Linux 之shell脚本编程

01 Linux 系统环境

文件系统结构

/ 虚拟目录的根目录。通常不会在这里存储文件

/bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具

/boot 启动目录，存放启动文件

/dev 设备目录，Linux在这里创建设备节点

/etc 系统配置文件目录

/home 主目录，Linux在这里创建用户目录

/lib 库目录，存放系统和应用程序的库文件

/media 媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点

/root root用户的主目录

/sbin 系统二进制目录，存放许多GNU管理员级工具

/run 运行目录，存放系统运作时的运行时数据

/tmp 临时目录，可以在该目录中创建和删除临时工作文件

/usr 用户二进制目录，大量用户级的GNU工具和数据文件都存储在这里

• 查看CPU信息：lscpu
• 查看内存信息：free -h
• 查看硬盘信息：df -h
• 查看文件大小：du -h -d 1
• 查看文件大小：du -sh ~

• 查看系统进程：
top 
htop   动态查看，看所有用户； htop -u June16【即自己的登录名】，看自己在运行的命令
ps -ef | grep "$LOGNAME"  该命令执行瞬间在进行的命令

变量

环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号

• 环境变量: 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

常见环境变量：

• $HOME：当前用户的主目录

• $PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号（:）分隔。

• $SHELL：bash shell的全路径名

• $LOGNAME：当前用户的登录名

• $PS1：shell命令行界面的主提示符

• 位置参数变量: 用于用于向命令或程序脚本中传递信息

• 状态变量: 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

• 自定义变量

由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等

03 结构化语句

• 条件语句 if

常见格式

常见条件：数值、字符串、文件判断

数值判断

if [ $? -eq 0 ] ##前后要有空格
  then
touch ok.txt
fi

字符串判断

文件判断

• 循环语句 for 和 while

for

常见格式

for i in {1..10}
do
touch file${i} ##为了不出问题，可以变量都加上{}
done

!!!!!

不按shift时直接按~键即可打出反引号

while

常见格式

• 参数扩展

索引位置从0开始

练习

1.生成SRR1234501.sra到SRR1234510.sra这10个id

2.将结尾的.sra替换成.fastq

for i in {01..10}
do
echo SRR12345{i}.sra >> config
done

cat config | while read id
do
echo ${id%.sra}.fastq
done

cat config | while read id
do
echo ${id//sra/fastq}
done

两个>>，否则不行

生成文件时sra前多了一个空格，while循环中没有空格→替换失败

04 Shell 脚本编程

• Shell 脚本

保存脚本

写三句命令，两句正确一句错误
vim test.sh
#!bin/bash
pwd
pwd
ppp

1.不进行重定向，结果直接输出到标准输出流（屏幕）
bash test.sh

2.进行重定向，但不指定标准输出和标准误输出
正确的在out.log中，错误的输出到标准输出流（屏幕）
bash test.sh > out.log

3.进行分开重定向，正确与错误分别进入两个log文件
bash test.sh > out.log 2 > error.log

4.进行分开重定向，将2输出到1中，两者都输出到out.log
bash test.sh > out.log 2>&1 ## 最推荐,可以把有问题的命令清晰呈现
 cat out.log

shell脚本的文件权限

ll test.sh
chmod 764 test.sh

参数传递

vim test2.sh
i
  #!/bin/bash
  cat $1
ESC
:wq

bash test2.sh readme.txt

• 任务提交

• nohup ：不要挂断任务，即把任务提交到服务器上运行
• & ：任务后台运行，通常与 nohup 连用
• top ：实时显示系统中各个进程的资源占用状况，按 q 退出
• ps ：Process Status列出当前系统中运行的进程列表，
一般加上 –ef 参数
• kill ：杀掉进程，kill [PID]

vim sleep.out
i
 #!/bin/bash
   for i in {1..500}
  do
  echo $i>>sleep.out
  sleep 2s
  done
ESC
:wq

1.挂后台运行
nohup bash sleep.out &  

2.动态查看输出内容（此处查看nohup.out是没有内容的哦）
tail -f sleep.out

3.用top、htop分别查看命令的运行情况
top -u Last30
htop -u Last30

4.用ps -ef查看挂后台的命令
ps -ef | grep "June16"  ##"登录名"

5.杀死命令
kill -9   id   ## kill -9 无条件杀死

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