转录组数据分析流程重磅升级（202407）

本流程用于转录组二代测序数据的标准分析，可生成表达量矩阵和测序数据质控结果。

本次升级的亮点有：

1. 1. 支持单端测序数据

2. 2. 支持多Lane数据自动合并分析

流程步骤

本工具执行一套非常流行的转录组定量分析流程，即 Hisat2 + Stringtie 经典组合，其步骤为：

1. 1. Fastp，进行质量控制，去除测序数据中不合格的序列，保留高质量序列用于后续分析；

2. 2. Hisat2，将经过质控得到的 Clean data，比对到参考基因组上；

3. 3. Samtools，将 SAM 文件转换成 BAM 文件；

4. 4. Stringtie，结合 hisat2 得到的比对文件（BAM）和基因组注释文件（GTF），进行定量分析，得到每个样本的表达量文件（FPKM / TPM）；

5. 5. prepDE.py，将 FPTM / TPM 转化为 Counts 计数的表达量矩阵，用于后续差异基因等分析。

6. 6. MultiQC，用于汇总质控以及比对统计信息。

样本信息表

• • 如果不涉及样本数据合并，可以不提供样本信息表。

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