsallstepsnecessarytoproduceanobjectthatcanberendered.plotdatapanelobjectp
吴十三和小可爱的札记·2023-02-01 01:59

R pheatmap 图例显示不完整/超出边界 添加标题 解决办法

转换为ggplot对象，调整右边距p<-pheatmap(...)loadp(ggplotify)as.ggplot(p)+theme(plot.margin=margin(l=5,r=10))+labs
正经昵称征集中·2023-01-31 21:27

第五部分第19章使用ggplot2进行高级绘图

19.1R中四种图形系统图形系统的载入系统基础安装中是否包含是否需要显示加载baseYNgridYYlatticeYYggplot2NY19.2ggplot2包介绍ggplot的图采用加号+函数串联起来创建
Hannahhao·2023-01-31 10:43

R语言ggstatsplot画回归拟合图

suppressMessages(library(ggstatsplot))#不显示加载包附带的信息library(ggplot2)#将mtcars数据集的行名转换成mtcars数据集的一个列，将数据集存储为
Whuer_deng·2023-01-31 09:55

python--seaborn直方图

seaborn是专门用于统计数据可视化的包，可媲美R语言中的ggplot2包。本文介绍用seaborn绘制直方图。
FTDdata·2023-01-31 05:49

ggplot2一页多图Rmisc-multiplot功能新手排雷

背景：在用DESeq2做转录组差异基因，有几个关注的marker基因想要画图展示；这种情况可以用DESeq2包自带的plotcounts功能，这里我利用这个功能输出数据，后面接ggplot2作图；想要把关注的
NICE_AGIS·2023-01-31 04:57

R脚本-生成密度分布表格

在组学分析中，我们常常会看到曼哈顿图，密度分布图，bin图等，之前我以为ggplot2画densityplot的数据处理格式和SNP密度一样，后来发现不是那么麻烦。
ShawnMagic·2023-01-31 00:29

KM生存分析如何取最佳的cutoff

###survivalpackagelibrary(survival)library(survminer)##Loadingrequiredpackage:ggplot2##Loadingrequiredpackage
医科研·2023-01-30 14:14

R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较

R-ggplot2-箱图系列（1）basic-(jianshu.com)R-ggplot2-箱图系列（2）注释P值与组间比较-(jianshu.com)组间比较分析时可能会涉及到以下的分析情况：1、两组间比较
小贝学生信·2023-01-30 10:45

再见 Matplotlib 和 Seaborn ，Python 画图建议用这个

R语言提供了一些很棒的数据可视化（ggplot2、leafl
Python数据挖掘·2023-01-30 04:15

ggplot2 annotate文本设置意大利斜体

有时ggplot作图时希望某些字变成斜体，可以导入Unicode包实现：library(Unicode)p.val<-'<1e-4'italic_p<-u_char_inspect(u_char_from_name
生信编程日常·2023-01-30 02:52

【R>>ggplot2】去掉legend

在ggplot2画图过程中，有时候需要去掉legend，这个时候怎么办呢？这个情况需要在theme()中找legend.position函数来帮忙。
高大石头·2023-01-30 00:40

一行代码展示回归模型结果森林图

;公众号为：R语言和统计加载R包#install.packages("forestmodel")library(forestmodel)#森林图library(ggplot2)#使用到里面的数据集“msleep
北欧森林·2023-01-29 14:03

跟着Nature Genetics学作图：使用ggarrange包对ggplot2的多个图进行组合

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2023-01-29 02:22

ggplot2学习（一）

ggplot2基础（1）ggplot2基础（1）ggplot2基础（2）——坐标轴ggplot2基础（3）——注释ggplot2基础（4）——主题ggplot2基础（5）——配色与图例最近在学习用R语言来绘图
韧心222·2023-01-28 18:49

R语言学习笔记 -- ggplot2 绘图指定字体大小与线宽

期刊投稿时一般对figure的字体大小(fontsize)和线宽(linewidth)有特定的要求，e.g.,"Sizeanytextinyourfiguretoatleast6–8points","graphlinesatleast0.25pointswide"。这里的point（pt）翻译为点，也音译磅因、磅，是印刷所使用的长度单位。1点的标准并不统一，当代最通行的是广泛应用于桌面排版软件的D
逍遥尐生·2023-01-28 04:57

R语言作业（初级·上）

www.bio-info-trainee.com/3727.html>library(GSEABase)>library(GSVA)>library(clusterProfiler)>library(genefu)>library(ggplot2
xyn_271100·2023-01-27 22:04

MetaWRAP

#bowtieaptinstallbowtie##bwaaptinstallbwa##fastqcaptinstallfastqc##自动安装了一堆东西##perlaptinstallperl##R&ggplot2aptinstallr-base
nitrostarch·2023-01-27 21:26

R 数据可视化 —— 用 gtable 绘制多个 Y 轴

前言经过前面一节的介绍，我们对gtable布局应该有了较为清晰的认识，下面让我们来看看ggplot对象的布局首先，使用ggplot创建一个图形pgclass(g)[1]"gtable""gTree""grob
名本无名·2023-01-27 21:39

教你将ggplot2的2D图像变为3D

该包的主要功能就是将ggplot2画出来的2D图像变为3D图像。废话就不多说了，直接做出来看看效果吧！
R语言与SPSS学习笔记·2023-01-27 19:14

用Ｒ画出价格走势图

代码：library(ggplot2)library(openxlsx)＃＃＃导入数据mydat<-read.xlsx("吡唑醚菌酯.xlsx",sheet=1)＃＃＃变更数据格式mydat$日期<-as.Date
goodwish·2023-01-27 17:44

phyloseq包的使用

不但利用了R中许多经典的工具进行生态学和系统发育分析（例如：vegan，ade4，ape，picante），同时还结合ggplot2以轻松生成发表
纸飞机_b371·2023-01-27 15:17

SNP PCA 3d图绘制代码_R

library(calibrate)library(genefilter)library(gplots)library(rio)library(ggsci)library(eoffice)library(ggplot2
煮梦斋_bioinfo·2023-01-27 11:14

Python||proplot 中国地图白化绘制

看过很多大佬绘制过中国地图，有R-ggplot的，也有python-geopandas等，还有其他cartopy等的作图包，我就不一一举例了，今天用proplot这个包，这个包的简介可以参考链接proplot
CopLee·2023-01-27 09:53

R语言：分类变量绘图中的排序问题

ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=class,y=hwy))+geom_boxplot()这个箱式图高低不平的看上去很不协调，如果想重新排一下序如何处理？
Eagle_Data·2023-01-27 08:24

nature microbiology图表复现之聚类条形图

本节来复现naturemicrobiology上的一张带聚类的条形图，图均基于ggplot2,ggtree，通过jjAnno很轻松的添加了阴影，下面来进行具体介绍，数据代码已经上传VIP交流群FusariumfruitingbodymicrobiomememberPantoeaagglomeransinhibitsfungalpathogenesisbytargetinglipidrafts
R语言数据分析指南·2023-01-27 06:04

画一个有标签的火山图—标出显著变化的基因

参考：ggplot2绘制火山图实例rm(list=ls())setwd('')library(ggplot2)DEG=read.csv('marker.csv',header=T)rownames(DEG
五谷吃不完了·2023-01-27 01:13

2021生信技能树R语言终极练习题

使用循环，对iris的1到4列分别画点图（plot）方案1：我的答案参考https://www.jianshu.com/p/4b7f3b9e4cf2>library(patchwork)>library(ggplot2
超级可爱的懂事长鸭·2023-01-27 01:18

R_柱状图（加误差线，显著性差异）

先放最终效果图结果图#bar_plot2021/01/19#导入所需的包library(ggplot2)library(ggthemr)library(ggsignif)library(tidyverse
奔跑的Forrest·2023-01-26 22:51

[29]《R数据科学》ggplot2图形标签与注释

可以使用labs()函数来添加标签，以下示例为图形添加了一个标题：ggplot(mpg,aes(displ,hwy))+geom_point(aes(color=class))+geom_smooth(
灰常不错·2023-01-26 16:57

python数据分析中使用plt散点图展示DBSCAN聚类结果

下面正式开始,先说明一下数据：importnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltfromsklearn.clusterimportDBSCANplt.style.use('ggplot
lightt·2023-01-26 11:48

ggplot2绘图细节总结

data$Factor<-fct_inorder(data$Factor)ggplot(data,aes(x=Factor,y=PSM,fill=Charge))+scale_fill_manual("
MJades·2023-01-25 22:40

R语言数据可视化包ggplot2画图之散点图

ggplot2的功能很强大，并因为其出色的画图能力而闻名，下面来介绍一下它的基本画图功能，本期介绍散点图的基本画法。
星途*·2023-01-25 10:46

R语言自学笔记：作图基础（plot、ggplot）

一.plot1.使用plot以散点图为例系统自带的函数，用于作图，例如对mtcars中某两列的数据绘制散点图。>with(mtcars,plot(mpg,wt,type="p",main="Example",+sub="relationbetweenwtandmpg",+xlab="mpg",ylab="wt",col="blue",+xlim=range(mpg),ylim=range(wt),
阳露载天·2023-01-25 10:44

R语言中ggplot的一些命令行总结

#前面的变成语言不是很规范，略看#用ggplot作散点图>qplot(carat,price,data=diamonds)#演示数据集diamonds，作散点图，carat为横坐标，prince为纵坐标
the_marvellous_yolk·2023-01-25 10:44

使用ggplot2画图

Whyuseggplot2ggplot2是我见过最humanfriendly的画图软件，这得益于LelandWilkinson在他的著作《TheGrammarofGraphics》中提出了一套图形语法，
macyang·2023-01-25 10:13

ggplot2学习之1——ggplot函数

这里写自定义目录标题说明函数名及参数1、双参数使用2、单参数使用3、缺省使用说明R语言的版本为4.0.2，IDE为Rstudio，版本为1.3.959。学习的主要内容是R官方文档当中给出的算法，对其中的英文注释做了自己理解基础上的翻译。函数名及参数#画布函数，创建画布图层并设置全局参数，主要有两个参数#data：数据，定义整个画图使用的默认数据集#mapping：映射，将数据中的各个属性映射到坐标
行僧行僧·2023-01-25 10:13

R语言学习—— ggplot2函数

其中有些图表来源于网络，如有侵权联系可删~目录一、R语言介绍二、快捷键二、R语言包的学习（一）ggplot21、数据2、函数三、知识点合集（一）回归的种类一、R
今天学会Python了吗·2023-01-25 10:12

ggplot绘图

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录ggolot绘图一、横坐标为日期二、分类多图例ggolot绘图这里介绍下ggplot绘图过程中遇到的一些问题：横坐标为日期分类多图例一
gummy_bear·2023-01-25 10:42

ggplot常用参数汇总

作者|缪恒来源|量化小城ggplot整体输入框架：01geom_pointggplot(data=....)
R语言中文社区·2023-01-25 10:42

如何在 ggplot2 中删除网格线（附示例）

在ggplot2中删除网格线的最简单方法是使用theme_classic()：ggplot(df,aes(x=x,y=y))+geom_point()+theme_classic()
Mrrunsen·2023-01-25 10:12

ggplot2学习笔记3：ggplot()基本用法

GettingStartedwithggplot2首先明确一下ggplot()画出的图所具备的要素数据：必须以数据框的形式作为参数映射：呈现数据与视觉变量之间的关系（aestheticmappings）
灯bupa冷·2023-01-25 10:11

ggplot

几何对象总体概括图元geom_blank():什么也不展示:最大的功能是使用数据调整坐标轴geom_point:点geom_path:路径geom_ribbon:条带:带有垂直厚度的路径geom_segment:线段,指定初始位置和结束位置geom_rect:矩形geom_polyon:填充多面体geom_text:文本单个变量离散geom_bar:展示离散变量的分布geom_histogram:
李彦林·2023-01-25 10:11
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