穆易青
穆易青

2021.06.08|提取、比较各样品vcf文件中snp突变频率

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  • 摘要
  • 环境与方法
  • 使用代码
  • 分析结果
  • 总结

摘要

接到一个wgs项目，要帮助客户统计vcf文件中snp突变频率，比较两个样品的突变位点。这个工作在上一个项目中是手动处理的，当时参考序列短，突变位点少。这次经过比对后，发现了有个样品有上万个snp位点，肯定不能用手动处理的方式。因此，写了一个脚本来统计各个样品的突变频率。
需要统计的信息
包括染色体，突变位置，参考位点，各样品突变位点，突变率（AD杂合位点覆盖度/DP总覆盖度）

在这里插入图片描述

环境与方法

python 3.7
R version 3.6.1

使用代码

统计各样品各位点突变频率
我们输入的vcf文件为GATK经过去重过滤后生成的，

bash python snp_frequency.py XX.snp.vcf

 
 
 


                            

                        

                    

                    
                    

                    
                    
                    

                

                

                    
                

            

        

    

    

        
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  • 代码随想录算法训练营Day59 || 图论part 09
                        傲世尊
算法图论
                        
    dijkstra算法（堆优化版）：利用小顶堆来减少一层for循环。因为要存储边的权值，邻接表里就需要存pair了。Bellman_ford算法精讲，卡玛网94题：变化在于权值出现了负数，用动态规划思想来维护MinDist数组。核心在于对所有边进行n-1次松弛处理，就可以得出起始点到所有节点的最短路径。图论章节主打一个走马观花属于是。
    
                    
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  • Java序列化进阶篇
                                    g21121
java序列化
                                    
            1.transient 
        类一旦实现了Serializable 接口即被声明为可序列化，然而某些情况下并不是所有的属性都需要序列化，想要人为的去阻止这些属性被序列化，就需要用到transient 关键字。 

    
                                
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  • escape()、encodeURI()、encodeURIComponent()区别详解 
                                    aigo
JavaScriptWeb
                                    
    原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4586764e0101khi0.html 
  
JavaScript中有三个可以对字符串编码的函数，分别是： escape,encodeURI,encodeURIComponent，相应3个解码函数：,decodeURI,decodeURIComponent 。 
下面简单介绍一下它们的区别 
1 escape()函
    
                                
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  • ArcgisEngine实现对地图的放大、缩小和平移
                                    Cb123456
添加矢量数据对地图的放大、缩小和平移Engine
                                    
    ArcgisEngine实现对地图的放大、缩小和平移: 
 个人觉得是平移，不过网上的都是漫游，通俗的说就是把一个地图对象从一边拉到另一边而已。就看人说话吧. 
 具体实现: 
一、引入命名空间 
   using ESRI.ArcGIS.Geometry; 
   using ESRI.ArcGIS.Controls; 
二、代码实现.
    
                                
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  • Java集合框架概述
                                    天子之骄
Java集合框架概述
                                    
       集合框架 
集合框架可以理解为一个容器，该容器主要指映射(map)、集合(set)、数组(array)和列表(list)等抽象数据结构。 
从本质上来说，Java集合框架的主要组成是用来操作对象的接口。不同接口描述不同的数据类型。 
  
简单介绍： 
  
Collection接口是最基本的接口，它定义了List和Set，List又定义了LinkLi
    
                                
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  • 旗正4.0页面跳转传值问题
                                    何必如此
javajsp
                                    
    跳转和成功提示 
a)        成功字段非空forward 
成功字段非空forward，不会弹出成功字段，为jsp转发，页面能超链接传值,传输变量时需要拼接。接拼接方式list.jsp?test="+strweightUnit+"或list.jsp?test="+weightUnit+&qu
    
                                
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  • 全网唯一:移动互联网服务器端开发课程
                                    cocos2d-x小菜
web开发移动开发移动端开发移动互联程序员
                                    
        移动互联网时代来了！     App市场爆发式增长为Web开发程序员带来新一轮机遇，近两年新增创业者，几乎全部选择了移动互联网项目！传统互联网企业中超过98%的门户网站已经或者正在从单一的网站入口转向PC、手机、Pad、智能电视等多端全平台兼容体系。据统计，AppStore中超过85%的App项目都选择了PHP作为后端程
    
                                
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  • Log4J通用配置|注意问题 笔记
                                    7454103
DAOapachetomcatlog4jWeb
                                    
    关于日志的等级 那些去 百度就知道了！ 
这几天 要搭个新框架  配置了 日志 记下来 ！做个备忘！ 
 

 #这里定义能显示到的最低级别,若定义到INFO级别,则看不到DEBUG级别的信息了~!
log4j.rootLogger=INFO,allLog

# DAO层 log记录到dao.log 控制台 和 总日志文件
log4j.logger.DAO=INFO,dao,C
    
                                
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  • SQLServer TCP/IP 连接失败问题 ---SQL Server Configuration Manager
                                    darkranger
sqlcwindowsSQL ServerXP
                                    
    当你安装完之后,连接数据库的时候可能会发现你的TCP/IP 没有启动.. 
发现需要启动客户端协议 : TCP/IP  
需要打开 SQL Server Configuration Manager... 
却发现无法打开 SQL Server Configuration Manager..?? 
 
解决方法:  C:\WINDOWS\system32目录搜索framedyn.
    
                                
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  • [置顶] 做有中国特色的程序员
                                    aijuans
程序员
                                    
    从出版业说起   网络作品排到靠前的，都不会太难看，一般人不爱看某部作品也是因为不喜欢这个类型，而此人也不会全不喜欢这些网络作品。究其原因，是因为网络作品都是让人先白看的，看的好了才出了头。而纸质作品就不一定了，排行榜靠前的，有好作品，也有垃圾。   许多大牛都是写了博客，后来出了书。这些书也都不次，可能有人让为不好，是因为技术书不像小说，小说在读故事，技术书是在学知识或温习知识，有些技术书读得可
    
                                
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  • document.domain 跨域问题
                                    avords
document
                                    
    document.domain用来得到当前网页的域名。比如在地址栏里输入：javascript:alert(document.domain); //www.315ta.com我们也可以给document.domain属性赋值，不过是有限制的，你只能赋成当前的域名或者基础域名。比如：javascript:alert(document.domain = "315ta.com"); 
    
                                
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  • 关于管理软件的一些思考
                                    houxinyou
管理
                                    
      
工作好多看年了,一直在做管理软件,不知道是我最开始做的时候产生了一些惯性的思维,还是现在接触的管理软件水平有所下降.换过好多年公司,越来越感觉现在的管理软件做的越来越乱. 
在我看来,管理软件不论是以前的结构化编程,还是现在的面向对象编程,不管是CS模式,还是BS模式.模块的划分是很重要的.当然,模块的划分有很多种方式.我只是以我自己的划分方式来说一下. 
做为管理软件,就像现在讲究MVC这
    
                                
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  • NoSQL数据库之Redis数据库管理(String类型和hash类型)
                                    bijian1013
redis数据库NoSQL
                                    
    一.Redis的数据类型 
1.String类型及操作 
        String是最简单的类型，一个key对应一个value，string类型是二进制安全的。Redis的string可以包含任何数据，比如jpg图片或者序列化的对象。 
        Set方法：设置key对应的值为string类型的value 
    
                                
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  • Tomcat 一些技巧
                                    征客丶
javatomcatdos
                                    
    以下操作都是在windows 环境下 
 
一、Tomcat 启动时配置 JAVA_HOME 
在 tomcat 安装目录，bin 文件夹下的 catalina.bat 或 setclasspath.bat 中添加 
 
set JAVA_HOME=JAVA 安装目录 
set JRE_HOME=JAVA 安装目录/jre 
 
即可； 
 
二、查看Tomcat 版本 
在 tomcat 安装目
    
                                
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  • 【Spark七十二】Spark的日志配置
                                    bit1129
spark
                                    
    在测试Spark Streaming时，大量的日志显示到控制台，影响了Spark Streaming程序代码的输出结果的查看(代码中通过println将输出打印到控制台上)，可以通过修改Spark的日志配置的方式，不让Spark Streaming把它的日志显示在console 
  
在Spark的conf目录下，把log4j.properties.template修改为log4j.p
    
                                
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  • Haskell版冒泡排序
                                    bookjovi
冒泡排序haskell
                                    
    面试的时候问的比较多的算法题要么是binary search，要么是冒泡排序，真的不想用写C写冒泡排序了，贴上个Haskell版的，思维简单，代码简单，下次谁要是再要我用C写冒泡排序，直接上个haskell版的，让他自己去理解吧。 
  
  
sort [] = []
sort [x] = [x]
sort (x:x1:xs)
    | x>x1 = x1:so
    
                                
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  • java 路径 配置文件读取
                                    bro_feng
java
                                    
    这几天做一个项目，关于路径做如下笔记，有需要供参考。 
 
取工程内的文件，一般都要用相对路径，这个自然不用多说。 
 
在src统计目录建配置文件目录res,在res中放入配置文件。 
读取文件使用方式： 
1. MyTest.class.getResourceAsStream("/res/xx.properties") 
2. properties.load(MyTest.
    
                                
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  • 读《研磨设计模式》-代码笔记-简单工厂模式
                                    bylijinnan
java设计模式
                                    
    声明： 本文只为方便我个人查阅和理解，详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/ 
 
 


package design.pattern;

/*
 * 个人理解：简单工厂模式就是IOC;
 * 客户端要用到某一对象，本来是由客户创建的，现在改成由工厂创建，客户直接取就好了
 */
interface IProduct {
	
    
                                
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  • SVN与JIRA的关联
                                    chenyu19891124
SVN
                                    
    SVN与JIRA的关联一直都没能装成功，今天凝聚心思花了一天时间整合好了。下面是自己整理的步骤： 
一、搭建好SVN环境，尤其是要把SVN的服务注册成系统服务 
二、装好JIRA，自己用是jira-4.3.4破解版 
三、下载SVN与JIRA的插件并解压，然后拷贝插件包下lib包里的三个jar，放到Atlassian\JIRA 4.3.4\atlassian-jira\WEB-INF\lib下，再
    
                                
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  • JWFDv0.96 最新设计思路
                                    comsci
数据结构算法工作企业应用公告
                                    
                       
 
 
随着工作流技术的发展，工作流产品的应用范围也不断的在扩展，开始进入了像金融行业(我已经看到国有四大商业银行的工作流产品招标公告了)，实时生产控制和其它比较重要的工程领域，而
    
                                
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  • vi 保存复制内容格式粘贴
                                    daizj
vi粘贴复制保存原格式不变形
                                    
        vi是linux中非常好用的文本编辑工具，功能强大无比，但对于复制带有缩进格式的内容时，粘贴的时候内容错位很严重，不会按照复制时的格式排版，vi能不能在粘贴时，按复制进的格式进行粘贴呢？ 答案是肯定的，vi有一个很强大的命令可以实现此功能 。 
 
    在命令模式输入:set paste，则进入paste模式，这样再进行粘贴时
    
                                
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  • shell脚本运行时报错误：/bin/bash^M: bad interpreter 的解决办法
                                    dongwei_6688
shell脚本
                                    
    出现原因：windows上写的脚本，直接拷贝到linux系统上运行由于格式不兼容导致 
解决办法： 
 1. 比如文件名为myshell.sh，vim myshell.sh 
 2. 执行vim中的命令 : set ff?查看文件格式，如果显示fileformat=dos，证明文件格式有问题 
 3. 执行vim中的命令 :set fileformat=unix 将文件格式改过来就可以了，然后:w
    
                                
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  • 高一上学期难记忆单词
                                    dcj3sjt126com
wordenglish
                                    
    honest 诚实的；正直的 
argue 争论 
classical 古典的 
hammer 锤子 
share  分享；共有 
sorrow 悲哀；悲痛 
adventure 冒险 
error 错误；差错 
closet 壁橱；储藏室 
pronounce 发音；宣告 
repeat 重做；重复 
majority 大多数；大半 
  
native 本国的，本地的，本国
    
                                
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  • hibernate查询返回DTO对象，DTO封装了多个pojo对象的属性
                                    frankco
POJOhibernate查询DTO
                                    
          DTO-数据传输对象；pojo-最纯粹的java对象与数据库中的表一一对应。 
      简单讲：DTO起到业务数据的传递作用，pojo则与持久层数据库打交道。 
  
      有时候我们需要查询返回DTO对象，因为DTO
    
                                
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  • Partition List
                                    hcx2013
partition
                                    
    Given a linked list and a value x, partition it such that all nodes less than x come before nodes greater than or equal to x. 
You should preserve the original relative order of th
    
                                
    • 
                                
  • Spring MVC测试框架详解——客户端测试
                                    jinnianshilongnian

                                    
    上一篇《Spring MVC测试框架详解——服务端测试》已经介绍了服务端测试，接下来再看看如果测试Rest客户端，对于客户端测试以前经常使用的方法是启动一个内嵌的jetty/tomcat容器，然后发送真实的请求到相应的控制器；这种方式的缺点就是速度慢；自Spring 3.2开始提供了对RestTemplate的模拟服务器测试方式，也就是说使用RestTemplate测试时无须启动服务器，而是模拟一
    
                                
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  • 关于推荐个人观点
                                    liyonghui160com
推荐系统关于推荐个人观点
                                    
        回想起来，我也做推荐了3年多了，最近公司做了调整招聘了很多算法工程师，以为需要多么高大上的算法才能搭建起来的，从实践中走过来，我只想说【不是这样的】 
 
    第一次接触推荐系统是在四年前入职的时候，那时候，机器学习和大数据都是没有的概念，什么大数据处理开源软件根本不存在，我们用多台计算机web程序记录用户行为，用.net的w
    
                                
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  • 不间断旋转的动画
                                    pangyulei
动画
                                    
    
CABasicAnimation* rotationAnimation;
    rotationAnimation = [CABasicAnimation animationWithKeyPath:@"transform.rotation.z"];
    rotationAnimation.toValue = [NSNumber numberWithFloat: M
    
                                
    • 
                                
  • 自定义annotation
                                    sha1064616837
javaenumannotationreflect
                                    
    对象有的属性在页面上可编辑，有的属性在页面只可读，以前都是我们在页面上写死的，时间一久有时候会混乱，此处通过自定义annotation在类属性中定义。越来越发现Java的Annotation真心很强大，可以帮我们省去很多代码，让代码看上去简洁。 
下面这个例子 主要用到了 
1.自定义annotation：@interface，以及几个配合着自定义注解使用的几个注解 
2.简单的反射 
3.枚举 
    
                                
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  • Spring 源码
                                    up2pu
spring
                                    
    1.Spring源代码 
https://github.com/SpringSource/spring-framework/branches/3.2.x 
注：兼容svn检出 
 
2.运行脚本 
import-into-eclipse.bat 
注：需要设置JAVA_HOME为jdk 1.7 
 
build.gradle 
 compileJava { 
 sourceCompatibilit
    
                                
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  • 利用word分词来计算文本相似度
                                    yangshangchuan
wordword分词文本相似度余弦相似度简单共有词
                                    
    word分词提供了多种文本相似度计算方式： 
方式一：余弦相似度，通过计算两个向量的夹角余弦值来评估他们的相似度 
实现类：org.apdplat.word.analysis.CosineTextSimilarity 
用法如下： 
String text1 = "我爱购物";
String text2 = "我爱读书";
String text3 = 
    
                                
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