ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版、应用Python处理生物信息数据和作图、微生物组扩增子分析

16srDNA普遍存在于原核生物中，在生物进化中保持不变；具有高度保守序列，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；（9个可变区10个保守区）相对分子量大小适中，约1.5kb左右，便于测序和序列分析；种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），素在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23SrDNA的拷贝数相同。参考：https://m

exportPATH=/home/llt/miniconda2/bin:$PATHsourceactivateqiime1质控拼接join_paired_ends.py-f1_1.fq.gz-r2_2.fq.gz-mfastq-join-ojoinextract_barcodes.py-fjoin_paired/fastqjoin.join.fastq-cbarcode_single_end--b

扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列。它简单、快速、应用广泛。扩增子测序可以有效地识别微生物高可变区并有效获取微生物物种的信息。扩增子测序包括16SrDNA,18SrDNA以及ITS的测序。16SrDNA是细菌分类学研究中最常用分类的marker基因信息，其序列包含9个可变区（Variableregion）和10个保守区（constantregion）。可

16s分析结果详解文章目录16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性（样本内多样性）Chao1ShannonAceSimpsonAlpha多样性指数差异箱形图Beta多样性分析（样品间差异分析）PCoA分析PCA分析NMDS分析（非度量多维尺度分析）排序分析样本-物种丰度关联circos弦装图Ternary

升级后的扩增子分析流程分别对门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Famil

本篇文章是笔者学习了刘永鑫老师的扩增子教程以后，根据自己的学习过程总结了一篇使用vsearch工具处理序列数据得出OTU表的文章。笔者这篇文章会根据笔者自身的学习思路，每一步的数据处理都会从三个方面（是什么、为什么和怎么做）去分析展开。因为笔者以前没有接触过生信相关知识，所有生物知识还停留在高中水平，所以笔者所写的内容会比较偏向基础一些。如果本文章不符合你的需求，可以看刘永鑫老师的扩增子教程，不仅

加量不加价！扩增子标准分析流程全面升级！微生物是一类以分解代谢为主的生物类群，在微生物群落研究中，扩增子一直是了解微生物群落构成及分布的重要手段。基于markergene的扩增子测序可以反映系统中的微生物多样性的组成。常见Markergene包括细菌16SrRNA，真菌ITS和18S，功能基因包括AOA、AOB、nirK、nifH、McrA等。基于扩增子研究，我们能够得到微生物群落中物种的组成结构

在上期内容中，我们介绍了升级后的扩增子分析结果中的差异分析和环境因子关联分析，今天继续来了解其他的分析内容吧！

多个扩增子交叉设计可能存在突变漏检情况测试工具：vardictamplicon模式Filter标签在交叉区域的突变存在“AMPbias”，在不同扩增子中表现不同。

扩增子分析扩增子分析，指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析，鉴定生物的种类与含量的方法，是宏基因组学的研究方法之一。amplicon.jpg注：以下扩增子均指微生物16SrDNA片段。

写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁琐），扩增子分析的流程也是很复杂。

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出发点最开始听人讲扩增子分析，我是云里雾里完全听不懂的蒙蔽状态。后来有幸认识了一位不辞辛苦或者说对“傻子”友好的技术达人，在他的帮助下了解了扩增子分析内的16srRNA的具体流程等。加

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扩增子分析中，rankabundance已经是必备的一项分析内容，它可以从OTU的层面总体反应出物种的分布情况(丰度和均匀度)，如下图：image.png注：横坐标：OTU等级，“500”代表样本中按照丰度排列第

参考文章：1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f0502.http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1071618.htmlusearch下载地址：https://drive5.com/software.htmlusearch安装：1.解压缩2.chmod+x/apps/users/user01/wanghhh/softwar

读前须知nohup后台运行nohup后台运行时，要将qiime2-2019.7环境激活，否则会报错！一定要记得激活！激活！激活！nohupbash01.sh&nohup指不间断地运行，是nohangup的缩写。当运行一个进程的时候，不想让其在你退出账号时关闭，即可用nohup。nohup在不规定的情况下，所有输出内容会保存到nohup.out中。后缀&是让程序后台运行，但注意，后台运行不代表不受S

利用宏基因组、16SrRNA测序等高通量测序技术分析微生物群体结构的时候，常见的有α和β多样性两个指标。Alpha多样性分析Alpha多样性主要反映样本内多样性。在肠道菌群分析中，是用来衡量个体内菌群的多样性，注意是单个个体，不涉及个体间的比较。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。通常有三类相关指数，测序深度指数（Observedspi

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距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。

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个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。

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之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS

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在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年9月14-16日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

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