王诗翔
王诗翔

生信|通过manifest文件批量构建软链接

从GDC下载的数据都被放在UUID目录下，该目录名非常乱，为了有效的读取文件，可以采用软链接的形式。

命令：

tail -n +2 /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/gdc_manifest.2018-10-17.txt |\
head -n 5| \
awk 'BEGIN{OFS="\t";}{info=$2; gsub(/\.bam/,"",info); system("ln -s /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/"$1"/"info".bam /public/home/liuxs/biodata/gdc/test-link/"info".bam &&  ln -s /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/"$1"/"info".bai /public/home/liuxs/biodata/gdc/test-link/"info".bai")}'

这里只测试了5行

$ ls -l biodata/gdc/test-link/
total 0
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-7077-01A-11D-1961-08.2_gdc_realn.bai -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/f5581aed-da3f-436d-bfe5-cb0132a34b37/C529.TCGA-HC-7077-01A-11D-1961-08.2_gdc_realn.bai
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-7077-01A-11D-1961-08.2_gdc_realn.bam -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/f5581aed-da3f-436d-bfe5-cb0132a34b37/C529.TCGA-HC-7077-01A-11D-1961-08.2_gdc_realn.bam
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A632-10A-01D-A29Q-08.2_gdc_realn.bai -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/e0e07c0a-7be4-4da2-b46b-31620c2dc220/C529.TCGA-HC-A632-10A-01D-A29Q-08.2_gdc_realn.bai
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A632-10A-01D-A29Q-08.2_gdc_realn.bam -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/e0e07c0a-7be4-4da2-b46b-31620c2dc220/C529.TCGA-HC-A632-10A-01D-A29Q-08.2_gdc_realn.bam
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A6AL-01A-11D-A30E-08.1_gdc_realn.bai -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/599ad0f7-1762-401f-ab97-c176c48445d8/C529.TCGA-HC-A6AL-01A-11D-A30E-08.1_gdc_realn.bai
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A6AL-01A-11D-A30E-08.1_gdc_realn.bam -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/599ad0f7-1762-401f-ab97-c176c48445d8/C529.TCGA-HC-A6AL-01A-11D-A30E-08.1_gdc_realn.bam
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A6AQ-10A-01D-A30H-08.1_gdc_realn.bai -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/3ed6f960-efe6-4ad6-8357-de3d9671f04b/C529.TCGA-HC-A6AQ-10A-01D-A30H-08.1_gdc_realn.bai
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-HC-A6AQ-10A-01D-A30H-08.1_gdc_realn.bam -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/3ed6f960-efe6-4ad6-8357-de3d9671f04b/C529.TCGA-HC-A6AQ-10A-01D-A30H-08.1_gdc_realn.bam
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-VN-A88O-01A-11D-A34U-08.1_gdc_realn.bai -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/70b3df83-7fe3-4c62-8967-f9163c53f6e9/C529.TCGA-VN-A88O-01A-11D-A34U-08.1_gdc_realn.bai
lrwxrwxr-x 1 liuxs liuxs 121 Nov 17 07:02 C529.TCGA-VN-A88O-01A-11D-A34U-08.1_gdc_realn.bam -> /public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/70b3df83-7fe3-4c62-8967-f9163c53f6e9/C529.TCGA-VN-A88O-01A-11D-A34U-08.1_gdc_realn.bam

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    不止一次，看到很多讲技术的文章里面出现过这个词语。今天终于弄懂了——通过朋友给的浏览软件，上了wiki。  我再一次感到，没有辞典能像WiKi一样，给出这样体贴人心、一清二楚的解释了。为了表达我对WiKi的喜爱，只好在此一一中英对照，给大家上次课。   In computer science, bleeding edge is a term that
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    Android的Theme是由各种attr组合而成, 每个attr对应了这个属性的一个引用, 这个引用又可以是各种东西.   在某些情况下, 我们需要获取非自定义的主题下某个属性的内容 (比如拿到系统默认的配色colorAccent), 操作方式举例一则: int defaultColor = 0xFF000000; int[] attrsArray = { andorid.r.
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  • zoj 3827 Information Entropy(水题) 阿尔萨斯 format
    题目链接：zoj 3827 Information Entropy 题目大意：三种底，计算和。 解题思路：调用库函数就可以直接算了，不过要注意Pi = 0的时候，不过它题目里居然也讲了。。。limp→0+plogb(p)=0，因为p是logp的高阶。 #include <cstdio> #include <cstring> #include <cmath&
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他