表观遗传研究常用数据库

基本数据库

1. UCSC数据库

网站：http://genome.ucsc.edu/index.html

简介：UCSC数据库给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式；支持数据库检索和序列相似性搜索。其数据来源：约有一半的注释信息是UCSC通过来自公开的序列数据计算得出，另一半来自世界各地的科学工作者。其本身并不下任何结论，而只是收集各种相关信息供用户参考。

UCSC-BLAT

对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。

对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。

用法:

--查找mRNA或蛋白在基因组中的位置

--决定基因外显子的结构

--显示全长基因的编码区域

--分离一个物种自己的EST

--查找基因家族

--从其他物种中查找人类基因的同源物

UCSC-Table Browser

简介：提供了访问数据库的便利入口；用文本形式来获取存储在Genome Browser数据库中的基因组汇编和注释数据。
功能：
为整个染色体或者一些特定的序列获取DNA序列信息或者注释信息。

用特定的条件对输出结果进行筛选。

创建自己的路径,并且在Genome Browser里可视化地显示出来。整合多重查询,并为其产生相关的输出。

为选定的数据集提供基本的统计结果。

显示一个数据表格的详细情况，并且列出在数据库中与其相关的所有表格。

根据其它应用程序和数据库的要求,对输出结果进行格式化。

UCSC-Gene Sorter

UCSC-Gene Sorter是一个用来开发基因家族和基因间关系的一个非常优秀的资源。这个工具显示了与所选基因组相关的其他基因组列表。

通过这个工具可以找到：蛋白水平的相似性，基因表达谱的相似性或者是基因组的相似性。

2. Roadmap webserver

网站：http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

http://www.lidsen.com/journals/genetics/genetics-02-02-016)

表观遗传数据库

Epigenomics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/
MethDB http://www.methdb.de
MethyCancer http://methycancer.psych.ac.cn
PubMeth http://www.pubmeth.org
TCGA Data Portal https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/tcga/
ChromatinDB www.bioinformatics2.wsu.edu/ChromatinDB
GEO http://www.ncbi.nIm.nih.gov/geo
HEP http://www.epigenome.org/
ChromatinDB www.bioinformatics2.wsu.edu/ChromatinDB/
SysPTM http://www.biosino.org.cn/SysPTM/

1. 常用表观遗传数据库

1.1 Epigenomics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/

NIH Roadmap Epigenomics

Epigenomics是NIH Roadmap Epigenomics的重要组成部分，有利于不同表观基因组研究机构之间的信息共享，促进了当前各方面的表观遗传研究。

Epigenomics是当前较为全面的表观基因组数据库。该数据库提供了DNA甲基化、组蛋白修饰等各种全基因组尺度的表观基因组数据的存储、下载、可视化等功能。

1.2 HEP http://www.epigenome.org/

人类表观基因组协会(Human Epigenome Con-sortium，HEC； http://www.epigenome.org,)于2003年10月正式宣布开始投资和 实施人类表观基因组计划(Human Epigenome Project，HEP)。

• HEP的提出和实施，标志着与人类发育和肿瘤疾病密切 相关的表观遗传学(epigenetic)和表观基因组(epige-nome) 研究又跨上了一个新的台阶。

• HEP不仅可进一步完善人 类基因组注释，而且对于进一步了解人类发育机制本质， 探寻与人类发育和肿瘤疾病相关的表观遗传学机制具有 重要而深远的实用价值。

• HEP开发出了专用于浏览MVP数据的在线浏览器—— MVP Viewer(http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/epigenome/)。

• MVP Viewer的功能：

 浏览MVP数据的在线浏览与分析工具；

 将MVP数据与已有的基因组注释相互整合，它已经是 EMBL的Ensembl GenomeBrowser的一部分，除了DNA甲 基化数据，还包括染色体坐标(chromosome coordinate)、 CpG岛、SNP转录信息。

2. 甲基化（Methylation source）

2.1 MethDB http://www.methdb.de

2.2 PubMeth http://www.pubmeth.org

PubMeth: reviewed methylation database in cancer

2.3 DiseaseMeth http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/diseasemeth

Currently, DiseaseMeth includes 175 datasets which are extracted from Methylation arrays and sequencing datasets and 14530 entries of scattered aberrant methylation information(72 diseases). DiseaseMeth supports analysis and visualization of these datasets, download for further analysis .
目前，disease emeth包括175个从甲基化阵列和测序数据集中提取的数据集和14530个分散异常甲基化信息条目(72种疾病)。disease emeth支持这些数据集的分析和可视化，请下载以进一步分析。

3. 组蛋白修饰 Histone Modification Source

3.1 The Histone Infobase（HIstome） http://www.actrec.gov.in/histome/

The database covers 5 types of histones, 8 types of their post-translational modifications and 13 classes of modifying enzymes.
Current version contains information for about ~50 histone proteins and ~150 histone modifying enzymes.
Additionally, this database also provides sequences of promoter regions (-700 TSS +300) for all gene entries.
Sites of post-translational modifications of histones were manually searched from PubMed listed literature.

该数据库包括5种组蛋白，8种组蛋白翻译后修饰和13种修饰酶。
当前版本包含大约50个组蛋白和150个组蛋白修饰酶的信息。
此外，该数据库还提供了所有基因条目的启动子区序列(-700 TSS +300)。
从PubMed列出的文献中手工搜索组蛋白翻译后修饰的位点。

3.2 Human histone Modification database(HHMD) http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/hhmd/

The current release of HHMD incorporates 43 location specific histone modifications in human.
We also provide a comprehensive resource of histone modification regulation in 9 human cancer types.
We developed HisModView to facilitate the users to browse histone modifications in the context of existing human genomic annotations.
All Histone modifications can be searched by gene ID, cancer name, histone modification or chromosome location.

目前释放的HHMD包含43个位置�在人的特定组蛋白修饰。
我们还提供了9种人类癌症类型的组蛋白修饰调控的综合资源。
我们开发了HisModView，以方便用户在现有人类基因组注释的背景下浏览组蛋白修改。
所有组蛋白修饰都可以通过基因ID、癌症名称、组蛋白修饰或染色体位置进行搜索。

4. Noncoding RNA source

4.1 miRBase (microRNA source) http://www.mirbase.org/

Release 20 of the database contains 24521 entries representing hairpin precursor miRNAs, expressing 30424 mature miRNA products, in 206 species.

该数据库的第20版包含24521个条目，代表发夹前体miRNA，表达206个物种中30424个成熟miRNA产物。

4.2 miRWalk2 (miRNA target source) http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/

4.3 miR2Disease http://www.mir2disease.org/

4.4 The human microRNA disease database (HMDD) http://202.38.126.151/hmdd/mirna/md/

4.5 Mir2subpathway

4.6 Transcriptional factor and miRNA regulatory cascade http://210.46.85.180:8080/TMREC/

4.7 Lncrna db http://www.mir2disease.org/

The database currently contains over 150 lncRNAs identified from the literature in around 60 different species.

该数据库目前包含了从60个不同物种的文献中鉴定出来的150多个lncrna。

4.8 TheLncRNA and Disease Database http://202.38.126.151/hmdd/html/tools/lncrnadisease.html

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2022-01-18 初次笔记整理自（https://mp.weixin.qq.com/s/1XDReCCcrav8NERsCTtxhQ）