AlphaFold

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

技术干货 | AlphaFold/ RoseTTAFold开源复现（2）—AlphaFold流程分析和训练构建

AlphaFold开源后（后续若不做特殊说明，AlphaFold均指AlphaFold2），很多研究团队都在分析、重现和尝试进一步提升。
昇思MindSpore·2023-11-04 12:15

PSP - 蛋白质复合物 AlphaFold2 Multimer MSA Pairing 逻辑与优化

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134144591在蛋白质复合物结构预测中，当序列(Sequence)是异源多链时，无论是AB，还是AABB，都需要MSA配对，即MSAPairing。在MSA的搜索过程中，按照单链维度进行搜索，通过MSAPairing进行
SpikeKing·2023-10-31 18:12

AlphaFold2算法详解

正文：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2补充文件：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03819-2/MediaObjects/41586_2021_3819_MOESM1_ESM.pdfhttps://static-content.s
李划水员·2023-10-31 14:38

蛋白质界的 ChatGPT：AlphaFold1 论文必备知识，不会有人还不知道吧

你知道AlphaFold2吗？它真正解决了蛋白质三维结构预测的算法困境，堪称蛋白质界的chat-GPT4，甚至它的意义不是chat-GPT4所能够匹敌的。
yumuing blog·2023-10-28 03:25

Alphafold批量下载蛋白的pdb文件

之前在做分子对接，在网上查了一圈，没有找到合适的工具从Alphafold批量下载指定蛋白的pdb文件。
qq_37440906·2023-10-28 03:54

根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件

1.根据UniprotID批处理获取蛋白质.pdb文件由于Uniprot的ID号可能对应多个NCBI的ID，但是根据Alphafold可以获取其唯一的PDB文件，所以用代码批处理获得.pdb文件如下：importpandasaspdimportnumpyasnpfromBioimportSeqIOfromBioimportPDBimportrequests
李划水员·2023-10-28 03:53

玩转ChatGPT：批量下载Alphafold的蛋白pdb文件

一、写在前面突发奇想，想批量下载Alphafold网站的蛋白pdb文件，后续再做个分子对接用。又不想手动下载，来求助CSDN和GPT。
Jet4505·2023-10-28 03:22

A预测蛋白质结构

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析RoseTTAFold:Tunyasuvunakool,K.,Adler,J.,Wu,Z.etal.Highlyaccurateproteinstructurepredictionforthehumanproteome.Nature596,590
dataloading·2023-10-24 17:33

【机器学习】模型平移不变性/等变性&归纳偏置&Attention机制

Alphafold2具有旋转不变性吗——从图像识别到蛋白结构预测的旋转对称性实现通过Alphafold2如何预测蛋白质结构，看有哪些机制或tricks可以利用？
dataloading·2023-10-24 17:16

首个千亿生物医药ChatGPT来了！清华AIR聂再清：这个行业未来的“Killer APP”

这和AlphaFold2直接加个Chat功能还不太一样——现阶段大模型虽然能在药物发现上做得不错，但要么只涉及单个模态，要
景联文科技·2023-10-09 13:18

PSP - 配置 AlphaFold2 Multimer 的模型训练参数

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/133377559整理配置AlphaFold2Multimer
SpikeKing·2023-09-29 09:57

图神经网络GNN GCN AlphaFold2 虚拟药物筛选和新药设计

文章目录图神经网络1.GeometricDeepLearningRepresentationlearning表征学习机器学习的数据类型：序列、网格、图引出GNN2.GraphNeuralNetworksMachineLearningLifecyclelearninggraphishardFeatureLearninginGraphsWaystoAnalyzeNetworksANaiveApproa
丸丸丸子w·2023-09-21 01:36

宇宙琴弦下的生命

今天，DeepMind的AlphaFold在CASP竞赛中取得震惊的成绩，再次勾起了我对于今后将计算应用基础学科的激情和想法。恰逢最近断断续续地在看《宇宙的琴弦》，思维不由得开始跳跃起来。
陳鈞_db7d·2023-09-20 18:32

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，
生信宝典·2023-09-20 11:44

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-31 07:37

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-30 10:50

2022-10-27

NatMethods|首次引入密度图进一步改进AlphaFold建模原创骄阳似我图灵基因2022-10-2709:32发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐⭐⭐
图灵基因·2023-08-28 12:54

Nat Methods｜一个快速搜索工具能让所有人都能进行蛋白质结构预测

ColabFold通过将MMseqs2的快速同源搜索与AlphaFold2或RoseTTAFold相结合，提供了蛋白质结构和复合物的加速预测。Cola
weixin_4528312·2023-08-24 05:04

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-23 09:38

PSP - 基于开源框架 OpenFold Multimer 蛋白质复合物的结构预测与BugFix

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132410296AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-23 08:18

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-21 13:30

PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130560538AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:51

PSP - 关于 AlphaFold2 的 openmm.patch 补丁

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130541313在配置AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:50

关于人工智能的高新项目与技术

关于人工智能的高新项目与技术关于人工智能的高新项目：OpenAIGPT-3：AlphaFold：Waymo自动驾驶:DeepMind医疗项目关于人工智能的高新技术深度学习（DeepLearning）：自然语言处理
大余小牛成长记·2023-08-12 23:56

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-12 06:53

详解AlphaFold生成的PDB文件以及3D打印所需的STL文件

继上篇帖子https://blog.csdn.net/yhlhhhhh/article/details/122507090?utm_source=app&app_version=4.21.0&code=app_1562916241&uLinkId=usr1mkqgl919blen里写的将预测的模型用3D打印机打印出来，而这其中就涉及到格式转换的问题，但据我所知貌似没有专门的转换工具，所以需要用编程
yhlhhhh·2023-08-11 06:56

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2301_77700816·2023-08-10 16:44

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2301_77700816·2023-07-21 06:50

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2301_77700816·2023-07-18 14:47

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-20 18:28

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
·2023-06-19 10:43

Alphafold2 初识体验

最近刚刚开始研究DeepMind的Alphafold2，据说是一项解决生物学50年来关键问题的一个算法。听了李沐大佬的讲解，感觉非常入门起来会少花几天或者几个星期的时间。
Seaton·2023-06-17 06:17

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-16 13:34

谷歌 Alpha 家族再添“猛将”：AlphaDev 重磅亮相，打破多年计算瓶颈，新排序算法提速 70%！...

从名字上便可以看出，AlphaDev与AlphaGo、AlphaFold一样，同属DeepMind旗下的Alpha系列，而AlphaDev的发布也同样在业界引起了广泛关注。
CSDN 程序人生·2023-06-13 10:10

使用numpy计算分子内坐标

但是除了笛卡尔坐标表示方法之外，其实也有很多其他的方法用于粗粒化或者其他目的的表征方法，比如前一篇文章中所介绍的在AlphaFold2中所使用的残基的刚体表示方法。
DechinPhy·2023-06-11 12:05

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-09 04:31

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-08 13:20

盘点 | 从单目标优化到多目标优化，3D 打印材料开发进入 100X 倍速阶段

本文首发自HyperAI超神经微信公众号~以AlphaFold为代表，机器学习在生物制药、蛋白质结构预测等领域，已经有了喜人的研究成果，尤其是几何深度学习(Geometricdeeplearning)在原子结构建模方面取得的巨大进展
·2023-04-19 00:32

四大顶级专家谈AlphaFold2：关于技术细节、局限与意义

2020-12-1603:25:07AlphaFold2的胜利就像是一场接力赛，往往是跑到最后一棒的人会有更多的高光时刻。但是，我们依然要记住为这门学科贡献智慧的人。
喜欢打酱油的老鸟·2023-04-16 12:13

AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？

2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。
生信宝典·2023-04-16 12:13

AI制药 - AlphaFold DB PDB 数据集的多维度分析与整理 (2)

blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130118339数据集：AlphaFoldProteinStructureDatabase下载地址：https://alphafold.ebi.ac.uk
SpikeKing·2023-04-16 12:10

NEWS|AI增强的蛋白质设计制造从未存在过的蛋白质

AI-enhancedproteindesignmakesproteinsthathaveneverexisted，naturebiotechnologyVolume41|March2023|303–309|303蛋白质工程师正在利用快速发展的机器学习工具、深层数据库和AlphaFold2
DrugPython·2023-04-13 15:41

用于3D分子生成的等变扩散模型ICML2022

在Alphafold在蛋白质折叠预测方面取得成功的背后，越来越多的工作开发了深度学习模型来分析或合成分子。分子存在于物理3D空间中，因此受制于几何对称性，如平移、旋转。
tzc_fly·2023-04-11 18:11

思考AI科研的未来

StableDiffusion这大概是后AlphaGo时代AI第一次这么火出圈，AlphaFold2也就是在圈内大家都知道而已，但是这个大家都在玩，但是对于三四月看到DALLE2和Imagen效果的我来说
爱睡觉的Raki·2023-04-10 17:48

你真的了解计算生物学和AI for Science吗？

来源：量子位Q1：AlphaFold2的最大意义是什么？A1：这个看似突破性的进展，其实是技术演进的必然结果。
人工智能学家·2023-04-09 00:30

AlphaFold2中的残基刚体表示

技术背景在前面的这一篇博客中，比较全面的介绍了组成蛋白质的各种氨基酸的三维结构。由于每个氨基酸大小不一，在传统的蛋白质折叠预测的方案中，一般会考虑全原子方案或者是粗粒化方案。对于全原子方案而言，即时去除了氢原子，也包含了极大的原子数，对于计算量来说是一个非常大的考验。而将一个氨基酸近似为一个点的方案，因为往往忽略了太多的信息，比如氨基酸之间的二面角等，因此无法达到很好的预测效果。在AlphaFol
DechinPhy·2023-04-08 17:21

迎来智能数据分析的新时代

AlphaFold2获得了第十四屆CASP（两年一
人工智能学家·2023-04-07 10:31

李飞飞高徒盘点年度十大AI亮点：核聚变、ChatGPT、AlphaFold上榜

来源：新智元编辑：Aeneas昕朋【导读】2022年有哪些人工智能的突破？今天，李飞飞高徒JimFan盘点了年度十大AI亮点。人工智能的爆炸正在扭曲我们的时间感。你能相信StableDiffusion只有4个月大，而ChatGPT的出现还不到一个月吗？打个形象的比喻，只要眨一下眼，你就会错过一个全新的行业。2022年的AI领域，大规模的生成模型像雨后春笋一样地冒出，改变了整个AI界的格局。而且，这
Imagination官方博客·2023-04-06 10:27

从GPT-3到DETR，一起来盘点2020有哪些突破？

从OpenAI的GPT-3，再到AlphaFold，都是令人振奋的成就。与此同时，数据科学在机器学习、自然语言处理（NLP）、计算机视觉等领域中蓬勃发展。
人工智能学家·2023-04-03 01:56
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