Snippy

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件小明的数据分析笔记本
这个软件的github主页https://github.com/tseemann/snippy我是在看到有人分享，介绍的链接是https://www.jianshu.com/p/268689bf3373在github主页没有看到软件对应的论文。github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析 shenghuanjing
snippy是澳大利亚墨尔本大学的TorstenSeemann开发的用于细菌基因组snps、indels和coregenome分析的软件，可以快速分析SNP和coreSNP。1.安装利用conda安装condainstall-cbiocondasnippy-yMac安装brewinstallbrewsci/bio/snippyGithub安装最新版cd$HOMEgitclonehttps://gi
八. SNP检测和进化分析（Snippy）小飞虎
一.简介Snippy是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。SnippyfindsSNPsbetweenahaploidreferencegenomeandyourNGSsequencereads.Itwillfindbothsubstitutions(snps)andinsertions/deletions(indels).ItwilluseasmanyCPU
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程大坏蛋HYB
个人进行SNP分析用的软件是snippy，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fastq/fasta)，可以先筛选掉冗余的序列文件。包含每个序列文件名、所在路径的txt文件。每行一个，tab键分隔文件名和所在完整路径，并且注意该txt的编码格式(用notepad转换为unix)。例如：a/path/to/file/a.fastab/path/to/file/b.fasta...
Snippy 我只是一只小小鸟 snippy
一。写在前面以前就有考虑这个问题。每次我在项目中新写入了一个方法的时候，我时常需要确定这是不是我想要的功能。于是我需要在调用这个方法，并运行整个项目。这样调试起来很费时费力。有了这个snippy工具。就可以比较快速高效的测试写的函数功能的正确与否了。尤其是在阅读书籍中的代码时，也比较容易快速实现书中的例子二。下载源该工具的开源代码下载点如下：官方：http://csharpindepth.co
[经验总结］安装使用VIM代码补全插件snippetsEmu ThinkHY c vim 语言工具
水木VIM版里有人推荐snippetEmu，MS是个类似于VC++里的VisualAssist这样的工具。下载的网址如下：http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=1318要同时将snippy_plugin.vba和snippy_bundles.vba(注意这个是针对不同语言的包)都下载才可以安装成功，安装方法很简单，用VIM打开snippy
怎么样才能成为专业的程序员？ cocos2d-x小菜编程 PHP
如何要想成为一名专业的程序员？仅仅会写代码是不够的。从团队合作去解决问题到版本控制，你还得具备其他关键技能的工具包。当我们询问相关的专业开发人员，那些必备的关键技能都是什么的时候，下面是我们了解到的情况。关于如何学习代码，各种声音很多，然后很多人就被误导为成为专业开发人员懂得一门编程语言就够了？！呵呵，就像其他工作一样，光会一个技能那是远远不够的。如果你想要成为
java web开发高并发处理 BreakingBad java Web 并发开发处理高
java处理高并发高负载类网站中数据库的设计方法（java教程,java处理大量数据，java高负载数据）一：高并发高负载类网站关注点之数据库没错,首先是数据库,这是大多数应用所面临的首个SPOF。尤其是Web2.0的应用，数据库的响应是首先要解决的。一般来说MySQL是最常用的，可能最初是一个mysql主机，当数据增加到100万以上，那么，MySQL的效能急剧下降。常用的优化措施是M-S（
mysql批量更新 ekian mysql
mysql更新优化：一版的更新的话都是采用update set的方式，但是如果需要批量更新的话，只能for循环的执行更新。或者采用executeBatch的方式，执行更新。无论哪种方式，性能都不见得多好。三千多条的更新，需要3分多钟。查询了批量更新的优化，有说replace into的方式，即： replace into tableName(id,status) values
微软BI（3） 18289753290 微软BI SSIS
1) Q：该列违反了完整性约束错误；已获得 OLE DB 记录。源:“Microsoft SQL Server Native Client 11.0” Hresult: 0x80004005 说明:“不能将值 NULL 插入列 'FZCHID'，表 'JRB_EnterpriseCredit.dbo.QYFZCH'；列不允许有 Null 值。INSERT 失败。”。 A：一般这类问题的存在是
Java中的List g21121 java
List是一个有序的 collection（也称为序列）。此接口的用户可以对列表中每个元素的插入位置进行精确地控制。用户可以根据元素的整数索引（在列表中的位置）访问元素，并搜索列表中的元素。与 set 不同，列表通常允许重复
读书笔记永夜-极光读书笔记
1. K是一家加工厂,需要采购原材料,有A,B,C,D 4家供应商,其中A给出的价格最低,性价比最高,那么假如你是这家企业的采购经理,你会如何决策? 传统决策: A:100%订单 B,C,D:0% &nbs
centos 安装 Codeblocks 随便小屋 codeblocks
1.安装gcc,需要c和c++两部分,默认安装下,CentOS不安装编译器的,在终端输入以下命令即可yum install gccyum install gcc-c++ 2.安装gtk2-devel,因为默认已经安装了正式产品需要的支持库,但是没有安装开发所需要的文档.yum install gtk2* 3. 安装wxGTK yum search w
23种设计模式的形象比喻 aijuans 设计模式
1、ABSTRACT FACTORY—追MM少不了请吃饭了，麦当劳的鸡翅和肯德基的鸡翅都是MM爱吃的东西，虽然口味有所不同，但不管你带MM去麦当劳或肯德基，只管向服务员说“来四个鸡翅”就行了。麦当劳和肯德基就是生产鸡翅的Factory 　　工厂模式：客户类和工厂类分开。消费者任何时候需要某种产品，只需向工厂请求即可。消费者无须修改就可以接纳新产品。缺点是当产品修改时，工厂类也要做相应的修改。如：
开发管理 CheckLists aoyouzi 开发管理 CheckLists
开发管理 CheckLists(23) -使项目组度过完整的生命周期开发管理 CheckLists(22) -组织项目资源开发管理 CheckLists(21) -控制项目的范围开发管理 CheckLists(20) -项目利益相关者责任开发管理 CheckLists(19) -选择合适的团队成员开发管理 CheckLists(18) -敏捷开发 Scrum Master 工作开发管理 C
js实现切换百合不是茶 JavaScript 栏目切换
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周鸿祎在360新员工入职培训上的讲话 bijian1013 感悟项目管理人生职场
这篇文章也是最近偶尔看到的，考虑到原博客发布者可能将其删除等原因，也更方便个人查找，特将原文拷贝再发布的。“学东西是为自己的，不要整天以混的姿态来跟公司博弈，就算是混，我觉得你要是能在混的时间里，收获一些别的有利于人生发展的东西，也是不错的，看你怎么把握了”，看了之后，对这句话记忆犹新。 &
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Snippy

一。写在前面

二。下载源

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