CHIP 第11页

3月12日打卡

1、阅读牛津树3本(刚到货，3箱）Thesandcastle，Hookaduck，Chip'sRobot.新单词bucket、sandcastle2、早上听新东方Pop2第三课音频&歌曲theclock

ruiminlau·2022-02-11 21:53

ChIP-seq需知问题及展望

参考文章：看到公众号这篇推文解读的很深入https://mp.weixin.qq.com/s/7BqcpR1bMJaZHV408-sv6Q染色质免疫沉淀后测序（ChIP-seq）是一种针对DNA结合蛋白

caokai001·2022-02-11 20:53

2018-11-18

然而，ChIP-chip技术的分辨率在200~800bp左右，远大于TFBS的长度，所以需要计算方法来确定TFBS的确切位置。与之相比，ChIP-seq技术的分辨率可以达到100bp，甚至更高。

是杰宝呀·2022-02-10 05:48

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

学习目标：探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性（strandcross-correlation）使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图

六六_ryx·2022-02-08 14:16

生信常用基础语法及技巧

-name"*.bam"-typef-execmv{}~/ChIP_seq/bam\;find.-name"*.bai"-typef-execmv{}~/ChIP_seq/bam\;find.

落寞的橙子·2022-02-06 17:57

应届毕业生工资收入的微观影响因素——基于 CHIP 数据

应届毕业生工资收入的微观影响因素——基于CHIP数据一、引言应届毕业生指在应该毕业的年份即将毕业或者已经毕业学生。简单来说，学生在大学的最后一年毕业，就是应届毕业生。

TanKaiwen·2022-02-06 17:37

探索Android Design Support Library v28的新控件

最近发布一系列新组件，目前还在alpha版本中，本文是在Kotlin下针对这些组件使用的示例，效果图如下：AndroidDesignSupportLibraryv28从上到下依次为：MaterialButton、Chip

leo567·2022-02-06 09:30

11-28 Goodbye, Mr. Chips 17 - 18

但没想到的是那天有位带着Brookfield帽子的小男孩来敲门，然后对老头说：你好，请问Chip先生在吗？老头从来没有见过这个孩子，于是问到，你找我有事？

素心s·2022-02-06 00:20

什么是内存对齐，原理你真的了解吗？

前面我们说过内存是由chip构成。每个chip内部，是由8个bank组成的。其构造如下图：图2.内存颗粒物理结构在每个bank内部，就是电容的行列矩阵结构了。

yanfeizhang·2022-02-05 12:33

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2022-02-03 14:05

计算机系统要素（2）— 时序逻辑

所以由这些门构成的chip都叫组合chip。像CPU里面的ALU，这种提供了一些处理数据功能的芯片就是组合芯片的一种。

美航球馆·2022-02-02 23:08

组学技术—— CUT&Tag

而在蛋白质与DNA之间的相互作用研究当中，ChIP-seq当属经典技术，可以说为后来一系列技术的发展开拓了很好的思路，但是传统的ChIP-seq也存在一些问题：信号比较杂，背景噪声很大，所以常常需要input

Bio_Infor·2021-12-26 17:03

[R]bioconductor之ChIPseeker学习

ChIPseeker包南方医科大学Y叔大牛写的许多有名的生信R包之一，其最初设计用于chip-seq的macspeakcalling结果分析以及可视化，后来逐渐也适用于相关的peak分析。

小贝学生信·2021-12-01 01:34

hi-c 文献导读-4 MACS

Model-basedAnalysisofChIP-Seq(MACS)发表时间：17September2008主要内容：addressanaccuratemethodofcallingpeakofChip一、背景知识1、CHIP

小贝学生信·2021-12-01 01:07

单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析

AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing，ATAC-Seq）技术能够一次性检测样本中染色质的开放性，无需像ChIP-Seq

江湾青年·2021-11-03 16:19

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词CallPeak。CallPeak究竟是什么东西，得到的结果又有什么生物学意义呢？

xizzy·2021-10-27 20:50

Chip-seq

from生信技能树paper:Brookes,E.etal.Polycombassociatesgenome-widewithaspecificRNApolymeraseIIvariant,andregulatesmetabolicgenesinESCs.CellStemCell10,157–170(2012).GSEaccession:GSE34518，总共是9个样本，但是很多样本都分开在多个l

超级无敌大蜗牛·2021-06-27 01:18

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2021-06-24 18:47

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）

换言之，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰，或任何你感兴趣的序列片段）；并且，你还需要提供motif文件，目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。

生信start_site·2021-06-21 01:54

反思录2021-01-17

今日反思：昨天看剧的惯性还在，一早起来看剧，导致没准备好discussion，没东西可讲，再次让老板失望，晚上ChIP-seqguidelinesandpracticesoftheENCODEandmodENCODEconsortia

考拉王的桉树·2021-06-20 20:20

ChIP-seq和CUT&Tag技术

ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀+高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域染色质由DNA、组蛋白等组成：1.pngDNA将组蛋白“打包”，起到调控基因比如激活/沉默的作用：2.png1.甲醛交联：

Ann_0822·2021-06-20 10:41

反思录2021-01-10

今日文献：DynamicmapsofUVdamageformationandrepairforthehumangenome今日反思：连续两天高强度运动，再加上今天工作强度较大，有些疲惫，实验间隙只想休息，CHIP-Seq

考拉王的桉树·2021-06-20 10:39

讨厌又迷人的reads去重复

太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS

鹿无为·2021-06-14 15:20

我可能是最后一个知道IGV也可以overlap Track的

image因为我们做ChIP-Seq的时候，会有IP和Input。尽管我们可以在发文章的时候，在IGV上只放IP，但放上input会显得更加的严谨。

城管大队哈队长·2021-06-12 22:39

关系抽取信息抽取知识图谱

关系抽取20210628https://www.cnblogs.com/robert-dlut/p/14343408.html中文电子病历命名实体识别（CNER）研究进展http://www.cips-chip.org.cn

weixin_ry5219775·2021-06-10 22:25

Chip-seq的原理2020-02-11

https://www.bilibili.com/video/av86858532?p=2212屏幕快照2020-02-11下午2.42.31.pngH3表示组蛋白K4组蛋白上的氨基酸，甲基化的位点H3K4me2H3K4me3AcetylationH2AZ对启动子起到激活作用H3K36me3H3K79me2对转录起激活作用H3K4me1H3K4me2H3K27ac对增强子激活CTCF绝缘子，抑制增

机器人会画画·2021-06-04 04:09

NGS pipeline in Github

小潤澤·2021-06-02 20:07

DRAM学习笔记

image.pngimage.pngimage.pngimage.png整个DRAM的结构如上图所示，其中Chip、Bank以及Row/Column的概念比较重要。

CPinging·2021-05-31 20:29

安卓模拟器性能比较

SFC一般来讲用Snes9x核心是比较安逸的，bsnes系列精确度极高，但不支持很多hack的ROM，兼容性也很不好说，另外performance版说是不支持增强chip？

realnabarl·2021-05-20 02:16

安利一个Chip-seq数据分析指南

www.taylorfrancis.com/books/e/9780429487590练习数据地址以及脚本：http://anaisbardet.cnrs.fr/practical-guide-to-chip-seq-data-analysis

小潤澤·2021-05-16 10:14

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年10月16日

用心陪伴每一天1音频peppapig第1季1-10集、牙牙学语12动画/电影MonstersUniversity15分钟3儿歌与游戏Witchinajar我们用黑色的卡纸做了一个女巫帽子戴上，找来大浴巾当女巫的斗篷，当然少不了扫帚啦。I’mawitch,I’mawitch.Thisismyjar.Don’tgofar.I’llcatchyou,littlebaby.I’llputyouinmyja

水中的珊瑚雨·2021-05-15 08:21

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip2017年9月11日

用心陪伴每一天1音频0b轮播2动画汉语:小老鼠，上灯台英语:1aunit1-43儿歌与游戏a、锯子锯（起床游戏）锯子锯，磨子磨，铲子铲，蚂蚁上树，抠脚板一边唱儿歌一边做动作b、littlebeeandflowerBaby,I'malittlebee,andyouarealittlebee,too.I'mhungry.Let'sflyandlookforflowers.Littlebee,littl

水中的珊瑚雨·2021-05-15 03:39

【万科V-learn父母学院-双语启蒙工程】1705-140-Chip-2017年9月22日

用心陪伴每一天1音频0b1a轮播2动画1ajohnnyhanmmers3儿歌与游戏a、peek-a-boo/hideandseekM:Baby,let'splayagame.Look,onebighand,twobighands,covermyeyes.ThenyoucanhideyourselfandIwilllookforyou.Ok?B:Ok!M:Areyouready?I'llcometo

水中的珊瑚雨·2021-05-13 19:28

WARN src/stlink-common.c: unknown chip id! 0xe0042000

使用stlinkv2的时候产生了如下的警告，无法启动gdb_server，正常的信息如下：chen@chen-Aspire-4745G:~$st-util2016-11-20T10:05:53INFOsrc/stlink-usb.c:bus002dev0362016-11-20T10:05:53INFOsrc/stlink-usb.c:--exit_dfu_mode2016-11-20T10:05

道无显隐·2021-05-12 03:44

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年9月3日

用心陪伴每一天1音频0b轮播，汉语第一册上轮播2动画0bseesaw,johnny,johnny,thefiremen3儿歌与游戏a、seesaw1）妈妈将手臂伸直，上下摆动，Look,aseesaw.Honey,Let'splaythegameofseesaw.Upanddown,upanddown,upanddown,upanddown.Seesaw,Teetertottertilt,Some

水中的珊瑚雨·2021-05-05 04:23

驱动总结1

modalias="rc522",//初始化设备的名称.platform_data=NULL,.max_speed_hz=10*1000*1000,//初始化传输速率.bus_num=2,//控制器编号.chip_select

嵌入式工作·2021-05-04 04:06

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！

生信技能树·2021-05-04 01:29

智能科技狗能取代宠物狗，成为孩子的玩伴吗？

这里有只叫做CHiP的狗狗，它就完全没有上面提到的一系列让人困扰的问题。在2016年的国际消费类电子产品大会上，美国机器人制造公司WowWee展出了一只名为CHiP的智能机器宠物狗。

极客爸爸·2021-05-02 17:00

STM32学习笔记（二）STM32

什么是STM32ST：意法半导体，SOC（System-On-a-Chip）厂商M：微控制器微处理器32：32bits系统STM32能做什么各种常用通信接口：串口USART：用于跟串口接口的设备通信：如

次元夏阳·2021-04-30 22:29

HaaS EDU场景式应用学习 - 复古八音盒

所谓的所谓的Chiptune也就是由老式家用电脑、录像游戏机和街机的芯片（也就是所谓的CHIP）发出的声音而写作的曲子。

HaaS技术社区·2021-04-30 14:04

【万科V-learn父母学院-家庭双语启蒙】1705-140-Chip-2017年9月9日

用心陪伴每一天1音频0b轮播2动画1aunit1-43儿歌与游戏lollipop宝宝找出了新买的彩色粘土Baby,let'smakealollipop.Ok?Whichcolourdoyoulike?I'llchooseyellowandred.Whataboutyou?Yellow,white.Ok,look,first,I'llputtheyellowandredtogether.second

水中的珊瑚雨·2021-04-30 02:35

bedtools intersect简单介绍

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 20:56

MACS2 进行peak calling

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 10:13

ChIP-seq数据分析实战训练（一）

ChIP-seq数据分析实战训练（一）一、安装软件（conda）###创建小环境condacreate-nchip###激活小环境condaactivatechip###安装软件condainstall-ysratoolstrim-galoresamtoolsdeeptoolshomerbowtie2bowtieMACS2

小西瓜f·2021-04-22 10:52

复盘日志

2、三个单词：精读：☞principal最重要的，主要的，首要的☞formula方法，计划，原则☞clarify澄清，讲清楚，阐明视听说：☞orphan孤儿☞extremely非常☞chip炸薯条3、喜欢的一句话

土管一班35王卓亭·2021-04-13 22:32

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2021-04-05 22:00

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

1ChIP-seq染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。

斩毛毛·2021-03-13 15:43

Encode数据下载很慢怎么办？

最近我要下200个ChIP-seq的数据，在下载的过程中发现，有的数据下载非常的慢！就像下面这种，我排除了大型机网络的问题，那么我应该咋办。。。？

liu_ll·2021-03-06 17:44

NGS reads去重知多少

NGS数据reads去重的一般总结：RNA-seq一般不去重ChIP-seq一般要去重CallSNP一般要去重RRBS一般不去重Targeted-seq（

Peter_iris·2021-03-02 10:08

Parallels Desktop for Mac with Apple M1 chip (Apple Silicon)

从ParallelsDesktop官网可以看到M1芯片版（ParallelsDesktopforMacwithAppleM1chip(AppleSilicon)）还没有发布正式版，并提示可以试用预览版（

App Store公众号小程序:分享录·2021-02-24 10:32

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